第13集 醒醒吧究级天使兽！十斗士的秘密（觉醒吧究级天使兽！十斗士的秘密）
众人终于来到森林终点站，在数码扫描器的指引下一直来到了一个城堡处。众人在城堡里遇到冰巫师兽，由它带领到沉睡着的三大天使之一的究级天使兽的房间。此时众人也得知一直指引大家的是另外一个属于三个天使的神圣天女兽。集合了数码扫描器的光，使究级天使兽苏醒。大家在究级天使兽口里得知整个事件的原因。此时，洞穴兽带着它的同伴，另外的四个恶之斗士的其中三个闯入。究级天使兽拥有压倒性的力量，但是恶之斗士瞄准众人攻击分散究级天使兽的注意力，最终将究级天使兽打败并吸收了它的数码编码，究级天使兽变成了数码蛋。泉冲过去抢走数码蛋，然后冰巫师兽牺牲自己保护众小朋友们离开。怀着悲愤的心情，众人乘火车离开了…
第19集 拯救汉堡兽！友树真心的心（拯救汉堡兽吧！友树纯真的心）
众人来到汉堡村，得知汉堡店店长被许多变色龙兽抓走，要他们今天晚上做好吃的汉堡包来交换，于是决定帮汉堡兽做汉堡。众人做好后，由波高兽和提问兽来品尝。虽然拓也和辉二说得很好听，但两人做的超难吃。但两人十分不服气，还要继续再做…此时已是晚上，其他三人带着友树做的汉堡包来到外面，因为友树做的汉堡包很好吃，三人被变色龙兽带到一城堡处。三人见到汉堡兽店长，店长吃了友树做的汉堡包，大加赞赏。三人进化救出被抓走的汉堡兽店长的孩子并打败变色龙兽。此时花瓣龙兽出现，三人才得知原来主使是花瓣龙兽。汉堡兽店长把加工后的汉堡包给花瓣龙兽吃，使它吃饱而睡着了。汉堡兽一家终于团聚了。第20集 隐藏在黑暗中的斗士 暗黑兽！（潜藏在黑暗中的迷之斗士！昏暗兽）
水、木、钢之恶斗士被基路比兽召见。基路比兽道出钢之恶斗士银镜兽隐瞒了究级天使兽的资料而使其很恼怒。众人来到黑暗**，不安的预感笼罩整块**…众人遇到性行温和的蝙蝠兽，但是圣树兽却立即出现吸收了蝙蝠兽的数据并进化成花瓣龙兽袭击众人。众人进化成兽型迎战，但是花瓣龙兽吃掉森林道理的树木而变得巨大，实力大增，还能自我恢复，五兽对它毫无办法。但众兽团结起来，封锁花瓣龙兽的攻击并用合技将其打倒，最终将抢去木之兽型魂。此时最后一个恶斗士—代表暗的黑暗兽出现了，出乎众人的意料，它竟然一剑将树兽杀死然后面对众兽，一场恶战即将开始！第21集 全军覆没！可怕的黑暗力量（五斗士全军覆没！恐怖的黑暗力量！黑暗兽拥有不可思议的战斗力，众人根本没有办法伤到它，只好逃走。拓也认为大家一定能打败黄昏兽，但辉二认为这根本不可能，而应该先逃到安全的地方。拓也想出一起攻击的战略，但被辉二所斥责。辉二和拓也两人来到一个地方单独谈，辉二告诉拓也暗黑兽的实力根本还没发挥出来，但拓也坚信大家一定能打赢。这时暗黑兽杀到，众人只能用拓也的战略迎战。但是无论如何攻击，即使是四只兽型同时攻击，也伤不了暗黑兽，反而被它吸收了攻击力。此时黄昏兽向阿古尼兽攻击，银狼兽奋力抵挡下这招而退化。拓也痛苦地叫出辉二的名字，这时暗黑兽突然举动异常，发出黑暗力量…拓也醒来时，面前是暗之车站。已完全绝望的他坐上了通往现实世界的暗之运输兽…
