第一部
01.神奇宝贝，就决定是你了!（小智、小茂登场，小智得到皮卡丘）[2]
02.神奇宝贝中心大对决（小霞加入，**登场）
03.收服神奇宝贝!（小智收服绿毛虫并进化成铁甲蛹，收服比比鸟）
04.武士少年的挑战（小智的铁甲蛹进化成巴大蝴）
05.皮卡丘的决斗!（小刚加入，小智得到灰色徽章）
06.很多皮皮在这里（小刚收服超音蝠）主要人物(18张)
07.华蓝市的水中花（小智得到蓝色徽章）
08.通向神奇宝贝的擂台之路
09.神奇宝贝必胜指南
10.神奇宝贝乡的妙蛙种子（小智收服妙蛙种子）
11.走失的小火龙（小智得到小火龙）
12.杰尼龟军团（小智收服杰尼龟）
13.正辉的灯塔（小智收服大钳蟹）
14.**对决，枯叶道馆（小智得到橙色徽章）
15.圣安奴号之战
16.神奇宝贝漂流记!17.巨大神奇宝贝之岛
18.蓝普鲁奇的度假日
19.玛瑙水母、毒刺水母（小霞收服墨海马）劲敌和配角(14张)
20.幽灵神奇宝贝和夏天庙会
21.巴大蝴再见（小智的巴大蝴离队）
22.凯西，超能力大决斗
23.在神奇宝贝塔收服幽灵
24.鬼斯通对抗超能力（小智得到黄金徽章）
25.火爆猴，别生气哦!（小智收服火爆猴）
26.艾莉嘉和臭臭花（小智得到彩虹徽章）
27.索利柏与神奇宝贝催眠（小霞得到可达鸭）
28.美容街，饲育家大决斗（小刚得六尾）
29.格斗神奇宝贝大决斗（小智的火爆猴离队）
30.小磁怪的电气老鼠之梦（小智收服臭臭泥）
31.好多地鼠（武藏的阿柏蛇进化成阿柏怪，小次郎的**弹进化成双弹**）
32.浅红道馆的忍者决斗（小智得到粉红徽章）
33.火焰的神奇宝贝大赛跑
34.袋龙的摇篮曲
35.迷你龙的传说（小智收服肯泰罗）
36.暴风雨的单车路
37.百变怪跟模仿少女
38.皮卡丘的森林（原本是电脑战士3d龙）
39.伊布四兄弟
40.醒来吧!卡比兽!41.神奇宝贝道馆的决斗
42.椰蛋树军团大前进（小智的小火龙进化成火恐龙）
43.派拉斯跟派拉斯特
44.胖丁唱歌吧
45.复活?化石神奇宝贝（小智的火恐龙进化成喷火龙，得到蛋）
46.吉利蛋的病历簿
47.卡蒂狗跟小次郎
48.大葱鸭的鸭
49.波克比是谁的呢（小霞得到蛋孵化成的波可比）
50.妙蛙种子的不思议花园
51.激斗!神奇宝贝娃娃节（武藏收服大舌头）
52.儿童节全员大集合
53.警犬卡蒂狗
54.按快门的机会是皮卡丘
55.神奇宝贝鉴定考
56.抚养家的秘密（亚马多、小三郎登场，小次郎的口呆花进化成大食花）
57.燃烧吧!红莲道馆
58.决战红莲道馆（小智得到深红徽章）
59.水箭龟之岛
60.华蓝道馆，水中战斗（小霞把墨海马和宝石海星存在道馆）
61.皮皮对抗胖丁
62.常磐道馆，最后的徽章（小智得到绿色徽章）
63.神奇宝贝马戏团的吸盘魔偶（小智的妈妈得到吸盘魔偶）
64.迷唇姐的圣诞节
65.用大岩蛇露营
66.宿敌大决斗，大木研究所
67.当呆呆兽变成呆河马的时候（武藏收服大舌贝，本集结束后大舌贝离队）
68.踏浪皮卡丘的传说
69.植物园的臭臭花
70.神奇宝贝电影
71.喵喵之歌
72.四天王希巴登场
73.激烈冲突 超古代神奇宝贝
74.嘎啦嘎啦的骨头棒
75.开火!神奇宝贝联盟开幕式
