01.骑乘决斗，加速！（第1话 ライディング·デュエル！アクセラレーション！02.强力昆虫牌组！蚁地狱的陷阱（第2话 パワーインセクトデッキ！蚁地狱の罠）
03.突破！硝基战士vs**守护者（第3话 脱出！ニトロ·ウォリアーvsゴヨウ·ガーディアン！04.命运的对决—成为敌人的星尘龙（第4话 运命の対决！立ちはだかるスターダスト·ドラゴン）
05.激斗的王牌双龙—星尘vs真红魔（第5话 激突するエースドラゴン！スターダストvsレッド・デーモンズ）
06.看吧！俺的秘宝牌组！（第6话 见てくれ！ワシの秘宝デッキ！07.灌注于牌中的感情—水晶骷髅vs大牛鬼（第7话 カードにこめた想い！水晶ドクロvs大牛鬼）
08.得不到满足的灵魂：龙纹者与传说之龙（第8话 満たされぬ魂 シグナーと传说の竜）
09.**在牌上的信念：有预谋的闪电生死战（第9话 カードにかける思い 仕组まれたライトニング・デスマッチ）
10.牌组零—打破连锁陷阱循环（第10话 デッキ0 チェーントラップのループを破れ）
11.特殊追踪牌组再现！夺回与同伴的羁绊（第11话 特殊追迹デッキ再び 取り戻せ仲间との绊）
12.死斗追缉—编织羁绊的涡轮战士（第12话 死闘追迹（デッドチェイス）！绊を纺げターボウォリアー）
13.拨号！鸣叫的变形斗士牌组（第13话 ダイヤル·オン！うなれディーフォーマーデッキ）
14.现身的传闻中招来破坏的“黑蔷薇之魔女”（第14话 现れるフォークロア破壊をもたらす「黒蔷薇の魔女」）
15.幸运杯决斗开幕—大空袭！巨人轰炸机-空袭之霸（第15话 デュエル・オブ・フォーチューンカップ开幕 大空袭！ジャイアントボマー・エアレイド）
16.“魔女”再现，破坏之龙—黑蔷薇龙（第16话 魔女再来、破壊の竜 ｢ブラック・ローズ・ドラゴン｣）
17.火焰复仇者 高速王者☆骷髅火焰师（第17话 炎のリベンジャー スピードキング☆スカル・フレイム）
18.古代的森林—来自精灵界的邀请（第18话 古の森 精霊世界への诱い）
19.被污染的精灵世界 邪恶的意志 超魔神本我(第19话 汚染される精霊世界 悪なる意思 超魔神イド)
20.决不相让的信念 我的使命与故乡同在（第20话 譲れない想い 我が使命は故郷と共に）
21.报仇的波马 悲哀的陷阱—战车碰撞（第21话 复讐のボマー 悲しみのトラップ チャリオット・パイル)
22.被揭发的过去 决斗侧写师vs黑蔷薇魔女（第22话 暴かれる过去 デュエルプロファイラ-vs黒蔷薇の魔女）
23.决战 隐藏于面具背后的内心（第23话 决胜戦、仮面の奥に隠された心）
决定决斗王杰克·阿特拉斯的对战者的最后一战，游星vs十六夜秋。游星在之前的比赛中，察觉到秋的决斗并非只有抗拒和怒火还隐藏着别的感情。为了确认其本意，游星趋战。另一方面，从秋**得到是，打倒拥着可憎的印记龙纹的游星，让世人知道保护自己的理想乡团的理想，为此而战这样的回答。24.牺牲者圣域 化为包围破坏之星吧，星尘龙！（第24话 ヴィクテム・サンクチュアリ 破壊を包む星となれ！スターダスト・ドラゴン）
游星vs秋 后篇＞游星知道了秋所隐藏着的另一个感情就是「享受破坏的**」。为了抵御秋的破坏行为而召唤废品战士展开反击，但反而被十六夜利用怪兽效果复制了废品战士，召唤出黑蔷薇龙。为了对抗黑蔷薇龙游星终于召唤出星尘龙。黑蔷薇龙两次使用“破坏场上所有卡片”的效果都被游星以星尘龙的效果反击，经过苦战，游星获胜。25.幸运杯最后一战！孤高的王 杰克·阿特拉斯（第25话 フォーチュンカップ ファイナル！孤高のキング ジャック・アトラス）