第22集 回家！拓也独自一人回到现实世界（回到我家！拓也独自一人的返还）
暗之运输兽到站时，已经是拓也刚开始搭车到数码世界的车站。就在这时，拓也眼前出现黄昏兽的幻象…等拓也乘电梯上到2楼的电车站时，被众人用奇怪的目光看着，才发现自己变成人不像**不像兽的样子。拓也来到家外，发现他又回到自己出发去数码世界的一天。这时，他看到屋里的自己收到信息赶去车站。他的意识希望不要发生之前的事而打算阻止他自己。在电车上，他发现一个和辉二很像但不是辉二的少年。到站后，那个少年没能赶上辉二和拓也的电梯而打算下楼梯，却失足摔下楼梯，躺在地下却仍叫着“辉…辉二”。到了车站处了，拓也打算用最后一次机会阻止自己，但此时他却看到了一直和他一起战斗的同伴们都上了电车，挂念同伴的心终于使他改变决定，鼓励他自己上了电车。随后，黄昏兽的幻象再次出现，拓也此时终于找回信心，一拳将幻影打散…接着，暗之运输兽再次出现，拓也毫不犹豫地决定坐上运输兽！信心十足的火神兽走出运输兽，他回到了数码世界了！第23集 感受数码宝贝的力量！拓也使出浑身解数（感受数码兽的力量吧！拓也全力的作战）
泉、纯平和友树被娜娜兽和银镜兽抓起，数码扫描器也被夺去。此时身受重伤的辉二发现众人但不敢轻易出战。火神兽从塞皮库兽处得知娜娜兽和银镜兽的去处，立即赶去。娜娜兽准备杀死纯平，迫使辉二出战。但是银镜兽和卡玛拉兽的实力很强，野狼兽被打倒。此时火神兽赶到，并且感受到了大自然的力量。在大自然的力量的帮助下，火神兽救出众人，并一起以比以前强大几倍的力量打退卡马拉兽和银镜兽。然而，正当大家为重聚而欢喜的时候，银镜兽又有了更可怕的计划…
第27集 奇迹的双重斗士精神 战狼兽的诞生！（奇迹的双魂进化！战狼兽诞生）
纯平、泉和友树想再进入魔弹兽帮助辉二和拓也，却无法突破保护罩。而此时黄昏兽突然出现，突破防护罩进入辉二所在的区域。泉立即联络拓也，告诉他有关魔弹兽以及黄昏兽的事。黄昏兽抓住辉二读他的记忆，得知辉二的生母已死，他爸爸再娶一妻。但辉二仍想念生母而不愿叫继母妈妈。辉二来数码世界那天是爸爸和继母结婚三周年纪念日，辉二于是去买花送给继母并打算叫**妈。暗黑兽得知这些后突然觉得很痛苦，辉二立即进化与它战斗。然而由于实力相差太远，辉二很快就倒在暗黑兽的剑下。拓也通过了冰区域的试炼，本可以离开魔弹兽，却因为担心辉二而放弃离开。就在暗黑兽准备杀死辉二时，究级天使兽的蛋突然发出光芒笼罩住辉二。辉二感受到人型魂和兽型魂的力量合而为一，双魂进化成战狼兽，与黄昏兽展开激烈的战斗。然而在战斗中，辉二见到了黄昏兽的姿态里出现了一个跟自己长得很像的男孩的影子。这时由于势均力敌，就在火神兽赶到的瞬间，战狼兽和暗黑兽同时离开了魔弹兽的身体。第28集 拓也的融合进化，火龙兽！（拓也的融合进化！对偶神兽的爆裂技）
