game star,一开始城之内就来催促主角,这时游戏冲进来，说千年积木无故失踪了，城之内和主角安慰之余决定帮游戏找回千年积木。三人来到广场,杏子在这里等候,向杏子说明原因时突然草丛里窜出个人影-依西兹。依西兹告诉众人黑暗大邪神的封印被**了，要把他再次封印就必须借助3张幻神卡的力量,但是3张幻神卡石化了,要令3神卡复活就要找到7个千年道具。然后询问众人是否愿意协助,主角当然义不容辞地答应了。之后从依西兹处得知第一个千年道具在埃及文物展。先去游戏爷爷的店，适当买点高攻击力的4星卡吧,另外这次输入密码需要1000(因为地图与dm7大同小异,因此地点方位等只在提难点.)
来到kc(海马公司)门前,全美冠军小mm在向海马要蓝眼白龙，她觉得只有最强者才有资格拥有，海马当然不肯了，并指出小mm未够水准，主角一行人上来游说，可不讲理的小mm向主角挑战(问答无用,选哪个都一样，迫于无奈只好答应了。对于初期卡组来说,对付她还是有一定难度的,所以不妨先与街的路人决斗提升决斗等级.战败后的小mm大受打击，海马说这样的程度也想挑战他？（海马还不认识主角），数落一番之后扬长而去，这惹来了城之内的愤怒，但小mm知道主角的实力后决定继续修炼，也随之离开。战胜后可以到公司里面与决斗机器决斗,是个赚钱的好dd哦.而且这次可以选择等级.
从依西兹左边的出口到大地图,来到童实野车站,售票员问主角是不是决斗者。之后要求与主角等人进行双人赛，坐个车还要决斗.(无语不过对手很弱,两三下就可以解决,顺利进入月台，可是暗之猎人也尾随着他们…进入车里后,先与入口的工作人员对话，正当准备与车厢里的工作人员(图1)就会开车.(再无语再与他决斗,战胜后他会让路,来到里车厢,会与暗猎人决斗,并且开始时的场地为暗.战前多准备些暗属性的怪物吧.
出来后追踪猎人到一个铁门前的人对话他会让路,下去后一个埃及人把刚刚的猎人打倒,原来他是千年道具的守护者，要求试探主角的实力，通过才能得到千年道具。胜利后得到千年项链，当主角触摸千年项链时看到了3000年前埃及，黑暗大邪神四处破坏，法老王（暗游戏）的影像，游戏说明那是这个躯体里的另一个自己，但现在只剩下他一人了，所以要尽快找到千年积木。出来碰到海马,说主角们只是平凡的决斗者，只有他才有使用神卡的资格，得到决斗王的称号，还有决斗者是孤敖的，不需要同伴，之后又是留下高昂的笑声，一直往左出去.
回到广场找依西兹(最好先回家补充lps**e),可惜只有一个千年道具不能令神卡复活，不过有了千年项链找其他千年道具就方便多了，突然感觉到邪恶的气息，原来是木偶师,他说天马太阳的计划就是令黑暗大邪神复活。与木偶师战斗(一样开始时环境即为暗),战胜后木偶师留下了天马太阳的灵魂卡片，将其还原天马对主角将其两个刺客打败感到意外，并说一定会竭力让黑暗大邪神复活，之后就消失了（明明是瞬间转移…）。事况紧急，一定要在封印被**前将三张神卡复活。然后利用千年项链之力预测出下一个千年道具在童守码头。出大地图去童守码头,在港口无意听见一对情侣的对话（很搞笑哦）。上船后碰到了一国际影星正向孔雀舞求婚，舞却说如果打倒她就答应，谁知他不自量力地说“ok！结果很明显：在舞的快乐三姐妹猛攻下惨败。怎知他还想继续挑战，上前帮孔雀舞打败对方。战胜后舞告诉众人，看到千年道具的守护者在船舱。进入船舱(图2)，与第二个千年道具守护者决斗。胜利后得到千年钥匙，之后解放了被困在其中的夏迪。原来，这只是藏在千年道具里持有者的记忆，夏迪请求主角为了解救世界的危机而战斗，之后其灵魂就消失了（之前的天马太阳也一样）
回广场找依西兹,利用两个千年道具的力量把石化的奥卡西斯（地狱判官）之天空龙还原，幻神卡会自己选择主人，天空龙则选择了游戏，但游戏觉得现在的自己无法拥有天空龙，直到拿回千年积木与另一个自己重见之时，于是决定把天空龙交给主角，并说这是三人友情的羁绊，获得天空龙。(ps:这一代神卡在战斗里有配音,很正哦)。之后又预测到下一个千年道具在地下墓地。出大地图去地下墓地,入口处的两位老人不知云云…到下层碰到骨冢，他问众人是否来观光的，城之内觉得这种毛骨悚然的地方鬼才愿意来（这里本来就是鬼住的地方嘛），当说明来意后，骨冢说他知道千年道具守护者的所在地，不过要打败他。胜利后出现以基斯为首的猎卡王一行人,看来他们是冲着神卡来的，待他们离区后骨冢告诉众人千年道具守护者在下一层,到下一层与第三个千年道具守护者决斗，胜利后得到千年环，解放了里面暗貘良的灵魂，但他对被黑暗支配的世界和神卡比较感兴趣，之后