76.神奇宝贝联盟开幕!水之场地（小智的大钳蟹归队，小智的大钳蟹进化成巨钳蟹）
77.冰之场地 火炎之战
78.草之场地 意外的强敌
79.劲敌登场（阿弘登场）
80.石英运动场vs阿弘（小智止步石英大会前16强）
81.神奇宝贝联盟 最后战斗
橘子联盟
82.真新镇，新的开始（比比鸟进化成比雕，本集结束后离队）
83.飞行船是不幸船
84.南国神奇宝贝与gs球（小刚离队）
85.拯救乘龙（小建加入，小智得到乘龙）
86.橘子联盟 夏干道馆（小智得到樱花徽章）
87.消失的神奇宝贝之谜
88.水晶大岩蛇
89.粉红神奇宝贝之岛
90.化石盔化石的秘密
91.跳吧!神奇宝贝豪华油轮
92.再见可达鸭，又来哥达鸭
93.航海的乔伊，破浪前进吧
94.奈普鲁道馆，雪山之战（小智得到白浪徽章）
95.大胃王卡比兽，大恐慌（小智收服卡比兽）
96.幽灵船跟幽灵神奇宝贝
97.喵喵之岛
98.飞天螳螂，战士的尊严（小建收服飞天螳螂）
99.南方之岛，全员大集合
100.四天王科拿，冰之战斗
101.尼多朗的恋爱故事
102.大平原的小磁怪
103.地下道的怪物
104.柚子道馆类型格斗三比三（小智得到轮宝徽章）
105.皮卡丘对抗喵喵
106.喷火龙，就决定是你了!107.灭火大战，杰尼龟对抗卡咪龟
108.燃烧吧!卡比兽!109.鲤鱼王进化的秘密
110.接棒决斗!最后的道馆!（小智得到琉璃徽章）
111.蚊香蝌蚪和小霞（小霞得到蚊香蝌蚪）
112.胜利者杯，全员大对决
113.最后战斗，快龙登场（小智得到橘子联盟胜利者杯）
114.再见了乘龙（乘龙离队）
115.顽皮蛋大**
116.真新镇，我回来了（小刚归队）
117.宿敌对决，小智对抗小茂（小建离队）
城都联盟
118.若叶镇，吹起开始之风的城镇!119.投手的菊草叶
120.赫拉克罗斯对抗大甲（小智收服赫拉克罗斯）
121.顿甲之谷
122.咕咕跟迷惑森林
123.美丽花的战斗之舞
124.线球大搜索线
125.布卢的华丽生活
126.惊角鹿，幻影森林
127.好胜的菊草叶（小智收服菊草叶）
128.沼王和gs球
129.芭瓢虫之笛
130.幸福蛋的快乐护士
131.喇叭芽之塔大危机
132.桔梗道馆，空中大战（小智得到飞翼徽章）
133.爱哭鬼玛力露
134.暴走，尾立和波克比
135.再见了喷火龙，直到下一次重逢!（小智的喷火龙离队）
136.向日花怪会场大恐慌
137.菊草叶不高兴了
138.毽子草飞跑了!大草原之战!139.神秘超级英雄，天蝎人登场
140.咩利羊和牧场的少女
141.巨钳螳螂对抗赫拉克罗斯
142.收服火球鼠（小智收服火球鼠）
143.桧皮镇的呆呆兽之井
144.榛果球与圆柑果实，后山之战!（小刚收服榛果球）
145.桧皮道馆，森林的战斗场地（小智得到昆虫徽章）
146.桐森林，寻找大葱鸭
147.果然翁与神奇宝贝交换会（武藏的大舌头交换到果然翁，小智的肯泰罗归队，赫拉克罗斯离队）
148.杰尼龟队燃烧斗志!像火一样（小智的杰尼龟、肯泰罗离队）
149.好多乌波
150.胖丁对抗布卢
151.黑暗神奇宝贝，戴鲁比
152.小锯鳄是谁的?小智对抗小霞（小智收服小锯鳄，小霞的蚊香蝌蚪进化成蚊香蛙）
153.对抗盔甲鸟，钢翼
