第一幕
舞台灯光恢复正常，而时间已经回到了30年前。那是巴黎歌剧院的舞台上，艺术总监reyer先生正在帮助首席女高音carlotta和首席男高音piangi(carlotta的情夫)排演歌剧hannibal。而giry夫人也正在指导伴唱伴舞的女孩子们进行练习。这时，即将退休的老经理带来了两位客人firmin和andre，他们两位即将接任歌剧院经理的位置。正当carlotta在为两位新领导献上一首当晚准备演出的think of me时，突然从舞台天幕上掉下来的一块布景引起了**，大家纷纷猜测这是歌剧院的幽灵(phantom of the opera)干的。carlotta耍起小脾气不肯继续排练，并且离场声称不再参加歌剧院的演出。正在焦急的时候，年轻的伴舞演员meg giry(giry太太的女儿)提出让她的同伴，也是伴舞的chr**tine试试看，并得到了giry夫人的支持。结果，在排练场和当晚的演出中，chr**tine的歌喉征服了所有的人，包括当晚到场观看演出的年轻的贵族raoul，他也是歌剧院的资助人。回到后台，meg问chr**tine是谁教会她这么美妙的歌喉，chr**tine却说不知道，并提起她去世了的父亲曾经提到过一个“音乐天使”(angel of music)会来保护并指导她。而她就是在自己的化妆间里经常听到一个神秘的声音来指引她练习，她觉得这就是那个天使。正在这时，raoul专门来拜访了，原来raoul认出了台上的chr**tine就是他儿时的同伴。raoul准备邀请chr**tine共进晚餐，于是就出门去取放在外面的帽子。这时，房间里又出现了phantom的声音。phantom愤恨地责备raoul企图引诱chr**tine离开音乐的王国。chr**tine被phantom的声音震慑并迷惑，通过phantom设置在穿衣镜上的机关，跟随phantom走入暗道。等raoul回到屋内，已经空无一人。phantom用歌声引诱chr**tine来到他居住的地下湖心的屋内。在这里，他继续用music of the night引诱chr**tine的心智以及表达自己的爱意。最后，chr**tine在看到phantom做的穿戴婚纱的自己的蜡像后，在phantom的美妙的歌声中晕厥过去。phantom让chr**tine躺在床上休息，自己则埋头进行新的歌剧的创作。第二天，chr**tine慢慢醒来，先发现了身边的一个小八音盒(就是raoul后来拍得的那个)，渐渐又回忆起昨晚是如何跟随phantom下到这里的。好奇心驱使她壮胆趁phantom不备而摘下了phantom的面具。phantom惊恐万状，恶毒地诅咒chr**tine的好奇心，说再也不会让chr**tine自由，转念又劝chr**tine不要害怕，相信随着对他的了解，恐惧终究会转成爱意。并告诉chr**tine他准备送她回去。当phantom通过他自己设计的暗门突然出现在后台时，正好碰到舞台工人buquet在演示给剧院的女孩子们如何通过高举双手保护自己不被旁遮普套索套住。buquet所言所行一切都被phantom看在眼里。路过并目睹一切的giry夫人警告joseph不要把这件事情告诉任何人，否则将会遭致phantom的可怕报复。phantom把chr**tine带走后，剧院里着实忙乱了起来。firmin和andre看着演出门票飞快地售出，心里又高兴又着急，高兴的是自己的业务不错，着急的是carlotta使性子不肯来，chr**tine虽然出人意料地成功，但是又突然失踪。正在忙乱时，他们各自收到了写在信纸上署名o.g.的命令，要求赶快补发积欠他的工资，并且将chr**tine取代carlotta成为剧院的首席女高音。他们正在猜测这会是哪个疯子的行为时，raoul拿着他收到的一张字条也来质问他们chr**tine到底在哪儿，原来字条上威胁说如果谁想把chr**tine占为己有，就再也不要想看到她了。三人正琢磨着呢，carlotta突然出现在剧院，出示了又一张写着威胁她不许阻拦chr**tine的锦绣前程的字条，并且不听解释指责raoul在背后操纵一切，就是为了捧红chr**tine。正在乱的不可开交的时候，giry夫人带着meg前来告诉大家chr**tine已经回来，只是因为很疲惫所以谁也不能见，并且带来了一张字条，上面大意是：今晚演出的歌剧il muto必须由chr**tine来演主角伯爵夫人，carlotta只能演一个不出声的传令仆从，而且剧院的5号包厢必须给phantom空出，好让他象以往那样前来观赏。