1996年（1－42）
1 云霄飞车**事件 b/s
2 董事长千金**事件
3 偶像密室**事件
4 大都会暗号地图事件
5 新干线大**事件
6 情人节**事件◆
7 每月一件礼物恐吓事件
8 美术馆**事件
9 天下第一夜祭**事件
10 足球选手恐吓事件
11 钢琴奏鸣曲《月光》**事件★
12 步美被**事件
13 奇怪的寻亲**事件
14 谜样的讯息**事件◆
15 消失的尸体**事件
16 古董收藏家**事件
17 百货公司挟持事件◆
18 六月新娘**事件
19 电梯**事件◆
20 鬼屋**事件
21 电视台外景队**事件◆
22 豪华客轮连续**事件（前篇）
23 豪华客轮连续**事件（后篇）
24 丧失记忆的美女事件◆
25 真假人质绑票事件◆
26 爱犬约翰**事件◆
27 小五郎同学会**事件（前篇）
28 小五郎同学会**事件（后篇）
29 计算机**事件◆
30 不在场证明**事件◆
31 电视台**事件
32 咖啡厅**事件
33 侦探团生还事件◆
34 山庄绷带怪人**事件（前篇）
35 山庄绷带怪人**事件（后篇）
36 星期一晚上7:30**事件◆
37 仙人掌花**事件◆
38 赤**火祭**事件
39 企业家千金**事件（前篇）
40 企业家千金**事件（后篇）
41 优胜锦旗被割事件◆
42 卡拉ok厅**事件
1997年（43－85）
43 江户川柯南诱拐事件
44 堀田三兄弟**事件◆
45 敷面膜**事件◆
46 雪山山庄**事件
47 健身俱乐部**事件◆
48 外交官**事件（前篇）x
49 外交官**事件（后篇）s/x
50 图书馆**事件
51 高尔夫练习场**事件◆
52 雾天狗传说**事件★
53 神秘凶器**事件◆
54 电玩公司**事件 b
55 列车手法**事件◆
56 清洁车**事件◆
57 福尔摩斯迷**事件（前篇）x
58 福尔摩斯迷**事件（后篇）x
59 首次购物**事件◆
60 插画画家**事件
61 幽灵船**事件（前篇）◆
62 幽灵船**事件（后篇）◆
63 大怪兽哥梅拉**事件
64 第三个指纹**事件◆
65 螃蟹和鲸鱼**事件◆
66 夜路**事件◆
67 舞台女演员**事件◆
68 暗夜男爵**事件（事件篇）
69 暗夜男爵**事件（疑惑篇）
70 暗夜男爵**事件（解决篇）
71 米花之狼**事件◆
72 三胞胎别墅**事件
73 少年侦探队遇难事件◆
74 死神阵内**事件◆
75 金融公司社长**事件
76 柯南vs怪盗基德★k
77 名门连续惨死事件（前篇）x
78 名门连续惨死事件（后篇）x
79 银行强盗**事件◆
80 流浪画家**事件◆
81 当红歌星**事件（前篇）
82 当红歌星**事件（后篇）
83 综合医院**事件◆
84 滑雪别墅**事件（前篇）
85 滑雪别墅**事件（后篇）
1998年（86－128）
86 诱拐现场特定事件◆（注：该集根据漫画《名侦探柯南特别篇》第1卷改编，并非青山刚昌的原作）
87 白鹤报恩**事件◆
88 德休拉别墅**事件（前篇）◆
89 德休拉别墅**事件（后篇）◆
90 花香**事件◆
91 抢匪住院事件
92 恐怖登山**事件（前篇）◆
93 恐怖登山**事件（后篇）◆
94 雪女传说**事件◆
95 小五郎约会**事件◆
96 走投无路的名侦探！连续两大**事件★
97 离别美酒**事件◆
98 名陶艺家**事件（前篇）
99 名陶艺家**事件（后篇）
100 初恋情人回忆事件（前篇）
101 初恋情人回忆事件（后篇）
102 古装演员**事件（前篇）
103 古装演员**事件（后篇）
104 盗贼集团别墅事件（前篇）
105 盗贼集团别墅事件（后篇）
106 新闻照片**事件◆
107 鼹鼠星人之谜事件（前篇）◆
108 鼹鼠星人之谜事件（后篇）◆
109 侦探团大追击事件◆
110 烹饪教室**事件（前篇）◆
111 烹饪教室**事件（后篇）◆
112 帝丹小学七大离奇事件
113 白色海滩**事件◆（注：该集根据漫画《名侦探柯南特别篇》第1卷改编，并非青山刚昌的原作）
114 有氧潜水**事件（前篇）
115 有氧潜水**事件（后篇）
116 推理小说家失踪事件（前篇）
117 推理小说家失踪事件（后篇）x