154.小锯鳄，跳出爱的舞步
155.抓到漂亮的猫头夜鹰（小智收服猫头夜鹰）
156.圈圈熊吓死人
157.麒麟奇，超能力神奇宝贝之村
158.占卜 大混战
159.满金道馆，速度与力量
160.**罐，复仇之战（小智得到正式徽章）
161.收讯塔的战斗，超越时空
162.捕虫大会 在自然公园收服他!163.胡说树在哪里?164.古代神奇宝贝公园 阿露福遗迹
165.波波屋的传信波波
166.超音蝠之馆 危险的迷宫（小刚的超音蝠进化大嘴蝠）
167.柯波朗对抗妙蛙种子 格斗大对决
168.丛林的三只 温泉战斗
169.金鱼王，钓鱼战斗
170.再见了六尾，神奇宝贝选美大赛（小刚的六尾离队）
171.壶壶对抗喇叭芽
172.月精灵黑夜里的战斗
173.安飘虫超越风之谷
174.果然翁之村
175.百变怪**，与伊美蒂重逢
176.喵喵跟布卢跟布卢皇
177.阿利多斯，忍术战斗
178.展翅吧，阳阳玛，飞向明天的天空!179.皮卡丘与皮丘
180.毽子花，草系神奇宝贝的战斗
181.黑鲁加跟波克比
182.烧焦塔，小松登场
183.圆朱道馆，鬼斯战斗（小智得到魅影徽章）
184.伊布五姐妹，茶会大战斗
185.黑暗鸦，被夺走的徽章
186.铁炮鱼的天空
187.熊宝宝的秘密
188.冻僵的向日种子之迷
189.挖这里，小**，寻找温泉
190.急冻鸟vs胖丁，暴风雪之中
191.风速狗与火之石
192.土龙弟弟全都没了
193.果然翁遇难了
194.小刚晕倒?危险的露营事件!195.大力鳄抵抗水箭龟相扑大战斗
196.与神奇宝贝讲话 神奇宝贝的语言 神奇宝贝的心情
197.大嘴蝠对假面女王武藏 遗迹之战（小刚的大嘴蝠进化成叉字蝠）
198.图图犬的遗迹 旭日中的光辉
199.尼多力诺和尼多娜，小刚的玫瑰生活
200.再见了菊草叶，电气的迷宫（菊草叶进化成月桂叶）
201.月桂叶到哪里去了?在药草园抓住它!（月桂叶学会泰山压顶）
202.天然雀的占卜 预测未来的神秘
203.神奇宝贝气球大赛 越过暴风雨
204.迷唇娃迷死人 超级巨星喜欢神奇宝贝
205.踏浪追踪铁甲暴龙!湖之战!206.变隐龙在哪里?看不见的神奇宝贝，大混乱
207.讨厌水系神奇宝贝的乔伊小姐，小霞的愤怒
208.圣母**罐，沙漠的秘密
209.光辉灯塔!浅葱市的战斗
210.湛蓝道馆，正面决斗，格斗大对决（小智得到打击徽章）
211.漩涡列岛，新的挑战!212.波波与**，飞向未曾见过的天空!213.向大海出发吧，灯笼鱼大游行
214.太阳珊瑚好朋友!**的对决（小霞收服太阳珊瑚）
215.巨翅飞鱼跟沉船，神秘神奇宝贝的秘密
216.章鱼桶跟铁炮鱼!漩涡列岛大赛预赛!217.漩涡列岛大赛，在水的运动场大战斗!218.小智对抗小霞，漩涡列岛大赛最后的战斗!219.保护地鼠的村子，陷阱大作战
220.银色之翼的传说，银岩岛的战斗!221.神秘的神奇宝贝!x!222.被抓走的洛奇亚!223.与洛奇亚的约定
224.飞吧咕咕号!以浅葱市为目标!225.浅葱市vs大钢蛇（小智得到钢铁徽章）
226.再见妙蛙种子!大木家后院大冒险!（小智的妙蛙种子离队）
227.太**灵与樱花!再次回到圆朱市!228.水君与米那基!凤王的传说!229.在神奇宝贝劲速赛中向前冲!（小智得到蛋）
