游戏开始，同之前一样，选择主人公，名字。不过这次没有初始选兽。美丽的烟花之夜，少年和少女为了探索神秘的光，来到后山与亚古兽相遇，同时遇到了神秘的三人组。为了挽救数码宝贝世界，亚古兽向主人公提出邀请，请他/她成为tamer，帮助数码宝贝们。出现选择项，默认是“不帮”（晕），选第一个，进入初始战斗。boss：ヌメモン（鼻涕兽）hp95（hp均为估计值）lv5 水栖型 简述：战斗界面有了点变化，可以直接重复上回合招数，不过基本没变。战斗胜利，可是伙伴们却被带到了数码宝贝世界，为了救他们，主角踏上了数码宝贝世界探险之旅。scene 1 ヘリテージみさき 来到数码宝贝世界，获得digivice（x或start开启）并给亚古兽起名字，亚古兽加入。不过好像少了2个人…总之，去数码基地看看吧。怪：タネモン（种子兽）コロモン（滚球兽）ツノモン（独角兽）迷宫：1.向左下进入下个地图 2.见到岔路往右下，遇到迷糊状态的加布兽，对话后加入。回来走另一岔路，一直到下个地图。3.见到泰拉兽，最后终于能够回到数码基地了。scene 2 デジベース（digibase，数码基地）首先，我们得找到能够让我们四处旅行的デジシープ（数码之船）才行。向右下走，刚要离开，妖狐兽会过来，给你一座农场，这时你要从恐龙型，**和植物型3种农场中选择一种，之后会送给你相应的3只数码宝贝。现在右上方的通路就可以使用了。这里用来进行农场管理和数码宝贝队列变更。不过其他的还不能用，直接走右下离开吧。来到外面后，发现原来有3跳通路，右上是我们来的地方，左下有人拦着，而我们要找的船，据说在右下方。走吧。scene 3 パッチプレーリー（patch prairie，补丁草原）怪：ワニャモン ピヨモン（比丘兽）コクワモン パタモン（巴达兽）迷宫：1.前进遇到岔路走右上，在下一个岔路左上方可看到箱子バンソウコウ×3（单体hp+300）。2.在这个岔路走右上会进入另一场景，前进可得到マヒなおし×3（单体解麻痹）。3.回到2中的岔路走右下，然后又是岔路，走右下进入下个地图。出来一直前进，可以看到げんきのもと×3（单体mp+300）4.回到上个场景，继续回退到见到岔路，走刚才没有走的左下，然后右下，进入下个场景。前进，又是地图切换。继续前进，见到3人组，boss战。boss：ボンバーナニモン（**亚伯兽？hp189 lv9 机械型 ヌメモン（鼻屎兽）hp194 lv5 水栖型 デビドラモン（恶魔龙兽？hp261 lv11 暗黑型 简述：看等级也知道谁最难缠，那个恶魔攻击有毒和麻痹，要小心啊。虽然打跑了3人组，但是此时，一群“**”闯进了数码基地，回去支援！5.不过先别着急回去啊，继续向前，在岔路处可以看到后面有マヒなおし×3。6.再往前就到下个地图了，怪都是lv10+的，还是回去吧。7.回去之后，不见数码宝贝，只见boss。还是会变身的boss。boss1：レオモン（狮子兽）hp259 lv12 兽型 オーガモン（奥加兽）hp268 lv10 兽型 简述：是我太弱了？为什么打狮子兽伤害这么低…敌人攻击方式很单纯，无特殊状态。boss2:シフトイレイザー hp311 lv14 种族不明 シフトイレイザー hp286 lv12 种族不明 吐槽：还没到最终关了吧？（原来不是洛克人…）初始人家就贫血的说。会放眠。解决掉后，回基地。出事情了！跟着进到里面。由于刚才的破坏，进化系统崩溃，数码宝贝进化退化不能，数码宝贝请求主人公支援（怎么默认还是“不帮”？答应后，睡觉。第2天，出去与大家会合，进入本游戏的重点了！修复数码宝贝的进化。通过打怪获得バグプレート（bug plate,漏洞盘）然后在基地修复（农场管理左面的通道）。同时，道具商店开放，下个目标寻找船的黑箱子？