仙剑奇侠传二 故事围绕李逍遥的同村伙伴王小虎及李逍遥与赵灵儿之女李忆如展开,杭州城，王小虎14岁，一天出去和小孩玩时被师傅叫回（盛尊武），看见一个少年长鬼不起。其师叫小虎去拿城内黄大娘帮着改的衣服，去了后得知其到城外坟地安葬其亲戚。出城，到坟地见到黄大娘，还有其侄女沈七七，得知其悲惨身世（她被仙霞派清柔师太收养）。拿到衣服后回去，见其师死活不答应那少年（喻南松）为其一家血海深仇主持公道，小虎自告奋勇带他去找蜀山仙剑派掌门—李逍遥。出城发现沈七七被怪物抓走，决定去救。发现啸狼准备侮辱七七，被魔族掌旗使孔璘训斥其没有办正事（到某个陵墓去找某个宝物）。这时两人赶到，孔璘走开，啸狼将小虎打倒。这时盛尊武赶到，救下小虎，打倒啸狼。正准备将其杀死之际，大慈悲明宗千叶禅师来到，要下啸狼，准备以佛法感化。喻南松求禅师收其为徒，并想禅师为其一家报仇。禅师并不同意，但得知是因为他家（他父亲是神州大侠）有魔族至宝回魂珠才遭此大难，而回魂珠却在喻南松身上，便收其为徒，答应为其主持公道。喻南松还想让禅师收小虎为徒，小虎不愿。这时，盛尊武身上被啸狼暗毒所伤发作，禅师赐药叫七七为两人服药。回城后，小虎因为照顾师傅劳累过度昏倒，得七七照顾。后得知其师因为怕自己魔刀绝学的邪恶力量侵蚀小虎才不传他的，后因为观察小虎一身正气，决定病好之后传其魔刀绝学。这时，仙霞派**姐和三师姐来接七七，七七很舍不得小虎，临走前小虎送给七七他娘留下的一对双鱼玉佩中的一个。然后，一段精彩的cg动画：这一日，李逍遥站在绝顶，怀念过去时光，忽然，一人首蛇身的女子出现在他的面前，李逍遥情不自禁的准备去接触她。但那女子飞走了，怎想李逍遥剑术独步天下，立刻以飞仙剑术御剑赶上。但那女子露出慌张之情。突然，一幅卷轴飞来，将李逍遥收入其中，卷轴主人可能就是孔璘收得李逍遥后，孔璘仰天大笑，那女子痛苦的趴在他的身边。游戏这才开始。杭州，小虎18岁。这日，小虎捉拿一贼，发现他跑到工地，便追了上去。在工地上有些地方过不去，需要拿木板，木板就是竖在一旁颜色与地面不同的木板。最后将盗王查协抓住，得到大家赞赏。这时，走来一女子，对其好奇一看，发现小虎手臂上的某个标记正是她想找的人标记。（按大宇以前公布的资料来推测，这个女子就是以前李逍遥和林月如为了找赵灵儿所闯的林月如家山后的洞窟里那男蛇妖和女狐精的女儿，当时不是他俩将那两个妖怪**后跑了一只小狐狸吗？估计就是她了。办完事出了府衙，在回师傅家的路上，那女子将小虎叫住，问了他手臂上虎纹的情况，想再问别的时，老实的小虎已经回去了。见到师傅，不想被师傅训斥一顿，说其脑子不灵活，不会活用招式，然后又赞赏他的表现，最后让他休息。但在就要出门时，盛尊武要他把在他书房里桌上的包袱拿来，让他回余杭将包袱交给皇莆英，并回家看一下小虎的爹，路上不得打开包袱。出城后，那女子找到小虎，称自己是“天师道”的俗家弟子，这次来杭州找一个还在沉睡的恶魔，想要小虎帮忙，小虎一口答应。（编者：感觉这女子在骗小虎。两人来到半山腰的一个巨石旁（在左上角），那女子取小虎那条虎纹手臂手掌的血，并说是教主这么说的，然后小虎怕那女子有危险，便自己走在前面。里面一片庄严之像，小虎心中产生了一点怀疑，那女子（姓苏名媚）说这是个陵墓，那恶魔就在这里面。要找到四块石板，把它镶在大厅的石墙上。小虎又开始怀疑，那苏媚说那恶魔就在石墙之后，两人便开始把其余的三块找到并镶上（在那第二块石板的路上有一箱子需钥匙打开，在拿第三块石板的路上的一个钟鼓巨人哪儿拿，只要将其所奏之音再奏一遍就行）。打开石壁，出来一浑身冒火的老虎（虎煞），小虎决定保护苏媚，而苏媚却跑入石壁后拿一样东西，小虎一分心，虎煞已经扑了上来。这边，苏媚拿了“魔锥”来到一破庙门口，被孔璘挡住，要其交出魔锥并答应为她报仇，苏媚不信，便用魔锥击退孔璘，自己却因魔锥的反噬力量昏了过去。再看这边，小虎醒来，发现虎煞已经溶入其身体。不急多想，便去找苏媚。走过山路，爬过蔓藤，发现自己已经来到十里坡，已离自己家不远。