电影和漫画里面剧情不一样。漫画里面，金刚狼被一种液态合金导致窒息而死。大致剧情就是有个邪恶的博士要用基因制造一大批x武器，狼叔去阻止。但此时金刚狼的自愈能力已经被破坏了，所以他开始变老变弱，而且受伤已经足以对他构成威胁。最终，狼叔救了其他人，杀了博士，自己却被液体合金缠裹窒息而死，跪在哪里，可以隐约看清他问心无愧的低着头，金钢爪依然伸出。漫画里最后一幕如下：
电影里面则是另外一种结局，但最终还是死了。有人创立一个机构，要用基因制造一批**机器，这个机构表面上是**院，但是实际上是做人体试验用的。里面诸多试验品中有一个，是用金刚狼的基因制造的，也就是狼叔的“女儿”。这也是导演一种“嫁接手段”，把影迷对狼叔的感情嫁接一部分到孩子身上，这种结局相对而言能好接受点。狼叔的这个女儿很不一般，冷静，冷酷，凶猛，干练，小小年纪，却拥有一副冰冷凝实的气质，她的两手各有两只金钢爪，而且，双脚上也各有一个爪刃。这一点比狼叔还有牛啊有木有！电影里，狼叔的身体出现状况，自愈能力出现问题，已经变老，也会受伤，这个和漫画里一样的。电影里有一个非常独特的死侍，他独特的地方是—他就是狼叔！一个被复制、但改造了意识的狼叔，一个年轻版的狼叔。这个狼叔表情抑郁凝重，看起来是个善良而抑郁的英雄汉一样。但是，他对社会没有太多认知，一是因为他刚被创造，没有什么经历，甚至不怎么会说话，二是因为，他制造的时候被人为改造了思想意识，从他被制造的时候，就被设定只会终于邪恶的博士。这个死侍（年轻版狼叔）被投入战斗之后的第一件事，就让人非常痛心—他毫不犹豫杀了狼叔悉心照顾相依为命的光头博士查尔斯。当时，光头博士查尔斯已经间歇性痴呆了，狼叔隐姓埋名找了份司机的工作，用微薄的收入养活自己和查尔斯。他们当时所处的，是狼叔萍水相逢的一个农场主家，全家都是好人。当时有人欺压农场主，关了农场的水闸，农场主要去打开水闸。狼叔担心农场主一个人搞不定就陪同去了。然后，复刻版的“狼叔”来到农场主家，走进查尔斯的房间。光头博士查尔斯当时背对着房门，他感知到“狼叔”进来了，还充满回忆的和“狼叔”说话，说话的内容很动人，都是回忆一些美好的时光，这一幕很让观众感动。然而，从黑暗中出来的那张脸让观众有点疑惑，因为这个“狼叔”的脸更年轻，而且发型是圆寸短发，这一刹那，我个人还以为狼叔有什么机遇恢复了自我修复能力。然而，这个狼叔伸手掰正了侧身的查尔斯，从容的把拳头按在查尔斯胸脯上，缓缓伸出钢爪，三根明晃晃的钛合金钢爪毫无声息就**了查尔斯的胸膛…查尔斯一脸惊呆，我也是一脸惊呆…
这个复刻版“狼叔”的主要任务就是抓回狼叔的“女儿”，他很快就得手了，还杀了农场主全家，这个就在观众再次痛心的时候，狼叔回来了。他在楼梯拐角看见复制版的自己，狼叔直接惊呆了！两个“狼叔”近在咫尺，相互凝视。“年轻狼叔”眼里只有侵略性，这种侵略性并没有邪恶，而仅仅是来自他对自己“主人”—邪恶博士的忠诚。狼叔目瞪口呆的看着眼前的“自己”，眼中满是惊呆和诧异，但他来不及多想赶紧上楼去看光头博士查尔斯。然而，事实就和他的预感一样不好。狼叔抱起奄奄一息的查尔斯奔下楼冲向皮卡汽车，但查尔斯自己知道已无力回天，叫过狼叔，无力的说了几个字，就永远的闭上了眼睛。狼叔痛不欲生，发狂着冲向那个复刻版的自己，发出一声冲天咆哮，暴走一般扑上去厮杀。狼叔虽然老了，但把毕竟是我们的狼叔！在接下来短短的片刻间，复刻版狼叔收到的伤害足以让常人死几十次。但狼叔年老体弱，已经不是对手，在对复制品造成大量伤害之后险些被杀。这时候，只剩最后一口气的农场主用车撞了复制品。狼叔得以活命，这个复制品被狼叔撕得稀巴烂很是愤怒，没能最终杀掉狼叔也非常不甘，在被注射了修复**水之后很快得以恢复，继续投入追杀正面角色的路途，在结局再次被用来对付狼叔。最终，狼叔带女儿和女儿的试验品小朋友们去安全地点，但是邪恶博士和他的手下们一直在追他们。大幅度失去修复能力的狼叔，身体比常人好不了多少。而他面对的是一大群装备精良的现代化物**人员。狼叔身中数**，浑身都是窟窿，就在狼叔都站不起来的时候，他再次遭遇了那个独特的死侍—“年轻版狼叔”。可以说对头见面，分外眼红，心怀仇恨的复刻版瞬间情绪失控冲向狼叔。狼叔身负重伤，心怀使命，又再次遭遇年轻版的自己，且是一个愤怒的、意识被改造过的**机器，战斗场面相当血腥。因此，在**上映的电影版本，被删减不少镜头。狼叔被划、捅数爪，又被对方狠狠穿透右胸挑在爪上拖行，拖到一个枯死的大树旁边。而此刻强大的****还抓住了这群小孩子，包括狼叔女儿也身处危险，狼叔很不甘，想要站起来拯救孩子们，拯救自己的女儿，但是，他自己的身体都在被凌虐。命运就是这样，总有人在自己受到屈辱、痛苦和死亡威胁的时候，还要眼睁睁看着心爱的人身处险境，然后在悲痛的面对这一系列悲惨虐心的局面的愤怒、恐慌中，不甘的死掉。狼叔被用爪子拖过去然后高高拎起来，狠狠的摔向**的树根，身体**在树根上，手臂粗的树根带着碎肉从金刚狼的心窝伸出。而复制品并没收手，因为他单纯的脑海中只有对狼叔的仇恨和愤怒，他早已失控，歇斯底里的继续的用爪子捅着金刚狼的胸部，噌！噌！噌！噌！噌！而狼叔，却顾不上疼，只能眼巴巴的看着女儿被**分子挟持…
场面相当血腥，更多的是让影迷们心痛，不少观众不禁流泪。这时候，金刚狼的女儿还是反击了，并成功捡起来一把**，把事先从狼叔那里得到的埃德曼金属**装进去，爆头杀了复制品。然后奔过去与狼叔泪别，并叫了一声“dad”。电影就这样结束了。而且，打破了电影片尾有“彩蛋”的习惯，这部电影在**的公映版没有任何片尾剧透或者补充，结束后就是制作字母。