竞技场遭到毁灭性的损坏，游星为了提出中止大会的要求而去了戈德温那里。在那里等着游星的是杰克。26.我等龙纹者的命运 红龙引导的未来（第26话 シグナーたちの运命！赤き竜が导く未来！游星vs杰克。杰克召唤真红魔龙，破坏游星的废品战士！在决斗中，杰克和游星看到了幻象，卫星区被光束毁灭，古老的祭坛和另一个时空中的印记者，还有邪恶的蜘蛛印记。27.无光的世界 黑暗同步 冻结的菲茨杰拉德！（第27话 光なき世界 ダークシンクロ 氷结のフィッツジェラルド！游星打败杰克成为了新王。为了避开庞大的采访阵容，与矢剃他们一起从地下通道逃出竞技场。对新王的采访失败的新闻记者卡莉，尝试采访戈德温被巧妙地**什么情报都得不到，改前往杰克所在的**院。杂贺的藏身处里躲藏着的游星面前持有谜之痣的男子出现。另一方面，在卫星区…
28.吞噬一切的黑暗 不灭的黑暗持印者（第28话 すべてを呑み込む暗 不灭のダークシグナー）
游星与突然现身的持有蜘蛛印记的男子进行决斗。持蜘蛛之痣的男子召唤暗黑调整，进行暗黑同调，召唤冰结之菲茨杰拉德，向游星袭来。不能发动魔法·陷阱卡的游星单方面受到攻击，被赶入绝境。碰巧目睹到这场决斗的新闻记者卡莉正为能弄到独家新闻的机会到来而感到高兴。29.逼近的威胁 黑暗持印者牛尾（第29话 迫りくる胁威 ダークシグナー牛尾）
游星前往戈德温处。另一方面卡莉前去「ロード・オブ・ザ・キング(王者之路)」的发布试映会的会场。听说了杰克是卫星区出身这样的事，为了查明事实，前往杰克所在的**院。30.我名克罗！飞吧，黑鸟！（第30话 わが名はクロウ！飞べブラック・バード）
克罗从治安**保管库盗走卡片后逃跑。展开追缉的治安**发动强制骑乘决斗。面对治安**的坚固防御克罗召唤出ブラックフェザー(黑羽)系列的怪兽应战。31.故乡与同伴 再会的双打骑乘（第31话 故郷と仲间 再会のタッグライディング）
与克罗重逢后的游星来到了拉里他们那里。但是，治安**追捕克罗而来到那里。因此游星他…。32.自由的象征 泰达路斯桥（第32话 自由の象徴 ダイダロスブリッジ）
游星和克罗还有拉里他们在克罗的秘密基地“泰达路斯桥”会合。克罗对孩子们讲起了泰达路斯桥传说中的男子的故事。另一方面，城市那边发生纳斯卡巨画消失这种不可解的**。游星为了见暗黑持印者而前往卫星区的中心地带b．a．d区。33.复仇的劫火！昔日的好友 鬼柳京介（第33话 复讐の刧火！かっての友 鬼柳京介）
游星与暗黑持印者对峙。那名暗黑持印者的是昔日的同伴「鬼柳京介」。而且卫星区忽然出现了炎之巨画。以那巨画为骑乘决斗的舞台，游星和鬼柳开始决斗。34.黑暗同步！出来吧，百目龙（第34话 ダークシンクロ！いでよワンハンドレット・アイ・ドラゴン）
游星vs鬼柳。一场**上龙纹者和暗黑持印者性命的战斗。昔日的游星、杰克、克罗、鬼柳曾是以统一卫星区作为目标的队伍的同伴。但是，现在鬼柳变成暗黑持印者突然出现在游星面前。并且，鬼柳召唤王牌怪兽的「百目龙」，爆发其组合把游星逼向绝境。35.战栗！地缚神 可卡派克·阿普（第35话 戦栗！地缚神コカパク・アプ）
游星vs鬼柳。游星为了攻破鬼柳的「百目龙」，召唤星尘龙并爆发必杀组合。但是，露出绰绰有余的笑容的鬼柳举起某张卡。那卡竟是地缚神 ccapac apu。36.勇气和力量的对接！同步召唤，电动工具龙！（第36话 勇気と力をドッキング！シンクロ召唤！パワー・ツール・ドラゴン）
受了伤的游星被送到玛莎（マーサ）所在的收容设施。另一方面龙亚主张龙纹者们应该团结起来与暗黑持印者战斗，并前往十六夜所在的理想乡运动那里向身为十六夜监护人的迪韦恩说明情况。但是…
37.潜入！理想乡运动 这是我的回合了！（第37话 潜入！アルカディアムーブメント 私のターンなんだから！杰克已返回戈德温处，而卡莉仍同跟杰克未断绝关系般拼命地收集有关杰克的情报。并且在调查十六夜所在的理想乡运动时，意外发现了有关美人模特米丝蒂的资料。来到米丝蒂处的卡莉知道了冲击性的事实。38.苏生之魂 燃烧的新巨画（第38话 苏りし魂 燃えさかる新たなジオグリフ）
来到理想乡运动的卡莉知道了秘密，和迪韦恩决斗中卡莉从大楼上掉了下来。就在那时，发生强烈**，蜂鸟的巨画以理想乡运动的大楼为中心出现。39.降临！两个地缚神（第39话 降临！2体の地缚神）