走到吊桥上怀念自己小时候和李逍遥一起的日子。在山神庙发现昏倒的苏媚。将苏媚带回到余杭盛鱼村的家中，小虎爹担心苏媚是未来媳妇，听说不是后放下心来，教导小虎不要交错人，然后小虎去找皇莆英，他爹照顾苏媚。路上，得知客栈已经让给丁家姐妹，自己带着李忆如到仙灵岛上。来到皇莆英家，交给他书信，原来是盛尊武要皇莆英替小虎打通全身经脉，并正式传授魔刀刀法，并要他不必回去，多在江湖走走，见见世面。出门都发现阿光倒在地上，和卖猪肉的一起把他抬到洪大夫家，他说自己是被一个小女孩撞倒的，但自己却没有看见那女孩（李忆如要出现了。而且听猪肉张说最近一直发生这事，小虎决定一查。不过先帮阿光给老板请假吧。请完假后，小虎问了众人，确是有古怪，小虎决定查下去。回家，发现苏媚已经走了。小虎只好先去查怪事。来到去山神庙的路口，发现一小孩在骂狗，结果哪个只闻其声不见其人的小女孩的声音出现了，教训了那小孩。那狗好象要跟着那个声音，小虎决定也跟上去。跟到自己家的后面，那小女孩终于现身了。小虎认出那小女孩就是李忆如。她原来拿了阿奴给的隐蛊偷溜出仙灵岛来玩。小虎训斥了她一顿，便把她带回仙灵岛。来到岛上，忆如打开一个石头，原来有个地道，直通水月宫，但里面有机关。小虎一时性起，决定进去。按放了几个珠子后，走过通道。不过后来才发现自己被忆如耍了。来到水月宫，李大婶生气了，非要罚忆如，小虎说情也不行。来到宫内，发现她的外公（林月如的父亲），阿奴，书中仙，天鬼皇都在。原来今天是她的生日，大家都来给她祝贺的，得到众人的礼物。令她失望的是李逍遥未能来。林老爷子也怪李逍遥没有来，说要他一起参加“南林北沈”的比武大会。小虎要求一见，林老爷子答应了。但因有事在身便先行一步，而小虎则留在水月宫住上一晚。两人约定在江宁府的**见（是不是武侠剧的客栈都有**啊？忆如也要求去，但被大婶拒绝，小虎便去安慰。但见到阿奴在安慰，想阿奴安慰比较好，便走出找大婶。先到书房门口，见到书仙，得知自己和虎煞的联系。然后出门见大婶，检验所传穿云掌法并传了要诀。翌日，小虎辞别大婶，前去江宁。在渡口碰见忆如，在其软硬兼施下答应带其去江宁。到了江宁府，来到**，见了林天南得知李逍遥还是没有来，于是先休息下来，准备带着忆如逛逛江宁府。但由于闹鼠患，忆如不能吃上八宝饭，但忆如非要前去看个究竟，小虎没有办法，只好带着忆如一同前去。来到粮仓，原来是因为粮仓的猫将沈家公子咬了，他一气之下将所有的猫全赶跑了，所以现在没有猫来抓老鼠。忆如自告奋勇的要去抓老鼠。来到粮仓内，因为二楼的地板容易塌很危险，所以小虎决定自己上去拿钥匙。拿到钥匙，便和忆如来到楼下，找到鼠王，将其打败。通过忆如从小的特殊能力和它沟通，解决了鼠患，它其实是一个已经死去鼠精，然后现在开始跟着忆如混了。出去后从粮仓老板哪儿得到玉镯。然后回到**休息。第二日，已经是午时，忆如来叫小虎起床，告诉他逍遥还是没有来，林天南自己去了玄武湖的比武会场，于是两人
自己去比武会场。在城中，发现沈家公子（沈齐）调戏一女子，忆如上前通骂沈齐恼羞成怒，准备向忆如动手，小虎和忆如自然好好教训了他一顿，他走的时候还不忘张狂，但大家都没有放在心上。来到比武会场，沈家堡堡主沈清锋不愿再等李逍遥，提议让千叶禅师作公证，马上开始。两家虽表面上是世交，但沈家却一直看不起林家，想借此机会让林家出丑，提议让小一辈上场。沈青锋派上的是他的女儿—仙霞派的沈欺霜，居然就是原来的七七，小虎为之一愕，一边的忆如还不忘调侃小虎。林家派上在林家工夫数一数二的唐志达，两人交手数合，那欺霜固然使出蜀山仙剑派的御剑术，将唐志达击败，众人皆大惊。但她却说这是仙霞派的功夫。林天南大度的承认输了，众武林中人前来贺喜，欺霜也乘此机会帮她娘索要名份，被沈青锋喝退。小虎上前与欺霜相认，而那沈齐也借此机会要他爹替他报仇，被沈青锋通骂了一顿，而且也没有允许欺霜的请求。众人赴宴，独留下欺霜。两人叙旧，忆如调侃，不久，仙霞派弟子来到带走了欺霜。