主线
001 云霄飞车**事件(黑衣组织—琴酒、伏特加出场，工藤新一喝下aptx4869变小。大幕拉开，柯南登场)
002 董事长千金诱拐事件(阿笠博士知道其身份，工藤新一化名为江户川柯南）
013 奇怪的寻亲**事件（宫野明美初登场）
043 江户川柯南诱拐事件(父母知道变小)
048 外交官**事件（上集）
049 外交官**事件（下集）(服部平次登场，工藤新一第一次恢复)
054 电玩公司**事件(龙舌兰出现，被炸死)
057 福尔摩斯迷**事件（上集）
058 福尔摩斯迷**事件（下集）(平次知道身份)
128 黑暗组织10亿**事件（宫野明美死亡，黑衣组织浮出水面）
129 来自黑暗组织的女子 大学教授**事件(灰原哀出场）
130 竞技场无差别胁迫事件(前篇)(灰原说出了工藤新一与组织在半个世纪前就有了关系)
170 黑暗之中的死角（上集）（重要人物新出医生登场）
171 黑暗之中的死角（下集）
176 与黑暗组织的再会（灰原篇）(皮斯克出场)
177 与黑暗组织的再会（柯南篇）（宫野志保第一次恢复）
178 与黑暗组织的再会（解决篇）（皮斯克被琴酒灭口，贝尔摩德出场）
188 性命交关的复活-洞窟内的侦探团
189 危命的复活_负伤的名侦探
190 危命的复活_第三种选择（工藤新一第二次恢复）
191 危命的复活_黑衣骑士
192 危命的复活_新一回来了
193 危命的复活_约定的场所
226 格斗游戏的陷阱（上集）（朱蒂出场）
227 格斗游戏的陷阱（下集）
230 谜一样的乘客（上集）（赤井秀一出场，形势复杂）
231 谜一样的乘客（下集）
242 元太的灾难（提到gin是左撇子)
258 来自芝加哥的男子（上集）（詹姆斯·布莱克出场）
259 来自芝加哥的男子（下集）
269 犯罪的遗物（上集）（毛利小五郎的卷宗被盗，目标直指柯南）
270 犯罪的遗物（下集）
271 急忙掩饰的忽略（上集）
272 急忙掩饰的忽略（下集）（灰原被怀疑，形势危急）
277 英语教师vs西部名侦探（上集）（柯南叫博士调查克里斯·宾亚德）
278 英语教师vs西部名侦探（下集）
279 迷宫的阴暗（上集）
280 迷宫的阴暗（下集）
286 工藤新一纽约事件（事件篇）（知道克里斯就是美国已故大明星莎隆.宾亚德的女儿。287 工藤新一纽约事件（推理篇）
288 工藤新一纽约事件（解决篇）（贝尔摩德扮成**魔登场，赤井秀一对其进行追踪。兰知道赤井秀一是fbi。307 无声的证据（前篇）（再次抓住黑暗组织的尾巴）
308 无声的证据（后篇）（下一集的引子）
309 与黑暗组织的接触（交涉篇）
310 与黑暗组织的接触（追踪篇）
311 与黑暗组织的接触（决死篇）（柯南得知组织在雇佣电脑工程师编写一个神秘的系统软件）
329金钱买不到的友情（上集）（本集中提到了灰原的父亲：宫野厚司。是阿笠博士的旧识。330金钱买不到的友情（下集）
335 东京现影所的秘密（前篇）（灰原被跟踪，山雨欲来）
336 东京现影所的秘密（后篇）
338 四辆保时捷（前篇）
339 四辆保时捷（后篇）（茱蒂、赤井发现灰原与黑衣组织有联系、贝尔摩德知道灰原的身份）
340 厕所里隐藏的秘密（前篇）
341 厕所里隐藏的秘密（后篇）（灰原在厕所中找到了妈妈的录音留言）
343 便利店的陷阱（前篇）
344 便利店的陷阱（后篇）（小兰发现茱蒂老师公寓墙后的照片，引起对朱蒂身份的怀疑）
345 直面黑色组织的对决!满月之夜的二元神秘事件（茱蒂、赤井、詹姆斯身份曝光）
346 寻找p股上的印记（前篇）（为上一集善后）
347 寻找p股上的印记（后篇）
361 帝丹高中的学校怪谈（前篇）（真正的新出医生回归）
362 帝丹高中的学校怪谈（后篇）
374 星星和香烟的暗号（前篇）
375 星星和香烟的暗号（后篇）（柯南听到山村警官给他奶奶打电话的按键音和贝尔摩的给boss发简讯时的按键音相似，推测boss在鸟取县）
385 斯特拉迪瓦里小提琴的不和谐音(前奏曲)
386 斯特拉迪瓦里小提琴的不和谐音(间奏曲)
