跟组织有关的主线剧情有很多，但真正和组织对决的只有如下几集：
第176集 与黑暗组织的再会 灰原篇
柯南和哀在放学的途中看到和琴酒的车一模一样的车.!柯南在车上放**,车子的主
人果然是琴酒,**被琴酒发现毁掉了,仅仅留下在杯户城市酒店会有什么事发生的线
索,于是柯南和哀去杯户城市酒店.
第177集 与黑暗组织的再会 柯南篇
杯户城市酒店内举办的酒卷昭的怀念会发生****,柯南找到犯人的线索,但混杂在人
人群中的哀却被什么人带走.
第179集 与黑暗组织的再会 解决篇
哀恢复原本雪莉的身份,琴酒和伏特加来到关她的放间,她从壁炉的烟囱里想办法逃出来
柯南分析出皮斯克的真面目,为救出哀于是跑向关她放间,那时皮斯克出现.
309 与黑暗组织接触（交涉篇）黒の组织との接触（交渉编）vol37f8-vol38f1 2003/02/10
柯南得到与黑色组织有关的软件工程师板仓的日记磁片，去阿笠博士家用电脑打开日记。日记中详细记录了黑色组织与板仓的接触经过。板仓屈服于组织的威胁，同意卖出开发中的系统软件。了解交货期限将至的柯南决定代替板仓参加交易。310 与黑暗组织接触（追击篇）黒の组织との接触（追迹编）vol37f8-vol38f1 2003/02/17
扮做被杀的板仓与黑色组织交易软件的柯南打开mail，接到vodka怀疑的电话。使用**的柯南和其约好4小时后在东京进行交易。想在对手知道板仓死亡的消息前接触。但是，在急速赶往东京的途中，车子爆胎。311 与黑暗组织接触（决死篇）黒の组织との接触（决死编）vol37f8-vol38f1 2003/02/24
柯南为与黑色组织交涉而搭便车急忙赶往东京，而那辆车是逃走的宝石强盗犯的车。接近目的地，柯南用****与新兵器射出球的皮带把宝石强盗犯关在车中。之后的事情拜托阿笠博士，柯南一人前去交易。345 与黑衣组织直面对决 满月之夜的双重迷案 黒の组织と真っ向胜负 満月の夜の二元ミステリー vol42f5-f10 2004/01/05
兰收到暗示有**预告的万圣节晚会邀请函的小五郎和园子两个人去了晚会会场。另一方面、新一同样收到了一份一样的邀请函。而且新一和柯南是同一个人也渐渐暴露了。柯南用****让拼命阻止他的哀睡着了。在幽灵船会场上扮成亡灵船长的举办人是某游戏开始了。但是发生了举办者被杀**。与此同时、朱笛出现在被一个人留在家里的哀的面前
425 黑色的冲击！黑色组织魔爪伸来的瞬间
日文名字：ブラックインパクト！组织の手が届く瞬间
对应漫画：vol48f9-vol49f4
收视率：13.1%
播映时间：2006年1月9日
小五郎在与播音员水无怜奈的对话中得知她被恶作剧的门铃所困扰一事，便与柯南及兰一同前往怜奈的家。小五郎等人虽然抓到了犯人,但此时，柯南却从安装的**中觉察到怜奈实际是黑色组织同党一事。随后，黑色组织制定了于下午1点在edayp**一个代号为dj的人的计划。密切关注着怜奈的fbi探员朱蒂决定联手柯南，为了阻止**计划，就要知道adp和dj的意思是什么，随即展开了推理…。491 红与黑的碰撞 开始
日文名字：赤と
对应漫画：vol56f10-f11
收视率：9.6%
播映时间：2008年1月14日
柯南将取得了本堂瑛佑小时候和父亲的照片一事，及本堂的父亲等人的会话内容在电话里告知了平次。2人觉得本堂的父亲与黑色组织之间似乎有某些关联。电话后，柯南与小兰、园子一起前往西米花**院看望初中时的同学。探望后出来，园子在**院的走廊看见了本堂。本堂手持水无怜奈的照片向护士打听着什么…。492 红与黑的碰撞 血缘
日文名字：赤と
对应漫画：vol56f11-vol57f1
收视率：9%
播映时间：2008年1月21日
柯南等人在看到了本堂姐姐的照片，庵野也只能确认自己只见过怜奈年轻的时候。庵野用旧影像资料进行了确认。那个录像是报导工厂发生**事故的现场节目。由于要输血，护士在寻找ab型的人，当听到需ab型的话时，怜奈作出了要去献血的举动。因此，本堂作出了怜奈不是自己姐姐的结论。此时，柯南打算让本堂告诉大家，他和自己姐姐之间有关血型的事情…。493 红与黑的碰撞 疾呼
日文名字：赤と
对应漫画：vol57f2-f3
收视率：9.5%
播映时间：2008年1月28日
