柯南漫画主线目录（目前为止更新话数）如下：
vol.1
云霄飞车**事件（tv 1）
file.1（总file.1）平成的福尔摩斯
vol.2
奇怪的寻亲**事件（tv 13）&黑衣组织10亿元**事件（tv 128）
file.4（总file.13）行踪不明的男子
file.5（总file.14）可怜的少女
file.6（总file.15）追踪高大的男子
file.7（总file.16）恶魔般的主使者
vol.4
新干线大**事件（tv 5）
file.4（总file.33）风声跃起的二人组
file.5（总file.34）特色车厢上的四个人
file.6（总file.35）倒数10秒的恐怖
vol.5
江户川柯南诱拐事件（tv 43）
file.10（总file.49）陌生的访客
file.11（总file.50）逃脱、寻线、追踪三部曲
vol.6
file.1（总file.51）面具下的真相
vol.10
外交官**事件（tv 48~49）
file.2（总file.92）西方的名侦探
file.3（总file.93）棋逢敌手
file.4（总file.94）东方的名侦探
file.5（总file.95）东方的名侦探现身
vol.12
电玩公司**事件（tv 54）
file.4（总file.114）突如其来的遭遇
file.5（总file.115）**的下落
file.6（总file.116）柯南失算了
vol.18
来自黑衣组织的女子 大学教授**事件（1）（tv 129）
file.6（总file.176）转校生
file.7（总file.177）黑衣**
file.8（总file.178）代号雪莉
来自黑衣组织的女子 大学教授**事件（2）（tv 129）
file.9（总file.179）伪装的少女
file.10（总file.180）将死
vol.19
file.1（总file.181）为什么？vol.24
与黑衣组织的再会（tv 176~178）
file.7（总file.238）背叛的街角
file.8（总file.239）漆黑的丧葬行列
file.9（总file.240）不告而别
file.10（总file.241）来自过去的**
file.11（总file.242）白色世界
vol.37
残留下来的无声证言（tv 307~308）
file.5（总file.377）黑暗的足迹①
file.6（总file.378）黑暗的足迹②
file.7（总file.379）黑暗的足迹③
与黑色组织的接触（tv 309~311）
file.8（总file.380）白色的雪…黑色的影子
file.9（总file.381）危险的相逢
file.10（总file.382）同乘者
vol.38
file.1（总file.383）新式武器！vol.41
东都现象所的秘密（tv 335~336）
file.4（总file.417）黑暗是死亡陷阱之门
file.5（总file.418）黑暗中的无声**
file.6（总file.419）黑色光线之谜
四辆保时捷（tv 338~339）
file.7（总file.420）迫近的包围网
file.8（总file.421）那里有危机
file.9（总file.422）无法逃避的目标
厕所里隐藏的秘密（tv 340~341）
file.10（总file.423）来访者留下的秘密
file.11（总file.424）狭小密室留下的秘密
vol.42
file.1（总file.425）被隐藏的真相
与黑衣组织直面对决 满月之夜的双重谜案（tv 345）
file.5（总file.429）满月之夜与黑色宴席的陷阱
file.6（总file.430）血染幽灵船
file.7（总file.431）透明人现身！file.8（总file.432）工藤新一登场！file.9（总file.433）假面下的真相
file.10（总file.434）腐烂的苹果
vol.46
斯特拉迪瓦里小提琴的不和谐音（tv 385~387）
file.2（总file.470）前奏曲
file.3（总file.471）狂想曲
file.4（总file.472）镇魂曲
file.5（总file.473）即兴曲
file.6（总file.474）幻想曲
vol.48
黑色冲击！组织魔爪伸来的瞬间（tv 425）
file.9（总file.499）恐怖的敲门声
file.10（总file.500）新黑衣成员
vol.49
file.1（总file.501）追踪目标！file.2（总file.502）新的指令
file.3（总file.503）黑衣组织 vs fbi①
file.4（总file.504）黑衣组织 vs fbi②
vol.53
黑衣组织的影子（小小的目击者·奇妙的照明）（tv 462~463）
file.7（总file.550）只有一个目击者
file.8（总file.551）钉与蛇
file.9（总file.552）锤子的原形
黑衣组织的影子（谜样的高额报酬·珍珠流星）（tv 464~465）
file.10（总file.553）不可思议的打工
vol.54
file.1（总file.554）晚饭的菜单
file.2（总file.555）梦中之星
vol.56
红与黑的碰撞（开端·血缘）（tv 491~492）
file.10（总file.585）错误的电话
file.11（总file.586）血型诉说的真相
vol.57
红与黑的碰撞（血缘·绝叫·冥土）（tv 492~494）
file.1（总file.587）母亲的遗物
file.2（总file.588）招唤死亡的单只手套
file.3（总file.589）来自黄泉的**者
file.4（总file.590）手套的罪恶
红与黑的碰撞（昏睡·侵入）（tv 495~496）
file.9（总file.595）乌鸦之歌
file.10（总file.596）第2根线