好了，接下来先去修复第一个进化吧。修复介绍：（模拟器悲剧）菜单第一个即为修复漏洞盘。有时间限制。开始后右面有3个选项。对于缺损的部分，先用第一个工具涂上石膏，再用第2个把石膏擦去。对于颜色暗淡的部分（脏了），用第3个工具清理。完成后可以获得tp和道具奖励（一开始不明所以的我只得了22分…）菜单第二个是把修复好的盘放回进化树中，第三个是查看进化树。其他就与前作相同了。从基地出来后，左下的路就打开了。走吧。scene 4 パケットコースト（packet coast，包裹海岸）怪：ギギモン ブラックアグモン ヒョコモン プロットモン 迷宫：1.这个很好走，到尽头会遇到那帮坏人又在抓数码宝贝。boss战：バケモン（猛鬼兽）lv13 hp161 暗黑型 キメラモン lv17 hp361 暗黑型 エアドラモン lv15 hp202 恐龙型 简述：虽然是3只，不过只是中间那个比较狠，我居然突然喜欢用血**了…
2.胜利后继续向前，到下个场景。遇到岔路后走右上，到下个场景。继续走左下，会在下个岔路处发现箱子バンソウコウ。3.回到这个场景最初的那个岔路，一直向右上，会在下个地图里发现バンソウコウ×3。4.往回走2个场景，再遇到岔路时走左下，到下个场景。再遇到的岔路其实是个环。走左下的话会遇到せんすい，用途不明，可能是要水栖型数码宝贝才有用。5.回到那个环那里，右下是通往下个场景。向前到了岔路时先走左上，拿到ログインキー（开港口的钥匙）6.回来刚才的岔路走右下，黑匣子引来了小恶魔兽，boss战。boss：ピコデビモン lv20 hp556 暗黑型 简述：lv20!我才lv13…而且又是一个会放毒的…这回知道光克暗了…结果还是让它偷走了…下个目标，デジポート（数码港口），一直前进，把刚才的钥匙放到开关里，开门，进下个地图。来到港口，得到了恶魔兽的数码盘，同时终于可以使用传送了。scene 5 ログインマウンテン（login mountain，登陆山）右下来到山上。一路上很好走。路上会遇到一个上锁的门，没办法。另一条路会遇到小恶魔兽，说了半天还是让它跑了，再左面有个岩石，要用特技がんせきわり（岩石割？才能过去。过去后获得ふっかつのくすり×3（单体半血复活）算了，还是回基地吧。从传送点回到港口，巴达兽会过来讲解传送的问题。向前就会回到基地，赶紧休息（其实这个“休息”我只是随便一说，没想到各位想成“睡觉”了）下吧。把得到的恶魔兽的数码盘修复装到进化树上（没想到这个这么重要，我只是每次回基地都会把碎片清理一下，下面也的确提到了是因为进化修复，小恶魔兽才进化的，感谢310#）休息完后依然回登陆山，原来小恶魔兽的地方居然变成了恶魔兽！果然是boss。boss：デビモン（恶魔兽）hp1000 lv20 暗黑型 简述：是我rp低下吗，怎么打我老是critical？这家伙是暗黑型的一贯套路：麻痹+毒。原来是恶魔兽的数码盘被回收，它才可以进化的。经过一番劝说，它终于有点认可tamer了（你是数码宝贝传说里的黑亚古兽转世吗？黑箱子入手，卡片入手。回到基地，数码船终于完全修复！而且登陆山的门也有救了。到了登陆山，过了门，继续前进！怪：アルマジモン（穿山兽）ドルモン カブテリモン（比多兽）パグモン 1.遇到岔路后先走左上いいバンソウコウ×3（单体hp+1000）。2.回到岔路走右下又有岔路，走右上可以得到ゲートディスク（回城卷轴）3.回到刚才的岔路走右下，到下个场景后继续，右下右下，遇到3人组和he比多兽争执，不过貌似被陷害了，打吧。boss：アンキロモン hp563 lv18 恐龙型 heカブテリモン hp1619 lv22 昆虫型 简述：跨屏怪就是血厚…
误会解除，获得漏洞盘，回到基地，pc任务开启。