118 浪花连续**事件★x
119 假面超人**事件◆
120 蜜蜂鸡尾酒**事件◆
121 浴室密室事件（前篇）
122 浴室密室事件（后篇）
123 天气预报小姐**事件◆
124 神秘的**者**事件（前篇）◆
125 神秘的**者**事件（后篇）◆
126 旅行剧团**事件（前篇）◆
127 旅行剧团**事件（后篇）◆
128 黑衣组织10亿元**事件◆b（注：部分情节来自漫画第2卷，但主体案件为原创）
1999年（129－173）
129 来自黑衣组织的女子 大学教授**事件★b
130 竞技场无差别胁迫事件（前篇）
131 竞技场无差别胁迫事件（后篇）
132 魔术爱好者**事件（事件篇）k
133 魔术爱好者**事件（疑惑篇）k
134 魔术爱好者**事件（解决篇）k
135 消失的凶器搜索事件◆
136 蓝色古堡探索事件（前篇）
137 蓝色古堡探索事件（后篇）
138 最终播映**事件（前篇）
139 最终播映**事件（后篇）
140 sos！步美传达的讯息◆
141 结婚前夕密室事件（前篇）x
142 结婚前夕密室事件（后篇）x
143 疑惑的天体观测◆
144 上野出发的北斗星3号（前篇）
145 上野出发的北斗星3号（后篇）
146 本厅刑事恋爱物语（前篇）
147 本厅刑事恋爱物语（后篇）
148 路上电车紧急刹车事件◆
149 游乐园高空弹跳事件◆
150 汽车**事件的真相（前篇）◆
151 汽车**事件的真相（后篇）◆
152 神秘老人失踪事件◆
153 园子危险的夏日物语（前篇）
154 园子危险的夏日物语（后篇）
155 水中钥匙密室事件◆
156 本厅刑事恋爱物语2（前篇）
157 本厅刑事恋爱物语2（后篇）
158 沉默的环状线◆
159 诡异的五重塔传说（前篇）◆
160 诡异的五重塔传说（后篇）◆
161 流经流水亭的杀机◆
162 飞天密室 工藤新一最初的事件★s
163 月亮、星星与太阳的秘密（前篇）
164 月亮、星星与太阳的秘密（后篇）
165 少年侦探队消失事件◆
166 鸟取县蜘蛛公馆的怪事（事件篇）x
167 鸟取县蜘蛛公馆的怪事（疑惑篇）x
168 鸟取县蜘蛛公馆的怪事（解决篇）x
169 维纳斯之吻◆
170 黑暗中的死角（前篇）
171 黑暗中的死角（后篇）
172 复活的死亡讯息（前篇）
173 复活的死亡讯息（后篇）
2000年（174－218）
174 二十年的杀意 新佛尼号连续**事件★x
175 惨遭四次杀害的男子◆
176 与黑衣组织的再会（灰原篇）b
177 与黑衣组织的再会（柯南篇）b
178 与黑衣组织的再会（解决篇）b
179 咖啡厅卡车撞入事件◆
180 红色杀机的夜想曲（前篇）◆
181 红色杀机的夜想曲（后篇）◆
182 九道门大搜查◆
183 危险的食谱◆
184 诅咒假面的冷笑★
185 名侦探遇害记（前篇）◆
186 名侦探遇害记（后篇）◆
187 黑暗中传来的神秘枪响◆
188 危命的复活 洞窟中的侦探团
189 危命的复活 负伤的名侦探 x
190 危命的复活 第三种选择 x
191 危命的复活 黑衣骑士 s/x
192 危命的复活 新一回来了 s/x
193 危命的复活 约定的场所 s
194 意味深长的八音盒（前篇）
195 意味深长的八音盒（后篇）
196 看不见的凶器 小兰的初次推理◆
197 超级跑车的陷阱（前篇）◆
198 超级跑车的陷阱（后篇）◆
199 嫌疑犯 毛利小五郎（前篇）
200 嫌疑犯 毛利小五郎（后篇）
201 第十位乘客（前篇）◆
202 第十位乘客（后篇）◆
203 伊卡洛斯的黑色之翼（前篇）◆
204 伊卡洛斯的黑色之翼（后篇）◆
205 本厅刑事恋爱物语3（前篇）
206 本厅刑事恋爱物语3（后篇）
207 太顺利的推理◆
208 通往迷宫的入口 巨大神像的愤怒★
209 龙神山坠崖事件◆
210 五彩传说的水中豪宅（前篇）◆
211 五彩传说的水中豪宅（后篇）◆
212 蘑菇、熊与侦探队（前篇）
213 蘑菇、熊与侦探队（后篇）
214 怀古饭店的神秘事件◆
215 复仇海滩（前篇）◆
216 复仇海滩（后篇）◆
217 目暮警官尘封的秘密（前篇）
218 目暮警官尘封的秘密（后篇）
2001年（219－262）