如果这些命令没有被遵守，一场无法预料的灾难将会降临到歌剧院的头上。carlotta自然无法接受这种安排，她歇斯底里地咒骂着，吓坏了两位经理，于是firmin和andre连忙用一曲prima donna来安慰carlotta，总算让carlotta安静了下来。而且firmin不顾giry夫人的劝阻，公开宣布chr**tine出演传令仆从，carlotta出演主角伯爵夫人。神通广大的phantom果然听到了，并且发誓要让他们知道自己的厉害。当晚，演出开始了，为了帮助firmin他们阻挠phantom的计划，raoul坐入5号包厢。phantom被他们的轻蔑激怒了，先是将舞台上傲慢的carlotta的嗓音变成了蛤蟆叫，导致演出的中断，后来又在芭蕾表演的时候把已经被旁遮普套索绞死的buquet的尸体从舞台天幕上吊下来，引起了观众们的慌乱。chr**tine和raoul趁着大家的惊慌，逃到了屋顶上。在那里，chr**tine向raoul诉说了自己的遭遇，raoul一面安慰她说这一切都是梦境，一面向chr**tine表示了埋藏已久的爱意，两人合唱了一曲all i ask of you互表心意。然而这一切还是没有逃出躲藏在暗处的phantom的监视。在raoul和chr**tine相拥离开屋顶后，phantom痛苦于raoul对chr**tine的迷惑以及chr**tine的背叛，决定诅咒他们。在il muto演出结束演员谢幕时，剧院的大吊灯坠下砸在chr**tine跟前，毫无疑问，这就是phantom的愤怒所示！(第一幕完)
第二幕
幕间曲过后，舞台上出现的是戴着面具的firmin和andre，时间已经是继吊灯坠下后大概6个月了。已经是新的一年。期间，phantom没有再来打扰任何人，新的吊灯也安装好了，于是人们在剧院里举办了一次化妆舞会(masquerade)来庆祝这新的生活。已经秘密订婚的chr**tine和raoul也在人群中携手共舞。虽然raoul很希望公开这个秘密，但是chr**tine依然害怕phantom会知道后威胁他们的生活，要求raoul继续保密，并把raoul给的订婚戒指串在项链上，而不是戴在手上。raoul虽然不是心甘情愿，但也无可奈何。正在欢乐进行到高潮的时候，突然出现一个戴着红色死神面具的客人，大家都被这奇异吓人的装束震住了。来者正是销声匿迹许久的phantom。他带来了刚刚写就的一出歌剧《唐璜的胜利》（don juan triumphant）要求剧院上演。并且，在再度消失前，他从chr**tine脖子上夺走那枚戒指，告诉她他还没有放弃她。舞会不欢而散，raoul见giry夫人心事重重，就上前询问她是否知道phantom的底细。giry夫人在raoul的苦苦劝说下，这才道出phantom的来历。原来几年前，巴黎来过一个江湖马戏团，除了表演杂耍，他们还展出一些畸形人供大家娱乐，其中有一个被关在笼子里的怪脸人，却是一个知识渊博的建筑师，音乐家。后来，这个怪脸人逃出了笼子，大家遍寻不着，都以为他已经死在某个角落。而giry夫人则清楚意识到，之后出现在歌剧院的phantom，就是这个怪人。raoul听到这一切，心中飘过一丝寒衣，还想继续追问，但是giry夫人已经不敢再说下去，他也只得作罢。两位经理对着新的总谱一筹莫展，说实话，他们不想听从phantom的命令，但是实在害怕再来一次以外。这时，他们又收到了phantom发来的字条，上面对歌剧院的人事安排等做出了一系列的指示。接着，carlotta和piangi又闯了进来，大呼小叫，原来phantom给carlotta在戏中安排的是一个只有合唱的小配角角色。carlotta无法接受，说这是对她的侮辱。raoul带着chr**tine前来询问两位经理到底有无决断，是否让chr**tine出演主角。而giry夫人又带着另一张字条匆匆赶来。phantom在这张最后指示中声明他的要求必须都得到满足，否则，更大的灾难将会等着他们。大家一时没了主意
