第一部
**里接连发生了**干部被**的事件。在这背后流传着谜之组织“inferno”和最强的**“phantom”的传言…。一个人在美国旅行的少年主角，在phantom杀死调查她的记者的现场，偶然遇到了phantom，发现她其实是个与自己岁数相差无几的少女。之后，他被inferno的科学家scythe master抹消了记忆，并为了取回记忆而拜被称为phantom的少女ein为师成为**。之后，他在某天通过了射杀一名sat的考验后，正式成为了inferno的**。然后，主角得到了zwei的代号，和ein一起**。大约过了半年左右，zwei发现看似无感情的ein其实是个把感情深埋在心底的人。ein接到了条指令后单独去执行任务了，而zwei则担任scythe的上司claudia的警卫。通过claudia，zwei取回了自己的记忆，记起了自己是日本的中学生吾妻玲二。此时claudia要求主角以吾妻玲二的身份向她个人效忠。因为记忆恢复而良心备受煎熬的玲二跑到了自己的**训练场所，在那里见到了身负重伤的ein。原来所谓的任务是scythe让她背叛inferno。此时，玲二必须在三个选择中做出决断：
一孤身一人逃回日本去
二和ein一起逃走
三向claudia效忠
选择一，主角逃回日本以后因为记忆错乱变成了精神病。end
选择三。玲二为了证明自己对claudia的忠诚，决定杀掉scythe。经过一番激战，玲二因为开枪击中了保护scythe的ein而得到了claudia的信任，成为了最强的**phantom。一年后，身为claudia情人的玲二为了她正在做**日本黑帮的工作，却意外地再见到了ein的身影。在claudia的房间中，玲二带着记录有inferno机密的mo准备和claudia一起叛逃，此时ein挡在了他的身前。原来一切都是inferno为了挖出内奸claudia所设的圈套。在宁静的月光下，玲二为了claudia，射杀了ein，看着她在自己的怀中气绝。拿着mo的玲二，在经过激烈的汽车追逐战之后，终于逃到了安全的地方。此时，claudia却拿枪指着他说：“我要逃向的那个组织，要求你的尸体作为忠诚的证明。玲二必须在二个选择中做出决断：
1任claudia开枪
2向claudia开枪
选择1，玲二在弥留之际对着泪流满面的claudia说：“只要活下去，总有一天能取回失去的东西。我相信你能做到。end
选择2，倒在玲二怀中死去的claudia露出了幸福的微笑。带回mo的玲二重新得到了inferno的信任。5年后，包括scythe在内的inferno干部一个接一个遭到**，而下手的人是—玲二。end
选择二，玲二决定带ein逃走。面对为自己的**身份而苦恼不堪的ein，玲二为了她取了个新名字：elen。玲二和elen为了逃走决定杀掉scythe。正当玲二朝着scythe开枪的时候，elen冲上去为scythe挡枪。结果scythe逃走，而玲二则回到inferno成为phantom。第二部
一年后，玲二在任务中捡到一个少女cal。为了保护她，玲二谎称cal是自己的徒弟。在和cal一起生活中，玲二意外地发现她有着非常优秀的**才能，而cal也决定挺身保护玲二。玲二在任务中意外地再次见到了elen的身影。在领悟到一切都是inferno和claudia的勾心斗角以后，玲二决定带着cal逃走，却发现cal所在的屋子已经被炸个粉碎。分支
分支一，对一切绝望的玲二回到了当初遇见elen的地方。elen出现，将玲二射杀。临死前的玲二对elen说道：“可怜的人。正因为你无法抹杀自己的感情，才会不得不如此地痛苦。end
分支二，因为cal之死而怒不可遏的玲二冲向了inferno干部们的所在地。经过一阵乱斗之后，干部及保镖们被射杀。身受重伤的玲二在弥留之际念到：“cal，你在哪里啊？没有你的地方，原来是这么地寒冷。三天后，在**时正好外出的cal一直在废墟里等玲二回家。当她在雨中终于明白玲二已经不可能再回家了时候，一边流着眼泪一边轻声说：“骗子。end
分支三，呆呆地站在一片废墟前的玲二准备**殉情。此时正好遇到回家的cal。玲二决定一直为保护cal而活下去。end
分支四，玲二回到当初遇到elen的地方。在那里见到elen的玲二被她所打动，两人一起逃亡。第三部
二年后，玲二和elen在日本的学校里过着普通学生的生活。在玲二被一个叫藤枝美绪的少女告白当日，他遭到了**。**他们的人是他们以为已经死亡的cal。cal在那天以为玲二和elen抛下自己独自逃走，在对一切的绝望中加入了inferno代号为drei，成为了第三代phantom。在领悟到无路可逃之后，elen决定瞒着玲二独自和drei决斗。而玲二则试图阻止此事。分支一：
玲二不顾决斗中的二人，转去救被绑为人质的美绪。美绪终于认识到玲二和自己是不同世界的人，但依然深爱玲二。玲二和美绪告别，离开日本。几年后，玲二再次回到日本，与美绪相见。美绪end
分支二：
elen和drei展开决斗。玲二乱入，并企图射杀elen。drei终于明白玲二没有背叛自己。此时scythe率领六个少女**vier,、fünf,、sechs,、seiben、acht、neun杀到，elen为了掩护两人逃走而牺牲了自己。而玲二和drei则一起过上了**生涯。drei end
分支三：
elen和drei展开决斗。玲二乱入，杀死了drei。玲二和elen一起把之后杀到的scythe和六个少女**vier,、fünf,、sechs,、seiben、acht、neun杀掉后，离开了日本。玲二和elen到达了elen的故乡。elen在自己出生的土地上，终于发自内心地露出了笑容。elen end
分支四
drei杀死了乱入的玲二。内心感情完全崩溃的她疯狂地杀死了之后杀到的scythe和六个少女**vier,、fünf,、sechs,、seiben、acht、neun。几年后，不停**的drei在某个海岸被为玲二报仇的elen**。面对带着微笑死去的drei，elen仰天大叫：“玲二，我今后该为了什么而活啊！话说分支四的剧情是老虚认为真正的结局