突然，哥美斯、艾雷王、**拉等强力怪兽逐一苏醒，散落到宇宙中的各个星球上。宇宙警备队得知了怪兽们从怪兽墓场逃脱的事情后，通过大队长奥特之父的命令，不光是勇士司令部和宇宙保安厅，就连见习中的队员也出动了，这件事发展成了大事件…
初代、佐菲、赛文三人为了将此事件的被害程度控制到最小，从m78星云出发。初代他们通过杰克的情报得知在r行星上，怪兽们正在不断地集结，于是急速赶往r行星。到达r行星的三人发现了哥美斯、艾雷王、**拉、诺科基林、撒旦比特尔。恐怖的怪兽军团看到了三人，对他们发起突然袭击，仿佛是**纵的人偶一样。三人和**化的怪兽苦战。宇宙警备队队长佐菲和怪兽们打得不分伯仲，但是被艾雷王、撒旦比特尔抓住了一瞬间的空隙，被它们的光线击中，彩色计时器闪烁…赛文发现了佐菲处于危机，在他转过身的一瞬间，背正中被哥美斯和**拉切裂，从背部溢出光的血。初代和诺科基林的战斗打得更加激烈。初代跳跃躲过了诺科基林的冲撞，从空中发射奥特攻击光线。诺科基林在一瞬间静止，然后发生大**，被火炎包围。佐菲和赛文已经处于不能行动的状态。四大怪兽正向他们二人逼近。这时，突然从上空降下一颗银色的流星。为了救出二人而赶去的初代，突然看到了他，那就是m78星云中流传的传说中的战士“诺亚奥特曼”的身姿。从遥远的太古时代起就出现于宇宙各地，同怪兽们交战，把它们送往怪兽墓场的迷之巨人。诺亚从两肩的双翼“noa aeg**”放射出超**noa·thunderbolt击飞四头怪兽。然而此时，宇宙空间里出现了戈斯星人，朝不能行动的佐菲和赛文发出光线。佐菲和赛文的身体被戈斯气球包围后带走了。从空中着陆的诺亚确认了初代的安全，点头。然后初代向哥美斯放出了粉碎光轮，命中。哥美斯的身体被切裂、**。同时诺亚向艾雷王、**拉、撒旦比特尔发射了闪电超绝光线“lightning·noa”，闪耀着七色的光线在刹那间将三头怪兽消灭。由于传说中的战士诺亚的协力，r行星出现的怪兽们终于被打倒了。初代走向诺亚的地方，但诺亚已经不见了。感觉到背后有什么人的初代转过身，看到了友好珍兽皮格蒙。皮格蒙告诉他，是巴尔坦星人让怪兽墓场的怪兽们苏醒过来，并暗中操纵它们。而且被戈斯星人捕虏的赛文在高格达行星上，佐菲在宇宙空间。初代为救二人从r行星飞离，完全没有注意到有一个黑影正在注视着他…
赛文被绑在高格达星的十字架上，正被巨大亚波人、阳戈、奥尼昂处以磔刑。奥尼昂用铁棒**他的同时，巨大亚波人发话道：“赛文，怀念否？还记得从前这颗星球上兄弟们一起被处刑的事否？再次在这块星球上被处死吧…就你一个人！“你这家伙！这时初代赶到了，立即和亚波人它们开战，但三对一的情况下无力招架。受到亚波人它们的攻击，初代最终倒下了。赛文十字架的旁边又出现了另一座十字架，上面用奥特签名写着“ウルトラマン”…
此时，诺亚再一次降临了。他向初代和赛文发射了noa·w**e。二人受到noa·w**e的照射后回复了体力，成功从十字架上脱离。诺亚赐予二人究极能量ultimate energy，二人发射出了合体技斯派修姆射击spacium shot，亚波人它们被炸得粉碎。从高格达星脱出的初代和赛文发现诺亚又消失了踪迹。这时二人突然被光线命中。原来是扎拉布星人、达达、佩盖萨星人、戈斯星人、马格马星人组成的宇宙人军团。宇宙人利用被沥青浇灌的佐菲作为人质攻击二人。初代被达达**，赛文受到佩盖萨星人便携枪的攻击。初代朝着扎拉布星人、达达、佩盖萨星人、马格马星人使出空中撞击，发生大炸裂，引开了宇宙人的注意。趁此机会赛文走近佐菲被囚禁的胶囊。赛文用eye slugger破坏了希波利特沥青，但佐菲已经变成了青铜像。其时诺亚出现，使用noa·w**e，让佐菲复活。确认了佐菲的安全后，诺亚从手部放出noa·spark，粉碎了达达、戈斯星人、马格马星人。另一方面，初代正遭扎拉布星人和佩盖萨星人的攻击。