第1集 勇气继承人
太一等人的冒险已经过去三年了—高石武搬到了御台场，今天是他上小学五年级的第一天，他在上学途中分别遇到井上京、火田伊织、本宫大辅和八神嘉儿。太一突然收到亚古兽发来的紧急信号，然后他进入了数码世界。亚古兽不能进化，他们被迫躲到山洞里，发现了一个有勇气徽章图样的东西。太一走过去，就有三道光射出，原来分别是大辅、小京和伊织的新型暴龙机。大辅于是进入数码世界，并轻易举起太一用尽力气也拔不出的“数码装甲”，大辅的搭档v仔兽也同时诞生了。v仔兽让大辅叫“装甲进化！使自己装甲进化成烈焰兽，打碎了角龙兽身上的邪恶环，使其恢复本性。战斗结束后，太一将自己的护目镜送给了大辅。第6集 危险的野餐
今天是黄金假期，大家决定去数码世界野餐。正要出发时刚从美国回来的美美进来了。于是大家约美美一起去。野餐时麻鹰兽因为追被穿山兽丢得很远的寿司而和小京与大家失散了。美美去找小京，却掉进了暴龙改造者的领地，被小京和麻鹰兽叫醒。突然，她们被邪恶环控制的怪蛙兽和蝌蚪兽追赶，幸亏被巴鲁兽出现及时救了她们。正当好朋友相聚的感人时刻，美美说出来数码暴龙世界的目的是为了野餐而不是来看巴鲁兽时，巴鲁兽很不高兴。此时暴龙改造者派出甲由兽兄弟攻击她们，美美利用甲由兽的攻击打裂了黑暗塔，巴鲁兽进化成仙人掌兽，与铁鹰兽一起打倒了黑暗塔。第7集 嘉儿的记忆
大家破坏了一座座黑暗塔。这天，大家来到守卫兽的地域，开始由于体力不足被迫撤退。但是一只守卫兽在嘉儿进入之前打烂了电视，嘉儿被迫留在数码世界。大辅与阿武决定返回数码世界救嘉儿。巴达兽在结界外进化成天使兽，但进去后又退化了。大辅很嫉妒，硬要v仔兽进化成什么“超级天使兽”。当他们发现嘉儿时，被邪恶环控制的安杜路兽出现。即使铁鹰兽和钢钻兽增援都不敌它。后来，安杜路兽分别认出大辅带着的太一送的护目镜、太一以及嘉儿，以前的记忆使邪恶环的力量消失。大家回去后，见到光子郎后，得知新型暴龙机名叫d3暴龙机。第8集 孤独的暴龙改造者
大辅的足球队要与天才少年一乘寺贤的足球队比赛。上半场一乘寺贤没有来，大辅攻进一球，以1：0领先。下半场一乘寺贤出场，以超乎寻常的能力攻进9球，但最后一球被大辅奋力铲下，但铲伤了一乘寺贤的右脚。大家到了数码世界后，除大辅外所有人突然神秘消失，暴龙改造者用大辅的同伴威胁大辅，让他下跪并让v仔兽踩他的头。后来阿武他们赶到，原来那些人质是假冒的。大辅非常气愤，便单独冲上去将暴龙改造者打了下来。突然大辅注意到暴龙改造者的右脚有伤，暴龙改造者终于亮出底牌—他就是一乘寺贤！第10集 与机械暴龙兽为敌
大家来到电脑室，小京因为恐惧被大家劝留在电脑室。同时，暴龙改造者不断让暴龙兽黑暗进化成丧尸暴龙兽，来检测邪恶环的缺点。大家打败朽木兽后得知暴龙改造者的位置。同时，暴龙改造者终于发现邪恶环的缺点，进而研制出邪恶螺旋环，此时却发现亚古兽已被他的搭档虫虫兽放走。太一等人遇到亚古兽，但在即将离开时又被暴龙改造者攻击。暴龙改造者又将邪恶螺旋环套在亚古兽身上，将其进化成全身充满病毒的蓝色的机械暴龙兽。太一由于不愿亚古兽受伤而阻止大家攻击错失良机，机械暴龙兽以其强大的攻击力打倒了数码暴龙们，此后被暴龙改造者带走…
