学校的密室两次被打开了。1942年，第一次它被汤姆·里德尔打开，即是斯莱特林的承继人和未来的伏地魔，六年后，一名叫桃金娘的女孩被杀害了，魔法部威胁关闭学校。汤姆·里德尔害怕他从此返回麻瓜孤儿院，他没有想到要学校关闭，因此他嫁祸了海格。1992年，密室由金妮·韦斯莱打开了，在汤姆·里德尔的日记的影响之下。金妮被汤姆·里德尔的记忆迷惑，利用她来第二次打开密室。原来是卢修斯·马尔福秘密地将汤姆·里德尔的日记放在她的教科书里，用以希望会带给她父亲亚瑟·韦斯莱麻烦，导致他的麻瓜保护法被否决。但是，哈利·波特发现了真相，毁坏了日记，杀死了生存在密室的蛇妖。1993年，由于魔法部认为小天狼星布莱克逃出阿兹卡班监狱打算潜入霍格沃茨杀死哈利·波特，所以霍格沃茨有大量摄魂怪进驻，而霍格沃茨本身也加强了各种安全措施。但小天狼星仍然进入了霍格沃茨，潜伏在霍格莫德的尖叫棚屋。之后哈利、罗恩和赫敏联同卢平、小天狼星发现他是无辜的，真正罪犯是小矮星彼得，但因为彼得的逃走使小天狼星仍然要继续逃亡。1994年，三强争霸赛复办，另外再加上了额外几项安全措施。但是，小巴蒂·克劳奇利用复方汤剂变成**斯托·穆迪教授，以第四所学校名义将哈利·波特的名字投入火焰杯中，保证他会被火焰杯选上。结果，哈利成为了第四个参赛者，结果他要面对布斯巴顿和德姆斯特朗及许多霍格沃茨学生的憎恶。小巴蒂·克劳奇利用种种手段帮助哈利赢得比赛，并且将三强争霸赛奖杯变成门钥匙，一触摸奖杯就直接把哈利送到伏地魔王手上。哈利逃脱了，但伏地魔成功利用哈利的血液制成的特殊魔药重生，并破坏了哈利身上的保护咒。1995年，霍格沃茨被魔法部实施的“教育章程”威胁。魔法部阴谋抹黑阿不思·邓布利多。多洛雷斯·简·乌姆里奇，新任黑魔法防御术教授，是这个计划的中心。在连串的教育章程之下，她慢慢地接管了霍格沃茨，最终替换阿不思·邓布利多为女校长。之后，她在禁林被人马攻击，魔法部长康奈利·福吉接受伏地魔王回来了的事实，乌姆里奇被逐出学校。1996年，食死徒在德拉科·马尔福的安排下进入了学校，攻击了学生和老师。阿不思·邓不利多被西弗勒斯·斯内普杀死。处于安全的原因，学校面临着被关闭的危险。1997年，西弗勒斯·斯内普获选为校长，学校继续上课，但此时已遭到食死徒侵入。后来斯内普遭到伏地魔杀死，霍格沃茨大战之后的校长则变成了麦格教授。公元993年以前霍格沃茨魔法学校建立。当时的欧洲社会极为仇视魔法师，这种情况才导致了当时最有才华的四位巫师作出远离麻瓜开办一所巫师培训学校的决定，这四位巫师是：戈德里克·格兰芬多，罗伊纳·拉文克劳，萨拉查·斯莱特林和赫尔加·赫奇帕奇。他们生活的年代也应该在公元10世纪到11世纪。在霍格沃茨创立的几年之后，萨拉查·斯莱特林在学校里修建了密室，并最终离开了学校。公元1294年三强争霸赛建立。这是霍格沃茨、布斯巴顿和德姆斯特朗这三所欧洲魔法学校之间的传统友谊赛事。公元1492年“差点没头的尼克”被杀头。在那之前他的名字是尼古拉斯-德·敏西·波平顿爵士。公元1892年 阿不思·邓不利多进入霍格沃茨的格兰芬多学院学习。公元1936年 米勒娃·麦格进入霍格沃茨的格兰芬多学院学习。公元1938年邓不利多去孤儿院去接汤姆·马沃罗·里德尔去霍格沃茨上学。他被分到了斯莱特林学院。公元1939年 里德尔听说了密室的传说并决定去寻找它。公元1940年 鲁伯·海格进入霍格沃茨的格兰芬多学院学习。公元1943年 里德尔打开了密室，并释放出了藏在其中的蛇怪。霍格沃茨的学生桃金娘被蛇怪杀害。公元1943年6月13日 海格被指控放出密室里的怪兽，因此被开除出校。而里德尔则获得了对学校特殊贡献奖。公元1945年 里德尔离开霍格沃茨，成为了伏地魔。公元1956年12月 麦格开始在霍格沃茨任教，当时她31岁。公元1965年 卢修斯·马尔福进入霍格沃茨。公元1970年-1971年间 邓不利多成为霍格沃茨校长。公元1980年邓不利多面试西比尔·特里劳妮，后者作出了一个关系重大的预言。公元1981年西弗勒斯·斯内普开始在霍格沃茨任教。他开始申请的是黑魔法防御术，可邓不利多却让他教授了魔药学。公元1982年 比尔·韦斯莱进入霍格沃茨的格兰芬多学院学习。公元1984年 查理·韦斯莱进入霍格沃茨的格兰芬多学院学习。公元1987年 珀西·韦斯莱进入霍格沃茨的格兰芬多学院学习。公元1988年 比尔成为校学生会**。公元1989年 弗雷德和乔治·韦斯莱、安吉丽娜·约翰逊进入霍格沃茨的格兰芬多学院学习。塞德里克·迪戈里进入赫奇帕奇。公元1991年 哈利·波特，赫敏·格兰杰，罗恩·韦斯莱，纳威·隆巴顿，德拉科·马尔福入学；哈利在赫敏罗恩的帮助下成功击退伏地魔，守护魔法石。公元1992年 金妮·韦斯莱、卢娜·洛夫古德（拉文克劳）入学；哈利在赫敏罗恩的帮助下除掉蛇怪，破坏伏地魔日记里的灵魂碎片；卢修斯·马尔福被开除出董事会。公元1993年 小天狼星闯入学校；第一次摄魂怪进驻学校守卫。公元1994年 三强争霸赛在霍格沃茨举行，小巴蒂·克劳奇使用复方汤剂变成穆迪教学黑魔法防御术，使哈利让伏地魔复活。公元1995年 乌姆里奇任高级调查官，赶走邓布利多后魔法部任命其为校长，但并没有获得学校的认可，所以不能使用**。次年，邓布利多回归。公元1997年 德拉科·马尔福引食死徒入校，西弗勒斯·斯内普杀死邓布利多，米勒娃·麦格代理校长。公元1997-1998年 西弗勒斯·斯内普任霍格沃茨校长；哈利·波特回校找到拉文克劳的金冕，率领教师、学生、鬼魂、家养小精灵、马人等霍格沃茨成员掀起保卫战；同年西弗勒斯·斯内普被伏地魔杀死，11年来身份得以昭雪；哈利杀死伏地魔，带领众人取得大胜利；弗雷德·韦斯莱、莱姆斯·卢平、尼法朵拉·卢平、科林·克里维等五十位勇士牺牲；米勒娃·麦格任校长。