序
武三通是「南帝」一灯**的座下第子，多年前收养了一名孤女，并认作义女，名为何沅君，何沅君自幼孤苦，武三逍收养在家对她甚是怜爱。但何沅君长到十七八岁冒，亨亨玉立，娇美可爱，武三通对她似乎已不纯是义父义女之情。之后陆展元初到大理，与李莫愁相见反之后，就种下了情苗，后来经过许多纠葛变故，却结识了何沅君，双方情投意合，要结为夫妇。武三通一来不愿她远嫁，二来又极固执，唯恐江南人狡猾多诈，十分靠不住，无论如何不肯答允。但何沅君却悄悄跟着陆展元走了。成亲之日，武三通和李莫愁同时去跟新夫妇为难。喜宴座中有一位大理天龙寺的高憎，出手镇住二人，要他们冲着他的面子，保新夫妇十年平安。武三通与李莫愁被迫答应十年内不跟新夫妇为难。之后李莫愁性情大变，出家做了道姑，成为武林中人闻名丧胆的女魔头；武三通也因激愤过甚而心智失常、疯疯癫癫。十年之期转瞬即至，武林又将掀起何种波涛？时当南宋理宗年间，地处嘉兴南湖，节处中秋。一句：『问世间，情是何物，直教生死相许？道出了十年前上一代的诸多是非恩怨，一个父母双亡、孤苦无依的少年，在无意间被卷进是非之中，身处多位当代一流武林高手之间，你将如何面对自己悲惨的身世、挑战诸多世俗礼法，并且化解接踵而来的许多考验？神雕侠侣的壮阔事迹，自此开始…
小土子
镜头一转来到少年时候的杨过，游戏也正式开始，话说杨过的妈妈已经病逝，只余下杨过一人在破窑中生活，在亭上有一个宝箱，杨过可以取得干粮二件，（其本上一般开启宝箱后，那一些物品需要玩家自行再拿取的，有一些则不需要，玩家可要留意），然后杨过再沿路走会遇见小土子，和他对话后得知他摘了的果实给一只猴子拿了，此时，杨过可以选择帮助与否，不过，在初期无所事事，所以，建议玩家选择帮助，顺便试一试其战斗系统。照小土子的说话去往猴子处（可得情感值200点），（走过桥，然后再往右边走到一个小瀑布）当杨过来到了小瀑布后会看到一只猴子，而第一场战斗也会开始，基本上每一次攻击时除了行动值满了外，更需要真气的，而且，对手更有机会反击你的攻击，所以，玩家可以小心留意。猴子的生命力有45点，只要等待时机攻击他即可轻易获胜。成功打倒猴子后，杨过可得到果子一个，而小瀑布附近也有一个宝箱，玩家可别忘记拿。拿到了果子便回小土子处，小土子会非常感激你，杨过可以再得情感值280点。帮助完小土子后，杨过就回破窑休息，此时在破窑中会遇到很多人，包括郭芙、武三通及李莫愁，原来李莫愁的目标就是在破窑中的两个小孩子，由于李莫愁轻功了得，一下子就失去踪影，而杨过也因好奇心之下而追查下去…
欧阳蜂
当杨过追上前时看到地上有一支银针，于是拿起来看一看，突然间杨过感到左手发麻，他才发现针上有毒，就在此时出现了一个怪人，此人倒转身子也跑得非常快，杨过为求补命，于是立即向这一位怪人求救，但是，怪人要他立下重誓任何事也要听他的吩咐，杨过才时不愿应承，于是，怪老头一运轻功立即逃走，此时玩家又可以再次控制杨过，（不过要注意杨过的生命力会因银针的毒而不断减生命力）杨过需要追上去找怪老头，当见到小土子时和他对话（可得情感值180），他会带领杨过找怪老头，不过要留意他会经常停下来，你需要不断走及和他对话他才会继续前进，最后，小土子会告诉你怪老头就在铁枪庙内。此时，杨过独自上铁枪庙，铁枪庙附近有一个宝箱，可拿一些道具，在庙内可以看到怪老头，此时才得知怪老头想试一试你。在庙内他会教你运功迫出毒血，杨过也会因而学会蛤蟆功，更可得情感值500点，最后，怪老头会因听到雕声而离开，而杨过也因怪老头离开而离开，在离开铁枪庙时遇到郭靖及黄蓉，此时因毒气再之发作之晕倒，而杨过的人生也由此有了莫大的变化…
桃花岛
