001 云霄飞车**事件(黑衣组织—琴酒、伏特加出场，工藤新一喝下aptx4869变小。大幕拉开，柯南登场)
002 董事长千金诱拐事件(阿笠博士知道其身份，工藤新一化名为江户川柯南)
013 奇怪的寻亲**事件(宫野明美初登场)
043 江户川柯南诱拐事件(父母知道变小)
048 外交官**事件(上集)
049 外交官**事件(下集)(服部平次登场，工藤新一第一次恢复)
054 电玩公司**事件(龙舌兰出现，被炸死)
057 福尔摩斯迷**事件(上集)
058 福尔摩斯迷**事件(下集)(平次知道身份)
128 黑暗组织10亿**事件(宫野明美死亡，黑衣组织浮出水面)
129 来自黑暗组织的女子 大学教授**事件(灰原哀出场)
130 竞技场无差别胁迫事件(前篇)(灰原说出了工藤新一与组织在半个世纪前就有了关系)
170 黑暗之中的死角(上集)(重要人物新出医生登场)
171 黑暗之中的死角(下集)
176 与黑暗组织的再会(灰原篇)(皮斯克出场)
177 与黑暗组织的再会(柯南篇)(宫野志保第一次恢复)
178 与黑暗组织的再会(解决篇)(皮斯克被琴酒灭口，贝尔摩德出场)
188 性命交关的复活-洞窟内的侦探团
189 危命的复活_负伤的名侦探
190 危命的复活_第三种选择(工藤新一第二次恢复)
191 危命的复活_黑衣骑士
192 危命的复活_新一回来了
193 危命的复活_约定的场所
226 格斗游戏的陷阱(上集)(朱蒂出场)
227 格斗游戏的陷阱(下集)
230 谜一样的乘客(上集)(赤井秀一出场，形势复杂)
231 谜一样的乘客(下集)
242 元太的灾难(提到gin是左撇子)
258 来自芝加哥的男子(上集)(詹姆斯·布莱克出场)
259 来自芝加哥的男子(下集)
269 犯罪的遗物(上集)(毛利小五郎的卷宗被盗，目标直指柯南)
270 犯罪的遗物(下集)
271 急忙掩饰的忽略(上集)
272 急忙掩饰的忽略(下集)(灰原被怀疑，形势危急)
277 英语教师vs西部名侦探(上集)(柯南叫博士调查克里斯·宾亚德)
278 英语教师vs西部名侦探(下集)
279 迷宫的阴暗(上集)
280 迷宫的阴暗(下集)
286 工藤新一纽约事件(事件篇)(知道克里斯就是美国已故大明星莎隆.宾亚德的女儿。287 工藤新一纽约事件(推理篇)
288 工藤新一纽约事件(解决篇)(贝尔摩德扮成**魔登场，赤井秀一对其进行追踪。兰知道赤井秀一是fbi。307 无声的证据(前篇)(再次抓住黑暗组织的尾巴)
308 无声的证据(后篇)(下一集的引子)
309 与黑暗组织的接触(交涉篇)
310 与黑暗组织的接触(追踪篇)
311 与黑暗组织的接触(决死篇)(柯南得知组织在雇佣电脑工程师编写一个神秘的系统软件)
329金钱买不到的友情(上集)(本集中提到了灰原的父亲：宫野厚司。是阿笠博士的旧识。330金钱买不到的友情(下集)
335 东京现影所的秘密(前篇)(灰原被跟踪，山雨欲来)
336 东京现影所的秘密(后篇)
338 四辆保时捷(前篇)
339 四辆保时捷(后篇)(茱蒂、赤井发现灰原与黑衣组织有联系、贝尔摩德知道灰原的身份)
340 厕所里隐藏的秘密(前篇)
341 厕所里隐藏的秘密(后篇)(灰原在厕所中找到了妈妈的录音留言)
343 便利店的陷阱(前篇)
344 便利店的陷阱(后篇)(小兰发现茱蒂老师公寓墙后的照片，引起对朱蒂身份的怀疑)
345 直面黑色组织的对决!满月之夜的二元神秘事件(茱蒂、赤井、詹姆斯身份曝光)
