001 云霄飞车**事件（琴酒、伏特加出场，工藤新一被灌下药变小）002 董事长千金诱拐事件（阿笠博士知道他的身份，工藤新一化名为江户川柯南）004 大都会
暗号地图藏宝事件（少年侦探团成立）005 新干线大**事件（知道黑衣人代号）【动画、漫画剧情不同】013 奇怪的寻人事件（宫野明美第一次出场）【动画漫画剧情不同】043 江户川柯南诱拐事件（工藤夫妇知道新一变小）049 外交官**事件（后篇）（服部平次登场，工藤新一第一次恢复）054 电玩公司**事件（龙舌兰出现，被炸死）058 福尔摩斯迷**事件（后篇）（平次知道柯南的身份，二人成挚友）118 浪花连续**事件（沼渊己一郎第一次出场，被警方逮捕）128 黑暗组织10亿**事件（宫野明美死亡，黑衣组织浮出水面）129 来自黑暗组织的女子 大学教授**事件（灰原哀出场，组织代号“雪莉”，说出药名是aptx4869）130 竞技场无差别恐吓事件（前篇）（灰原说：“工藤，我想你从来没想过吧，半世纪前你已经在我们组织进行的秘密计划中，已经有很大关联了。162 飞天密室 工藤新一最初的事件（小兰回忆工藤新一最初的事件）170 黑暗之中的死角（前篇）（重要人物新出智明医生登场）176 与黑暗组织的再会（灰原篇）（匹斯可出场，任务为**吞口重彦。贝尔摩德出场）177 与黑暗组织的再会（柯南篇）（宫野志保第一次恢复，匹斯可知其身份）178 与黑暗组织的再会（解决篇）（匹斯可被琴酒灭口，灰原哀逃脱。揭示贝尔摩德组织成员身份）188 危命的复活 洞窟内的侦探团189 危命的复活 负伤的名侦探190 危命的复活 第三种选择（工藤新一第二次恢复）191 危命的复活 黑衣骑士192 危命的复活 新一回来了193 危命的复活 约定的场所222 人鱼失踪记（事件篇）（提到了宫野志保，暗示灰原的研究与长生不老有关）226 格斗游戏的陷阱（前篇）（茱蒂出场）227 格斗游戏的陷阱（后篇）（茱蒂称呼柯南为cool guy【小酷男】）230 谜一样的乘客（前篇）（赤井秀一出场。灰原感觉到汽车上有强烈的组织成员气息）242 元太的灾难（提到琴酒是左撇子）254 本厅刑事恋爱物语4（后篇）（新出医生可能发现了柯南分析案情并利用**）258 来自芝加哥的男子（前篇）（詹姆斯·布莱克出场）259 来自芝加哥的男子（后篇）（詹姆斯称呼柯南为福尔摩斯、cool guy）269 犯罪的遗物（前篇）（毛利小五郎的卷宗被盗，目标直指柯南）270 犯罪的遗物（后篇）272 急忙掩饰的忽略（后篇）（柯南被怀疑，形势危急）274 幽灵屋的真相（前篇）（新出医生住所，柯南也认为新出听到了柯南分析案情）277 英语教师vs西部名侦探（前篇）（柯南让博士调查克丽斯·温亚德）284 中华街雨中的似曾相识（前篇）（小兰回忆起包含克丽斯和秀一的纽约的事情）285 中华街雨中的似曾相识（后篇）286 工藤新一纽约事件（事件篇）（知道克丽斯是美国已故大明星莎朗·温亚德的女儿）287 工藤新一纽约事件（推理篇）288 工藤新一纽约事件（解决篇）（贝尔摩德杀死真正**魔后假扮成**魔登场，赤井秀一对其进行追踪。兰知道秀一是fbi。贝尔摩德打算杀死秀一，却被打伤。兰和新一救下受伤的**魔。结尾处，莎朗对有希子说：“我也有我的angel了。为后续剧情作铺垫）290 迷途森林中的光彦（后篇）（提到沼渊己一郎是组打算培养的**，却被其逃脱。最后沼渊再次被警方逮捕）307 无声的证据（前篇）（得知龙舌兰生前信息，再次抓住黑暗组织的尾巴）308 无声的证据（后篇）（下一集的引子）309 与黑暗组织的接触（交涉篇）（柯南、小兰路上偶遇赤井秀一。小兰告诉柯南秀一是fbi。柯南得知组织在雇佣电脑工程师编写一个神秘的系统软件）310 与黑暗组织的接触（追踪篇）（对板仓卓的日记进行详细研究，获得情报）311 与黑暗组织的接触（决死篇）（追踪组织，险些被琴酒发现。灰原哀对赤井秀一有感觉）335 东京现影所的秘密（前篇）（柯南、灰原被跟踪，山雨欲来）336 东京现影所的秘密（后篇）（追踪者为秀一手下，跟踪失败。秀一对着灰原的照片说：“真是像啊。339 四辆保时捷（后篇）（茱蒂、赤井发现灰原与黑衣组织有联系。贝尔摩德在博士家安装**器，得知了灰原的身份）340 厕所里隐藏的秘密（前篇）（柯南等人去寻找灰原父母可能留下的信息）341 厕所里隐藏的秘密（后篇）（灰原在厕所中找到了妈妈的录音留言）343 便利店的陷阱（前篇）（茱蒂辞去老师职务，貌似有所行动）344 便利店的陷阱（后篇）（小兰发现茱蒂老师公寓墙后的照片，引起对茱蒂身份的怀疑。