第二部动画目录
丰缘联盟
ag01.新的大地！新的冒险！（小遥登场，得到火稚鸡并加入）
ag02.古代神奇宝贝与神秘军团！ag03.橙华道馆 对抗过动猿！（小胜加入）
ag04.傲骨燕多多！危险多多！在橙华森林收服它！（小智收服傲骨燕，小刚归队）
ag05.蛇纹熊与短裤少年！小遥的第一场战斗！ag06.**！疯狂乱抓，再见了！（武藏的阿柏怪、小次郎的双弹**离队，小次郎得到沙漠奈亚）
ag07.木守宫的森林！保护大树！（小智收服木守宫）
ag08.饭匙蛇对抗木守宫！必杀的拍击攻击！（武藏收服饭匙蛇）
ag09.怪奇！蘑蘑菇大宅之谜？ag10.史上最强的大嘴鸥？ag11.大狼犬与土狼犬，进化的神秘
ag12.莲叶童子与花店三姊妹（小刚得到莲叶童子）
ag13.神奇宝贝华丽大赛！狩猎凤蝶的华丽战斗！ag14.双打比赛，捕捉刺尾虫（小遥和武藏各收服一只刺尾虫）
ag15.用功 神奇宝贝训练家培育学园！ag16.卡那兹道馆！朝北鼻的秘密武器！（小智得到岩石徽章）
ag17.得文制造有限公司！水舰队之影！ag18.哈奇老人与长翅鸥小皮！ag19.逃离巨牙鲨之岛！ag20.武斗道馆！冲浪的道馆训练家藤树登场
ag21.刺尾虫对刺尾虫！到底是哪一只?ag22.大吾！可可多拉和波士可多拉
ag23.海边的捣蛋鬼 龙虾小兵登场！（小智收服龙虾小兵）
ag24.奔跑吧小智！越过利牙鱼之河！（小遥的刺尾虫进化成甲壳蛹，武藏的刺尾虫进化成盾甲茧）
ag25.秘密之池！好多水跃鱼（小刚收服水跃鱼）
ag26.长鼻叶族的袭击
ag27.火岩队对抗水舰队，秘密基地的战斗！ag28.狩猎凤蝶与毒粉蝶！进化之后！（小遥的甲壳蛹进化成狩猎凤蝶，武藏的盾甲茧进化成毒粉蝶）
ag29.勾魂眼的惊奇
ag30.格斗少女与玛沙那！暴风雨之中！ag31.武斗道馆再战！乘浪的战斗场地！（小智得到拳击徽章）
ag32.废弃之船！悄悄靠近的影子
ag33.小遥的劲敌！特训！神奇宝贝华丽大赛！（小瞬登场）
ag34.最初拿到的神奇宝贝，大混乱！ag35.小遥！初次挑战神奇宝贝华丽大赛！ag36.保护海之博物馆，火岩队的袭击！ag37.美女与野兽?狡猾天狗和乔伊小姐
ag38.正电拍拍和负电拍拍！山上的灯塔！ag39.唱歌！神奇宝贝戏法屋！ag40.紫堇道馆！铁旋的**战斗！（小智得到电力徽章）
ag41.木守宫的新绝招，西瓜田的种子**
ag42.电萤虫与甜甜莹！爱的舞蹈！ag43.飞吧宝贝龙！迎向明天！ag44.小霞登场！波克比和梦幻王国！（小霞归队）
ag45.海市蜃楼的那边 波克比的乐园！（小霞的波克比进化成波克基古；波克基古离开小霞；小霞离队）
ag46.胜利家庭！四比四！ag47.向尾喵和芳香疗法（小遥收服向尾喵）
ag48.猫鼬斩对抗饭匙蛇！宿敌大对决
ag49.小胜和胜人，保护溜溜糖球！ag50.神奇宝贝华丽大赛 秋叶大会！ag51.vs恰雷姆，华丽大赛的战斗（小遥得到缎带）
ag52.正电拍拍和负电拍拍，修行之道
ag53.向尾喵和“有样学样”的呆火驼牧场
ag54.火岩队再度杠上水舰队！烟突山的战斗！ag55.新人道馆训练家—亚莎满地坑洞的战斗场地
ag56.热血徽章！用燃烧的战斗得到它！（小智得到烈焰徽章）
ag57.许多的晃晃斑，到山的那一边寻找幸福
ag58.突破钢之谷！煤炭龟vs大钢蛇（小智收服煤炭龟）
ag59.再访紫堇道馆 vs雷电兽！ag60.向尾喵与优雅猫！传说的协调家登场！（向尾喵学会暴风雪）
ag61.戴面具的协调训练家，假面使者登场！ag62.绿茵镇 神奇宝贝华丽大赛！（小遥得到缎带）
ag63.太阳岩和莲帽小童！神圣森林的传说！（小刚的莲叶童子进化成莲帽小童）