小五郎接到作为父亲的奥平角藏希望复查于1年前身亡的儿子锻吾的**的委托。角藏认为家中某人就是犯人。当天，角藏和妻子咏子，女佣人菊代，管家濑川从晚上7点到12点在起居室观看录像带。其间，锻吾在自家泳池溺毙。根据推断，死亡时间为晚9点至10点之间。闻听此言，小五郎便做出不可能是家人犯案的结论，然而…。494 红与黑的碰撞 冥土
日文名字：
对应漫画：vol57f3-f4
收视率：9.4%
播映时间：2008年2月4日
上吊致死的角藏的脚边，放着一本名为《来自黄泉的**》的书。封面上的“黄泉”两个字沾有大量血迹，而且还有用血写成的像是平假名“こ”的字。目暮警官等人认为这是死者留下的死亡讯息，于是推断凶手便是死者家中的某一人。就在警官一一确认众人的不在场证明时，柯南留意到了桌上角藏的便条本…。495 红与黑的碰撞 昏睡
日文名字：
对应漫画：vol57f9-f10
收视率：9.2%
播映时间：2008年2月11日
柯南向灰原讲述了本堂瑛佑的姐姐和水无怜奈并不是同一个人。柯南回家后兰告诉他，自从放寒假就联系不到本堂了，并且说在寒假之前好像听到本堂说过在杯子户中央**院发现了什么线索，柯南以为是水无怜奈所在的**院被本堂找到了。但其实本堂所讲的线索是指他音信皆无的父亲，他好像是找到了他父亲公司的同事…。496 红与黑的碰撞 入侵
日文名字：
对应漫画：vol57f10-vol58f1
收视率：8.2%
播映时间：2008年2月18日
杯户中央**院的护士雅江告诉柯南，本堂瑛佑在别家**院里动过手术一事。据说本堂曾患白血病，在搬来大阪前动了手术。随后，fbi成员james前来报告，潜伏在**院的黑衣组织成员就在右脚骨折的新木张太郎、颈椎扭伤的楠田陆道和急性腰痛的西矢忠吾这3人之中。james等人寻思着如何找出那人…。497 红与黑的碰撞 觉醒
日文名字：
对应漫画：vol58f1-f2
收视率：9.8%
播映时间：2008年2月25日
深夜，打算寻找组织同伙的楠田潜入了护士值班室。朱蒂等人虽打算进行抓捕，但是楠田趁乱逃走。随后，楠田驾车逃跑途中，发觉被赤井跟踪，遂**。朱蒂对组织调查怜奈病房的事情，没有成功稍感安心，但gin，vodka等人已经察觉kir（怜奈）就在杯户中央**院一事。gin为了营救出kir，而在制订着下一步计划…。498 红与黑的碰撞 搅乱
日文名字：
对应漫画：vol58f3-f4
收视率：10%
播映时间：2008年3月3日
**院附近相继发生突发集体食物中毒，奇怪气味引发的人员骚动，火灾等3件大事。之后，在**院的问讯处接到了给james的包裹。邮件委托人是已经**的组织同伙楠田，包裹内是一盆称作楼斗草的花。此后，卷入之前3起**的伤者、病人蜂拥而至，接待大厅fbi无法进行例行搜查，不久便陷入混乱。其间，赤井发现花盆中被放置了**…。499 红与黑的碰撞 伪装
日文名字：
对应漫画：vol58f4-f6
收视率：8.5%
播映时间：2008年3月10日
在装有杯户中央**院的患者们的慰问品中，发现大约有60枚**也混了进来。搜查官们在收缴**的时候发现电视上居然出现了穿着住院服的水无怜奈。搜查官们奔向怜奈的病房，但看到的却是躺在床上的怜奈。原来电视上的影像是利用以前的资料进行剪辑处理合成的。组织根据**的中放入的发信器，锁定了怜奈的病房。察觉到这点的james决定采取最后的手段…。500 红与黑的碰撞 遗言
日文名字：
对应漫画：vol58f6-f7
收视率：9.5%
播映时间：2008年3月17日
fbi制定了使用3辆车子进行掩护，转移kir（怜奈）的计划。gin准确判断出kir（怜奈）乘坐的是3号车。组织决定跟踪3号车。驾驶车辆的camel打算甩掉跟踪，却突然遭到装**的盒子的袭击，3号车随之撞上护栏停了下来。随后，怜奈从副驾驶位置上跳了下来。之后，基安蒂打算解决掉camel的时候，突然3号车发生了**…！501 红与黑的碰撞 嫌疑
日文名字：
对应漫画：vol58f8-f9
收视率：8.1%
播映时间：2008年4月14日
柯南与元太、步美、光彦、阿笠博士，灰原等人一同前往新米花旅馆吃自助餐。途中，柯南向灰原讲述了之前的事情。到达后，看到高木**的巡逻车也开了过来。据说是旅馆发生了****。被害人是租住在旅馆39楼的以培养外国演员为主的经济公司的社长。秘书说看到社长的上半身被手**数次击中的话，被柯南听到了…。502 红与黑的碰撞 洁白