219 被召集的名侦探！工藤新一vs怪盗基德★s/k（注：前半集“钟楼对决”根据《魔术快斗》漫画第4卷“漆黑之星”篇改编，并非改编自《名侦探柯南》漫画）
220 满口谎言的委托人（前篇）
221 满口谎言的委托人（后篇）x
222 人鱼失踪记（事件篇）x
223 人鱼失踪记（推理篇）x
224 人鱼失踪记（解决篇）x
225 生意兴隆的秘密◆
226 格斗游戏的陷阱（前篇）f
227 格斗游戏的陷阱（后篇）f
228 暗藏杀机的陶艺教室（前篇）
229 暗藏杀机的陶艺教室（后篇）
230 神秘的乘客（前篇）b/f
231 神秘的乘客（后篇）b/f
232 公寓坠楼事件◆
233 未消失的证据（前篇）
234 未消失的证据（后篇）
235 地下酒窖密室◆
236 南纪白滨的推理之旅（前篇）◆
237 南纪白滨的推理之旅（后篇）◆
238 大阪3k事件（前篇）x
239 大阪3k事件（后篇）x
240 新干线护送事件（前篇）x
241 新干线护送事件（后篇）
242 元太的灾难
243 毛利小五郎的冒充者（前篇）
244 毛利小五郎的冒充者（后篇）
245 向日葵馆的枪声◆
246 陷入网中的谜团（前篇）
247 陷入网中的谜团（后篇）
248 疗养森林的不在场证明◆
249 偶像们的秘密（前篇）
250 偶像们的秘密（后篇）
251 ok牧场的悲剧◆
252 画中的绑匪◆
253 本厅刑事恋爱物语4（前篇）
254 本厅刑事恋爱物语4（后篇）f
255 松江玉造连句大战十四回合（前篇）◆
256 松江玉造连句大战十四回合（后篇）◆
257 匪夷所思的天谴◆
258 来自芝加哥的男子（前篇）f
259 来自芝加哥的男子（后篇）f
260 摇晃的餐厅◆
261 雪夜的恐怖传说（前篇）◆
262 雪夜的恐怖传说（后篇）◆
2002年（263－303）
263 大阪双重谜团 浪花剑士和太阁城★x
264 法庭的对决 妃英理vs小五郎（前篇）◆
265 法庭的对决 妃英理vs小五郎（后篇）◆
266 情人节的真相（事件篇）
267 情人节的真相（推理篇）f
268 情人节的真相（解决篇）
269 犯罪的遗物（前篇）
270 犯罪的遗物（后篇）f
271 急忙掩饰的忽略（前篇）f
272 急忙掩饰的忽略（后篇）b/f
273 猜谜婆婆失踪事件◆
274 幽灵屋的真相（前篇）b
275 幽灵屋的真相（后篇）
276 **手册丢失事件◆
277 英语教师vs西部名侦探（前篇）f/x
278 英语教师vs西部名侦探（后篇）f/x
279 疯狂足球迷（前篇）
280 疯狂足球迷（后篇）
281 年幼的目击者◆
282 水流石庭的玄机（前篇）◆
283 水流石庭的玄机（后篇）◆
284 中华街 雨中的似曾相识（前篇）f
285 中华街 雨中的似曾相识（后篇）
286 工藤新一纽约事件（事件篇）b/s
287 工藤新一纽约事件（推理篇）b/s
288 工藤新一纽约事件（解决篇）b/f/s
289 光彦森林迷失记（前篇）b
290 光彦森林迷失记（后篇）b
291 孤岛的公主与海龙宫（事件篇）x
292 孤岛的公主与海龙宫（探索篇）x
293 孤岛的公主与海龙宫（解决篇）x
294 爱与决断的必杀球（前篇）◆
295 爱与决断的必杀球（后篇）◆
296 屋形船海钓记◆
297 法庭的对决ⅱ 妃英理vs九条（前篇）◆
298 法庭的对决ⅱ 妃英理vs九条（后篇）◆
299 关门海峡的友情与杀机（前篇）◆
300 关门海峡的友情与杀机（后篇）◆
301 恶意与圣者的游行（前篇）
302 恶意与圣者的游行（后篇）
303 被害人回来了◆
2003年（304－344）
304 震动的警视厅 1200万名人质★
305 看不见的嫌疑犯（前篇）
306 看不见的嫌疑犯（后篇）
307 遗留的无声证言（前篇）b
308 遗留的无声证言（后篇）b/f
309 与黑衣组织的接触（交涉篇）b/f
310 与黑衣组织的接触（追踪篇）b
311 与黑衣组织的接触（决死篇）b/f
312 夕阳染红的女儿节玩偶（前篇）
313 夕阳染红的女儿节玩偶（后篇）
314 扶手损毁的瞭望台◆
315 阳光普照的地方◆
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