为下一集中小兰从茱蒂的后车厢出现，并救下灰原，做出了铺垫）345 直面黑色组织的对决！满月之夜的二元神秘事件（茱蒂、赤井、詹姆斯身份为fbi，贝尔摩德**是克里斯同时也是莎朗，一直假扮为新出医生行动。贝尔摩德对柯南承诺：放弃雪莉。解释了286～288《工藤新一纽约事件》的全部线索）346 寻找屁股上的印记（前篇）（为上一集善后，茱蒂希望哀参加证人保护计划）347 寻找屁股上的印记（后篇）（哀拒绝参加证人保护计划）361 帝丹高中的学校怪谈（前篇）（真正的新出医生回归）372 沉默的航线（后篇）（柯南对345集中贝尔摩德给boss发邮件时的按键音有些奇怪的感觉）375 星星和香烟的暗号（后篇）（柯南听到山村警官给他奶奶打电话的按键音和贝尔摩德的按键音相似，推测boss在鸟取县）387 斯特拉迪瓦里小提琴的不和谐音（尾奏曲）（柯南发现组织boss的邮件地址是《七个孩子》的旋律）394 奇异屋宇大冒险（封印篇）（组织boss的邮件地址被柯南**。哀似乎有些了解boss，警告柯南这个邮件地址是“潘多拉的魔盒”）425 黑色冲击！被组织的魔掌触碰的瞬间（组织成员水无怜奈、基安蒂、科恩出场，**任务被柯南、fbi阻止。烽烟再起）429 无法回到从前的两人（前篇）（本堂瑛佑出场）462 黑暗组织的影子 年幼的目击者（本堂瑛佑行事奇妙，引起柯南注意）463 黑暗组织的影子 奇妙的照明464 黑暗组织的影子 谜样的高额报酬465 黑暗组织的影子 珍珠的流星（结尾提到贝尔摩德的口头禅）484 黑色照片的去向（前篇）485 黑色照片的去向（后篇）（找到本堂瑛佑的父亲的照片）491 红与黑的碰撞 开端492 红与黑的碰撞 血缘493 红与黑的碰撞 绝叫494 红与黑的碰撞 冥土495 红与黑的碰撞 昏睡496 红与黑的碰撞 侵入497 红与黑的碰撞 觉醒498 红与黑的碰撞 搅乱499 红与黑的碰撞 伪装500 红与黑的碰撞 遗言501 红与黑的碰撞 嫌疑502 红与黑的碰撞 洁白503 红与黑的碰撞 决死504 红与黑的碰撞 殉职（赤井疑似死亡）508 卡拉ok包房的死角（后篇）（本堂瑛佑得知柯南是工藤新一。当他说fbi发生了事情时，柯南一边笑，一边说：嗯，没事。使赤井之死显得更加神秘）509 红白黄色与侦探团（水无怜奈给fbi传递信息，组织派出一名代号为“波本”的成员专门调查雪莉。冲矢昴出场，灰原哀察觉出异样）510 柯南vs w暗号之谜（柯南把家借给冲矢昴，并说：作为回报，要好好看家。昴成功躲过兰的攻击，并伪装的像被踢到一样，搏击技术应该不错）511 推理对决！新一vs冲矢昴（漂亮的推理同步直播，冲矢昴推理能力和柯南不相上下。昴喝波本酒）521 **犯 工藤新一522 新一的真正身份和兰的眼泪（工藤新一第三次恢复）542 让鱼儿消失的一角岩（前篇）（冲矢昴代替博士来接少年侦探团，灰原对柯南说出她对冲矢的怀疑）543 让鱼儿消失的一角岩（后篇）（冲矢昴的言语直逼灰原，灰原再次感到压迫感。结尾处，灰原盯着工藤家说：那个人、果然是…）563 侦探团vs强盗团（**）（回忆秀一潜入组织前与茱蒂分手。与脸上有烧伤、疑似秀一的人登场。茱蒂被卷入强盗案）564 侦探团vs强盗团（沉默）（“伤疤男”自始至终没有说话，最后右手开枪救了柯南。少年侦探团知道茱蒂身份）578 召唤危机的红色预兆（侦探团说道银行抢案中看到类似秀一的人物，柯南大吃一惊。fbi在寻找秀一；冲矢昴也出现在米花百货商厦）579 黑与13的暗示（疑似秀一的男子和冲矢昴同时出现。商厦遭****，局势再次混乱，赤井之死遭疑）580 紧迫黑色的时限（基尔被怀疑身份，琴酒准备让基安蒂**疑似秀一的人）581 红色的摇摆目标（冲矢昴称组织为“笨狼”，对柯南似乎很了解，言语中好像对柯南传递了某些信息似的。“伤疤男”对着**枪轻蔑的一笑。贝尔摩德传达boss指令，琴酒下令撤退，并似乎不再对基尔表示怀疑。“伤疤男”是否为真秀一被质疑）616 福尔摩斯的默示录（名侦探的弟子）617 福尔摩斯的默示录（love ** 0）618 福尔摩斯的默示录（撒旦）619 福尔摩斯的默示录（code break）620 福尔摩斯的默示录（草场女王）621 福尔摩斯的默示录（0 ** start）（工藤新一第四次恢复，工藤新一第一次向小兰正面表白）623 紧急事态252（后篇）（冲矢昴行为诡异，证明了他有极强的洞察力，身手也不凡。