374集-389集。再次寻找佐助的踪影失败后，回到木叶，却惊闻自来也被佩恩杀害的噩耗。为此曾一度悲伤消沉的他，因为伊鲁卡老师和鹿丸的鼓励，而重新振作起来，并协助解开自来也临终前留下的暗号;可惜的是，对佩恩的真面目仍然没有头绪。为了替自来也报仇，他决定接受深作大人的提议，前往自来也曾修行的仙地“妙木山”，作艰苦的仙术训练。训练期间，鸣人多次差点变成石蛙，幸得深作大人用术阻止，不过鸣人却也满身是伤。经过一番修行，鸣人总算是基本掌握了自然力量，故深作大人便要他开始转为不用蛤蟆油的练习，同时也给了鸣人自来也的遗作─“超骨气忍传”。这个时候鸣人已基本掌握了深作所授的“蛙对练”，及能在不动的状态下吸收自然力量，控制仙术查克拉。此时深作告诫鸣人有关仙人模式的缺点，就是只能维持5分钟左右;而且每一次使用前，需经一段时间、在静止的状态下吸取足够的自然力量方可使出。因此如果在不动的状态下，就很容易成为敌人的靶子。为免如此，使用时就必须有其他伙伴同在，以为其争取充裕的时间吸收自然力量。但深作认为最有效的方法，就是与鸣人融为一体，以求能同时分担“动”和“静”两边的工作。另一边厢，木叶忍者村正受到佩恩的摧毁，身为五代火影的纲手，目前只能祈求鸣人这位“预言之子”的回归。不料，深作在和鸣人进行融合训练时被鸣人体内的九**排斥。眼见之前的修炼即将白费，鸣人万分苦恼。但当他看见自来也在深作背后留下的暗号后，便坚持继续修炼。鸣人希望透过一边跑一边和深作融合，但修炼令深作也伤痕累累。深作指出要同时移动和收集自然能量就如望左的时候同时望右是不可能的。鸣人顿时有所觉悟。最后鸣人终于是成功练成了仙术训练。之后，鸣人和深作得知联络蛙幸助被杀害，便知道木叶出事了。在木叶附近的蛤蟆仙人志麻(深作的太太)用逆通灵之术把鸣人和深作和三位蛤蟆召唤过来。鸣人穿了和自来也相同的外套，背后背着自来也的书卷，以仙人模式和深作、蛤蟆文太、蛤蟆健和蛤蟆广在木叶出现，看见被佩恩**的家乡，鸣人无语可发。眼见木叶被天道惠比寿为平地，愤怒的纲手冲出来要与佩恩一决生死。此时刚被复活的修罗道，袭向纲手，却被鸣人的螺旋丸秒杀。鸣人对着天道说“一决胜负吧!鸣人和天道之战亦告揭开序幕。仙人鸣人使出压倒性的力量，施展了新术—可投掷至目标的仙法‧螺旋手里剑、仙法‧螺旋连丸及蛙手印，先后把修罗道、人间道、畜生道、饿鬼道、地狱道等一招击倒。但是天道使出神罗天征把鸣人及其影分身击开，战况随即进入胶着状态。之后鸣人想要联同深作使出幻术，却被天道的万象天引所逮，并为饿鬼道吸走查克拉，强逼鸣人解除仙人模式。幸好饿鬼道因吸取过多仙术查克拉，反变成石化蛙。但余下的天道已知仙人深作将要使出幻术，便先使出万象天引，利用黑棒把被吸来的深作干掉;再把鸣人拉引过来并摔在地上，用黑棒贯穿其双手。将他暂时压制住。鸣人愤怒的质问天道为何要这样做，而天道也决定向鸣人透露自己的目的。听完佩恩对于如何追求和平的偏激见解后，鸣人虽满心不认同但却又无言反驳。就在天道即将俘虏鸣人时，雏田为了救援鸣人挺身而出。鸣人激动的要她赶快逃走，但雏田对鸣人说出了内心暗藏许久的真情，并且表明她是自愿为鸣人挺身而出的!雏田冲上前去和天道展开近身战，一时之间似乎不落下风，但是面对神罗天征却是无力招架，倒地后被天道重伤。鸣人一怒之下爆发九尾的力量，并露出第六条尾巴，及显现出九尾的骨骼。同时还破坏了大和与**火影预先施下的封印术。天道接连使出绝技神罗天征及万象天引但对鸣人完全无效，不得不逃到村子外。之后在离村子甚远处暗中使出了他的隐藏绝技“地爆天星”。这是能将广大范围内的物体全部吸引到天道做出来的超引力核心周围，并压缩成一巨大球体的绝招。鸣人在六尾状态下试图用查克拉能量炮反击但没有成功，因而被吸入球体中遭到压制住。面对禁术地爆天星，鸣人在九尾的**下爆发出八条尾巴，出现九尾的肉体，正当鸣人要露出第九条尾巴(把封印九尾的符咒撕掉)时，四代目火影突然出现，阻止鸣人。与四代目火影见面之后，鸣人才知道自己是四代目的儿子，情绪激动。四代目相信鸣人一定能够守护木叶，帮鸣人把封印修复，九尾瞬间消失。鸣人变回了仙人模式后，与天道展开最后对决，并且在成功撑过了神罗天征的冲击后，以自来也所授的螺旋丸打倒了天道，成为超越了自来也的仙人。及后鸣人追踪长门的真身，半路中受到井野父亲的阻挡，但还是由鹿丸父亲化解了，鸣人终于到达长门真身的所在地.
扩展资料：
主要出场角色—
1、漩涡鸣人
火之国木叶隐村的忍者，四代目火影波风水门和漩涡玖辛奈之子，六道仙人次子阿修罗转世，在本篇中，鸣人为替自来也报仇，他决定接受深作大人的提议，前往妙木山进行艰苦的“仙术”训练。经过一番修行，鸣人总算掌握了自然力量，后与佩恩大战！取得胜利后，鸣人送走小南，回到木叶。所有村民欢迎鸣人回来，把鸣人当成英雄崇拜。2、长门
长门，漩涡一族的后裔（血统遗传自母亲），“晓”的首领，继半藏之后雨隐之村的新一任首领。拥有宇智波斑所给予的轮回眼，是佩恩六道的操控者。在本篇中，佩恩和小南一起袭击木叶捕捉九尾人柱力—漩涡鸣人。修罗道、畜生道、饿鬼道分为诱敌组；天道、人间道、地狱道和小南为探索组，开始了袭击。被鸣人击败后，经过一番谈话后，长门被鸣人所感化，重拾少年时期的梦想，放弃和宇智波带土的原定计划，用外道·轮回天生之术复活了在佩恩一战所死之人，将自己的意志托付给了鸣人后力竭而亡。