日文名字：
对应漫画：vol58f9-f10
收视率：9.6%
播映时间：2008年4月28日
嫌疑犯是托比·凯恩斯，哈鲁·巴库那，fbi的camel探员三人中的一人。随后，千叶**在屋顶的用具里雨衣、手套、手**后，秘书伊莉娜也成了嫌疑犯中的一人。调查遗体后，柯南决定从似乎握着什么的右手着眼调查。随后发现桌子上的备忘录用纸和钢笔杆。而此时，gin为了消除疑虑，向kir传达了让赤井秀一从这个世界上消失的命令。503 红与黑的碰撞 决死
日文名字：
对应漫画：vol58f10-f11
收视率：9.1%
播映时间：2008年5月12日
503话：红与黑的碰撞 决死
须内被杀案的搜查停滞不前、没有进展。等待破案期间，嫌疑人哈鲁和伊莉娜回到了各自的工作岗位，托比对这两人如此看重工作而倍感惊讶。随后，柯南留意到犯人拿走了记事本，于是告知目暮警官有关辨别犯人的方法。他说只要准备与嫌疑人人数相同的椅子，然后嘴里说出某种咒语，便可以知道犯人是谁。于是，目暮警官把4人召集到房内，让他们站在椅子前，并开始念起柯南教他的咒语…。504 红与黑的碰撞 殉职
日文名字：
对应漫画：vol59f1
收视率：8.1%
播映时间：2008年5月19日
赤井和kir在来叶山路碰面了。此后，kir用手**射穿了赤井的肺部。通过摄像机查看情况的gin，向kir下达了继续行刺的命令。手捂腹部的kir用手**向赤井的额头开了一**。之后，由于巡逻车的出现，kir将赤井的遗体横放在了车上，并安置了定时**后，乘车离去。随后，巡逻车在开到赤井的车附近的瞬间，****了…。剧场版有13 漆黑的追踪者
剧情介绍
电影开头是很可怕的，晚上柯南在侦探事务所2楼里取东西的时候，门外有动静，柯南去查看，结果回来的时候gin和vodka却突然出现在屋子里，gin堵住了柯南的嘴巴，说：“觉悟吧，工藤新一，不…现在应该是江户川柯南吧”，之后掐住柯南的嘴把他举了起来，小兰下楼来寻找柯南，这时候gin使了个眼色对vodka，说：“看看和你扯上关系的人都是怎么玩完的吧”，门口的玻璃出现了小兰的身影，柯南被堵住嘴巴说不出话，vodka举起了**，门开了，但是没有**声，原来只是个梦，到最后随着柯南一句“小兰”这样的大喊。少年侦探团一行在米花之森里捕捉甲虫，柯南在这里获得了博士新开发的背带，竟然可以吊起元太，（这东西在剧末有大用处）其中发现有一只雌性甲虫背上帖了带有便利店open的交叉纸条封印，这是之后的关键情报之一，之后对“标签甲虫”的悬疑再次以博士的冷笑话把这个猜测谜题结束，而那个冷笑话是关于**传说牛郎和织女的哦。案件是一个以麻将牌为提示的连续****。其次是警视厅的间谍，具体的发现是因为那个群马县的山村警官（本剧场版里已经晋升为警部）在开会后唱起了《七子之歌》，被柯南听到后追踪，结果发现了某个**进了那辆黑色的保时捷，佐藤警官向周围人提起了毛利侦探办案时候柯南给的许多提示和不可思议的故事，被某间谍听到。（这个间谍大家绝对想不到多厉害，稍后揭示）
会议中的时候，毛利的冒失推理让暮目警官赞叹要是工藤新一在就好了，横沟警官说工藤好久不出现了，这时候高木竟然冒失的说出在黑衣骑士的时候工藤出现的故事，被某间谍听到…
一个黑影在屋子里用了电脑，因为他是间谍，所以很容易就入侵了警视厅的电脑，屏幕显示了许多江户川柯南的档案。本剧场版首次把tv内容和剧场连接起来，其中包括黑暗骑士，灰原与组织重逢，镜头转向柯南和同学在帝丹小学的手工课泥塑，光彦捏的是甲虫，步美是月兔，而元太是鳗鱼（像蛇），柯南是海豚…深夜，一个黑影分别侵入了帝丹高中以及帝丹小学，这就是那个间谍，因为他了解了柯南的资料和一些故事后产生怀疑，拿走了海豚泥塑上的鳍和黑衣骑士的戏服，对比了海豚鳍上的柯南的指纹以及黑衣骑士演剧的头盔上工藤新一的指纹，结果发现98%一致！此时镜头转向小兰打碎了柯南的饭碗，似乎暗示了什么厄运.此后嫌疑人锁定无关人物，抓捕过程中又是那个群马警部提早亮出了**导致抓捕一度失败，嫌疑人的女友紧张下以刀威胁**要放了他男友，并用刀刺向上原由衣（虎田由衣）**（剧场版首次登场，大和敢助警官的青梅竹马（见tv516-517风林火山）），这时候目暮警官挡下了那一刀，（也就是预告片了的那段），并非是被黑暗组织的人刺杀，嫌疑犯本人则**人质，...