file.11（总file.597）虚假的病人
vol.58
file.1（总file.598）跟踪，然后…
红与黑的碰撞（觉醒·搅乱·伪装·遗言）（tv 497~500）
file.2（总file.599）赤井的过去
file.3（总file.600）孤注一掷
file.4（总file.601）伪装
file.5（总file.602）最终手段
file.6（总file.603）任务
file.7（总file.604）姐弟
红与黑的碰撞（嫌疑·洁白·决死·殉职）（tv 501~504）
file.8（总file.605）意外的嫌疑人
file.9（总file.606）黑色星期五
file.10（总file.607）卡迈尔的过去
file.11（总file.608）魔法的咒文
vol.59
file.1（总file.609）钢楔
vol.65
侦探团vs强盗团（tv 563~564）
file.3（总file.677）命运之人
file.4（总file.678）陷阱
file.5（总file.679）忐忑的心
vol.67
召唤危机的红色前兆（tv 578）
file.3（总file.699）期待明天
黑与13的暗示·逼近的黑色时刻·红色的摇摆目标（tv 578~581）
file.4（总file.700）危险区域
file.5（总file.701）红色与13的暗示
file.6（总file.702）**犯的目标
file.7（总file.703）暴风雪中的真相
file.8（总file.704）寂静的战争
vol.78
漆黑的特快列车（tv 701~704）
file.1（总file.818）神秘列车（发车）
file.2（总file.819）神秘列车（隧道）
file.3（总file.820）神秘列车（一等）
file.4（总file.821）神秘列车（交叉）
file.5（总file.822）神秘列车（拦截）
file.6（总file.823）神秘列车（冒烟）
file.7（总file.824）神秘列车（终点）
vol.84
绯色的序章·追寻（tv 779~780）
file.9（总file.891）最后的一片
file.10（总file.892）从我的日本离开…
file.11（总file.893）波本的追究，绯色的序章
vol.85
绯色的交错·回归·真相（tv 781~783）
file.1（总file.894）绯色的疑惑
file.2（总file.895）绯色的讯问
file.3（总file.896）绯色的回归
file.4（总file.897）绯色的真相
file.5（总file.898）绯色的尾声
vol.86
县警的黑暗（tv 810~812）
file.9（总file.913）啄木鸟
file.10（总file.914）足迹与啄木鸟会
file.11（总file.915）前往妻女山…！vol.87
file.1（总file.916）往事如逝水
file.2（总file.917）鞭声肃肃夜渡河
博客女演员的密室事件（tv 814~815）
file.3（总file.918）blog
file.4（总file.919）photo
file.5（总file.920）selfie
vol.90
背叛的舞台（tv 866~867）
file.6（总file.954）背叛的制裁
file.7（总file.955）背叛的去向
file.8（总file.956）背叛的矛头
file.9（总file.957）背叛的真相
vol.91
新老师的骸骨事件（tv 889~890）
file.7（总file.966）密码棒暗号
file.8（总file.967）无法解读！file.9（总file.968）若狭老师的秘密
vol.92
涟漪中的魔法师（tv 881~882）
file.2（总file.972）涟漪上的邂逅
file.3（总file.973）涟漪上的调查员
file.4（总file.974）涟漪上的魔法师
隔壁的江户式推理秀（tv 894~895）
file.5（总file.975）江户之子侦探！file.6（总file.976）被抢走的万马券
file.7（总file.977）江户式的推理秀
手臂白皙的女人（tv 896~897）
file.8（总file.978）若狭老师家
file.9（总file.979）手白的女人
file.10（总file.980）纯白的心情
vol.93
燃烧帐篷的怪物（tv 909~910）
file.6（总file.987）跳球
file.7（总file.988）违例
file.8（总file.989）压哨
vol.95
终于得知的真身
file.3（总file.1006）老实待着！file.4（总file.1007）太着急了◆
file.5（总file.1008）你看♡◆
不要接近黑兔亭
file.6（总file.1009）在黑兔亭◆
file.7（总file.1010）再见了呢◆
file.8（总file.1011）某个女性的记忆◆
file.9（总file.1012）百密一疏◆
被盯上的女警官
file.10（总file.1013）明明是同年…◆
file.11（总file.1014）亲临现场◆
未收入单行本
file.1015 女性**官连续**事件◆
file.1016 禁止停车的标志◆
file.1017 我才不是“三什么”呢◆
【尚未收入单行本的故事】
file.1022 替身◆
file.1023 奇怪的药品◆
file.1024 世良的追究◆
file.1025 成熟的孩子◆
file.1026 因为是重要的东西◆
file.1027 侦探的眼睛◆
file.1028 雪山山庄◆
file.1029 让哭泣的孩子睡着◆
file.1030 和哥哥一样◆
file.1031 不好的感觉◆
file.1032 采野菜[血的气味]