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据说这个版本有13个结局，回顾了一下之前的endings包括中场动画，发现作者的小心机真是不少，以撒的剧情不仅仅是借用圣经那么简单
首先，故事开头就不多说了，以撒他娘听从神谕，要把以撒当祭品献出，以撒为了逃命，躲入地下迷宫，游戏正式开始。在这时，我们操纵的以撒，应该还是真正的活着的以撒。克服各种童年梦魇后，打败妈腿，以撒认为危机告一段落，墙上留下他的涂鸦“关于妈妈的恶意”，然而镜头一转，房门突然被撞开—门外，妈妈正拿着大菜刀面目狰狞的瞪着以撒。游戏继续，玩7-8关，打妈心。此时我们操纵的以撒，依旧是真正的活着的以撒。打败妈心，出现end1。end1中，以撒打开大宝箱(玩具箱)，满脸笑容，他从箱中找到了judas的帽子。意味着judas角色解锁，以撒可以**成这样。(关于**，是在end11中体现，稍后再谈end11。我们重开游戏，此时能玩已解锁的其它角色。然后我们操纵的以撒就是角色扮演后的真正的活着的以撒。过一遍游戏，打完妈心，此时出现end2。end2中，以撒打开大宝箱(玩具箱)，满脸笑容，他从箱中找到了绞绳。于是他用这根绳子上吊死了。嗯嗯，不管解锁了哪些道具、发现了哪些秘密。总之，以撒在这里真正的死掉。(死法不一定是上吊，但他是窒息死亡。重开游戏，此时我们操纵的角色，都不再是活着的以撒(或者，这就是以撒的灵魂?接着再次打败妈心出现end3。end3中，以撒的灵魂打开玩具箱，他很开心的找到了钉子(the nail)!他用钉子戳刺自己，变成黑色恶魔，飞走。重开游戏，此时我们操纵的就是恶魔…(不知道应该把他视为单独的个体，一个并不是以撒却以为自己是以撒的恶魔;又或者，他还是以撒，以撒死后灵魂化身的恶魔?从此以后，游戏就变成以撒(恶魔)与妈妈的对决。嗯，也许妈妈也不是真的，这些都仅仅是以撒生前遗留下来的童年梦魇罢了。end4-end8，以撒(恶魔)在玩具箱里找到硬币、胎儿、圣饼等，或者是被妈妈的手拖进玩具箱关起来。他反复打败妈心，直到第9次打败妈心，这回他在玩具箱里没有找到任何东西，相反，“it lives”从天花板掉落下来，尖叫，狞笑…
这就是end9，这个结局意味着恶魔在多次打败妈心后，渐渐意识到事实真相。再次进入游戏玩到最后，妈心不再出现，以撒（恶魔）面对的最终boss变成“it lives”（这个名字也充满浓浓暗示）。在以撒（恶魔）眼中看去，“it lives”的形象是妈心长出了婴儿的模样，这是幻觉绽露出部分真相的结果。end10，打败“it lives”后，以撒（恶魔）再次面对玩具箱，这一次，他打开箱子，里面居然躺着一具蓝色的儿童尸体！尸体坐起身来，转头，冲着以撒（恶魔）微笑。以撒（恶魔）陷入惊恐的漩涡，他离真相似乎越来越近…
end11是在下地狱后，打完恶魔撒旦后出现的结局。而end12是在上天堂后，打败以撒（以撒本人或以撒留在天堂的灵魂）后出现的结局。end11和end12其实都是真相结局，只不过花开两枝，各表一头，两个结局分别揭露了真相的两面。end11讲述的是以撒本人的经历（这很可能就是他死前最后的经历，接end2），他打开玩具箱，光芒中，分别展示他角色扮演的形象(**aac in sheol,cain in the basement,maggy in the c**es,judas in the depths,eve in the womb and a demon-**aac back in sheol)，这段形象变化一方面告诉我们游戏里所有可用角色其实都是以撒扮演的，另一方面也代表以撒对圣经故事的回忆，最后又显示以撒在现实房间中。（值得留意的是，这些形象里并不包括”？“，这意味着”？“并不是以撒的角色扮演）。以撒在这里结束短暂回忆，踏入玩具箱，回头看了眼紧闭的房门，最终选择把自己关入玩具箱以躲避妈妈。他本人最终在箱中窒息而死。end12讲述的是恶魔的经历。以撒（恶魔）在阅读圣经，他突然停止读书，抬头望向镜中的自己，他终于发现，镜中出现的自己，是一个恶魔。那么真正的以撒在哪呢？以撒已死，是玩具箱里那具蓝色的尸体。另外还有两个secret，一个叫"eve's bird foot"，一个叫?'s soul。作者似乎是为了进一步诠释恶魔与以撒尸体相对应的关系，在1.45的版本里修正它们的解锁条件。用eve完成玩具箱剧情，解锁的却是?的秘密。而用?完成玩具箱，却是解锁eve的秘密。（作者说，end12在故事流程上应排在end11之前，恶魔暗喻以撒心中的原罪。以撒阅读圣经故事后，深思自己的罪，然后选择把自己关入玩具箱。这之后，还剩下real true ending—end13。玩具箱结局。（我还没玩出，我什么都不知道=）
根据故事进展，游戏里的最终boss由妈心变成it lives变成以撒，并且这个进化不可逆转（也就是说，出了it lives，那么以后就打不到妈心了；出了天堂，那么以后每次打完it lives后就一定有天堂通道）。这个不可逆转的设定再次告诉我们，重复游戏并不单纯是“从头开始”，它不是循环轮回，而是有时序推进的。一旦我们“反复游戏”，这就暗示了以撒或恶魔被困在梦魇里与童年阴影做斗争，每次看似获取了最后的胜利，实则只要我们还能重开游戏，以撒或恶魔便又会再次被梦魇所困，逃脱不出。值得一提的是，梦魇并不是永无止尽的。游戏中有一个秘密（secret）叫"stop playing!解锁条件为：kill mom over 200 times(only new backdrop).after killing **aac or satan you will get 2 mom kills,after killing blue baby you get 3 mom kills。还有一个秘密："a forget me now"，解锁条件是用以撒的尸体杀死撒旦。秘密解锁的同时还会掉下一件道具，捡起道具并使用的话…（以撒与恶魔不得不说的小故事，这或许才是最终的结局）。