回广场找依西兹,她却告诉大家一个不幸的消息：大邪神的力量越来越大了，必须赶快找到剩下的千年道具。之后又预测到下一个千年道具在**万里长城出大地图来到**,长城上的和尚告诉众人长城是世界文物（作为**人自豪ing），但要小心里面的迷宫。正准备进入长城的迷宫时却被看守的和尚一句长城是**国宝，禁止入内给打发了。众人下来商量对策,却发现原来长城下的和尚是天马太阳的刺客迷宫兄弟（迷），随之发生战斗。战胜迷后
宫上前要与主角打车轮战.这时海马赶来与主角合力击败迷宫兄弟(可以选择与兄或者弟决斗,弟比较厉害),不过海马说他来的目的只是神卡，并无心帮助主角等人。随后进入长城迷宫和第四个千年道具守护者决斗。胜利后得到千年眼，竟发现里面被封印的的是天马太阳的记忆，这时他说出自己是抛弃帕伽索斯这个名字的男人（有区别吗…），于是游戏认为黑暗大邪神的封印就在帕伽索斯城，于是火速火速赶回广场找依西兹。依西兹也不敢相信这个事实，帕伽索斯早已在决斗王国后失去消息的，他回来的目的却是…依西兹利用两个千年道具的力量把石化的奥贝利斯克（圣石）之巨神兵复活，不过巨神兵选择来海马当他的主人。主角正想与海马决胜负来决定谁才是真正的巨神兵持有者时。木马却提出在长城是海马相助才取得胜利的。海马拿走巨神兵,众人气愤不已，依西兹却认为这是命运。正准备去找寻千年道具时，**走来与城之内说，静香想和他去kc看剧场,依西兹提出时间紧迫，不能耽搁，众人觉得这时候轻松一下也好，于是无视依西兹的意见。来到kc，看到木马正安排big5（海马公司五巨头）在剧场中的表演（没办法，谁让他是副董事）。来到剧场坐好后，却发现静香竟是主角之一！扮演悲情少女的角色。之后逐一出场的big5竟然cos怪物（爆笑），之后就是老套的“小mm，你叫破喉咙也逃不了了，嘿嘿”木马则在一边旁白，这时怪物们向台下的观众挑战，木马请求支援。城之内这个单细胞正准备冲上去时，静香自己跑下来与来救自己的gg团聚，可怜的主角却要与台上的众怪物决斗(ps:决斗时的音乐也一改轻快哦。战胜后big5融合变成五神龙!木马再次请求援助，下去换服装的叽野cos成蓝眼龙骑士,召唤出究极龙骑士一举打败五神龙。事后木马决定筹划下一次的表演时，big5认为不能再听从这个小孩子的指挥，四处逃离。回广场找依西兹,终于只剩下最后一张神卡?拉（太阳神）之翼神龙了，也预测到下一个千年道具在考古场。出大地图去考古挖掘场,进入里面一阵**，看来是受大邪神复活的影响。向龙崎说明来意后，一样打败他才肯让路，与龙崎决斗(开始场地为荒漠),继续深入与第5个千年道具守护者决斗。胜利后得到千年权杖，并解放了其中马力古的灵魂，他却说守墓一族的使命已经完了，他没有存在的必要。随后又一阵**，看来离大邪神复活的日期越来越短了…
回广场找依西兹,测得下一站遗迹。来到遗迹看见尾木渔太，向他说明来意他告诉众人千年道具在深处，继续深入（这之前最后与渔太和羽蛾决斗提升等级）,以外地发现暗游戏也在这里，而且拿下了千年天平,看见众人时要求把其他5件千年道具交给他，但马上露出马脚被众人识破,痛贬是少不了的.（开始场地为暗）。胜利后得到千年天平，并解放了夏迪的灵魂。从他**得知众千年道具持有者之所以被困在里面都是大邪神的暗之力影响。回广场找依西兹,准备复活翼神龙时，天空龙却再次石化，没想到大邪神的力量如此之大，估计海马的巨神兵也是同样的下场，必须马上找到海马，而要令三张幻神卡完全复活只能集齐7个千年道具。去kc找海马，确认巨神兵也被石化后回来路上发现猎卡王已经开始行动了(全部开场时环境为暗),回去找依西兹时碰到了猎卡王(埃及使者)与铝场dd在决斗，但铝场的dd们却因为对方成功召唤埃及使者而败阵下来。