故事简介：
仙三故事发生在仙剑1的五十年前，那时候，李三思刚刚发出赤子的第一声啼哭；巫后还是襁褓中的婴儿，而剑圣，则还没有拜入蜀山修仙…
事情的起因是从锁妖塔顶端突然坍塌，封印被解除开始的，但是，更深层的因果却要追溯到千年前的神界。神将军飞蓬与魔将军重楼因两界的冲突而屡屡交手，一直难分胜负，两人逐渐有惺惺相惜之意。重楼提出要和飞蓬在自己发现的一处新仙界中决斗，一较高下，飞蓬碍于神界天规而犹豫再三，最终经不起重楼诱惑而答允。两人势均力敌，比试旷日持久，最终惊动了天庭，天帝派兵捉拿飞蓬问罪，飞蓬因感知到追兵将至而分心，佩剑被重楼打落人间而落败…
光阴荏苒，飞蓬被神界问罪贬为人，经过多次转世成为渝州唐门新安当铺伙计景天。同时，重楼自魔界窥探人间，偶然发现飞蓬的转世如此卑微平凡，心中动念想要帮助景天，于是来到人间，滋扰蜀山，想要帮飞蓬找回佩剑，无意中毁坏了锁妖塔，偶然得到了飞蓬在人间第一世—姜国太子龙阳铸炼的魔剑。景天得到魔剑的同时，结识了唐**雪见，从此改变了自己的生活。一开始被卷入雪见家族的内部斗争以及唐门和霹雳堂的争斗之中，而后遇到蜀山弃徒长卿及其未婚妻紫萱，走上了协助蜀山寻找五灵珠，封印锁妖塔的漫漫征途。一直隐藏在魔剑中的鬼魂化身而出，竟然是景天前世龙阳的妹妹龙葵。几个人的情爱纠葛，生离死别反复交织纠缠，雪见的离奇身世，紫萱不为人知的秘密，龙葵长久以来的心中愿望…伴随着人类与妖界死生存亡的争斗，而其实人的欲望，才是所有纷争的本源。游戏剧情：
1.夜晚剧情后点击床睡觉，待天亮起床取下茶壶，出门。2.在大客房找赵文昌，进行古董鉴别小游戏。3.出永安当（第一次会被叫回，再出去便是），到江边坐竹筏至渝州西南。4.遇到道士后捡起地上的木剑穿过壁山来到唐家堡，然后原路返回渝州。5.回永安当景天房间睡觉。6.剧情后走到渝州南边，进入九龙坡（小木屋的一层左下角才是小木屋的出口），在九龙坡最后打败霹雳堂弟子。7.剧情后再次打败两批霹雳堂弟子，并到宾化城门口遇到雪见。8.与雪见对话后走几步打败霹雳堂弟子及其妖魔化变身，得到仙术书炎宿，要学起来。9.进入大渡口，前进几步触发剧情，剧情后继续走完大渡口，在最后打败妖魔化武士乙，进入船。10.与船头的长卿对话后走回几步，剧情后再次与长卿对话进入船·长江。用键盘方向键操纵船，使之驶至镇江。11.在镇江药店前的一条路上遇到长卿，对话后返回船，以键盘方向键操纵船，开至蓬莱迷宫。12.走完蓬莱迷宫最后进入蓬莱御剑堂，剧情后再与商风子对话两次，从御剑堂旁边的密道返回船。13.在唐家堡下船，到唐家堡中间的议事厅，剧情后穿过壁山返回渝州。14.从后面进入永安当，并在晚上离开永安当，至城隍庙内。15.遇龙葵后再次从后面进入永安当，开始偷衣服小游戏，偷到衣服后返回城隍庙把衣服拿给龙葵。16.坐竹筏至渝州西南，在壁山入口遇到雪见，打败唐门弟子。17.进入九顶山，在九顶山的最后打败人面兽，进入德阳。18.在德阳遇到一个画饼的小女孩，对话后在德阳入口附近一个摊子上买到一个烧饼。19.把烧饼拿给小女孩，得知霹雳堂位置。20.从客栈后面的水井进入下层，推开石桌后进入霹雳堂迷宫。21.在霹雳堂东部打开放水机关放水，在西部一楼梯下到霹雳堂地牢，救出紫萱并打败魔披风。从魔披风后面的路来到安宁村。22.到安宁村客栈，剧情后到安宁村的东部万家，与万玉枝对话后休息。23.夜晚出来与雪见、龙葵、紫萱三人对话，并打败万玉枝，追至古藤林。24.古藤林第一部分遇到万玉枝后继续深入，第二部分最后打败精精，走完第三部分进入风清台，与古藤老人的战斗只需撑过一定回合数，然后到最后一部分最中间打败古藤精。25.捡起地上的土灵珠，却被罗如烈打败（打不赢的）。剧情后，爬上树枝，转个方向可以看到出口回到安宁村。26.回到万家，与万玉枝对话后出门，进入蜀山故道