ag64.青绵鸟的天空！小遥的心！ag65.击退溶食兽大作战！ag66.一触即发！爆音怪vs森林蜥蜴（小智木守宫进化成森林蜥蜴）
ag67.跳舞战斗！乐天河童！ag68.爸爸是偶像！冒牌道馆训练家！ag69.橙华道馆的危机！家庭的危机！ag70.橙华道馆赛！第五个徽章！（小智得到天秤徽章）
ag71.大木博士和小田卷博士！秘密基地之战！ag72.双人合作赛，小智vs小遥！ag73.禁忌森林的国王 妙蛙花！（小遥得到妙蛙种子）
ag74.妙蛙种子和妙蛙种子！抢回神奇宝贝球！（小智的妙蛙种子归队本集结束后离队）
ag75.对决！巨大鲶鱼王与钓鱼高手
ag76.天秤偶和雾中的遗迹！ag77.强敌！妈妈协调训练家登场！ag78.神奇宝贝华丽大赛 长寿大会！ag79.跳跳猪在找的东西！ag80.首度挑战！空中竞技 神奇宝贝圆环！（小智傲骨燕进化成大王燕）
ag81.怨影娃娃的大宅！ag82.森林格斗王！力壮鸡vs斗笠菇（火稚鸡进化成力壮鸡）
ag83.天气研究所的漂浮泡泡！ag84.茵郁市的羽翼嘉年华会！（小次郎得到风铃铃）
ag85.茵郁道馆！天空之战！（小智得到白羽徽章）
ag86.喷火驼载着电影来！ag87.神秘！从宇宙来的神奇宝贝！ag88.香蕉懒人翁园的卡比兽！ag89.皮卡丘加入**！ag90.抵达水静市！能量方块和回转攻！ag91.神奇宝贝华丽大赛水静大会！（小遥得到缎带）
ag92.那三只登场，裁判学校之岛！ag93.珍珠贝和跳跳猪！寻找珍珠！ag94.古空棘鱼与深海的秘宝！ag95.猎斑鱼与樱花鱼！进化之谜！ag96.肌肉对战！双打比赛！ag97.固拉多vs盖欧卡！（前篇）
ag98.固拉多vs盖欧卡！（后篇）
ag99.枫和南！宇宙中心之战！ag100.绿岭道馆！太阳岩与月石！（小智得到心灵徽章）
ag101.大海男儿！四天王源治登场！ag102.诸星博士之岛！化石神奇宝贝出现！ag103.伊札贝岛神奇宝贝华丽大赛！小心劲敌！（哈利登场，小遥得到缎带）
ag104.封印巨大念力土偶！ag105.大嘴娃谈恋爱！莲帽小童的花之路！（莲帽小童进化成乐天河童）
ag106.大颚蚁和超音波幼虫！梦幻之湖！ag107.阿勃梭鲁！悄悄靠近的灾祸阴影
ag108.抓住雪童子！（小智收服雪童子）
ag109.拯救拉鲁拉丝！小胜快点！ag110.琉璃道馆！水之艺术师 亚当！（前篇）
ag111.琉璃道馆！水之艺术师 亚当！（后篇）（小智得到雨滴徽章）
ag112.直冲熊！友情的形式！ag113.梦幻岛的小果然
ag114.滚动吧！爱河中的顿甲
ag115.混战、混乱！神奇宝贝华丽大赛 暮水大会（前篇）
ag116.混战、混乱！神奇宝贝华丽大赛 暮水大会（后篇）（小遥得到缎带）
ag117.用小遥美食收服小卡比兽！（小遥得到小卡比兽）
ag118.劲敌登场！政宗和铁哑铃
ag119.怪盗班纳伊与缎带奖杯
ag120.小智与小遥，在丰缘**的激烈战斗
ag121.开幕！大型庆典（1）！ag122.热斗！大型庆典（2）！ag123.决战！大型庆典（3）！（小智的雪童子进化成冰鬼护，小遥止步凯那华丽大型庆典前8强）
ag124.来野外求生吧！ag125.抵达彩幽市！穿着长靴的喵喵！ag126.预赛开始！政宗登场！ag127.开幕！彩幽大会！ag128.通往决胜锦标赛！战斗白热化的日子！ag129 然后…不能输的战斗依然持续！ag130 劲敌对决！vs政宗
ag131.最后的激战！通往优胜之路！（小智止步彩幽大会前8强）
ag132.亚希达先生与对战开拓区！（小霞归队，小霞得到露力丽）
对战开拓区
ag133.大木研究所！全员大集合！（小遥得到杰尼龟，小智的小小象归队，小智的煤炭龟和冰鬼护寄放在大木处）
ag134.月见山！皮宝宝与皮皮与皮可西！（小霞离队）