387 斯特拉迪瓦里小提琴的不和谐音(尾奏曲)(boss的手机号被发现，斗争新动向）
425 被组织的魔掌触碰的瞬间（水无怜奈、基安蒂、科恩出场，烽烟再起）
429 无法回到从前的两人(前篇)（本堂瑛佑出场）
430 无法回到从前的两人(后篇)
462 黑暗组织的影子 年幼的目击者（本堂瑛佑行事诡异，引起柯南注意）
463 黑暗组织的影子 奇妙的照明
464 黑暗组织的影子 谜样的高额报酬
465 黑暗组织的影子 珍珠的流星
484 黑色照片的去向（前篇）
485 黑色照片的去向（后篇）
491 红与黑的碰撞 开始（最精彩的一个系列，不可不看）
492 红与黑的碰撞 血缘
493 红与黑的碰撞 绝叫
494 红与黑的碰撞 冥土
495 红与黑的碰撞 昏睡
496 红与黑的碰撞 侵入
497 红与黑的碰撞 觉醒
498 红与黑的碰撞 搅乱
499 红与黑的碰撞 伪装
500 红与黑的碰撞 遗言
501 红与黑的碰撞 嫌疑
502 红与黑的碰撞 洁白
503 红与黑的碰撞 决死
504 红与黑的碰撞 殉职（第二次对决，赤井秀一疑似牺牲，水无怜奈cia身份遭到组织怀疑）
507 卡拉ok包房的死角（前篇)
508 卡拉ok包房的死角（后篇）（本堂瑛佑知道柯南是工藤新一，柯南在得知fbi有人死了之后想：没问题。这也成为赤井秀一没有死的疑似证据之一）
509 红白黄色与侦探团（水无怜奈给朱蒂传递信息，组织派出一名代号为波本的成员专门调查雪莉。冲矢昴出场，灰原哀察觉出异样）
510 柯南vs w暗号之谜
511 推理对决！新一vs冲矢昴
521 **犯 工藤新一
522 新一的真正身份和兰的眼泪（工藤新一第三次恢复）
523 真正想问的事
524 令人憎恨的蓝色火花（前篇）（最前面一部分，交代上一集的结果）
542 让鱼儿消失的一角岩(前篇)
543 让鱼儿消失的一角岩(后篇)（冲矢昴的言语直逼灰原）
563 侦探团vs强盗团(**)
564 侦探团vs强盗团(沉默)（疑似赤井秀一的人登场)柯南主线人物
578 召唤危机的红色预兆
579 黑与13的暗示（疑似秀一的男子和冲矢昴同时出现，局势再次混乱，赤井秀一身份再次遭人怀疑）
580 紧迫黑色的时限（水无怜奈被gin怀疑没有杀掉赤井秀一，准备杀掉水无，并对赤井秀一进行**。但事实上是波本假扮的赤井秀一，从贝尔摩得口中得知boss的命令后，波本与gin两人发生分歧）
581 红色的摇摆目标（水无怜奈被琴酒怀疑没有杀掉赤井秀一，琴酒准备让基安蒂对疑似赤井秀一的人进行**但并未成功)
710-711 迫近灰原秘密的身影
712-715 漆黑的特快列车(为抓sherry，黑衣组织在列车上设陷阱 知道波本真正身份：安室透)
716 密室里的柯南
717 解开谜题的波本
平次
48 外交官**事件（前篇）
49 外交官**事件（后篇）
50 图书馆**事件*（柯南回忆）
57 福尔摩斯迷**事件（前篇）
58 福尔摩斯迷**事件（后篇）（发现江户川柯南**）
77 名门连续惨死事件（前篇）
78 名门连续惨死事件（后篇）
117 推理小说家失踪事件（后篇）*（给出版社打电话以及邀请柯南去大阪）
118 浪花连续**事件★
141 结婚前夜密室事件（前篇）
142 结婚前夜密室事件（后篇）
166 鸟取县蜘蛛公馆的怪事（事件篇）
167 鸟取县蜘蛛公馆的怪事（疑惑篇）
168 鸟取县蜘蛛公馆的怪事（解决篇）
174 20年的杀意 新佛尼号连续**事件★
189 危命的复活 负伤的名侦探*（探望柯南并为下文剧情做铺垫）
190 危命的复活 第三种选择
191 危命的复活 黑衣骑士
192 危命的复活 新一回来了*（回忆中出现）
221 满口谎言的委托人（后篇）*（引出下一事件）
222 人鱼失踪记（事件篇）
223 人鱼失踪记（推理篇）
224 人鱼失踪记（解决篇）
238 大阪3k事件（前篇）
239 大阪3k事件（后篇）
240 新干线护送事件（前篇）*（开头，为上一集收尾）
263 大阪双谜 浪花剑士与太阁之城★
277 英语教师vs关西名侦探（前篇）
