第一部分
鸣人归乡
营救我爱罗
佐助离开后3年，鸣人和自来也从外修行回到木叶，见到了木叶丸、鹿丸、手鞠等人。也见到了卡卡西，和跟纲手修行的小樱。目前当初和鸣人一起参加中忍考试的伙伴，都已经当上了中忍。宁次已经是上忍了。砂忍的勘九郎和手鞠也当上了上忍，我爱罗成为了5代风影。为了展示一下修行的结果，鸣人和樱再次来到当初卡卡西班第一课的练习场，同样还是抢卡卡西身上的2个铃铛。使得2人又想起佐助的离开伤心不已。再这次抢铃铛的活动中，鸣人和樱都表现出了进步，但是卡卡西实力究竟不可小觑，鸣人最后用新版《亲热战术》的剧情，骗卡卡西疏忽了一下，抢到了铃铛。就在鸣人回到木叶与众人见面之际，风之国砂忍遭到了晓2名成员的入侵。这二人是赤砂之蝎（玉）①和迪达拉（青）。他们的目的是劫走一尾守鹤的人柱力我爱罗。蝎通过当初便已经控制的砂忍高层由良，轻松解决了砂忍的守卫，入侵砂忍村。迪达拉进村去抓我爱罗，双方在空中大战一场，最后迪达拉攻击砂忍村，我爱罗为救村子漏出破绽，被迪达拉炸晕俘虏。而迪达拉损失了一条手臂。勘九郎带人去救我爱罗，碰到**的蝎，双方恶战，蝎对勘九郎的傀儡了如指掌。勘九郎中毒倒下，但是也趁机收集到了蝎身上的布条。木叶收到了砂忍的求援急报，纲手派卡卡西班前去救援，路上碰到了之前已经离开木叶返回砂忍的手鞠，手鞠为卡卡西班做向导立即回砂忍支援。这时纲手有不祥的预感，又加派刚刚执行任务归来的凯班去支援。卡卡西班赶到了砂忍，勘九郎中毒不治，性命垂危，连砂忍顾问级人物，千代婆婆及其弟弟海老藏都束手无策。原来蝎对自己的**非常自信，所以没急着取勘九郎的性命，让其疼上3天再死。出乎意料，千代见到卡卡西马上动手攻击。原来千代将卡卡西误认成了其父有木叶白牙之称的旗木蒴茂。木叶白牙曾经在忍者大战时杀死了千代的儿子和儿媳，就是赤砂之蝎的父母。为救勘九郎，樱挺身而出，她跟纲手习的医毒绝招，用非凡液体将大部分毒从勘九郎体内直接吸出，保住了勘九郎的性命。然后又研究毒性，配制出3份解毒剂，这让千代等人刮目相看。勘九郎清醒后，将收集到的蝎的布条给了卡卡西。卡卡西派出忍犬寻找晓的藏身地。忍犬帕克成功找到。砂忍为防止风影被劫带来的混乱被别国利用，趁火打劫，暂时不派人去救我爱罗，只有千代做顾问，同卡卡西班去救援。这时收到凯班前来支援的消息，卡卡西派帕克去通知凯班，直接去救援我爱罗，众人出发。迪达拉和蝎带我爱罗回到晓的据点，随即开始了幻龙九封尽来拔除一尾。这时绝（玄）探测到有敌人向这里接近。晓的队长（零）施术，让鬼鲛和鼬用假身拖延敌人。假身是活人变化为控制者，有控制者30%的实力。卡卡西班和凯班碰到假身，一场恶战。最后鸣人用大玉螺旋丸，凯用朝孔雀分别战胜了对手。但是拖延时间的策略已经达成。当卡卡西班和凯班在晓据点外汇合时，一尾已经被拔除。晓留下迪达拉和蝎来对付追兵，并且最好能抓到九尾的人柱力鸣人。卡卡西班和凯班在晓的据点外，碰到了五行封印。需要从5个地方同时拔掉封印的符咒。凯班分开去找另外的4个封印符咒。但是在揭掉符咒的同时，触发陷阱，出现凯班的4个人的复制体。凯班被复制体拖住无法援手。卡卡西班在据点洞**见到了蝎和迪达拉，同时也见到了已经昏迷的我爱罗。迪达拉成功的激怒了鸣人，然后带我爱罗逃了出去。卡卡西跟鸣人去追迪达拉，樱和千代留下对抗蝎。在和蝎的恶战中，蝎透漏出在大蛇丸身边安插了**。樱追问大蛇丸消息，蝎说除非打赢他。战斗中，蝎露出本体，千代惊异的发现，蝎20年来竟然完全没长大，原来蝎已经将自己完全制成傀儡，只有一小块肉身。并且使出了被称做历代风影中最强的3代风影人傀儡。第二部分
天地桥之战
与佐助的重逢?xml:namespace prefix=o ns="urn:schemas-microsoft-comfficeffice"/><o:p></o:p>
