选择男/女主角，你的对手将是跟你性别相反的人物。给主角起好名字后就可以进入芳园地区啦。首先，你会出现在天元镇的一辆小货车里。下车后，妈妈让你上楼去调整时钟。调好后从旁边的电脑里取出伤药，之后下楼。妈妈叫你过来看电视，说你老爸上电视了。可是等你走到电视机前，节目却结束了。接着，妈妈说博士就在这儿，让你去找他。来到研究所，博士不在。再去自己家隔壁的房间，先和对手的母亲寒酸一番，这着上楼后调查一个精灵球，你的对手就会出现。对话后走出房子，往上离开天元镇时，发现博士正被一只针鼠追赶，他让你在旁边的背包里选择一只pm参加战斗，赶跑针鼠。no.001 木守宫（386是青蛙）草系
no.004 火稚鸡（386是火鸡）火系
no.007 水跃鱼（386是水精灵）水系
（注：对手会选择在属性上克制你的精灵。三个都很强）
赶跑针鼠后，回到研究所，博士会把你选的这只精灵送给你，并且要你去103号道路找他的孩子，也就是你的对手。穿过101号道路就是道吉镇了，在右边的屋子里有个大婶会送你伤药。道吉镇上方是103号道路，在那里击败对手后，回到天元镇的研究所，博士会送你图鉴，对手也会给你5个精灵球。离开研究所，妈妈还会送你跑步鞋，之后就可以在前进的时候按住b键以2倍的速度跑步前进了。穿过102号道路来到天元市，先去上方的训练馆。馆主是你的爸爸，对话的时候会出现一个叫道夫的绿头发男孩，帮他抓完感知兽后，爸爸会告诉你，让你收集4枚徽章后再来这里挑战。离开天元市，在104号道路发现一间无人的屋子，先不用理他，继续前进。104号道路的上方是天元森林。在前进的途中会遇到天力公司的一名职员，他被水之团的一名小兵拦截了。击败小兵后会获得一个超级球。走出森林，还是104号道路，在这里的一间屋子里可取得肥波鲸喷壶。继续前进，抵达金水市。以下是金水市训练馆的资料：
岩石系训练馆
no.074 小拳石 12级
no.074 小拳石 12级
no.299 朝北鼻 15级
走出训练馆，会遇到刚才的职员与小兵。上前对话后往右走到116号道路。在最右边有条隧道，洞口有个老头说他的小海鸥被水之团的人抢走了。进去后会看到刚才的小兵和小海鸥，击败他后会得到一个超级球，把小海鸥还给老头后就可以回金水市了。找到刚才的职员，他会带你到天力公司找他的boss，boss会送你一个导航机，还让你给一个正在山木镇、叫代后的人送信。之后在金水市下方会遇到对手，他会向你挑战。对手资料
长翅鸥 13级
克制你的那只pm 15级
回到天元森林下面的无人小屋，跟刚才的老头对话，他会送你到山木镇。以下是山木镇训练馆的资料：
格斗系训练馆
no.066 腕力 16级
no.307 瑜伽猴 16级
no.296 幕下力士 19级
挑战完毕后往西北走，有个山洞，进去后跟里面的矿工对话可得到秘传机05闪光。山洞里需要使用闪光，在深处即可找到代后，把信给他后会得到招式机47钢翼，之后如果回到天力公司找boss还会得到学习装置。再去找那个老头，他会送你去卡依市。刚到达卡依市，会发现在水族馆门前有许多水之团的人。在下方的造船厂二楼跟一名老伯对话后，就可以进入水族馆了。在二楼击败两名小兵后即可离开卡依市。在110号道路会遇到对手，以下是对手的资料：
长翅鸥
无壳蜗牛
森林蜥蜴 20级
击败他后可获得探宝仪。继续前进可到达银叶市。在训练馆门前会遇到道夫，跟他对战后才可以进入训练馆。以下是道夫的资料：
拉鲁拉丝 16级
以下是银叶市训练馆的资料：
电系训练馆
no.100 雷电球 20级
no.309 落雷兽 20级
no.082 三合一磁怪 22级
no.310 雷电兽 24级
在精灵中心右边的屋子里可获得一辆自行车，有快速自行车和跳跃自行车两种，分别有不同的功能，以后可随时来换车。在右下角的屋子里可获得秘传机06碎岩。往左走是117号道路，这里有饲养屋，可放精灵到这里生蛋。继续前进就到西达镇了。在西达镇的上方有条隧道，把路上的岩石用碎岩劈掉后可获得秘传机04怪力。回到银叶市，往上走来到111号道路，这里有竞速塔，上方是沙漠地带，暂时还不能进去。往右走，在112号道路那里有一条火之捷径，走过去后发现已经穿过了沙漠地带。继续前进，穿过113号道路后来到哈吉镇。哈吉镇的左边是114号道路，继续前进会到达流星瀑布。在流星瀑布里面会遇到水之团和熔岩团的人，对话后得知他们正在争夺一颗化石。之后回到112号道路，在火之捷径的旁边有缆车，乘坐缆车即可到达凹凸山的山顶（下车后向右上走，那个黄色的两个一组的横格为楼梯,由此再向上）。击败熔岩团的首领后可取得化石，之后可会哈吉镇把化石交给之前在流星瀑布里的那名研究员。以下是熔岩团首领的资料：