raoul突然觉得这是一个很好的机会，便跟两位经理商议一切按照phantom的意思办，但是另外他们将布置岗哨，诱捕phantom。giry夫人听了十分惊慌，极力劝说他们，但是三人不听，chr**tine虽然百般恳求他们不要让她陷于其中，但是经不起raoul的规劝，遂答应了他。当然，phantom也没有错过他们的谈话。于是乎，一切都开始行动，reyer先生开始给大家排练新的歌剧，在嘈杂的排练房里，正当人们忙碌q且紧张到了极点的时候，突然放置一旁的钢琴在没有**奏得情况下自己弹出了排练曲目。惊惶失措的chr**tine夺路逃出，来到了父亲的墓地前，向墓碑上的父亲塑像诉说着自己的忧虑和恐慌，希望能得到他的帮助。突然，phantom又出现在了她面前。phantom告诉她自己就是他父亲说的angel of music，就是来引导和保护她的。被过度惊吓的chr**tine再次被phantom迷惑住。这时raoul也闻讯赶到了墓地，并力劝chr**tine不要相信phantom的话。phantom企图挑逗raoul上前跟他决斗，但是raoul被chr**tine制止并一起逃离了墓地。phantom愤怒之余，发誓要报复他们两个人。地点回到剧院，raoul和两位经理正在紧急安排**布哨布岗，准备在《唐璜的胜利》的首演式上，在5号包厢抓住phantom。不过这一切都没有逃过phantom的耳目，phantom的声音在剧院各个角落响起，嘲笑他们的狂妄，并且挑战他们说如果真想抓他，就尽快开演《唐璜的胜利》。raoul也决定破釜沉舟，和phantom做最后一次较量。演出在合唱中开始了，按照剧情。piangi扮演的don juan和其仆从为了设计引诱由chr**tine扮演的女主人公，进入舞台上的隔间换上仆从的服装。但是phantom早已设计好了在隔间内用旁遮普套索吊死了piangi，然后换上了剧情中的斗篷，遮住自己的脸，出来和chr**tine一起演唱了剧中一段优美的咏叹调the point of no return。演出中，chr**tine偶然触碰到了phantom的面部，发现对方并不是piangi，就掀开了斗篷，一时间大家被舞台上的突变吓住，而raoul为了不伤害chr**tine，也阻止了士兵开枪。phantom按捺不住内心的渴望，用柔和的嗓音，向chr**tine表明爱意，而chr**tine也勇敢地揭下了phantom的面具，让观众们都看到了phantom的扭曲的相貌。在一片惊呼声中，phantom带上chr**tine，再次消失在众目睽睽之前，让raoul精心布置的陷阱落了空。同时，舞台上的人们也发现了早已死在布景后面的piangi。raoul一时没了主意，但是giry夫人提醒他赶快跟着她去地下室，并嘱咐他一定要记住将胳臂举过头顶，以防phantom再次使用旁遮普套索袭击他们。同时，几乎所有的人都出动，一边高喊抓住凶手，一边到处查找phantom的踪影。phantom果然又带着chr**tine来到地下室，他正沉浸在小小获胜的喜悦中，突然又被远远传来的人们的叫喊声搅乱心情。他质问chr**tine，为什么这个世界会对他这么不公平，仅仅因为他长了一副令人可怕，连他的母亲都不忍正眼以对的面容。chr**tine告诉他，之所以觉得世界对他不公，不是世人的错误，而是因为他自己囚禁了自己的灵魂，并且与世人为敌，为了达到目的而不惜**或者夺取他人所爱。所以，她对他的感情，已经从同情转为憎恨，而没有丝毫的爱。正在这时，raoul已经赶到地下室，但是被阻隔在铁栏之外。他哀求phantom可以对他做任何事，但是一定放过chr**tine。phantom被他的打搅激怒，趁他不防，用旁遮普套索套住了raoul，并且逼迫chr**tine做出选择：
1）要么用raoul的生命换取她的自由；2）或者披上phantom准备的婚纱，换取raoul的生命。尽管raoul表示自己可以为爱牺牲生命而在所不惜，但是chr**tine不忍爱人的牺牲。她最终鼓起勇气，告诉phantom，她将告诉他，爱的力量，会有多么强大，上帝终究会拯救phantom的灵魂。然后，给了phantom一个吻…
尾声
一个意味深长的吻，如同天上的造物主的光辉，照亮了phantom的封闭的心灵。phantom被chr**tine的坚定的爱的力量彻底折服。他松开了raoul脖子上的旁遮普吊索，对chr**tine和raoul挥了挥手，让他们赶快离开，并且不要再回来也不要跟旁人提起这里的一切。chr**tine和raoul相依走到门口，突然chr**tine回头跑到phantom身边，将phantom之前给她戴上的戒指摘下，还给phantom。phantom强捺悲哀，目送chr**tine离去。然后悲哀地唱出“it's over now,the music of the night-”，然后慢慢地走向舞台一角的王座。正在此时，meg带着众人也找到了地下室这里，在她们进到地下室之前，phantom扬起黑斗蓬遮住自己，等meg来到王座前揭开斗蓬，phantom早已不知去向。王座上，只留下phantom的一只面具。（剧终）