众人回到了砂忍村，安葬了千代，启程返回木叶。这次回到木叶，鸣人又见到了牙、志乃、雏田、井也和丁次。另一方面，晓的新人阿飞，捡到了蝎的戒指，成为晓中代号为玉的成员。卡卡西由于新写轮眼使用过度，住院修养。纲手任命木叶暗部分队长大和代替卡卡西，领导卡卡西班。木叶暗部代号为“根”的神秘组织头目团藏，安排佐井代替佐助，进入卡卡西班执行任务。由于佐井长期以来都没有情感的活着，与鸣人和樱的初次见面，惹的鸣人和樱很不兴奋。卡卡西班新组合要执行的任务，是去天地桥，假冒蝎和大蛇丸身边被晓安插的间谍见面，并且抓到这个间谍，从而得到大蛇丸和佐助的消息。由于不和，佐井和鸣人、小樱经常发生矛盾。而大和竟然用了只有初代火影才会使用的木遁忍术来制止大家，让众人非常迷惑。经过了战术预备练习，虽然佐井和鸣人并不配合，但是无奈之下，还是一起前往天地桥执行任务。o:p>到了天地桥，晓在大蛇丸身边的间谍竟然是药师兜。大和伪装成蝎，但是竟然被揭穿。原来蝎控制兜的术，早已被大蛇丸解开。他们的目的是要干掉蝎。既然大家都挑明了，恶战也再所难免。盛怒之下，鸣人不断放出九尾的力量。大蛇丸说出，原来大和是他当初的实验品，把初代的基因转给了60个孩子，只有一个成活了，就是大和，所以大和可以使用初代的木遁忍术。并且可以使用初代成名的能力，控制尾兽查克拉。这也就是安排大和带鸣人的原因。只不过还要借助初代查克拉凝聚而成的项链，来施展，也就是纲手送给鸣人的那条项链。由于大蛇丸的不断挑拨，鸣人放出的九尾之力越来越强烈。鸣人整个人被九尾的查克拉像衣服一样包住，瞬间就释放出3根查克拉尾巴。根据自来也讲述，他平生的两次遇险，一次因为**纲手洗澡被纲手打成重伤，另一次就是和鸣人修行时，被放出4根尾巴的鸣人打伤。3根尾巴的鸣人，已经意识模糊，单凭放出的查克拉，就轻易打伤了兜，樱也被震晕。可是佐井并没有辅助，而是脱离战场，不知去向。而鸣人已经放出了第四根尾巴，完全失去意识，浑身变的血肉模糊，呈现四根尾巴的九尾形态，单挑大蛇丸。大蛇丸无法伤到九尾衣下的鸣人，渐渐由攻转守，最后身体到了极限，逃走了。樱想要阻止鸣人，却被无意识的鸣人打伤。最终大和用初代的能力，抑制了九尾，在九尾查克拉的恢复和樱的治疗下，鸣人回复原状。o:p>大蛇丸在逃走的时候，碰到了佐井。佐井竟然受团藏之命，与大蛇丸联合。并且用木叶暗部成员具体资料为代价。大蛇丸接受了佐井，和药师兜一起返回据点。大和队长用木分身跟踪到了大蛇丸。在地上，樱捡到了佐井的私人画册。大和告诉鸣人和樱，佐井可能背叛木叶。团藏是当年和3代竞争火影之位的人，和3代性格相反，是一个极端的武斗路线支持者。他可能要联合大蛇丸一起毁掉木叶，然后由他建立新的，他理想中的木叶村。而佐井可能就是团藏这个计划中，与大蛇丸的联系人。众人跟踪大蛇丸，却意外的发现了佐井的尸体。经过仔细辨别，原来是冒充的。大和的木分身被发现了。兜有收集各年龄段人的尸体的习惯，那个佐井的尸体是兜假冒的。众人开始研究佐井的画册，画册描绘的是一个少年不断同敌人作战，每次都成功的夺取敌人的武器和衣服，这个少年看上去像佐井。封底和封面另外还有一个少年，怀疑是佐井死去的哥哥。众人继续上路跟踪大蛇丸到了据点。原来大和早就提防佐井，在其身上留下了他特有的**，又分别给了鸣人和小樱这种**。然后开始行动。o:p>话说佐井来到大蛇丸据点，见到了佐助。佐井想和佐助沟通，却被佐助威吓，最后被药师兜安排在房间里休息。可是却被大和等人发现，面对众人的质问，佐井并不辩解。佐井承认自己一直被泯灭友谊，他们这样的人是战争后的孤儿，被挑选出来像机器一样活着，他们就是为了执行命令而活。但是在樱和鸣人的谈话中，佐井的熟悉开始改变了。大和抓住佐井，并留下木分身看管，然后众人继续潜入。正当这时，药师兜出现，解开了佐井，可是正当兜和众人作战的时候，佐井却意外的抓住了兜，原来佐井被友谊打动，决定和鸣人他们一起行动。这次兜被抓住，由木分身留下来看管。大和与樱一组，佐井和鸣人一组，分散潜入。鸣人终于和佐井化敌为友，在鸣人的感召下，佐井完成了想要送给哥哥的画册。这时，大蛇丸出现在鸣人与佐井面前，鸣人让佐井去找佐助，而他牵制大蛇丸。大和感到了鸣人的战斗，同樱一起，与其会合。大蛇丸见此，无意恋战，也离开了。而鸣人众人发现了佐井的任务书，原来佐井的真正任务是消除木叶的威胁—佐助。o:p>佐井用他的超兽伪画，成功找到佐助。