剧场版一直与tv版无关，只是13里串联了部分tv版，分别是191集危险的复活，176-178集
如果上映的话日本是去年4月18日，**本来是今年1月14日，后改为22日。官方消息称73将来华助阵。关于阿笠博士，在没出结局前，一切都是同人消息，但我还是愿意相信他不是boss，那对柯南是太残酷的。阿笠博士=boss之猜想
尽管有方方面面的报道和透露，但在在《名侦探柯南》中黑暗组织的boss一直没有露过面，boss在黑暗组织也只是被称为“那位大人”而已。因此对boss真面目的猜想一直没有停止过。而外表看起来和善可亲的阿笠博士也是boss的一个热门人选。能够支持“阿笠博士=boss说”的证据也不少。下面便是经过收集整理的一些证据。①早在178集，就有了证据浮出水面。他们对灰原的行动了如指掌这点也叫我奇怪，他们似乎非常确定灰原一定会到追思会场，一般人光看头发谁会知道那是谁啊。但是，如果博士真的是boss，这就不奇怪了。在那一段时间柯南和阿笠博士是不在一起的，博士干了什么柯南也不会知道。boss和柯南、灰原在去追思会现场之前一直在一起，柯南的安排他也都知道，这样，不就能做到“对灰原的行动了如指掌”了。另外，柯南他们与黑暗组织对抗的一系列里面，无论是176-179集、309-311集、345集，还是425集都有出现，而且对柯南他们的行动掌握的清清楚楚。但是在“红与黑的碰撞”系列中，出现次数相对太少了些，如果说这是因为他在部署什么事（救出水无怜奈),这也不是没可能的。②阿笠这两个字，如果拆解成阿竹立用日文反过来拼写就是拉丁 文里面的莫里亚蒂。所以阿笠博士其实应该叫莫里亚帝教授—那是柯南道尔笔下福尔摩斯势均力敌的对手，被称为“罪犯中的天才”。罪犯中的天才，说的不正是庞大的黑暗组织的boss么？③394集前面，博士主动问柯南：“新一，那是怎么回事？（柯南正在摆弄手机按键按出《七个孩子》的几个音符，那几个音符是boss的邮箱地址的一部分），然后又说：“对了，是歌曲七个孩子。是七个孩子吧，这我知道啊。然后唱出了前一句歌词：“乌鸦啊，为什么歌唱。接着说："以前在放学的路上常常都唱这首歌。并且表现出对歌曲很喜爱的样子，还干笑着。这一点让人起疑（boss一定会对这首歌有着特殊的感觉啦）柯南肯定了那几个音符是邮箱地址后，博士及其不自然的笑着说：“怎么可能嘛。而且，他似乎很怕柯南给邮箱发邮件过去似的。另外，早在第一集，柯南向博士解释自己就是工藤新一时，博士听了立刻在柯南之前郑重其事的告诉新一要隐瞒身份，大大咧咧的博士会那么小心谨慎，生怕新一会抖出组织来，这也有些可疑。④在剧场版《通往天国的倒计时》中，有一个测试人未来长相的机器。步美使用机器后，机器中出来的照片上她都有较为明显的变化，然而博士却没什么变化。这意味着什么呢？请联想一下朱蒂问贝尔摩德：“你为什么不会老？十年后，如果也有人问博士：“你为什么不会老？两者相联系，就更支持猜想了。（或许贝尔摩德与博士都服用过某种药物，或许就是aptx4869。⑤芙纱绘是博士的初恋情人。有人说芙纱绘与贝尔摩德有几分神似。而贝尔摩德又是boss钟爱的人。会不会有什么联系呢？⑥博士是没有固定职业的，只是一个疯狂的科学家。这也符合boss的特征。而且博士没有固定职业，他哪里有那么多钱搞科学发明呢？除非他有其他方法.