第11集 蓝色闪电，雷龙兽
大家继续前进追赶暴龙改造者，太一让大家要尽全力攻击机械暴龙兽。大辅不解，太一告诉他打架可以增进友情，他就更不解了。他们发现友情的装甲，于是尝试拔起来，没有人成功。突然皇蜂兽攻击他们，而且捉走巴达兽。暴龙改造者出现并想将邪恶螺旋环套在巴达兽身上，幸好加鲁鲁兽出现，救下巴达兽。众人便向机械暴龙兽展开攻击，只有大辅始终不敢攻击，烈焰兽被迫退化。最后，大辅觉醒，使友情装甲自动飞到大辅手里。v仔兽装甲进化成雷龙兽，与大辅并肩作战，终于将机械暴龙兽的邪恶螺旋环打碎，亚古兽又回到了太一身边。第12集 数码宝贝牧场的决斗
巴多拉兽被飞龙兽追击，发出求救信号，素娜收到求救信号后立即用电子邮件通知其他人。但阿武正在睡觉而嘉儿和迪路兽去散步，没有收到。于是小空与其他人一起去数码世界。他们在西部镇遇到自称“正义守护者”的五角星兽后来却发现它其实戴了邪恶环。所有人都被它捉住，他们发现比丘兽也被捉住了。趁五角星兽出去时，也自称“正义使者”的**兽出现，但被大家怀疑也戴了邪恶环。证实了它没被戴邪恶环后，大家向它求救，素娜和小京被救出后被迫和**兽玩牌，五角星兽回来后决定与**兽决斗。穿山兽吃了它的便当回复体力，装甲进化后冲出了牢房。最后烈焰兽打败了五角星兽，发现并打倒了黑暗塔。后来五角星兽和**兽不让他们走而要一起玩牌。第13集 达高兽的呼唤
嘉儿在上课时突然感到置身于大海。阿武发现嘉儿正在消失，大喊她，老师就叫嘉儿去保健室。阿武下课后发现嘉儿不在保健室，就去找她，找到后因为她太依赖哥哥很生气而斥责。迪路兽发现嘉儿在过马路时突然消失，大辅以为她在数码世界，阿武则去海边找她。嘉儿在一个奇怪世界的山洞里发现了被邪恶螺旋环控制的奇蛙兽，突然被飞龙兽袭击。阿武终于来到那个世界，打倒了一座黑暗之塔，发出的光使迪路兽超进化成天女兽，打败飞龙兽并解放了奇蛙兽，然而它们不是真的奇蛙兽，它们想让嘉儿帮它们生养后代。天女兽出手攻击，使它们知难而退。第15集 忍者兽的武功秘籍
大家从电脑上发现暴龙改造者的地域越来越大，于是立即进入数码世界。在怪蛙皇的城堡区域，大家被受到控制的花拉兽和蘑菇兽攻击，忍者兽更是遇到强敌伊贺兽。后来伊贺兽往怪蛙皇身上套邪恶螺旋环，并向忍者兽下挑战书。大家利用怪蛙皇的攻击打碎黑暗之塔，然后将其打睡过去。忍者兽战胜清醒了的忍者豆豆兽，回来商量对策。大辅提议将套有邪恶螺旋环的鞭子砍掉，遭到谴责。最后大家一起攻击，终于将邪恶环打碎。但是，暴龙改造者却毫不关心…
第17集 御台场的纪念日
今天是八月一日，是阿武等人第一次去数码世界的日子，新旧被选中的孩子们聚在一起纪念这个难忘的日子。在电视台，在剪辑录像带时经常发现黑影，而且每次都不同。阿武到阿和家吃饭，听到他爸爸说起这件事。第二天，电视台工作人员依然发现同样的情况，并且不断有人叫迪路兽的名字，同时光子郎发现只要有d3暴龙机，任何一台上网的电脑都可以打开数码世界大门。八月三日，大家来到电视台前，迪路兽突然感觉到一些东西，于是大家进入电视台。黑影终于现身，他就是三年前的今天为保护迪路兽和嘉儿而牺牲的巫师兽的灵魂。他留下了“温柔能够绽放出金黄色的光芒”的信息以后，就离开了…
