走出训练馆会遇到对手，他会给你一个躲避沙尘暴的道具，以后就可以去沙漠了。（注：在沙漠里有一座时有时无的虚幻塔，在里面可捡到一块化石。现在已经收集够4枚徽章了，回到天元市，向爸爸发出挑战。以下是天元市训练馆的资料：
普通系训练馆 no.327 晃晃斑 27级
no.264 大飞鼠 29级
no.288 过动猿 27级
no.289 请假王 31级
打败爸爸后，道夫的爸爸会出现，并送你秘传机03冲浪。在这同时，之前开船的那位老头也会回到家里。去银叶市，在右边使用冲浪来到118号道路，在这里会遇到代后。往上走是119号道路，这里有高草，只能走路前进。在119号道路的最上方，有一间气象台，里面被水之团占领了。击败二楼的boss后，气象台所长会送你一只天气小子。以下是水之团小头目的资料：
利牙鱼 28级
大狼犬 28级
出气象台，过桥后会遇到对手，以下是对手的资料：
无壳蜗牛 29级
荷叶童子 29级
森林蜥蜴 31级
打倒他后会得到秘传机02飞天。继续前进来到日川市。日川市的训练馆门前不知有什么东西挡住，无法进去，只好继续赶路。在120号道路的桥上会再次遇到代后，他告诉你那种透明的东西是隐身龙变的，并给你一瓶可令隐身龙显身的喷雾剂，让你击败前面的隐身龙（30级）。回到日川市，对训练馆门前的隐身**用喷雾剂即可进去。以下是日川市训练馆的资料：
飞行系训练馆 no.333 云彩雀 29级
no.357 热带雷龙 29级
no.279 大嘴鸥 30级
no.227 巨鸟 31级
no.334 七夕青鸟 33级
继续前进，在121号道路会遇到熔岩团的人，来到阿田市后发现城市已经被水之团占领。在上方的百货大楼门前会看到对手，在这里可与对手进行联盟比赛前的最后一次比赛，以下是对手的资料：
香蕉叶龙 31级
无壳蜗牛 32级
大嘴鸥 32级
森林蜥蜴 34级
打败他后，他就飞回家去了。在阿田市最右边，发现入海口被肥波鲸封锁，从水之团的小兵口中得知熔岩团大军压至落日山。在121号道路使用冲浪来到122号水路，水路中间的小岛既是落日山。上山打败熔岩团的人吧。回阿田市通过小道消息打听到在凹凸山异常现象，立即飞往飞音镇，坐缆车上山。上到山顶后往下走，会有一阵地震，之后在山腰上会出现一个山洞，里面就是熔岩团的秘密基地。在深处遇到熔岩团首领，古拉顿也在那里。对话后要与首领对战，以下是熔岩团首领的资料：
大狼狗 37级
大嘴蝠 38级
火山骆驼 39级
对话后古拉顿逃跑，熔岩团首领也离开。之后飞到卡依市，在上方的船厂里发现潜水艇被水之团盗走。飞回阿田市，在右上方的水域里可进入水之团的秘密基地，在深处发现水之团的首领已坐着潜水艇逃走。另外，在这个基地里还可捡到一个**球。离开秘密基地，往右穿过124、125号水路，即可来到道谷市。以下是道谷市训练馆的资料：
超能力训练馆（2 vs 2模式）
no.278 天然鸟 41级 and no.344 念力土偶 41级
no.337 月神石 42级 and no.338 太阳神石 42级
在道谷市右边有一所研究所，里面被熔岩团占领。来到二楼，发现代后正被一个小头目和首领缠住，上前便可与代后组队作战，每人可用3只精灵。以下是熔岩组资料：
火山骆驼 36级 and 大狼犬 42级
火山骆驼 44级 and 双翼蝙蝠 40级
大嘴蝠 43级 and 大狼犬 38级
以下是代后的资料：
no.375 双臂恩古 42级
no.227 巨鸟 43级
no.306 钢甲暴龙 44级
打败熔岩团的人后，去道谷市左上角的屋子，代后会送你秘传机08潜水。离开道谷市，在127号水路使用潜水，在水中一直往下走，进入一个洞窟，发现潜水艇就在这里。上岸后击败路上水之团的人，来到深处，遇到水之团首领，还有海皇牙。{海底洞窟的石头过法，先推第一层中间的向上，左右的分别推向左右两边，之后第二层的中间推左，再把中间的推上，左右的分别推向左右两边，再把第五层第二和第四分别向上推，中间的推左，完成！}对话后要与水之团首领对战，以下是水之团首领的资料：
大狼犬 41级
大嘴蝠 41级
巨牙鲨 43级
回话后海皇牙溜走，首领也离开。离开洞窟，上岸后发现天气大变，还会遇到两个团的首领与代后。游到126号道路，使用潜水，在中间上浮，即可到达双鹿市。古拉顿和海皇牙正在这里战斗。与代后对话，他会让你进入觉醒寺。在觉醒寺深处找到wallace，对话后他让你去天柱找他。离开双鹿市，游到131号水路，在水路的中间往上拐即可抵达天柱。在天柱顶层遇到天空之龙后，即可飞会双鹿市。回到双鹿市，等天空之龙化解了灾难后，可获得秘传机07登瀑，之后可以去打训练馆。以下寺双鹿市训练馆的资料：
