登场情况编辑
注：带★表示动画特别篇；带*表示虽然有黑衣组织的成员登场，但是与黑衣组织本身无太大关联。集数标注一律使用日语版官方集数，与国语版等其他版本集数差异的说明详见“名侦探柯南”词条。tv 版
1 云霄飞车**事件
54 电玩公司**事件
118 浪花连续**事件★*
128 黑衣组织十亿元**事件（部分情节为动画原创）
129 来自黑衣组织的女子 大学教授**事件★
176 与黑衣组织的再会（灰原篇）
177 与黑衣组织的再会（柯南篇）
178 与黑衣组织的再会（解决篇）
230 神秘的乘客（前篇）
231 神秘的乘客（后篇）
271 急忙掩饰的忽略（前篇）
272 急忙掩饰的忽略（后篇）
286 工藤新一纽约事件（事件篇）
288 工藤新一纽约事件（解决篇）
289 光彦森林迷失记（前篇）*
290 光彦森林迷失记（后篇）*
307 遗留的无声证言（前篇）
308 遗留的无声证言（后篇）
309 与黑衣组织的接触（交涉篇）
310 与黑衣组织的接触（追迹篇）
311 与黑衣组织的接触（决死篇）
338 四辆保时捷（前篇）
339 四辆保时捷（后篇）
340 厕所里隐藏的秘密（前篇）
341 厕所里隐藏的秘密（后篇）
345 与黑衣组织的直面对决 满月之夜的双重谜案★
425 黑暗冲击！黑衣组织的魔爪伸来的瞬间★
462 黑衣组织的影子 年幼的目击者
463 黑衣组织的影子 奇妙的照明
464 黑衣组织的影子 谜样的高额报酬
465 黑衣组织的影子 珍珠的流星
484 黑色照片的去向（前篇）
485 黑色照片的去向（后篇）
491 红与黑的碰撞 开端
492 红与黑的碰撞 血缘
493 红与黑的碰撞 绝叫
494 红与黑的碰撞 冥土
495 红与黑的碰撞 昏睡
496 红与黑的碰撞 侵入
497 红与黑的碰撞 觉醒
黑衣组织
498 红与黑的碰撞 搅乱
499 红与黑的碰撞 伪装
500 红与黑的碰撞 遗言
501 红与黑的碰撞 嫌疑
502 红与黑的碰撞 洁白
503 红与黑的碰撞 决死
504 红与黑的碰撞 殉职
563 侦探团vs强盗团（骚动）
564 侦探团vs强盗团（沉默）
578 召唤危机的红色前兆
579 黑与13的暗示
580 逼近的黑色时刻
581 红色的摇摆目标
667 婚礼前夜（前篇）*
668 婚礼前夜（后篇）*
671 侦探们的夜想曲（案件）*
672 侦探们的夜想曲（**）*
673 侦探们的夜想曲（推理）*
674 侦探们的夜想曲（波本）
681 以性命为赌注的恋爱转播（转播开始）*
683 以性命为赌注的恋爱转播（现场突入）*
699 逼近灰原秘密的黑影（前篇）*
700 逼近灰原秘密的黑影（后篇）
701 漆黑的特快列车（发车）
702 漆黑的特快列车（隧道）
703 漆黑的特快列车（交叉）
704 漆黑的特快列车（终点）
705 密室中的柯南*
706 解谜的波本
722 香甜冰凉的快递（前篇）*
723 香甜冰凉的快递（后篇）*
734 茱蒂的追忆与赏花的陷阱★
739 小五郎在酒吧里（后篇）
740 小兰也倒在浴室里了（前篇）
770 气氛僵硬的茶会（前篇）
771 气氛僵硬的茶会（后篇）
779 绯色的序章
780 绯色的追寻
781 绯色的交错
782 绯色的回归
783 绯色的真相
漫画版
注：三个数字分别表示卷数、话数和总话数，如“01/01 001”表示“第1卷第1话，总第1话”。01/01 001 现代的福尔摩斯
01/02 002 变成小孩子的名侦探
02/04 014 行踪不明的男子
02/05 015 可怜的少女
02/06 016 追踪高大的男人
02/07 017 恶魔一样的主谋
04/04 033 黑色公事包之谜（对应动画被修改为与组织无关）
12/04 114 突如其来的遭遇
12/05 115 **的下落
12/06 116 柯南失算了
18/06 176 转学生
18/07 177 黑衣**
18/08 178 秘密组织成员·代号雪莉
18/09 179 伪装的少女
18/10 180 将死
19/01 181 为什么？19/09 189 被**的球！19/10 190 5万6千名人质
20/01 191 远方之眼
24/07 238 背叛的街角
24/08 239 漆黑的丧葬行列
24/09 240 不告而别
24/10 241 来自过去的**
24/11 242 白色世界
29/03 287 看不见的恐怖