27.按顺序打开机关，通过迷宫来到蜀山派，穿过经楼或剑楼在无极阁后触发剧情。28.从无极阁出来之后再次返回无极阁，剧情后到长卿房间旁边的一个空中石台上遇到长卿。接着到长卿房间内与紫萱对话。再度返回无极阁。29.剧情后，从蜀山南面下山，来到唐家堡，在唐家堡演武堂连胜三场后，追雪见至佣人房间前，景天解毒后再返回演武堂为场上的人解毒。30.来到雪见爷爷的房间，与雪见对话后，回到唐家堡的外面（不是壁山那边），坐船离开唐家堡，抵达雷州。31.到雷州客栈剧情后入夜，晚上出门，打败苍萤，再返回客栈雪见房间，花楹安然入睡后再回到自己房间。32.第二天到客栈旁边的临风楼二层房间内找到雪见，然后返回客栈自己房间。33.再次入夜到刺府史，夜探小游戏后，打败敌人（不强），跟随重楼进入神魔之井。34.在神魔之井的第二部分开头找到雪见，在第二部分结尾找到长卿，打败魔骨后进入神界天门。35.到西北侧找到雪见后，走至神树入口，却触发剧情而被叫回，到东北侧再次找到雪见后进入神树。36.经过一层、二层、四层、五层、六层，在最顶上遇到夕瑶，打败敖耶神牛等boss后，被传回人间。37.返回无极阁触发剧情，然后在无极阁外面遇到雪见，剧情后到长卿房间旁边的弟子房间的到龙葵。最后返回无极阁，被传送至锁妖塔。38.四层较难，初玩者可看地图；在锁妖塔最后打败天妖皇后被传回蜀山。39.在无极阁前触发剧情，然后回到刚从锁妖塔传送至蜀山的平台上找到龙葵。又在长卿房间外面与紫萱对话。返回无极阁。40.从无极阁旁边的路进入草海，并走完草海迷宫，这个迷宫没有boss，但小心踩中水毒。进入蛮州。41.进入蛮州东边的女娲庙遇见紫萱，然后到蛮州北面的出口来到灵山仙人洞。42.走完灵山仙人洞的第二层后打败银眉妖狐，然后继续走完第三层，进入古城镇。43.刚进入古城镇就有剧情了，然后从东北来到树林，与龙葵聊天。接着却镇长家，见到紫萱。44.到东南的祭坛，镇长启动法阵，此时有分支，依雪见和龙葵好感度的差异而不同。45.雪见好感度高则回到蜀山，龙葵好感度高则被传送到古代姜国皇宫，之后会被传回蛮州。46.回到蛮州后御剑飞行至蜀山派，先去长卿房间旁边的弟子房间，然后又到前山通往前山的桥上遇到花楹，御剑飞行至酆都。47.在药店对面捡起地上的东西，遇到赵无延，选第三个选项花最少的钱买下离魂汤，来到客栈，与紫萱对话，然后住店。48.住完店后再与紫萱对话，进入鬼界外围，在鬼界外围的东边遇到红衣龙葵，等旁边的两小鬼离开后再与龙葵对话。49.在奈何桥对面的阴差房二层遇到雪见，剧情后追出至奈何桥上。剧情后到西边，进入熔岩地狱。50.熔岩地狱的最后打败攻击力很高的火鬼王，由那里的法阵返回鬼界外围，并走至东边，进入黄泉路。51.黄泉路分为九部分，可按“左左右”或者“右右”的顺序来到boss前，打败boss御剑飞行至蜀山。52.回蜀山后从长卿房间旁边的高级弟子房间进入停放尸体的房间，然后再回到无极阁，御剑飞行至雪岭镇。53.刚到雪岭镇就可以再回头走出去，即可来到冰风谷。54.向前走几步之后开始滑雪小游戏。冰风谷迷宫都需要走到一定地点触发地震后才会有新的路出现。55.冰风谷的最后遇到邪剑仙，此战可败可不败，之后向前走几步又遇到罗如烈，将他以及他的妖魔化变身打败，御剑飞行回蜀山。56.回无极阁与长卿对话，御剑飞行至安溪。而在安溪则到海边遇到龙葵，对话后又可御剑飞行至海底城。57.海底城最后有三场连续的boss战，要小心应对，打完之后由法阵出迷宫，御剑飞行回安溪。58.到安溪上层东北部民居后遇到两人对话，走近有剧情，然后走回安溪御剑飞行的入口，剧情后再御剑飞行至剑冢。59.剑冢的场景较多，在第六个场景打败兵器谱，继续深入至迷宫最后，遇到邪剑仙，剧情后选剑，若雪见龙葵好感度相差20则系统自动选择；返回蜀山派。60.在经楼旁边遇到长卿，对话后到无极阁前的锁链桥上，遇到邪剑仙，连续三场boss战，打败邪剑仙。此时依好感度的高低以及选剑情况产生不同的结局，有紫萱结局和花楹结局
新仙界
打完邪剑仙后，玩家还可以自己操作主角，说明游戏还未结束，御剑飞行至新仙界，并在新仙界的最后遇到重楼，打败与被打败都有不同的结局.