随后赶到的铝场和主角则分别对付两队人。小心他的怪物防很高,拖得太久的话会被他集齐埃及使者,事前准备些风魔族的怪物。胜利后发现依西兹不见了，铝场用“超能力”得知她去追海马了，并告诉众人他们去童守车站。但猎卡王人多势众，吩咐众人去各地召集同伴来解放童守市。去卡店发生小剧情：**和御枷龙儿齐心击退猎卡王，但事后却为是谁的功劳而争吵，还好随后赶到的众人出面调解。去各地找同伴,但也伴随着战斗,童守码头（又遇到那对爆笑情侣的**）-黑魔导使,遗迹-人形,考古场-喽罗,**-光与暗的假面具,地下墓地-喽罗。（都很口臭，第一句都是说主角这样帮他是因为有什么困难吗，尽管他们最后都答应回童守）。找齐后回广场,有了同伴们的支援形势瞬间逆转。去kc剧场又是猎卡王（埃及使者），其召唤埃及使者将叽打败后big5居然企图**，众人上前与之开战。回去与铝场对话,得知海马去了埃及文物展，去童守车站,进入车内遭到猎卡王喽罗的阻挠(lp只有2000的说,喽罗五连胜后,看见海马用蓝眼击退众猎卡王，主角正要上前相助时海马不领情，认为主角是为了巨神兵才这样做的，但巨神兵已经被石化了…即便如此海马还是告诉主角跟他们一起的女人（依西兹在里面）,于是众人立即进入。却碰见盗贼基斯，他以依西兹要挟众人帮助翼神龙复活，主角无奈只好交出所有千年道具，但没想到千年积木竟在他手里，之后集合7个千年道具之力使翼神龙复活！天空龙也随之复活了！与盗贼基斯开战,但意外地翼神龙没有变成战斗形态…盗贼基斯战败后游戏夺回了千年积木，在心中再次与暗游戏相遇，之后暗游戏出现，指出基斯没有使用神卡的资格而导致拉之神发怒，受到神的惩罚。随后众人将翼神龙（蛋形态?交给主角。突然大邪神的力量进入基斯体内，并千年积木粉碎了，游戏慌张地捡起四零八落的积木时，迷宫兄弟（迷）将其中一块抢走，说想要拿回就来天马太阳的城堡。又变回“一个人”的游戏近乎崩溃，但主角说只要去天马太阳的城堡就可以拿回，于是马上起程。镜头转到外面：海马的巨神兵也复活了，突然迷宫兄弟（宫）将木马掳走，并要海马去天马**，主角一行人决定与海马协力，但海马依旧不领情，众人无奈只好前往天马**。这时千年道具守护者前来，说千年道具拥有穿越时空的能力，所以要求众人前往**弄清楚。当今之计只好听从了。来到**,突然出现的神官西蒙，他说出主角手里的翼神龙还未觉醒，回去与依西兹商量后,得知要使用翼神龙必须懂得古代神官文字,而现在懂得古代神官文字的人只有他的弟弟?马力古，但他现在在埃及过着新的人生。主角一行人决定前往埃及，在埃及见到了里斯度（纹身和尚）得知众人来意后指出马力古,不能见众人，正准备硬来时马力古要众人入内。这时马力古正为父母的墓碑祈祷，之后向众人解释翼神龙是最强的神卡，但要考验主角是否有作为神的持有者的资格。胜利后马力古替主角解放了翼神龙的力量。但翼神龙最强的姿态是不死鸟，众人期待着其在帕伽索斯城发挥其无敌的神力。而门外里斯度则说解读古代神官文字耗去了马力古不少时间，希望在其赎罪期间不要再来打扰。再次前往**,西蒙得知翼神龙的力量觉醒后要考验主角，追踪他来到长城时之迷宫，打倒守门的喽罗(lp3000)后,他会告诉你一个怪物名,要记住哦.5连胜后神官西蒙会问你刚刚顺序怪物名字,选项是2,1,然后就会向你挑战，战胜后他说会在帕伽索斯岛为大家寻找揭开结界的办法。来到帕伽索斯岛,海马已经先进去了，在坐电梯的时候有个帕伽索斯发型的变相怪杰向你发难(lp10000),被3只车轮战后接下来还有两个暗猎人二选一(lp15000)。战后城之内替主角抵挡两个刺客。来到地下,帕伽索斯再次派出“变相怪杰”部队，所有战斗环境开始时为山。一路深入,在门前再次遇到迷宫兄弟(lp15000),战后游戏独自阻挡迷宫兄弟，让主角独自前往帕伽索斯城。来到帕伽索斯城，西蒙告诉主角要穿越无限的路必须拿到魂的光芒，到各地去借助同伴的魂之卡片的力量。去各地找伙伴决斗,广场-铝场,得到人造人,童守码头-孔雀舞,得到神鹰**,地下墓地-骨冢,得到鬼王南瓜怪,考古场-龙崎,得到双头恐龙，遗迹-渔太,得到传说渔人,羽蛾,得到昆虫女王。最后来到帕伽索斯城,进入...