佐菲朝佩盖萨星人发射m87光线、赛文朝扎拉布星人发射集束射线，然后混同初代的斯派修姆光线，扎拉布、佩盖萨两星人**了。诺亚走向三人道：“我是从太古时代起就守护着全宇宙和平的光之战士。而且一直看护着你们奥特战士！在这宇宙里，有一个与我拥有相同力量的恶之战士黑暗扎基。利用巴尔坦星人让怪兽们复苏的就是黑暗扎基！这时艾斯的奥特签名到了“怪兽墓场发生了异变”。四人到达怪兽墓场，巴尔坦星人和复苏的怪兽军团正在等着。战斗开始了。诺亚用肘击击倒了强德拉，但是立即被巴尔坦星人、泰来斯顿、**贡包围。初代以拳击击碎了德拉考，佐菲用冲撞击倒了亚美塔朗斯，赛文用eye slugger切断了萨乌尔斯王三世的头。泰来斯顿、**贡企图攻击诺亚，但泰来斯顿被初代、**贡被赛文所抑制住。之后四人向怪兽军团发射了光线。吉加斯被诺亚的gr**ity·noa打爆，泰来斯顿和杰顿被初代的粉碎光轮切裂，百慕拉被佐菲的m87光线击破，哥莫拉吃了赛文的艾梅利姆光线大**，**贡溶化了。怪兽军团被全歼，又沉睡于怪兽墓场里了。见到此情景的巴尔坦星人企图逃亡，但被诺亚的gr**ity·noa击得粉碎。消灭了强敌的四人安心下来，但奥特之父向宇宙警备队全体队员发送了奥特签名“m78星云奥特之星遭受黑暗巨人的袭击”。诺亚走向因激战而消耗大量体力的三人说道：“我先去m78星云。黑暗巨人恐怕是黑暗扎基。然后飞走了。初代说道：“然后我们也必须去了…”
奥特之星—
上空出现了巨大的黑洞，当中出现了黑色的巨人。杰克、艾斯、泰罗赶往现场。杰克注视着黑暗扎基：“感觉到一股异常的气场。“那就是扎基吗…”艾斯说着冲向黑暗扎基。“哼…杂鱼。扎基从手部放出zagi·spark。艾斯正面受到攻击被击飞出去。另外二人马上跑到艾斯身边，趁此机会扎基发射了gr**ity·zagi。杰克和泰罗躲开了，但艾斯已无法动弹。“兄长！泰罗大喊道。在此千钧一发之际，一个人救出了艾斯。这个红色战士和艾斯说道：“没有事吗？“嘿，多谢你，雷欧。四人重整态势，朝扎基发射必杀光线。杰克的斯派修姆光线、艾斯的梅塔利姆光线、泰罗的斯托留姆光线、雷欧的能量光球正面命中了扎基，发生了大**。“成…成功了！泰罗惊喜道。然而，火炎中出现了无伤的扎基。扎基瞄准四人放出lightning·zagi。被趁虚的四人被打飞出去，摔在地上无法动弹…
诺亚到达了奥特之星。但此时奥特之星已处于半毁灭状态。环顾周围，阿斯特拉、乔尼亚斯、**、尤莉安倒下了。似乎u40星球的战士们也来协力了。诺亚感觉到背后有杀气，转过身发现了扎基。“扎基…”
“久违了…诺亚。“今日便打倒你！“打倒？不切实际的话…”
“不切实际？“没错，因为我是原先被你所拯救的星球上的家伙们造出的兵器”
“兵器？“是，我是作为那颗星球的家伙们为了对抗异生兽所制造的最终兵器‘ultinoid·zagi’而存在。姿、形、能力、一切都是模仿你。但是，只有一个不能模仿的东西。你所拥有的，那颗已经腐烂的正义之心。所以我破坏了那颗星球。“什么！“被制造出来的时候，就植入了你死亡的时候我就死亡的程序。也就是说，只要你不死，我就会一直生存下去！接下来的瞬间，扎基使出了zagi·kick，但诺亚用手刀迅速防住了扎基的脚踢。诺亚放出了noa·shot，扎基也发射zagi·shot。二人的光线互相冲击。但是noa·shot的威力略强，黑暗扎基逐渐后退。终于，noa·shot打飞了黑暗扎基，把扎基逼进了黑洞。“还没完…”黑暗扎基企图逃出黑洞。诺亚使出诺亚·最终
这时初代、佐菲、赛文到了奥特之星。诺亚和三人说道：“由我将黑暗扎基完全封印。奥特战士们，之后的靠你们了。我必须…回去！诺亚告别了三人，飞向扎基。“诺亚！初代喊道…
“扎基！到此为止了！“我应该说过这是不切实际的话。“这样如何？诺亚锁住扎基的身体。“难道…你！扎基想拼尽全力摆脱诺亚。“结束了…”
“住、住手！如果使用那个技能的话…”
“noa·the·final！一瞬，二人被光所包围，然后消失了…