不过他并没有执行原计划，杀佐助。而是决定把佐助带回木叶。战斗引发**，鸣人和樱也赶到，终于见到了朝思暮想的佐助（疾风传动画的开头一幕）。佐助并不打算回木叶，简单交手，佐助显示了其强大的实力。一招千鸟流（千鸟海洋）②将众人击到。这时9尾再次鼓动鸣人，但是受了大和的说教之后，鸣人并不再想用九尾的力量了。这时佐助竟然出现在鸣人的意识里，九尾见到佐助的写轮眼，不禁联想到了宇智波.斑。佐助轻易的封锁了九尾，鸣人没有再次九尾化。佐助表示，为杀掉鼬，哪怕自己的生命献给大蛇丸也再所不惜。大和队长终于要动真格的了，而佐助也要发动更强力的术，却被大蛇丸和兜拦住。兜建议不要杀掉木叶这些人，让木叶再多消灭些他们共同的敌人—晓，这样对佐助杀鼬也有帮助。大蛇丸众人撤退了，木叶众人也无奈离开。回到木叶，交代了这次任务的情况，佐井也终于被鸣人和樱接受，成为了卡卡西班的一员，开始了有趣的生活。第三部分
鸣人的非凡修行
阿斯玛牺牲?xml:namespace prefix=o ns="urn:schemas-microsoft-comfficeffice"/><o:p></o:p>
鸣人、樱和佐井去医院探望卡卡西。卡卡西说其在医院修养期间，终于想到了可以让鸣人飞速成长的办法。这时，阿斯玛班也来探望，并且受纲手的命令，以后配合卡卡西班执行任务。与此同时，在云忍村，晓的另外两个人，角都（北）和飞段（三）追踪二尾的人柱力，云忍排名第二的由木人。双方都想消灭对方，二尾人柱力直接使出尾兽形态，但是最后还是被制服。角都和飞段继续执行任务，去火之国，袭击火之寺的僧人地陆，地陆是火之国大名的守护十二士中的精英，悬赏3000万，晓想将起杀死，来赚取其悬赏。o:p>鸣人和卡卡西开始了非凡修炼。原来卡卡西发现，影分身在消失的时候，得到的经验会转加到本体上。鸣人可以通过九尾的力量，实现一千个分身同时修炼，那么在分身消失时，就等同于一个人修炼速度的一千倍。一个星期的时间，就能顶一般人修炼20年。因为要使用九尾的查克拉，所以大和队长来辅助鸣人修炼。接着，卡卡西又介绍了查克拉的性质。每个人都有自己的查克拉性质，但是大致分成火、水、土、雷和风五种，各种之间相生相克。经过测试，鸣人的查克拉性质属风。一般的上忍都会两种或者两种以上的查克拉性质变化，两种性质变化分开使，不算难事，但是假如同时使用，就会衍生出新的性质，例如左手使水遁，右手使土遁，融合后就形成了木遁，这一般人是不能做到的，能做到的人群就被称做血继限界。除此之外，查克拉性质还有更为非凡的阴和阳，不过卡卡西没有具体介绍。卡卡西继续介绍修炼的内容，原来四代创造的忍术螺旋丸，并没有最终完成。强力的忍术，都是包括查克拉形态变化，和性质变化两种变化，螺旋丸只完成了形态变化，鸣人要继续开发并完成螺旋丸查克拉的性质变化。鸣人的修行一项接一项的进行，虽然速度是一个人的1000倍，但是疲惫也是1000倍，鸣人继续这艰苦的修行。o:p>在鸣人修行的时候，新的玉阿飞和迪达拉一起，制服了三尾的人柱力。而火之寺，地陆被角都、飞段杀死带走。木叶方面，纲手连派12个小队去追猎角都和飞段。不过最终还是被阿斯玛、鹿丸、铁手和出云组成的小队在**交易所找到飞段。由于地陆和阿斯玛的关系，就像路丸和丁次那样亲密，阿斯玛决心一定抓住晓的这两个人。初次交手，飞段很轻易的就被利器刺中要害，但是非常希奇，飞段并没有死。这时角都出现，阿斯玛被**悬赏3500万，角都想杀掉阿斯玛换钱，不过飞段要求角都不出手，他要单独干掉阿斯玛小队。原来飞段信仰邪神，拥有不死身，假如让他采到对手的血，便可以利用仪式，和对手联体，任何伤害都共享。战斗中，阿斯玛被采到血，反噬受伤，就在飞段要用自残的手段，取阿斯玛性命的时候，鹿丸束缚住了飞段，并让飞段离开仪式。阿斯玛成功的砍下了飞段的头，但是这对不死身无效，头又被角都缝合。铁手和出云想援手，却被角都制服，鹿丸也耗尽了体力，最后只能眼睁睁看着阿斯玛被飞段残忍的杀死。这时，井也、丁次的支援小队也赶到了，角都和飞段完全不惧，继续战斗，但是最后由于要拔除...