火神兽来到第九个区域，惊异地发现银镜兽竟然可以和魔弹兽同时存在。银镜兽利用能自由进出立在区域里的无数镜子以及反射招式的能力，使火神兽虽然竭尽全力却无法伤它。银镜兽想将这次战斗当成它事先所设想的戏剧，于是进入另一个区域，并释放了先前被它吸收的究级天使兽的资料，与之融合成与究级天使兽模样相似的堕落天使。即使是炎龙兽也被轻易地打败。纯平等三人看不下去而拼命想冲破防护罩，但堕落天使的魔爪已经抓住了拓也的头…此时塞拉菲兽的蛋再次发出金光，使拓也双魂进化成火龙兽，终于将究级天使兽的数据扫描回来了。而数据突然从终端器里放出到蛋里。火龙兽追到钢之区域，放出大火球融化所有金属，并一拳粉碎了银镜兽的身躯将其扫描，随后也离开了魔弹兽的身体。而此时究级天使兽的蛋也终于生出了巴达兽！第29集 逃走！变幻自在的魔弹兽（逃走！变化自如的十数兽）
正当拓也等人准备出发找辉二时，魔弹兽突然动了起来。原来钢斗士将众人吸进身体里的真正目的是为了通过战斗读取众兽的招式的资料。现在，魔弹兽不但可以任意使用十斗士的招式，当受到他们的招式攻击时，还能使其无效并加倍反弹。大家在毫无胜算的情况下，只好逃走，却逃到一个黑暗的封闭的洞穴。在魔弹兽的言语挑拨下，开始自乱阵脚，并内讧起来。危急时刻，火龙兽大声告诉大家他们拥有数码兽的能力，而且拥有团结的力量。大家找回信心，将必杀技合并起来成为新的招式，终于打破塞菲罗托兽完美的防御。火龙兽击中魔弹兽的心脏部位并将其扫描。现在恶之五斗士只剩下黄昏兽一个。第30集 飞翔！黑暗斗士黑鹰兽（飞翔！暗之斗士黑鹰兽）
战狼兽不断追赶暗黑兽，并与之展开激烈的战斗。此时拓也等人在巴达兽的指引下去寻找辉二，却被前方飞来的类似钢条的东西困住，即使进化一起攻击居然都无法使其粉碎。而此时，一个黑影正在注视着光与暗的决斗。突然，暗黑兽占了上风，正当它准备杀掉战狼兽时，突然犹豫了一下，反而被制住。此时黑影突然出手攻击战狼兽，原来它就是基路比兽！它让暗黑兽回想刚来数码世界时的情景，使其内心再次充满黑暗，进化成黑鹰兽。此时拓也等在巴达兽的提示下挖地道逃出了困狱，感受到了黑鹰兽的鸣叫声的恐怖。黑鹰兽的实力更加厉害，恐怖的招式差点使辉二丧命。正当它准备杀掉辉二时，辉二的终端器里突然射出光，神圣天女兽的声音让黑鹰兽想想它生活在人类世界的事。这使它再次变得痛苦并离开了。“难道它是人类？辉二的疑惑即将解开了！第32集 事情的真相 暗黑兽的秘密！（被揭晓的过去！昏暗兽的秘密）
暗黑兽想起辉二就是自己的弟弟，于是质问基路比兽。基路比兽让他去憎恨辉二，再次使其心里充满黑暗力量。在巴达兽指引下，波高兽和问答兽与拓也会合并跟着巴达兽去找辉二。此时辉二遭到黑鹰兽的突袭。黑鹰兽又变回暗黑兽，告诉辉二他就是辉二的双胞胎哥哥木村辉一，而后更将战狼兽打退化并再次进化成黑鹰兽打算致辉二于死地。拓也及时赶到救下辉二并听到这个惊异的真相。他鼓励辉二去拯救辉一，但辉二无法与辉一战斗。拓也只好一人与黑鹰兽战斗，但处于下风。看到努力的火龙兽，辉二终于下定决心进化成战狼兽，与火龙兽同心协心打败黑鹰兽并将两个暗之魂扫描。这时拓也发现，辉一就是他在回到现实世界时看到的那个人…