ag135.初阵！对战工厂！（前篇）（喷火龙归队）
ag136.初阵！对战工厂！（后篇）（喷火龙离队，小智得到知识象征）
ag137.大岩蛇的王国！ag138.胖丁的歌，爸爸的歌！ag139.劲敌对决！收服风速狗！ag140.可达鸭的忧郁！ag141.狃拉与吸盘魔偶！哪一家餐厅！ag142.进化！它的神秘与奇迹！ag143.神奇宝贝华丽大赛 金黄大会！（前篇）
ag144.神奇宝贝华丽大赛 金黄大会！（后篇）（小遥得到缎带）
ag145.格斗道场！小智vs小遥
ag146.超能力系vs幽灵系！深夜中的决斗！ag147.魔尼尼登场！休息之馆！（小次郎的风铃铃离队，同时得到魔尼尼）
ag148.水跃鱼与绵绵！恋爱的特效药！（小刚的水跃鱼进化成沼跃鱼）
ag149.对战竞技场！格斗对决！（卡比兽归队本集结束后离队，小智获得毅力象征）
ag150.抚养家老板与神奇宝贝蛋！（小遥得到蛋）
ag151.上班族的劲敌？（小遥得到缎带）
ag152.**龙之湖！ag153.对战巨蛋！火焰与水的融合（小智得到战术象征）
ag154.震撼！吃惊！**怪（小小象进化成顿甲）
ag155.神奇宝贝保育家登场！拯救雪拉比作战
ag156.爱哭树与忍者学园（小刚收服爱哭树）
ag157.穿越时空的小遥（小遥的蛋孵化成伊布）
ag158.对战水管大热斗！对抗水管皇后小蓟！（小智得到运气象征）
ag159.优胜在谁的手中？越野识途比赛
ag160.小卡比兽的出道赛！与哈利一决胜负！ag161.森林蜥蜴vs热带龙！草原的决斗！（森林蜥蜴进化成蜥蜴王）
ag162.神奇宝贝华丽大赛 让叶大会！（小遥得到缎带）
ag163.蜥蜴王！复活的黎明！ag164.激战！在对战宫殿的丛林对抗赛！（小智得到精神象征）
ag165.爱哭树国王与魔尼尼皇后？ag166.摩天大楼的红色闪电
ag167.重要的比赛，小遥vs小刚！（小遥得到缎带）
ag168.迷唇娃与迷唇姐三姐妹
ag169.对战大君，莉**场
ag170.对战塔，心传心的战斗（小智得到才能象征）
ag171.神奇宝贝保育家，代欧奇希斯危机！（前篇）
ag172.神奇宝贝保育家，代欧奇希斯危机！（后篇）
【说明：一些地方把171集和172集（播出时为一小时特别篇）算为一集，但根据神奇宝贝半小时左右一集的划分，实际应计为两集。若在171集之后没有在网络上找到对应集数，请尝试在下面所列集数的序号上减一再尝试】
ag173.胡说树！黄金传说
ag174.哈利&**！反派角色同盟成立？ag175.小遥vs武藏！最后的华丽大赛（小遥得到缎带）
ag176.**解散？各自的道路
ag177.小刚与小智！用双打对战保护尼比道馆
ag178.对战金字塔！对抗雷吉洛克
ag179.惊异！巨大请假王之山
ag180.开幕！神奇宝贝华丽大赛 华丽大型庆典！ag181.小遥对哈利！用双打比赛登上舞台！ag182.小遥对小瞬！最后的战斗！（小智收服长尾怪手，小遥止步石英华丽大型庆典前4强）
ag183.长尾怪手与国王！ag184.聒噪鸟与神奇宝贝相声
ag185.袭击！落单的玛狃拉！ag186.再度挑战金字塔！vs雷吉斯奇鲁！（煤炭龟归队本集结束后离队）
ag187.小遥vs小瞬！永远的劲敌！ag188.神奇宝贝中心忙得不可开交！ag189.最初的神奇宝贝！最后的战斗！（妙蛙种子，杰尼龟，喷火龙归队）
ag190.决战！对抗雷吉艾斯！（妙蛙种子，杰尼龟，喷火龙离队，小智得到勇气象征并成为对战开拓区制霸）
ag191.小智对抗小遥！最后的战斗（小遥的力壮鸡进化成火焰鸡）
ag192.旅程的终点，以及旅程的开始！（小遥、小胜、小刚离队，小智的除皮卡丘和长尾怪手以外的神奇宝贝都放在大木处）