水系训练馆
no.370 爱心鱼 41级
no.364 古拉海象 43级
no.340 鲶鱼王 41级
no.342 铁钳龙虾 43级
no.230 刺龙王 46级
在128号水路使用登瀑即可抵达精灵联盟前面的冠军之路，在这里需要使用秘传机03、04、05、06、07才能过去。在冠军之路1层会遇到道夫，以下是道夫的资料：
七夕青鸟 44级
超能女皇 45级
双色玫瑰 44级
卷耳猫 43级
三合一磁怪 41级
闯过冠军之路后就抵达精灵联盟了。门卫验证你拥有所有徽章后即可为你打开胜利的道路。以下是四大天王and冠军的资料
天王1－sidney，邪恶系天王 克制恶系的属性：格斗 被恶系克制的属性：超能、鬼
no.262 大狼犬 46级
no.359 阿布鲁梭 49级
no.342 铁钳龙虾 48级
no.275 天木狗 48级
no.332 梦歌奈亚 46级
天王2－pheobe，鬼魂系天王 克制鬼系的属性：鬼本身、恶、普通 被鬼系克制的属性：鬼本身、超能、普通
no.356 诅咒娃娃 48级
no.354 夜巨人 49级
no.354 夜巨人 49级
no.302 勾魂眼 50级
no.356 诅咒娃娃 51级
天王3－glacia，冰系天王 克制冰系的属性：火、格斗 被冰系克制的属性：草、飞行、龙
no.364 古拉海象 50级
no.364 古拉海象 52级
no.362 巨头冰怪 50级
no.362 巨头冰怪 52级
no.365 帝牙海狮 53级
天王4－drake，龙系天王 克制龙系的属性：龙本身、冰 被龙系克制的属性：龙本身（火、水、草、电等属性攻击龙均为半倍效果）
no.372 龙龙贝 52级
no.330 沙漠蜻蜓 53级
no.230 刺龙王 53级
no.334 七夕青鸟 54级
no.373 血翼飞龙 55级
联盟冠军－wallace
no.321 飞船巨鲸 57级
no.350 美纳斯 58级
no.073 毒刺水母 55级
no.272 荷叶鸭 56级
no.130 暴鲤龙 56级
no.340 鲶鱼王 56级
打败冠军后，你就成为了新一届的联盟冠军，之后wallace会带你进入冠军殿堂，记录你的精灵。之后就通关了。通关后，你会回到家里。爸爸会给你一张船票，以后就可以去卡依市或者阿田市坐船了。之后看电视，上面说有不明精灵在芳园地区飞行，妈妈问你是蓝水督还是红水督，你选择哪只，以后就会遇到哪只水督。走出屋子，博士会帮你把图鉴升级为386版，之后在芳园地区就可以抓到金银版的精灵了。坐船来到战斗乐园，这里是以前战斗塔的所在地，现已改建为更大的对战地区…这里有7种对战设施，暂时不一一作介绍。在乐园的最右边，会看到一个奇怪的树，对着它使用肥波鲸喷壶，就会出现骗人树，40级。收服骗人树后，在它挡住的地方使用冲浪，一直往左走可进入一个洞窟，在里面有大量的画画犬。暂时离开战斗乐园，在119号道路的气象台所长那里得知，某号道路（随机变化）的天气有异常状态，之后立即到那条道路。如果那里是出大太阳，则要寻找一个山洞，古拉顿在里面；如果那里下大雨，则要寻找一小块可以潜水的水域，里面呆着海皇牙。两只神兽各70级。去天柱，2楼需要用快速自行车冲过去（3格加速）。在楼顶有70级的天空之龙。看过电视后，在芳园地区的某条道路会随机出现红/蓝水督，40级。三神柱事件:
先去134路，和rs里一样，到一块在急流里可以潜水的地方，到洞底，阅读墙上的文字，再使用挖洞（dig），门会打开。进门，阅读文字，把321号放在第一位，把369号放在最后再读一遍，会发生地震，所有神柱的门会打开。1.岩（377）：
他的洞在沙漠南边，到了以后，阅读墙上的文字，然后向左走两步，向下走两步，使用碎石（rock smash）门会开，等级是40
2.冰（378）：
他的洞在105路上，到了那里后，阅读文字，然后顺时针围绕洞跑一圈（一定要靠墙）跑完后，门就会开，40级
3.钢（379）：
最后的洞在120路上，找到后，读墙上的文字，走到房间中间，使用闪光门就会开，40级
当你收集了202种pm时，博士会给你以下三只精灵的其中一只：
no.153 小花兽
no.155 火岚兽
no.158 小鳄鱼