问不用网络的游戏***
不用网络的游戏
牙牙乐
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十蒿
简单重复序列(simple sequence repeat，ssr)简单重复序(ssr)也称微卫星dna，其串联重复的核心序列为1一6 bp，其中最常见是双核苷酸重复，即(ca)n和(tg)n每个微卫星dna的核心序列结构相同，重复单位数目10一60个，其高度多态性主要来源于串联数目的不同。ssr标记的基本原理：根据微卫星序列两端互补序列设计引物，通过pcr反应扩增微卫星片段，由于核心序列串联重复数目不同，因而能够用pcr的方法扩增出不同长度的pcr产物，将扩增产物进行凝胶电泳，根据分离片段的大小决定基因型并计算等位基因频率。在真核生物中，存在许多2-5bp简单重复序列，称为“微卫星dna”其两端的序列高度保守，可设计双引物进行pcr扩增，揭示其多态性。ssr具有以下一些优点：(l)一般检测到的是一个单一的多等位基因位点；(2)微卫星呈共显性遗传，故可鉴别杂合子和纯合子；(3)所需dna量少。显然，在采用ssr技术分析微卫星dna多态性时必须知道重复序列两端的dna序列的信息。如不能直接从dna数据库查寻则首先必须对其进行测序。ssr的分类 根据ssr核心序列排列方式的不同，可分为3种类型：完全型(perfect)。指核心序列以不间断的重复方式首尾相连构成的dna。如：atatatatatatatatatatatatatatatatat 不完全型(imperfect)。指在ssr的核心序列之间有3个以下的非重复碱基,但两端的连续重复核心序列重复数大于3。如：atatatatggatatatatatcgatatatatatatatatggatatatatat 复合型(compound)。指2个或2个以上的串联核心序列由3个或3个以上的连续的非重复碱基分隔开,但这种连续性的核心序列重复数不少于5。如：atatatatatatatgggatatatatatata 3种类型中完全型是ssr标记中应用较多的一种类型。ssr在植物基因组中的分布 ssr广泛分布于各种真核生物的基因组中，大约每隔10～50kb就存在一个ssr。哺乳动物中的ssr的数量大约为植物中的5～6倍。在植物中，平均23.3kb就有一个ssr；双子叶植物中的ssr数量大于单子叶植物，前者两个ssr之间的平均间距为21.2kb，后者为64.6kb；核dna中的ssr数量多于细胞质dna中的ssr，绝大多数单碱基重复型及2碱基重复型ssr存在于非编码区，3碱基重复型多位于编码区。微卫星的利用价值 由于核心序列重复数的不同，等位的ssr位点可呈现出多态性（sslp，simple sequence length polymorph**m）。大多表现为共显性遗传，有的表现为显性遗传。由于ssr dna两侧序列（离开20bp以上）表现出保守特征，所以可设计出上下游pcr引物，扩增出包含ssr的dna序列。微卫星分析常用于：遗传图谱构建；种质鉴定；遗传多样性分析；标记辅助选择（mas，marker-ass**tant seletion，marker-aided seletion）；基因定位；数量性状基因座（qtl）分析；系谱分析；亲源关系鉴定等。ssr引物的来源 借鉴其他近缘种序列。通过筛选文库、测序开发自己的ssr引物。通过核酸数据库查询，从已有序列中搜寻包括ssr的序列并设计引物。ssr分析实验的主要技术环节 提取dna；pcr扩增；电泳及显色；电泳胶板带型的照相、记录；数据分析处理。其中，pcr产物分离的电泳方法主要有：高浓度琼脂糖电泳（4%胶只能分辨4-6bp差异）；变性聚丙烯酰胺序列胶电泳；非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳。由于扩增的片段短(一般小于300bp)，基因间的差异小(一般为几个bp)，故通常使用分辨率高的聚丙烯酰胺凝胶电泳。在程序上，变性胶虽然比非变性胶麻烦些，但考虑到在非变性胶上会出现人为假象—异源双链分子，比如导致ssr杂合子中出现3-4条带，而不是正常的2条带，从而干扰等位位点统计，因此我们建议在ssr分析中均采用变性胶电泳。
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