第33集 全新的黑暗斗士！黑狮兽与凯撒狮子兽（全新的暗之斗士！黑狮兽与凯撒狮子兽）
辉二从辉一的口中知道了他是在临死的奶奶口中得知辉二，还知道了生母的工作很辛苦。还有就是辉一是从楼梯上摔下后醒来就到了数码世界，而不是坐地下的运输兽来的。众人会合后坐运输兽前往蔷薇明星外的城堡。但因为事情的真相很令人惊讶，气氛很沉闷。于是拓也等人就向辉二说出自己对于兄弟姐妹的感受，而巴达兽也去安慰辉一。此时，基路比兽突然出现攻击众人。即使火龙兽与战狼兽的必杀技也对它不起任何作用！基路比兽然后使出“天堂裁决”将全部人打退化。它告诉辉一他心里的黑暗面很强，希望他能再次回到它手下，但辉一坚决地拒绝了它。危急时刻，辉一的数码终端器出现，暗之魂的形态更变化了。辉一进化成黑狮兽，以极有力的招式攻击凯路比兽。没有等基路比兽有喘气的机会，黑狮兽进化成凯撒狮子兽，以凌厉的连续攻击打败了基路比兽。然而数码编码并没有出现，原来那只是基路比兽的分身而已。为了解救神圣天女兽，众人继续向蔷薇明星外的城堡进发。第34集 拯救神圣天女兽（决战！玫瑰之明星 神圣天女兽大作战）
众人来到城堡入口处，遭到死神兽的攻击。除了黑狮兽外的其他兽被斗篷收入了水晶球。危急关头，黑狮兽靠敏锐的觉察力打破了水晶球并扫描了死神兽。众人继续前进，来到了一个有着许多漂浮资料的房间。突然那些资料里出现黑影并向众人伸出黑爪。突然出现了铃铛的声音，黑爪就不动了。山羊兽出现并带众人来到囚禁神圣天女兽的地方。神圣天女兽向大家详细地说明了造成数码世界的危机的经过。此时基路比兽出现并说出它的真正目的：夺取十斗士之魂并与它收集的大量资料融合来支配数码世界！第35集 两魂合一！拓也与辉二的究极进化
基路比兽打算回收所有的十斗士之魂，火龙兽与战狼兽将其带到城外战斗，让其他兽想办法救出神圣天女兽。城外，火龙兽与战狼兽的实力远低于基路比兽，被打退化并夺去了数码终端器。而纯平想出打碎反射光的墙壁的办法来消除光之牢笼。就在他们快要救出神圣天女兽时，基比兽返回并将纯平、友树和辉一的数码终端器夺走。正当它准备夺走泉的终端器时，神圣天女兽冲出来挡住了攻击。神圣天女兽尝试净化基路比兽但失败了，只好利用基路比兽对她的爱拿回数码终端器，交给孩子们。然后，神圣天女兽用最后的力量，牺牲自己使拓也和辉二的数码终端器产生变化，并提示他们要将十斗士之魂融合起来。众人在十斗士之魂的帮助下，终于成功使拓也和辉二超越魂进化成凯撒暴龙兽和铠甲伽鲁鲁兽！第36集 往胜利的飞翔！对决基路比兽之城
凯撒暴龙兽和铠甲伽鲁鲁兽经过奋战打退了基路比兽，但同时城堡也塌了。辉一不小心从城堡上掉下去，幸好铠甲伽鲁鲁兽及时救了他。在退化后，泉等人的魂又回到了各自的数码终端器里。在泉的鼓励下，辉一打算向辉二道谢。但此时突然从地下冒出冰柱攻击众人。原来是从地下监狱逃脱的冰恶魔兽，是个比基路比兽更难对付的恐怖数码兽。它封住了拓也和辉二的数码终端器，使他们不能进化。而仙女兽等的实力与其相差甚远。冰恶魔兽更不断地折磨