大狼犬 24级
喷火驼 24级
超音蝠 24级
下山后可来到飞音镇。以下是飞音镇训练馆的资料：
火系训练馆
no.218 熔岩蜗牛 24级
no.322 呆火驼 24级
no.323 喷火驼 26级
no.324 煤炭龟 29级
走出训练馆会遇到对手，他会给你一个躲避沙尘暴的道具，以后就可以去沙漠了。（注：在沙漠里有一座时有时无的虚幻塔，在里面可捡到一块化石。现在已经收集够4枚徽章了，回到天元市，向爸爸发出挑战。以下是天元市训练馆的资料：
普通系训练馆
no.327 晃晃斑 27级
no.264 直冲熊 29级
no.288 过动猿 27级
no.289 请假王 31级
打败爸爸后，道夫的爸爸会出现，并送你秘传机03冲浪。在这同时，之前开船的那位老头也会回到家里。（386再加：去银叶市，看到银叶市道馆馆主在，上前与他对话，他让你去110道路的新银叶开闸门，你冲浪冲到另外一边的自行车道下面，旁边有个洞，进去，就是新银叶~注意：那里有传说中的雷电鸟~50级左右，还有钢柱神，50级！去银叶市，在右边使用冲浪来到118号道路，在这里会遇到代后。往上走是119号道路，这里有高草，只能走路前进。在119号道路的最上方，有一间气象台，里面被水之团占领了。击败二楼的boss后，气象台所长会送你一只天气小子。以下是水之团小头目的资料：
利牙鲨 28级
大狼犬 28级
出气象台，过桥后会遇到对手，以下是对手的资料：
大嘴鸥 29级
莲帽小童 29级
森林蜥蜴（根据你开始的怪兽选择而定）31级
打倒他后会得到秘传机02飞天。继续前进来到日川市。日川市的训练馆门前不知有什么东西挡住，无法进去，只好继续赶路。在120号道路的桥上会再次遇到代后，他告诉你那种透明的东西是隐身龙变的，并给你一瓶可令隐身龙显身的喷雾剂，让你击败前面的隐身龙（30级）。回到日川市，对训练馆门前的隐身**用喷雾剂即可进去。以下是日川市训练馆的资料：
飞行系训练馆
no.333 青棉鸟 29级
no.357 热带龙 29级
no.279 大嘴鸥 30级
no.227 盔甲鸟 31级
no.334 七夕青鸟 33级
继续前进，在121号道路会遇到熔岩团的人，来到阿田市后发现城市已经被水之团占领。在上方的百货大楼门前会看到对手，在这里可与对手进行联盟比赛前的最后一次比赛，以下是对手的资料：
热带龙 31级
无壳蜗牛 32级
大嘴鸥 32级
森林蜥蜴 34级
打败他后，他就飞回家去了。在阿田市最右边，发现入海口被肥波鲸封锁，从水之团的小兵口中得知熔岩团大军压至落日山。在121号道路使用冲浪来到122号水路，水路中间的小岛既是落日山。上山打败熔岩团的人吧。回阿田市通过小道消息打听到在凹凸山异常现象，立即飞往飞音镇，坐缆车上山。上到山顶后往下走，会有一阵地震，之后在山腰上会出现一个山洞，里面就是熔岩团的秘密基地。在深处遇到熔岩团首领，固拉多也在那里。对话后要与首领对战，以下是熔岩团首领的资料：
大狼犬 37级
大嘴蝠 38级
喷火驼 39级
对话后固拉多逃跑，熔岩团首领也离开。之后飞到卡依市，在上方的船厂里发现潜水艇被水之团盗走。飞回阿田市，在右上方的水域里可进入水之团的秘密基地，在深处发现水之团的首领已坐着潜水艇逃走。另外，在这个基地里还可捡到一个**球。离开秘密基地，往右穿过124、125号水路，即可来到道谷市。以下是道谷市训练馆的资料：
超能力训练馆（2 vs 2模式）
no.278 天然鸟 41级 and no.344 念力土偶 41级
no.337 月石 42级 and no.338 太阳岩 42级
