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寅乔炉全偶裕杠 寅乔炉全偶裕杠
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  • 皖宸 皖宸

    1.准备序列文件
    准备fasta格式序列文件(fasta格式:大于号>后紧跟序列名,换行后是序列。举例如下)。每条序列可以单独为一个文件,也可以把所有序列放在同一文件内。核酸序列:
    sequence1_name
    cctggctcaggatgaacgct
    氨基酸序列:
    sequence2_name
    mqspinsfkkalaegrtqigf
    2.多序列比对
    打开mega 5,点击align,选择edit/build alignment,选择create a new alignment,点击ok。这时需要选择序列类型,核酸(dna)或氨基酸(protein)
    选择之后,在弹出的窗口中直接ctrl+v粘贴序列(如果所有序列在同一个文件中,即可全选序列,也可以:点击edit,选择insert sequence from file,选择序列文件(可多选)。序列文件加载之后,呈蓝色背景(为选中状态)。点击按钮,选择align dna(如果是氨基酸序列,则会出现align protein)。弹出的窗口中设置比对参数,一般都是采用默认参数即可。点击ok,开始多序列比对。比对完成后,呈现以下状态。这时需要截齐两端含有-的序列:选中含有-的序列,按键delete删除(注意:两端都需要截齐)。截齐之后,保存文件为:filename.mas
    3.构建系统进化树
    多序列比对窗口,点击data,选择phylogenetic analys**,弹出窗口询问:所用序列是否编码蛋白质,根据实际情况选择yes或no。此时,多序列比对文件就激活了,可以返回mega 5主界面建树了。ega 5主界面。点击phylogeny,选择construct/test nei**or-joining tree…弹出的对话框询问:是否使用当前激活的数据,选择yes。这时弹出建树参数设置对话框,更改no.of bootstrap replications为1000,其他参数默认即可,点击compute。这里解释一下,construct/test maximum likelihood tree…(ml)或construct/test nei**or-joining tree…(nj)或construct/test minimum-evolution tree…(me)为三种不同的建树方法,nj方法最常用。建树完成,效果如下所示。注意,要点击bootstrap consensus tree查看树形。保存文件为filename.mts(可以用mega 5打开)。

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