第18集 寻找暴龙改造者的基地
光子郎和伊织发现暴龙改造者的基地，大家决定让太一等人帮助，并利用一起去郊游的假象骗过家长，想一举打倒暴龙改造者。小京因为非常紧张，到了数码世界以后神经非常兴奋，暴龙改造者的基地从原来的位置消失了。小京下去侦察时不小心被蜘蛛兽袭击，麻鹰兽为救她而受伤。小京非常后悔，于是嘉儿留下来陪她照顾麻鹰兽，其他人去找暴龙改造者基地。晚上，当麻鹰兽的伤好了以后，小光和小京发现了正在天上的暴龙改造者的移动基地。第19集 合成魔兽，基米拉兽
阿武和伊织一大早去侦察暴龙改造者的基地。暴龙改造者亲自到黑暗漩涡里取出黑暗系数码暴龙的数据。阿武和伊织在基地里看到漩涡里的恶魔兽，使阿武想到三年前天使兽用生命封印恶魔兽的事，决定与暴龙改造者决战。暴龙改造者在取数据时，恶魔兽对他说他不能控制强大的黑暗力量。他取完数据后完成他的原创数码暴龙—合成型的基米拉兽。基米拉兽可以说是全能的数码暴龙。嘉儿她们不是对手。阿武耻笑了暴龙改造者后与他争执起来，在发现基米拉兽后乘天马兽与大家一起撤退…
第20集 超绝进化，金甲龙兽
基米拉兽到处破坏，暴龙改造者的基地就跟在后面。大辅他们利用火焰的掩护进入基地，准备破坏动力室。暴龙改造者叫基米拉兽回来攻击大辅他们。它强大的攻击力即使避过攻击仍然会被气浪弹开。很快，数码暴龙们都退化了，而且大辅、小京、伊织的数码暴龙都退化成了幼年期。暴龙改造者十分惊奇，命令基米拉兽停止攻击。大家趁机去了动力室，暴龙改造者又叫基米拉兽攻击，它却没有听从而离开了。虫虫兽为了使一乘寺贤恢复善良，带大辅进入了动力室。原来动力室是由奇迹装甲提供动力的。它的光辉不但使豆丁兽立即进化成v仔兽，而且自动落到大辅手里，此时v仔兽装甲进化成金甲龙兽，放出奇迹的光辉。第21集 再见，小贤
圣骑士型的金甲龙兽出现，使基米拉兽察觉并返回。两兽展开激烈的对决，虫虫兽则不停地劝暴龙改造者变回善良的小贤。后来，金甲龙兽由于能量消耗过多，全身无力。虫虫兽在尽最后一次努力劝暴龙改造者后，用自己的生命力注入金甲龙兽，终于消灭了基米拉兽。当暴龙改造者明白数码暴龙都是有生命的时候，才知道自己是错误的，变回了一乘寺贤。此时，虫虫兽已经死去，这使一乘寺贤非常伤心。大家回来时，他的姐姐来到营地，于是便一起回家了。第22集 豪勇进化，v仔兽ex
大辅与阿武打篮球，嘉儿为阿武加油，而大辅却频频出洋相，巴达兽则与迪路兽一起跳舞。大家来到数码世界开始重建数码世界，大辅希望和嘉儿感情更好些，而v仔兽则希望和迪路兽感情更好些，于是大辅要求v仔兽进化成成熟期。他让鼻涕兽与红鼻屎兽们扮成敌人，希望v仔兽能为了救他而进化，但是弄巧成拙。后来他们遇到多达兽，被它追击。就在千钧一发之际，v仔兽终于进化成v仔兽ex，打败了多达兽。第23集 黑暗的童年