小虎和忆如则回**，得知林天南因输了心理不太痛快，独自回苏州林家堡，让小虎陪忆如玩两天再把她带回仙灵岛。忆如要求小虎带她去蜀山找她爹，小虎不同意，忆如生气跑了。一个时辰后，掌柜来找小虎，说找忆如吃晚膳时，没有找到，而半个时辰前忆如找掌柜问去蜀山的路，掌柜不知道，便又问在哪儿有一种只有在蜀山附近才有的“黑白色的熊”（编者：就是大熊猫吧！掌柜告诉了她江宁府西面的月凉山。小虎心知不对，便马上赶到月凉山，一路寻到竹林，居然发现了苏媚和忆如在一起，而且还唤出了许多鬼影。小虎没有上前相认，而是一路跟踪到紫露竹林。穿过紫露竹林，来到一个遍地大熊猫的地方，看到了苏媚找到了忆如，得知她来此找扬枭精并答应忆如带她去蜀山找她爹。来到巨竹下，众人打倒扬枭精，苏媚上前索要紫竹之心，得知已经被人抢走，而它也不是妖怪是替女娲看守竹林的守护兽，结果呢，忆如又收了个小弟。而且通过对话，知道原来苏媚是在找回魂珠，而小虎却没有说回魂珠在谁的身上。然后苏媚决定带忆如去找她爹，小虎也无奈的一起跟去。三人来到碧湖村，竟意外发现了外出除魔的喻南松和他的师兄万悲**，并得知千叶**要召开“除魔大会”。三人住进村里的客栈。晚上，喻南松找小虎叙旧，这时忆如跑来，找不到苏媚，小虎说在后院，忆如跑去，而这时喻南松也和师兄一起去除妖。众人在后院遇见了妖怪，竟将万悲**带走，众人便追入井中。井下居然别有洞天，有个江离都宫。追上那怪，那怪居然说那万悲**是她爹，而且身前是江都王，在四年前被一个有道行的和尚抓走，而**则受不了刺激失心疯而死。然后万悲和那怪进入宫殿，喻南松追了进去，而三人后来也跟了进去。当他们追到宫底，发现喻南松已被关到后宫，而万悲也恢复了记忆，要一家三口搬走，而小虎不允，众人又打了起来。将其打败，在其女儿的央求下，小虎答应放他们离开，自己进后宫找喻南松。这时江都王的女儿（蕴儿）前来说有人前来害她父母求小虎前去搭救。原来是仙霞派三个弟子来此（欺霜也在），发现妖气冲天，便不论原由大开杀戒，杀了江都王的妻子，而江都王为了换其女一命也兵解了。众人一起坐船前去荆州参加“除魔大会”。来到云梦泽，船身突然晃动起来，原来是孔璘到了，而且他就是杀害喻家满门的人，他这次来是找苏媚的，众人上来阻拦，被他使了个**力将船弄沉。小虎和欺霜飘到一个奇怪的岛上，在岛上发现一个会说人话的老乌龟，原来他们所在便使这这个乌龟的背上，此龟自亘古时期就，名曰蓬莱。而且得知其他人也都到了他的背上。那老龟答应让他们相聚，但要求使小虎替他拔掉尾巴。拔掉那根刺（剑）后，龟背一阵晃动，欺霜因背后的伤昏了过去。大家都找到了，但就是没有找到苏媚，忆如哭着非要找到她，小虎前往寻找忆如。找到忆如后，忆如因为没有能找到苏媚而哭泣，希望神灵能保佑苏媚。而老龟则将众人托到了荆州。上岸后，喻南松带着仙霞派弟子去客栈，而忆如和小虎就直接去会场。来到会场，还是没有看见李逍遥，但众人已推选千叶禅师为除魔的盟主，然后禅师力数魔族之罪并劝不要多造杀虐，众人和之。然后，千叶用回魂珠准备祭旗，在期间介绍了回魂珠的作用。但是，半天没有人将回魂珠送上来，千叶派人下去看看。一段时间后，弟子突然来报，一女子将回魂珠盗走。众人大惊，便四处搜查。从忆如哪儿得知那人跑往城北密林，于是追去，觉得那人身影像是苏媚。确实是她，而且她也是盗珠之人。她将自己所得的宝器交给她的叔叔，但没有想到她叔叔居然出卖了她。就在她叔叔准备迫不得已要杀了苏媚时，小虎和忆如赶到救下苏媚，而就在准备杀了她叔叔时被苏媚制止，在苏媚的请求下小虎放了她叔叔，而她也承认了自己以前对小虎的欺骗行为。说是为了报仇（是在她小的时候，父亲是蛇妖，母亲是狐精，一天一男一女闯了进来硬说她的父母是妖怪而杀了他们，她虽然不知道他们是谁，但却记得他们的样子，于是要偷魔器练成独一无二的魔功复仇）。三人决定去蜀山找李逍遥帮忙。当走出密林时，众武林正道人士将苏媚打倒，并认出她就是盗珠之人，欲将她拿住。但小虎为了保护苏媚，竟然单挑众武林正道人士，伤痕累累。就在众人决定乘小虎无力之