29/04 288 危险讯号
29/05 289 光天化日下的埋伏
34/11 350 金苹果①
35/01 351 金苹果②
35/02 352 金苹果③
35/03 353 金苹果④
35/04 354 金苹果⑤
37/05 377 黑暗的足迹①
37/06 378 黑暗的足迹②
37/07 379 黑暗的足迹③
37/08 380 白雪…黑影…
37/09 381 危险的相遇
37/10 382 顺风车
38/01 383 新兵器！41/10 423 到访者留下的谜
41/11 424 小小密室的秘密
42/01 425 隐藏的真相
42/05 429 月圆之夜和黑宴
42/06 430 染血的幽灵船
42/07 431 隐形人出现
42/08 432 工藤新一登场
42/09 433 面具下的真相
42/10 434 腐坏的苹果
46/07 475 封印
48/09 499 门铃怪客
48/10 500 新黑衣人
49/01 501 追踪目标
49/02 502 新的指令
49/03 503 黑衣组织vsfbi ①
49/04 504 黑衣组织vsfbi ②
53/07 550 目击者一人
53/08 551 钉子与蛇
53/09 552 锤子的真面目
53/10 553 不可思议的兼职
54/01 554 晚餐的菜单
54/02 555 梦中之星
57/09 595 乌鸦之歌
57/10 596 第二条线
57/11 597 假患者
58/01 598 跟踪，然后…
58/02 599 赤井的过去
58/03 600 孤注一掷
58/04 601 伪装
58/05 602 最终手段
58/06 603 任务
58/07 604 姐弟
58/08 605 意外的嫌疑人
58/09 606 13日又是星期五
58/10 607 卡迈尔的过去
58/11 608 魔法的咒语
59/01 609 钢楔
60/03 622 红白黄色
60/04 623 黑白君
60/05 624 新邻居
64/01 664 一角岩
64/03 666 杀气
65/03 677 命运之人
65/04 678 陷阱
65/05 679 摇摆的心
65/06 680 与危险的二人同行
67/03 699 期待明天
67/04 700 危险地带
67/05 701 赤与13的暗示
67/06 702 **犯的目的
67/07 703 暴风雪中的真相
67/08 704 寂静的战争
72/04 755 通话代码
74/02 775 视频网站
74/03 776 罐子和猫
74/04 777 步美的痕迹
75/09 793 ***
75/10 794 遗传信息*
75/11 795 回归于火焰的命运*
76/01 796 相约科伦坡*
76/02 797 错综复杂的谎言与谜题*
76/03 798 侦探们的夜想曲*
76/04 799 小孩的好奇心和侦探的探究心*
76/05 800 立体交错的思绪
76/06 801 完全不笑的人
76/07 802 别摆出那副表情
76/09 804 高木警官送来的礼物*
77/02 808 迟到的扫墓*
77/09 815 自己的地盘
77/11 817 灯下的孤影
78/01 818 神秘列车（启程）
78/02 819 神秘列车（隧道）
78/03 820 神秘列车（一等）
78/04 821 神秘列车（交叉）
78/05 822 神秘列车（拦截）
78/06 823 神秘列车（冒烟）
78/07 824 神秘列车（终点）
78/08 825 特别教练*
78/09 826 消失的密室钥匙*
78/10 827 解谜的钥匙
80/03 842 猫咪快递*
80/04 843 送往工藤家的快递*
80/11 850 波本的目的
81/01 851 茱蒂的追忆*
81/02 852 赤井秀一的消息
81/05 855 侦探在酒吧解决案件
81/06 856 外遇调查
82/04 865 三**大尉*
82/05 866 猫着真心*
84/06 888 气氛僵硬的茶会
84/07 889 零
84/08 890 高速飞溅的血迹
84/09 891 最后的一片
84/10 892 从我的日本离开…
84/11 893 波本的追究，绯色的序章
85/01894 绯色的疑惑
85/02895 绯色的讯问
85/03896 绯色的回归
85/04 897 绯色的真相
85/05898 绯色的尾声