由于毒力发作的关系，于是，杨过晕倒在地上，而郭靖和黄蓉见状立即替他运功疗伤，最后，更带他回嘉兴镇的客栈养伤。当杨过醒来时发现自己正身在客栈中，虽然不太明白所谓何事，不过，他想到怪老头叫他在晚上到铁枪庙，杨过便立即动身前往。正当想从正门离开时见到有一只恶犬正看守，杨过只好从后门离开客栈。杨过来到铁枪庙时，怪老头果然在等待杨过，于是，怪老头又再一次教导他排出毒血，而且更传授他蛤蟆功，由于时候不早杨过也回客栈。在回程的途中杨过会遇到一个采花贼，杨过可选择打与不打，建议玩家选择打，在往后有其他用途。成功打倒采花贼后，那名女子会谢过你，而杨过也赶快回到客栈。到了第二天，郭靖和黄蓉为了避开欧洲共同市场蜂（怪老头），而带部芙和杨过离开嘉兴镇，而杨过对他们说想向他的朋友告别而暂时离开，郭靖便相约他在渡口边等。此时玩家可以控制杨过四处移动走，而第一个目的地当然是他的老家破窑，在破窑可找到很多道具，另外和老汪对话可以得到情感值200点，此时玩家当然利用这一个机会提升等级，另外在渡口边可找到武器店和防具店，最后，当然是前往渡口边左下方的民居中找一位姑娘，她就是之前被采花贼袭击的那一位姑娘，和她对话可得到一个古董，当完成所有事情后便可在渡口找郭靖，一同前往桃花岛。拜师学艺
正当众人渡口前往桃花岛时看到大武小武，原来武三娘为保护他们而死，于是，大武小武也一同跟他们回桃花岛。过了几天后众人便到桃花岛，而杨过服食了黄蓉的药后，身上的毒随即消去。由渡口前往便会进入郭靖的家，而杨过也在桃花岛上过新生活。在之后的几天，几个小孩也在一起以捉蟋蟀相斗为乐，不过，由于武修文捉了一只很强壮的蟋蟀，杨过为了不甘示弱，于是，他便到效外找一只更强的蟋蟀。杨过先在柴房拿长剑一把，之后便到效外，在效外地区中有一个圆形黑色的地方，那一个地方可以找到一只黑蟋蟀，之后杨过便可拿去和武修文的无敌大将军打，一打之后便轻易胜出。大武小武当然不服气，而且，郭芙更贪心想要了黑蟋蟀，而杨过当然不会应承，最后，大武小武便与杨过打起来，基本上要战膀他们并不太困难，不过，由于要隐藏蛤蟆功的秘密，所以，在这一场杨过是不可以使用蛤蟆功的，而不论胜负与否，杨过也会减情感值，而且他们打架的事情也给郭靖他们知道。郭靖吩咐杨过等人来到大厅，众人以为会受到责罚时，原来，郭靖和黄蓉要收他们为徒弟，不过，黄蓉说是亲自教杨过武功，而且，更不许郭靖教他武功，如此一来，杨过在桃花岛上又在一次受其人生的痛苦。挑衅
在大厅拜完师后黄蓉便叫杨过来她的书房找她，来到书房时起初以为黄蓉教杨过武功，不过，原来只是教他四书五经等，如是这样过数天，黄蓉都只是教他四书五经，完全没有教他武功的意图。于是，郁过为了不再在书房内过着闷旦的一天，他在各间房内找后门钥匙，最后，在黄蓉的书房内找到，而杨过也高高兴兴地出外玩耍一会。当他出到外面时看到郭靖正在教大小武及郭芙武功，不过，由于天资问题，他们也学得不太好，最后也见天色不早，就回到房间内休息。杨过本身心知道论武功不及大小武，再加上黄蓉不愿教导他，杨过只是找机会自行在隐蔽的地方练功，而且更打定了主意找机会离开桃花岛。在了第二天杨过醒来到书房时，由于他不想再听那些四书五经，于是，杨过便走到海边玩，在海边杨过一人独自修习蛤蟆功，此时讨厌的大小武及郭芙又再出现，大小武因学懂了些少武功就来找杨过比试，杨过因受不了他们的挑衅之下又再大打出手，基本上大小武的能力没有改变，但是，杨过的能力却提升了，所以，要杀他们实在非常容易，成功打倒他们后，郭靖和黄蓉当然会立即出现，最后，郭靖对杨过的误会又再加深，郭靖只命他先回房休息。天罡北斗阵
在房内郭靖对杨过说由于他对师母无礼，所以，杨过不可以再在他的门下，而郭靖更说准备带他上终南山重杨宫学艺，于是，吩咐他明日一早在渡口上等。来到渡口郭靖对杨过说先回到嘉兴镇，在嘉兴镇上郭靖吩咐杨过游玩完后到**门口等，此时杨过可以在嘉兴镇上四处走，基本上玩家可以直接前往**门口找郭靖，当然也可以先买一些新的防具，最后，由嘉兴镇效外森林离开。来到这一个森林，相信各位清楚其地形，杨过及郭靖由前往大地图处离开即可。来到大地图上，玩家可以先利用郭靖帮忙升等级，当到了一定等级后便进入终南山。来到终南山脚下，郭靖等人被全真道士误会为妖人，于是大打出手，基本上有了郭靖在无人可以打败你的，小心行事即可。沿路上终南山时，不断被全真道士误会，不过部份都可以轻易解决，最后，更被全真教以天罡北斗阵**，不过，最后郭靖也轻易地破了此阵。杨过初次体会到郭靖的厉害，但是，一切也太迟了，就在此时被一位全真道士掳走。拜入全真教