灰原再次对冲矢昴有组织感觉）646（伪651）幽灵旅馆的推理对决（前篇）（世良真纯登场，自称侦探，身份可疑）647（伪652）幽灵旅馆的推理对决（后篇）（世良似乎对“新一”的名字有耳闻。之后转到小兰班上）648（伪653）侦探事务所笼城事件（勃发）（世良来侦探事务所打听柯南信息，柯南感觉她可能很像自己认识的某个人。侦探事务所遭****，事态危急）649（伪654）侦探事务所笼城事件（**）650（伪655）侦探事务所笼城事件（解放）651（伪656）柯南vs平次东西侦探推理对决（fbi的茱蒂、卡迈尔等人对世良有似曾相识的感觉。詹姆斯则一眼就认出世良是女生，显得更加可疑）651 柯南vs平次 东西侦探推理对决★
652 **与幻影的设计（eye）
653 **与幻影的设计（s）
654 **与幻影的设计（po**on）
655 **与幻影的设计（**）
656 博士的视频网站（前篇）
657 博士的视频网站（后篇）
658 巧克力的炙热陷阱◆
659 与初恋的共同搜查（前篇）
660 与初恋的共同搜查（后篇）
661 小五郎是好人（前篇）
662 小五郎是好人（后篇）
663 追逐深山锹形虫◆
664 名犬cool的功劳ⅱ◆
665 疑惑的姓名首字母k◆
666 雨夜的恐吓犯◆
667 婚礼前夕（前篇）
668 婚礼前夕（后篇）
669 黑暗塔的秘宝（前篇）◆
670 黑暗塔的秘宝（后篇）◆
671 侦探们的夜想曲（事件）
672 侦探们的夜想曲（诱拐）
673 侦探们的夜想曲（推理）
674 侦探们的夜想曲（波本）◆(黑衣组织)
675 一丁点都不原谅（前篇）
676 一丁点都不原谅（后篇）
677 没有脚印的沙滩◆
678 长崎谜之剧场（幕末篇）◆
679 长崎谜之剧场（现代篇）◆
680 仙人掌狂想曲◆
693【681】命悬一线的恋爱转播（转播开始）
694【682】命悬一线的恋爱转播（危在旦夕）
695【683】命悬一线的恋爱转播（现场突击）
696【684】泡沫、热气和烟（前篇）【2013年1月26日播出】
697【685】泡沫、热气和烟（后篇）【2013年2月2日播出】
698【686】装载了定时**的汽车◆【2013年2月9日播出】
696【687】谁都解不开冰冻的圈套◆【2013年2月16日播出】
697【688】高木警官捡到3000万◆【2013年2月23日播出】
698【689】来自委托人的留言◆【2013年3月2日播出】
699【690】工藤优作未解决的事件（前篇【2013年3月9日播出】
700【691】工藤优作未解决的事件（后篇【2013年3月16日播出】
701【692】隅田川的夜樱风景线（上集）【2013年3月23日 692 动画原创】
702【693】隅田川的夜樱风景线（下集）【2013年3月30日 693 动画原创】
703【694】消失老店的日式点心【2013年4月20日 694 剧场版连动】
704【695】葡萄园里的玫瑰花【2013年4月27日 695 动画原创】
705【696】花坛破坏者的阴谋【2013年5月4日 696 动画原创】
706【697】女子学园的窗口【2013年5月11日 697 动画原创】
707【698】相信吗！ufo 堕落事件【2013年5月18日 698 动画原创】
【340】隐藏在厕所中的秘密（前篇）【2013年5月25日 340 重播】
【341】隐藏在厕所中的秘密（后篇）【2013年6月1日 341 重播】
708【699】逼近灰原秘密的黑影（上集）【2013年6月8日 vol.77】
709【700】逼近灰原秘密的黑影（下集)【2013年6月15日 vol.77】
【重播307】没有留下声音的证据（上集)【2013年6月22日 307 重播】
【重播308】没有留下声音的证据（下集）【2013年6月29日 308 重播】
伪712【701】漆黑的特快列车（发车）◆【2013年7月13日 vol.78】
伪713【702】漆黑的特快列车（隧道）◆【2013年7月20日 vol.78】
伪714【703】漆黑的特快列车（交叉）◆【2013年7月27日 vol.78】
伪715【704】漆黑的特快列车（终点）◆【2013年8月3日 vol.78】
伪716【705】密室中的柯南（上集)◆【2013年8月10日 vol.78】
伪717【706】在波本面前解谜◆【2013年8月17日 vol.78...