230.名侦探君莎，蛋不见了，大解谜
231.蛋要孵化了（小智的蛋孵化成小小象）
232.**跟信使鸟
233.雾中的九尾
234.巴尔郎与空手道王信彦
235.天然鸟的大预言
236.渡与红色暴鲤龙
237.红色暴鲤龙的愤怒
238.长毛猪与冬天的柳伯
239.卡吉道馆，冰之对战（小智得到冰之徽章）
240.美丽花vs霸王花!草原的和平
241.熔岩蜗牛，用火热的心来收服!242.神奇宝贝魔法大变身
243.闪电鸟跟水晶，湖的秘密
244.双胞胎的宝宝丁对抗胖丁
245.呆呆兽之悟，小智之悟
246.真假大木博士，神奇宝贝川柳对决!247.皮宝宝跟皮皮跟流星
248.蚊香蛙的进化（小霞的蚊香蛙进化成牛蛙君）
249.竞技公园vs水箭龟、喷火龙、妙蛙花
250.牛蛙君跟拉拉队
251.冰之洞窟
252.小椿与迷你龙
253.烟墨道馆的龙之牙
254.快龙!逆鳞立起!（喷火龙归队）
255.烟墨道馆!最后的徽章（卡比兽归队，喷火龙离队，小智得到升龙徽章）
256.道馆徽章与小果然
257.龙宫道馆，水中之战
258.乘龙之歌
259.保护神秘蛋!在暴风雨中诞生新生命
260.炎帝与温泉的伙伴（小刚的榛果球进化成佛烈托斯）
261.河马王，王者的信物!262.奈奈与**怪（小次郎的大食花交换到口呆花，口呆花进化成大食花，大食花离队）
263.加油吧!由基拉
264.不可思议的未知图腾
265.班吉拉与由基拉
266.狃拉与圣火
267.白银大会!与小茂再度重逢!268.联盟预赛!火岩鼠火焰战斗!269.大菊花vs妙蛙种子草系神奇宝贝的尊严
270.决胜淘汰赛全体战斗6vs6
271.劲敌对决!水箭龟vs喷火龙!272.遭遇火焰鸡!与叶越的对决!273.全力战斗之后!各人的道路!（小智止步白银大会8强）
274.再见和启程（小刚，小霞离队，小智除皮卡丘以外的神奇宝贝都寄放在大木处）
275.和皮卡丘的分离
第二部
ag01.新的大地!新的冒险!（小遥登场，得到火稚鸡并加入）
ag02.古代神奇宝贝与神秘军团!ag03.橙华道馆 对抗过动猿!（小胜加入）
ag04.傲骨燕多多!危险多多!在橙华森林收服它!（小智收服傲骨燕，小刚归队）
ag05.蛇纹熊与短裤少年!小遥的第一场战斗!ag06.**!疯狂乱抓，再见了!（武藏的阿柏怪、小次郎的双弹**离队，小次郎得到沙漠奈亚）
ag07.木守宫的森林!保护大树!（小智收服木守宫）
ag08.饭匙蛇对抗木守宫!必杀的拍击攻击!（武藏收服饭匙蛇）
ag09.怪奇!蘑蘑菇大宅之谜?ag10.史上最强的大嘴鸥?ag11.大狼犬与土狼犬，进化的神秘
ag12.莲叶童子与花店三姊妹（小刚得到莲叶童子）
ag13.神奇宝贝华丽大赛!狩猎凤蝶的华丽战斗!ag14.双打比赛，捕捉刺尾虫（小遥和武藏各收服一只刺尾虫）
ag15.用功 神奇宝贝训练家培育学园!ag16.卡那兹道馆!朝北鼻的秘密武器!（小智得到岩石徽章）
ag17.得文制造有限公司!水舰队之影!ag18.哈奇老人与长翅鸥小皮!ag19.逃离巨牙鲨之岛!ag20.武斗道馆!冲浪的道馆训练家藤树登场
ag21.刺尾虫对刺尾虫!到底是哪一只?ag22.大吾!...