当杨过醒来时发现被全真道士捉着，杨过为了离开被困处，于是用计逃脱，当离开到外面时四周都是火海，此时杨过只要找到重阳宫中庭即可离开火场，再经由书房即可到重阳宫大庞，而部靖也会在此正与人比试，最后，当然是郭靖胜出，就是这样，杨过向众师祖拜师，正式成为全新弟子。此时，各位还记得在火场内的那一位道士吗？这一次杨过和郭靖当然要回头找他，成功拯救了他后当然需要离开火场，而众师祖也会在此等待大家。安顿过后丘处机向众人介绍郭靖以杨过，而杨过则拜在赵志敬之门下，虽然看似一切安好，但是，其他众人对他们非常讨厌，而杨过也因此成为发泄对象。赵志敬在外面当然假装对杨过很好，但是，其实他每逃诩骂杨过，对他更是大打出手，而以杨过的实力当然胜不了赵志敬，最后都是被修理了一顿。赵志敬便对杨过说要到大厅门外听从丘处机的训示，原来西面有情报指有麻烦，所以，需要前往支援，而赵志敬等人当然留在重杨宫呢。（刻意留他来折磨杨过）
跳崖
此时杨过先回房间休息，到了第二天来书房找赵志敬，他会教你全真教的武功口诀，如事这样几天，起初以为他有心教杨过，不过，原来他只是想为难他，只教口诀，不教练法又如何修练呢。如是这样又过了数个月，全真教每年有一个传统，就是同门之间有比试的，以测试在这一年来修习武功的进度，而杨过在今年当然也有机会，不过，以他的武功又如何应付呢，最后，赵志敬派杨过出来比试，不过，杨过一时用力过度**了一个道士，而全真道士也因此而开始出手攻击杨过。而杨过当然立即逃走，杨过先逃到藏经阁，不过，在那儿有一个道宜在此看守（要和他对话一次），然后来到重阳宫后殿发现前无去路后有追兵，再一次回到藏经阁时发现那个看守的道士走了，于是，杨过入内避一避。在内往上走到第一层时感到左手边的那一幅画有问题，一看之下原来有机关在此，最后往南的方向走便逃出此阁。沿路走时四周都有全真教的人，当来到断崖时被赵志敬发现，此时你可以选择跳崖或和赵志敬一战，不过，不论那一个选择杨过也会跌落崖下…
古墓
来到悬崖前无去路后有赵志敬追来，于是杨过不顾一切跳下去，他感到全身刺痛便昏了过去，当醒来时发现自己躺在床上，旁边有一老婆婆侍候着，此时来了一个白衣女子，原是她是这里的主人，不过，看来她并不太欢迎我，之后便向我问及为什么来到这里，当她们清楚所有事情后，那一位女主人便叫婆婆带我回到全真教，虽然万般不愿意，但是，终归也离开这里。一来到古墓的门口时，赵志敬已经在门口等待着，他们横蛮无道，更将婆婆打成重伤，此时龙姑姑从逃邙降，将道士们打退，但是，由于婆婆受伤太重而不幸死去，在临死前，婆婆要求龙姑姑照顾我一世子，正当龙姑姑要赵志敬自刎谢罪时，不料又有老道士来助阵，龙姑姑只好先将婆婆的尸体及我一起带回古墓。回到古墓龙姑姑说要到石棺室葬了婆婆，而她要我哭完后来石棺室，这个古墓错综复杂，不过行多数次便清楚明白，来到石棺室，龙姑姑说明了每口棺材是要放谁的，将孙婆婆葬好后，便要我到孙婆婆的房间。来到孙婆婆的房间，龙姑姑要我在这里休息，但是，这里阴风阵阵杨过当然不睡在这里，而龙姑姑在没办法的情况下只好带我到她的房间睡觉。拜入古墓派
于是，杨过便前往姑姑的房间，来到姑姑的房间，她要杨过睡在一个十分古怪的床，其实，这一张叫「寒玉床」，对于练功之人有很多好处，此时杨过才知道姑姑对他真好，他又对谈姑姑谈天说地，将将城里的好玩的都告诉姑姑。而姑姑便教杨过如何抵御这寒玉床的冰冷，其本上是一个mini game，玩家只需要在指定的时候连按鼠标即可。最后，杨过依姑姑的指示来抵御寒气侵袭，顿时感到内力增加了不少。到了第二天，姑姑便说要收杨过为徒，于是，她叫杨过到后堂牌位室来，牌位室在古墓的西北方。来到后堂牌位室后，自们开始拜师，其中要向一位男子的画像吐口水，原来是有另一段故事。之后，姑姑便说要捉点东西来让我练功，要杨过先到小练功房