在道谷市右边有一所研究所，里面被熔岩团占领。来到二楼，发现代后正被一个小头目和首领缠住，上前便可与代后组队作战，每人可用3只精灵。以下是熔岩组资料：
喷火驼 36级 and 大狼犬 42级
喷火驼 44级 and 叉字蝠 40级
大嘴蝠 43级 and 大狼犬 38级
以下是代后的资料：
no.375 巨金怪 42级
no.227 盔甲鸟 43级
no.306 铁甲暴龙 44级
打败熔岩团的人后，去道谷市左上角的屋子，代后会送你秘传机08潜水。离开道谷市，在127号水路使用潜水，在水中一直往下走，进入一个洞窟，发现潜水艇就在这里。上岸后击败路上水之团的人，来到深处，遇到水之团首领，还有海皇牙。{海底洞窟的石头过法，先推第一层中间的向上，左右的分别推向左右两边，之后第二层的中间推左，再把中间的推上，左右的分别推向左右两边，再把第五层第二和第四分别向上推，中间的推左，完成！}对话后要与水之团首领对战，以下是水之团首领的资料：
大狼犬 41级
大嘴蝠 41级
巨牙鲨 43级
回话后海皇牙溜走，首领也离开。离开洞窟，上岸后发现天气大变，还会遇到两个团的首领与代后。游到126号道路，使用潜水，在中间上浮，即可到达双鹿市。古拉顿和海皇牙正在这里战斗。与代后对话，他会让你进入觉醒寺。在觉醒寺深处找到wallace，对话后他让你去天柱找他。离开双鹿市，游到131号水路，在水路的中间往上拐即可抵达天柱。在天柱顶层遇到天空之龙后，即可飞会双鹿市。回到双鹿市，等天空之龙化解了灾难后，可获得秘传机07登瀑，之后可以去打训练馆。以下寺双鹿市训练馆的资料：
水系训练馆
no.370 爱心鱼 41级
no.364 魔海豹 43级
no.340 鲶鱼王 41级
no.342 铁钳龙虾 43级
no.230 刺龙王 46级
在128号水路使用登瀑即可抵达精灵联盟前面的冠军之路，在这里需要使用秘传机03、04、05、06、07才能过去。在冠军之路1层会遇到道夫，以下是道夫的资料：
七夕青鸟 44级
沙奈朵 45级
毒蔷薇 44级
优雅猫 43级
三合一磁怪 41级
闯过冠军之路后就抵达精灵联盟了。门卫验证你拥有所有徽章后即可为你打开胜利的道路。以下是四大天王and冠军的资料
天王1－sidney，邪恶系天王 克制恶系的属性：格斗、虫；被恶系克制的属性：超能、鬼
no.262 大狼犬 46级
no.359 阿布鲁梭 49级
no.342 铁钳龙虾 48级
no.275 狡猾天狗 48级
no.332 梦歌奈亚 46级
天王2－pheobe，鬼魂系天王 克制鬼系的属性：鬼本身、恶；被鬼系克制的属性：鬼本身、超能
no.356 诅咒娃娃 48级
no.354 夜巨人 49级
no.354 夜巨人 49级
no.302 勾魂眼 50级
no.356 诅咒娃娃 51级
天王3－glacia，冰系天王 克制冰系的属性：火、格斗、钢、岩石；被冰系克制的属性：草、飞行、龙、地面
no.364 魔海豹 50级
no.364 魔海豹 52级
no.362 冰鬼护 50级
no.362 冰鬼护 52级
no.365 帝牙海狮 53级
天王4－drake，龙系天王 克制龙系的属性：龙本身、冰；被龙系克制的属性：龙本身
no.372 龙贝贝 52级
no.330 沙漠蜻蜓 53级
no.230 刺龙王 53级
no.334 七夕青鸟 54级
no.373 血翼飞龙 55级
联盟冠军－wallace
no.321 吼鲸王 57级
no.350 美纳斯 58级
no.073 毒刺水母 55级
no.272 乐天河童 56级
no.130 暴鲤龙 56级
no.340 鲶鱼王 56级
打败冠军后，你就成为了新一届的联盟冠军，之后wallace会带你进入冠军殿堂，记录你的精灵。之后就通关了。通关后，你会回到家里。爸爸会给你一张船票，以后就可以去卡依市或者阿田市坐船了。之后看电视，上面说有不明精灵在芳园地区飞行，妈妈问你是蓝水督还是红水督，你选择哪只，以后就会遇到哪只水督。走出屋子，博士会帮你把图鉴升级为386版，之后在芳园地区就可以抓到金银版的精灵了。坐船来到战斗乐园，这里是以前战斗塔的...