346 寻找p股上的印记(前篇)(为上一集善后)
347 寻找p股上的印记(后篇)
361 帝丹高中的学校怪谈(前篇)(真正的新出医生回归)
362 帝丹高中的学校怪谈(后篇)
374 星星和香烟的暗号(前篇)
375 星星和香烟的暗号(后篇)(柯南听到山村警官给他奶奶打电话的按键音和贝尔摩的给boss发简讯时的按键音相似，推测boss在鸟取县)
385 斯特拉迪瓦里小提琴的不和谐音(前奏曲)
386 斯特拉迪瓦里小提琴的不和谐音(间奏曲)
387 斯特拉迪瓦里小提琴的不和谐音(尾奏曲)(boss的手机号被发现，斗争新动向)
425 被组织的魔掌触碰的瞬间(水无怜奈、基安蒂、科恩出场，烽烟再起)
429 无法回到从前的两人(前篇)(本堂瑛佑出场)
430 无法回到从前的两人(后篇)
462 黑暗组织的影子 年幼的目击者(本堂瑛佑行事诡异，引起柯南注意)
463 黑暗组织的影子 奇妙的照明
464 黑暗组织的影子 谜样的高额报酬
465 黑暗组织的影子 珍珠的流星
484 黑色照片的去向(前篇)
485 黑色照片的去向(后篇)
491 红与黑的碰撞 开始(最精彩的一个系列，不可不看)
492 红与黑的碰撞 血缘
493 红与黑的碰撞 绝叫
494 红与黑的碰撞 冥土
495 红与黑的碰撞 昏睡
496 红与黑的碰撞 侵入
497 红与黑的碰撞 觉醒
498 红与黑的碰撞 搅乱
499 红与黑的碰撞 伪装
500 红与黑的碰撞 遗言
501 红与黑的碰撞 嫌疑
502 红与黑的碰撞 洁白
503 红与黑的碰撞 决死
504 红与黑的碰撞 殉职(第二次对决，赤井秀一疑似牺牲，水无怜奈cia身份遭到组织怀疑)
507 卡拉ok包房的死角(前篇)
508 卡拉ok包房的死角(后篇)(本堂瑛佑知道柯南是工藤新一，柯南在得知fbi有人死了之后想：没问题。这也成为赤井秀一没有死的疑似证据之一)
509 红白黄色与侦探团(水无怜奈给朱蒂传递信息，组织派出一名代号为波本的成员专门调查雪莉。冲矢昴出场，灰原哀察觉出异样)
510 柯南vs w暗号之谜
511 推理对决!新一vs冲矢昴
521 **犯 工藤新一
522 新一的真正身份和兰的眼泪(工藤新一第三次恢复)
523 真正想问的事
524 令人憎恨的蓝色火花(前篇)(最前面一部分，交代上一集的结果)
542 让鱼儿消失的一角岩(前篇)
543 让鱼儿消失的一角岩(后篇)(冲矢昴的言语直逼灰原)
556 红白黄色与侦探团
冲矢昴登场。614 侦探团vs抢匪团 骚动
615 侦探团vs抢匪团 沉默
伤疤赤井出现。630 黑色13的暗示
631 步步逼近的黑色期限
632 摇曳的红色目标
伤疤赤井再次出现。697 幽灵饭店的推理对决 上集
世良出场。723 侦探们的夜想曲(案件)
724 侦探们的夜想曲(诱拐)
725 侦探们的夜想曲(推理)
726 侦探们的夜想曲(波本)
波本身份，三选一。751 迫近灰原秘密的黑影 上集
752 迫近灰原秘密的黑影 下集
神秘列车篇的序章。753 漆黑的神秘列车(发车)
754 漆黑的神秘列车(隧道)
756 漆黑的神秘列车(终点)
主线，波本曝光。786 茱蒂的回忆与赏花的陷阱(上集)
787 茱蒂的回忆与赏花的陷阱(下集)
波本与苦艾酒调查朱蒂，朱蒂怀疑赤井未死。792 小五郎在bar(后篇)
柯南察觉到波本的行动。823 气氛僵硬的茶会(前篇)
824 气氛僵硬的茶会(后篇)
柯南怀疑波本为**。832 绯色的序章
833 绯色的追求
834 绯色的交错
835 绯色的归还
836 绯色的真相