⑦博士似乎没有家人。这是为什么呢？如果博士真是boss，不结婚不和家人在一起就是很正常的了。⑧众所周知，青山刚昌是个喜欢联系各国文化的人（比如他喜欢凑字拆字，用别国语言读某一个字），而“博士”在中文中的读音，不正是"boss"的谐音？⑨在311集中，本来是伏特加要和板仓交易的，然后是他的手下在周围埋伏。从琴酒拿着枪对着伏特加问话的对话来看，这个任务应该是没有琴酒什么事的，但是他为什么却出现了呢？原因只有一个。假定博士就是boss，博士趁把**叫来前给他打电话通知的，而且可能还是这样说的，新一那个小孩去了伏特加那，把证据消掉，留着他的命。而且肯定也有告诉他，柯南的**针用过了，可以放心过去。所以在问到都有谁进到过通道时，一说到小孩琴酒就知道了。而这个最高机密，伏特加肯定是不知道的，所以傻呼呼的扔了烟头，摘手套撕胶带留指纹，然后琴酒过来阻止，但又不能把事情说太透。而当他们检查到柜子时，琴酒只拉了两个，最后藏着柯南的柜子只开了个缝，只是想吓他一下，以后别再跟踪他们的行踪了，不然会死的很惨，下次就没有博士罩着了。而且像琴酒这么高智商的人，一切皆有可能的地方都会查个彻底的，就算每一个柜子打开我也不奇怪。所以这是留住活口的证明。另外，还有一个稍微弱些的依据，就是青山刚昌总是喜欢给出出人意料的结局，比如朱蒂是正义一方的fbi探员，345集之前却把她表现的很像组织的人;同样，博士是从第一集就登了场的一位慈祥的好人，青山要把他设定为真正的boss，也很可能。阿笠博士≠boss猜想
阿笠博士≠boss的依据也不少。如下所示。1.关于拆字“阿笠”拆成“阿竹立”，也是先由日文译成中文的“阿笠”再拆开。这很明显就是**观众的猜想，阿笠在日文里并不是这样写啊？①灰原哀是对组织的人及其敏感的人（如509集里面的表现），而她天天生活在博士周围，会没有感觉么？②剧场版10结尾的时候，柯南和平次正在**电脑密码从而解除id的时间引爆。当时大家都在酒店里。而就在最后，警官不让阿笠博士进去，而阿笠博士却说：“我不能丢下孩子们。当时没有人可以确定，柯南和平次能够成功的**id，而阿笠博士却选择了与孩子们一起死去。③如果阿笠博士真的是黑衣组织的头目，灰原也是在柯南身边**的人。那么剧场版5、tv版178集、真人版2…黑衣组织都想杀害灰原，显然不是演戏，因为他们真的下手了。④如果阿笠真的是利用新一威胁新一的父母到国外去，那他们应该在国外已经采取了行动，至少他们不想让自己毫不知情的儿子落在黑衣组织头目的手里吧。⑤《银杏色的初恋》中，看到当时的阿笠谁也想不到他会是黑衣组织的头目吧。如果青山真的打算在结局中公布阿笠博士是黑衣组织的头目，那与《银杏色的初恋》岂不是太不相衬了，青山不会连这点都不知道吧。⑥如果阿笠博士真的是黑衣组织的头目，那他就不应该发明那些抓贼的道具给柯南，这样可以在柯南破案的时候让他遇到危险，从而抓不到凶手。⑦再怎么说阿笠博士也年纪大了，忘了一些事情也是很正常的事了。而且，现实中的一些细节也经常不会在动画里表现出来。还有大家不要忘了，《名侦探柯南》的主角是谁，就算青山把现实中的很多细节都表现了出来，那也应该都集中在柯南、小兰、灰原这样的人物上。⑧关键的一个问题，没有人能解释阿笠是怎么从一个普通的人变成黑衣组织的头目。如果青山确实打算让阿笠当上黑衣组织头目这个角色，也应该在tv版、剧场版中有一点表现吧，而现在却找不到任何线索。⑨名侦探柯南剧场版《贝克街的亡灵》中，一个接一个孩子从游戏中消失，当轮到灰原哀的时候只有阿笠博士一个人在心中默念了一遍“小哀”、每次柯南自己一个人去查真凶的时候，都会在心中为柯南担心。如果阿笠真的是boss的话，为什么只在心中默想。这点足以证明阿笠博士是发自内心的为新一，小哀而担心，否则也不会穿插这么多的“废话”。10.在基德要偷走仁王之石的那一集，灰原表示已经知道谁是boss的话，那灰原何必在231和340集里担心博士会被苦艾酒杀死呢？