白色要塞号缓缓驶进side7一号殖民卫星的宇宙港。舰上，联邦军机动战士的设计者，蒂姆·雷大尉正在为即将见到久别的儿子阿姆罗而喜悦。但谁都没有想到，一队属于夏亚指挥下的吉恩侦察特攻士兵，也在此同时驾驶着扎古的三机编队，潜入了卫星。联邦军竟然也拥有了ms！为这一发现惊愕不已的吉恩士兵，决定趁这些ms正向战舰运送时，将它们全部摧毁。在尚没有经培训的ms机师的白色要塞而言，悲惨的命运似乎已无法回避。然而，大出双方所有人意料之外，联邦军的主战ms，rx－78-2高达，竟然从输送卡车上站起，像一位白色巨人傲然立于大地！挺身而出驾驶高达迎战敌人的，正是高达设计者蒂姆大尉的独生子，喜爱机械的少年阿姆罗·雷，在这场史上首次ms间发生的对战中，充分显示了高达作为ms压倒性的强大，而阿姆罗亦以一介生手在初阵时便击毁两架扎古的战绩，展现了他作为ms机师的超凡才能，并且，随后与来袭的赤色彗星夏亚的几次交手，确定了其王牌机师的地位。而阿姆罗与夏亚之间作为宿敌长达十五年的对峙，也从这时开始。虽然免于被消灭的命运，但白色要塞方面的损失也是无法否认的：蒂姆大尉在战斗中失踪（被**的气流冲击到宇宙空间，后经漫长的漂流终于获救，但因氧气缺乏症的影响，在side6过着形同废人的生活）；而白色要塞的舰长保罗，也因在战斗中负重伤而死亡。接任舰长的是名叫布莱德·诺亚的士官生，加上临时代理领航员的名门千金，后来成为布莱德夫人的美拉，以及ms机师侯补生隆，还有与阿姆罗同样来自民间，因人手不足而乘上ms钢加农及钢坦克协同阿姆罗作战的少年隼人及凯等等。就这样在几乎没有老练的正牌军成员的情况下，由几乎全是年轻人的组成的白色要塞队开始了突围。经路纳ⅱ的战斗后，白色要塞向地球南美洲的加布罗要塞前进。追击白色要塞的夏亚，与吉恩地球方面军总司令卡尔玛·扎比会合。两人同样是吉恩军中的少年英才，这自然给白色要塞队带来了巨大的压力。10月4日，在极端被动的情况下，布莱德设下了陷阱作战计划，事实上该战术为驾驶红扎古的夏亚所发现，但夏亚却故意将卡尔玛引入白色要塞队的埋伏，使卡尔玛葬身在舰炮的炮火中。原来，夏亚·亚兹纳布尔实际上的身份，是已故的吉恩·兹姆·戴肯之子，原名加斯巴尔·利姆·戴肯，平时总戴着假面或墨镜，并非遮掩伤痕，而是为不让人认出本来面目。他投身吉恩公国，实际目的是向扎比家复仇，将之毁灭。扎比家的第四子卡尔玛，便是他的第一件祭品。卡尔玛之死，激起了吉恩公国的强烈反应，扎比家的长子，基连·扎比于10月6日发表向全地球圈放送的演说，展开更大的攻势欲为卡尔玛复仇。同月，联邦军的ms投入大量生产，其中以型态与高达相似的rgm－79“gm”为主，至11月底gm开始用于实战。而吉恩公国方面则将更多的新型强力ms投入战场，同时加紧对new type用于实战发挥的研究。此时的阿姆罗，正面临情绪的底谷：“青色巨星”兰巴·拉尔等强敌不断袭来、母亲对他作为军人的不谅解、自身作为重要战士所承受的巨大负担…各方面压力几乎不堪忍受。然而，正是因为经历这一切，使他已成长起来。同时阿姆罗作为new type的代表，使这种能力的重要性受到联邦军内的日益重视。11月7日，联邦军发动夺回俄罗斯地区的奥德赛作战，为时3天的战役以联邦军的胜利告终，阿姆罗在此战中，创出了击败黑色三连星的著名佳绩。其后吉翁军对加布罗的攻击亦被联邦军击败，整个战局形势逆转。12月14日，联邦军发动了以吉恩本土为目标的星1号作战；15日，对北美、非洲等地的公**展开扫荡；24日，联邦军在宇宙发动所罗门攻略战，在这场战斗中，扎比家担任宇宙方面司令官的第三子多兹鲁中将，为掩护自军撤退，亲自驾驶巨型机动装甲（ma）“魔霸”与阿姆罗的高达交战，最终为阿姆罗击败身亡。12月30日，德金公王准备与联邦军进行会谈，看到和平曙光的人们莫不额手称庆，然而，不愿休战的人仍然存在。就在双方舰队聚集在一起时，基连·扎比竟使用side3的吉恩最终防卫武器“太阳系统”—卫星激光炮发动了攻击，在超巨大的光束中，将联邦军的宇宙舰队，与自己的父王德金及其直属舰队一起化为灰烬…
面对这一意外巨变，联邦军于次日对吉恩的最终防线阿·保亚·库发动了全面攻击，而担任吉恩总帅的基连，被扎比家长女基西莉亚少将以弑父罪名射杀，其后基西莉亚指挥吉恩军作战，但终被联邦军击败。白色要塞队及阿姆罗当然地也参与了此次战役。然而，阿姆罗与夏亚两人你死我活地激斗，甚至座机毁坏后继续刀剑相向却另有原因。事情要追溯到夏亚很小时，当时一名有着印度血统的孤女拉拉·辛被他所收养，而拉拉由于天生具有new type素质，此次战争中来到战场上夏亚的身旁。具备new type能力的拉拉，与同样是new type的阿姆罗的精神场产生了共鸣，了解到阿姆罗的内心。所以对拉拉而言，一位是同为new type的知己，一位是青梅竹马的恩人。同样，无论对阿姆罗和夏亚而言，拉拉都是超越敌我界限的重要人物。然而，在战争已接近尾声时，两人驾ms的对决中，高达的光束**却误中了拉拉所乘战机的座舱并贯穿而过…将悲愤的两人间进行的决斗阻止的，是白色要塞的女性士官莎拉，一直关怀着阿姆罗的人，而且她不为人知的**，竟是夏亚的亲妹妹，两人失散多年，直到夏亚攻击side7时才偶然相见。被阻止的两人总算恢复了一些理性，阿姆罗以精神感应通知白色要塞的同伴们基地即将**后成功脱离，而夏亚则继续他要做的事，将扎比家的最后一人，正准备败走逃亡的基西莉亚，连同所乘的旗舰一起击毁。而夏亚在这之后的去向，则没有人知晓…
0080年1月1日，联邦与吉恩终于在月面的格拉纳达基地缔结停战协定。一年战争结束了，然而阿姆罗与夏亚心中留下的创伤，以及战争留给所有人的遗憾，恐怕永远也没法消去…