变身暗黑持印者的米丝蒂以**上性命的决斗向十六夜挑战。十六夜召唤黑蔷薇龙，米丝蒂召唤「地缚神 科卡莱亚」。就在冲突之中，米丝蒂向十六夜道出了驱使复仇心的真正理由。40.无法返回的过去 紧锁的心扉（第40话 戻れない过去 闭ざされた心の扉）
十六夜秋被送进了**院。担心昏迷不醒的十六夜的双亲去了**院，但十六夜的意识毫无恢复迹象。在杰克的建议下十六夜的父亲从卫星区带来了游星。就在游星接近十六夜的瞬间龙之痣发出光芒，十六夜终于恢复意识却…
41.由悲而生的憎恨！接住吧，星尘龙（第41话 悲しみ故の憎悪！受け止めろ スターダスト・ドラゴン）
十六夜发动了装备魔法「憎悪のトゲ（憎恶之棘）」，削减星尘的攻击力和游星的lp。游星强忍痛楚，不断地告诉十六夜「有你能回去的地方」。但是，十六夜的力量越发增加…
42.集结！红龙的众战士（第42话 集结！赤き竜の戦士たち）
戈德温让游星他们聚集到自己住宅，并告诉身为持印者的他们「作为持印者的宿命联系着、引导着每个人的命运」。43.各自的决心！信任的东西（第43话 それぞれの决意！心から信じられるもの）
游星为昔日的同伴鬼柳成为黑暗持印者一事而苦恼。同一时间，克罗打算去打倒黑暗持印者。44.掀起神风吧！黑羽－武器翼（第44话 神风を巻き起こせ！ブラックフェザー・アームズ・ウィング）
跟耶戈的决斗中被逼向绝境的克罗用速攻魔法「上膛」重抽2张卡后，露出无所畏惧的笑容埋伏下1张卡。同时，黑暗也向卫星区进攻，不动游星等人也乘坐这飞机向卫星区出发，为打倒黑暗而努力。第45话 対决！蜘蛛の痣をもつ男(对决！持有蜘蛛之痣的男子)
游星、杰克、秋、龙亚、龙可、深影乘牛尾驾驶的直升机去卫星区。到达玛莎那里对重逢感到高兴，但听说克罗与拉里他们四人失踪的事后持印者们紧张了起来。另一方面，牛尾很在意深影的事，万般无奈下前往深影那里。那时的游星他们面前可疑的黑影随着落雷一起出现了。第46话 17年前の真実 隠されたダークシグナーの罠(17年前的真相 被掩盖的暗黑持印者陷阱)、游星对决暗黑持印者的首领「鲁德格」。玛莎家的孩子们进入了游星和鲁德格交战的巨画中，尽管游星打算救出孩子们，地缚神终于还是被鲁德格召唤了。眼看孩子们的灵魂就要被地缚神吸收之际，杰克出现总算救出孩子们，没想到…
第47话 猿の地上絵の痣をもつ男(持有猴子巨画之痣的男子)
游星他们前往决战之地。众暗黑持印者在控制旧永转机的4个控制装置处各自等候着。第48话 マイナスワールド 白き狮子レグルスを探せ(负界 找到白色狮子雷古勒斯吧)
龙可在精灵的世界寻找名为雷古勒斯的仆人。另一方面，龙亚代替龙可与暗黑持印者迪马克决斗。第49话 マイナスをつかさどる王 猿魔王ゼーマン(司负之王 猿魔王塞曼)
龙可终于能见到雷古勒斯。但是，雷古勒斯的脚受到「カースド・ニードル(诅咒之针)」影响，把龙可的话当成相反的意思而袭击过来。另一方面，与迪马克作战的龙亚召唤出王牌怪兽电动工具龙，使用电动工具龙的效果，总算防住迪马克的攻击。第50话 マイナスの呪い！捕らわれたエンシェント・フェアリー・ドラゴン(负之诅咒！被囚禁的古代妖精龙)
龙可在精灵世界与雷古勒斯一同前往猿魔王塞曼所在地。龙可他们绞尽脑汁，想方设法要从猿魔王塞曼那里解放古代妖精龙。另一方面，同时刻的现实世界，龙亚熬过迪马克召唤的猿魔王塞曼的攻击并打倒迪马克之际，迪马克终于召唤了地缚神クシル(地缚神 库西鲁)，特伦加用尽自己的力量把龙可带回了现实世界，并且继续了龙亚的决斗，可是迪马克召唤出了古妖龙，龙可不忍心对古妖龙攻击，最后用反向同调的效果把古妖龙拉到了自己的场上。第51话 転生せよ！限界突破のデュエル(转生吧！突破界限的决斗)
在龙可和龙亚的努力下地缚神和迪马克终于被消灭了，雷古勒斯也变成了卡片进入了龙可的卡组，猿猴塔沉入了地底，与此同时，鲁德格用蜘蛛丝勒死了波马，在波马死之前，鲁德格让波马带着多年的仇恨**，波马死后，又以暗志人的身份复活了。然而，在一个被废弃的箱子里面...