278 英语教师vs关西名侦探（后篇）
291 孤岛的公主与龙宫城（事件篇）
292 孤岛的公主与龙宫城（追求篇）
293 孤岛的公主与龙宫城（解决篇）
323 服部平次一筹莫展！（前篇）
324 服部平次一筹莫展！（后篇）
325 火焰中的红马（事件篇）
326 火焰中的红马（搜查篇）
327 火焰中的红马（解决篇）
345 与黑衣组织直面对决 满月之夜的双重谜案★
371 沉默的航线（前篇）*（一个镜头）
381 谁的推理秀（前篇）
382 谁的推理秀（后篇）
383 甲子园的奇迹！绝不能输给看不见的恶魔★
406 柯南平次的推理魔术（操纵篇）
407 柯南平次的推理魔术（公馆篇）
408 柯南平次的推理魔术（解决篇）
479 和服部平次共度的3天★
484 黑色照片的去向（前篇）*（告诉柯南自己对本堂瑛佑的调查结果）
490 服部平次vs工藤新一 滑雪场的推理对决
491 红与黑的碰撞 开端*
509 红白黄色与侦探团*（柯南回忆《火焰中的红马》情节）
515 怪盗基德的瞬间移动魔术★*（接电话的举动是为了引出下一事件）
516 风林火山 迷宫的铠甲武士★
517 风林火山 阴和电闪的终结
521 **犯 工藤新一★
522 新一的**与兰的眼泪★
523 真正想问的事
524 憎恨的蓝色火花（前篇）*（给柯南打电话。平次登场部分实际对应漫画vol.63 file.3《旋转的凶器》，制作为动画时移动到此集中）
554 鹳的探索之旅（小兰搜索篇）◆
555 鹳的探索之旅（阳菜追踪篇）◆
571 妖怪仓库中的夺宝战斗（前篇）（少年侦探团回忆《鹳的探索之旅》时，平次有露脸）
572 妖怪仓库中的夺宝战斗（后篇）（最后登场，揭示此事件与服部的关联，并为下一集做引子）
573 难为情的护身符的去向（前篇）
574 难为情的护身符的去向（后篇）
610 被害者是工藤伸壹
611 犬伏城 炎之魔犬（鬼火之章）
612 犬伏城 炎之魔犬（足迹之章）
613 犬伏城 炎之魔犬（公主之章）
651 柯南vs平次 东西侦探推理对决★
652 毒与幻的设计（eye）
653 毒与幻的设计（s）
654 毒与幻的设计（po**on）
655 毒与幻的设计（**）
710 每个人都看见了（前篇）
711 每个人都看见了（后篇）
712 服部平次与吸血鬼公馆（一）
713 服部平次与吸血鬼公馆（二）
714 服部平次与吸血鬼公馆（三）
715 服部平次与吸血鬼公馆（四）
基德
76 柯南vs怪盗基德★
132 魔术爱好者**事件（事件篇）
133 魔术爱好者**事件（疑惑篇）
134 魔术爱好者**事件（解决篇）☆
219 被召集的名侦探！工藤新一vs怪盗基德★（幼年快斗也有出现）
356 怪盗基德的惊异空中步行★
394 奇异屋宇大冒险（封印篇）
395 奇异屋宇大冒险（机关篇）
396 奇异屋宇大冒险（解决篇）☆
469 怪盗基德与四幅名画（前篇）
470 怪盗基德与四幅名画（后篇）☆
472 工藤新一少年冒险（前篇）（第一代怪盗基德）
473 工藤新一少年冒险（后篇）（主要为第一代怪盗基德，幼年快斗也有出现）
479 和服部平次在一起的三天★*（白马探回忆）
515 怪盗基德的瞬间移动魔术★
537 怪盗基德vs最强金库（前篇）
538 怪盗基德vs最强金库（后篇）☆
571 妖怪仓库中的夺宝战斗（前篇）*（柯南提及、远影）
585 跨越时空的樱花之恋
586 黑暗中消失的麒麟之角
587 基德vs四神侦探团☆
627 柯南基德的龙马宝物攻防战（前篇）☆
628 柯南基德的龙马宝物攻防战（后篇）☆
701 漆黑的特快列车（发车）
702 漆黑的特快列车（隧道）
703 漆黑的特快列车（交叉）
704 漆黑的特快列车（终点）☆
724 怪盗基德与赤面人鱼（前篇）
725 怪盗基德与赤面人鱼（后篇）☆
746 怪盗基德vs京极真（前篇）☆
747 怪盗基德vs京极真（后篇）☆
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