一乘寺贤躺在床上想以前的事，原来他以前有个哥哥叫一乘寺智，他非常聪明。有一次，暴龙机突然来到他家，哥哥就把它放在一边。小贤因为好奇而拿出来，就进了数码世界。回来后，哥哥很生气，勒令他以后不准拿。哥哥死后，小贤收到电子邮件，叫他不要为哥哥而自责，还叫他再次拿那个暴龙机。他来到了黑暗海边，使暴龙机变成黑暗d3暴龙机。想到这里，小贤醒来，并到了数码世界的创始村，被幼年数码暴龙责骂，触动了自己善良的心。善良徽章发光，一个数码蛋也有响应。小贤走过去抱住那个蛋，虫虫兽的幼年期—绿叶兽诞生了。第27集 无敌合体，机甲龙兽
v仔兽ex与飞虫兽合体进化成机甲龙兽，力量比大古加兽还强，令大家觉得不可思议。大家进入暴龙改造者的基地，将温柔徽章插进动力室。动力室虽然停止运作，但是**却仍未停止。小贤发现管道，于是顺着管道找。他们发现了动力室能量的来源，阿武和小光感到有黑暗力量。原来那里是黑暗世界的入口，而且那里马上就要**了。就在最危急的时刻，机甲龙兽打败了大古加兽，并击毁了来源。回去以后的第二天，光子郎与他们讨论了合体进化的事，并确立了敌人—神秘女子。第30集 黑暗究极体，黑暗战斗暴龙兽
亚基利兽越想越生气，于是想出了一个可怕的计划：用100座黑暗塔制造出一只强大的数码暴龙！大辅与小京想让伊织和一乘寺贤感情好些，于是叫穿山兽和虫虫兽一起去破坏黑暗塔。虽然穿山兽和虫虫兽的感情好了，但是伊织和小贤识穿了他们的意图，他们的感情不但没好，小贤更是离开了。这时，亚基利兽实施了她那可怕的计划，究极体的黑暗战斗暴龙兽诞生了！小京将小贤找回来，但是机甲龙兽的实力也在它之下。最后，它使出很恐怖的一招，使所有人都晕倒了。意外的是，黑暗战斗暴龙兽居然不听亚基利兽的指挥，独自离开了…
第31集 爱的狂风暴，人面战鹰兽
黑暗战斗暴龙兽在寻找对手战斗，亚基利兽则追踪它。大辅他们来到数码世界，迪路兽发现那里是她丢失神圣环的地方，于是大家便去寻找。小贤突然看到黑暗海，于是大叫。嘉儿和小京发现了他，三人突然进入奇怪的地方。大辅与v仔兽居然能穿过他们的身体，原来他们所处世界的次元不同。小京他们来到山崖，发现类似神圣环的东西发光，小京与嘉儿为了捡它掉了下去。麻鹰兽不能进化，使小京以为再也上不去而发脾气。嘉儿打了她一耳光，使她冷静了下来。上去后，嘉儿和小贤又看见了黑暗海，而且亚基利兽用黑暗塔造出暴罗刹兽,它十分厉害。嘉儿十分绝望，无法冷静下来，小京也打了她一耳光，并鼓励她。两人心意合一，使亚古拉兽与迪路兽合体进化成人面战鹰兽，打败了暴罗刹兽并回到了原来的世界。第34集 圣石保卫战
黑暗战斗暴龙兽又破坏了一块圣石，突然出现了一个痛苦挣扎的身影，黑暗战斗暴龙兽觉得那只数码暴龙就是它要寻找的目标。阿武非常愤怒，使伊织觉得很困惑。第二天，大辅他们先于黑暗战斗暴龙兽找到圣石，但是亚基利兽和木乃伊兽却来攻击。天使兽被黑暗战斗暴龙兽打败，突然圣石发光，使天使兽超进化成神圣天使兽