在这次大战的起初阶段，清军损失也是挺大的。明将袁崇焕死后，清军数次深入明朝腹地，明朝毫无办法，眼睁睁地看着在北方防线的防务情况被摸得一清二楚。不过，满洲要实现自己的霸业，就必须打破所有山海关外的明军城关。虽然清军就数次绕关而入，杀入长城防线内。又通过对诸蒙古部落征伐和收服，已经形成了对直隶地区的战略包围。但因为有山海关与几个关外城市的存在，清军的战略迂回总要面临被抄后路的危险。但袁崇焕死后，“边事益无人矣”，北方防线上的明军就缺乏统一的调派指挥，无法对清军多次迂回入关而组织起战略性的打击。这种情况下，皇太极决定拔除掉这些随时都可能产生威胁的关隘。1639年2月，皇太极首先发动对锦州的攻势，决意要啃掉这个山海关外的最后的硬骨头。但经过熊廷弼和袁崇焕两代边将构筑起来的坚固防线，仍然给不擅长攻城的清军添了不少麻烦。清军一开始没有带上足够的炮兵。数月攻城战，非但没有拿下锦州，反而折损了不少部队。这是清军遭受的第一次损失。皇太极效仿大淩河之胜的方式，停止强攻，转而用骑兵骚扰周边农业，切断锦州的外援。锦州明将祖大寿经历过大凌河战役，他战前就储存了可供全城守军三年之用的粮食，根本不怕短期的围困。相持到6月，皇太极下令多尔衮去指挥攻打锦州事务。多尔衮到任，发现清军士气低落。就下令后撤30里，以轮换的方式作战，轮流回家。结果，祖大寿趁机打开缺口，又运了一批粮食入城。皇太极闻讯大怒，撤销了多尔衮的指挥权，还罚款降职，派济尔哈朗去接替指挥。济尔哈朗亲自带人，四面布营，深挖壕沟，围困锦州周边地区。每个营地之间，也挖出长壕隔断，日夜巡逻。围得水泄不通。“驻扎屯田，令明山海关外宁锦地方不得耕种”。济尔哈朗又派人偷偷买通城中的蒙古将领，打开了城门。最终，祖大寿被迫撤到内城。以火炮防御。守军向朝廷求援。“填壕毁堑，声援断绝”，锦州守将祖大寿向明廷报称：“锦城米仅供月余，而豆则未及一月，倘狡虏声警再殷，宁锦气脉中断，则松、杏、锦三城势已岌岌，朝不逾夕矣。崇祯皇帝接到锦州告急，调集了十余万人的兵力、四万多头骡马和三千多门的各式火炮和充足的**，全部交给蓟辽总督洪承畴，并调来王朴、杨国柱、唐通、白广恩、曹变蛟、马科、王廷臣、吴三桂这8个总兵的部队，归洪承畴指挥。洪承畴也知道清军铁骑的厉害，吸取萨尔浒战役分兵多路的教训，就下令全军集结在一处缓慢向前步步推进。战初，洪承畴派前锋去攻打济尔哈朗的松山右营。明军携带了大量大将军炮。尽管性能比较落后，仍然给清军造成很大杀伤。明军先锋占据了清军部分营地。济尔哈朗被**多尔衮再次返回前线指挥战役。“清人兵马，死伤甚多”，洪承畴将吴三桂列为首功，“吴三桂英略独擅，两年来，以廉勇振饬辽兵，战气倍尝，此番斩获功多。这是清军遭到的第二次损失。但10万大军粮饷消耗太大，洪承畴又不肯速战速决，穷到要当裤衩的大明朝廷压力山大。而明朝境内发生了很糟糕的事情，**义军得心应手、百战百胜的孙传庭被崇祯关进大狱后，原本已经被招安的张献忠等人，降而复叛。他们趁着洪承畴带着主力去与清军作战之际，不断地骚扰各地。曾被洪承畴打得半死不活的李自成，也重出江湖，攻入河南，把福王炖了汤。兵部尚书陈新甲很清楚崇祯皇帝是多么的刻薄寡恩和暴虐无情。他只好要求洪承畴快战快决。陈新甲进言崇祯，认为洪承畴只要快速进攻，就必能获胜。崇祯想成为扭转乾坤的千古一帝，又恰逢明军初战告捷，而洪承畴踌躇不进令他疑心顿起。于是，他下令洪承畴速战速决，一战定江山。陈新甲又给洪承畴增派了三万兵力，明军在数量上就有了优势。洪承畴这下子就被架到了烤炉上。“陈新甲趣之，未免轻进以顿师”
挨了皇帝一顿训斥，又得到了兵力补充，监军张若麒又催得紧，“振臂奋袂，扶兵之势，收督臣之权，纵心指挥”，于是明军“但知有张兵部，不知有洪都督，而督臣始无可为矣”，洪承畴再没有什么动作就恐怕要惹祸上身了，只好放弃原定的稳扎稳打，“逼以车营，毋轻战”，逐步推进的计划。7月26日，明军推进到**山一带，决战正式打响。洪承畴突然改变战术，让对面的清军被打了一个措手不及。他之所以敢大举进攻，除了上级压力外，也是因为他自信在火力上完全压制对手。当时，明军携带了3273门的各式火炮和**。有新式红夷大炮，也有仿造的佛郎机炮。但大多数是土制的大将军炮为主。红夷大炮的技术赶得上16世纪末-17世纪初的世界先进水平，但弗朗机可能只是15世纪后期的中世纪晚期水准。至于性能更差的大将军，就只能到英法百年战中去寻找欧洲远亲了。多尔衮下令八旗**发起全线冲锋。根据经验，明军的**能力很差，总是躲在车阵后方，用各种五花八门的武器还击。但这一次，清军吃了大亏，被明军一阵炮火覆盖，伤亡惨重，多尔衮无奈下令部队后撤60里。这是清军遭受的第三次损失。由于明军缺乏大规模的**突击能力，清军得以从容撤退，再次扎营固守。多尔衮向皇太极请求增援。皇太极气得流了鼻血。“上行急，鼻衄不止”，他怒火万丈，率领所有余下的**，星夜兼程赶往**山。这样，清军就总共有七万老满洲部队，科尔沁为首的三万东蒙古**，还有两万汉军，共计十二万人马参战。与明军相比，丝毫不落下风。在战斗力和战斗经验方面上，更是超出很多。为了在火力上与明军抗衡，清军还将登州兵变后叛降的孔有德所部的精锐炮兵，全部带上了。虽然在火炮数量上远少于明军，却有37门红夷大炮，还征调了大量民夫运输大炮和**。清军的红夷大炮不仅数量更多，质量也更好。增援清军赶到了**山。皇太极一边流鼻血，一边观察明军防御。发现明军后卫不足，就下令扎营在松山和杏山之间，并且在王宝山、壮镇台、寨儿山、长岭山、刘喜屯、向阴屯、灰窑山至南海口等处扎营。每个营地都深挖壕沟，断绝交通要道，将明军全部包围了起来。洪承畴看到八旗的阵势后大惊失色。他知道一定要打破包围圈，不然自己只有被困死在当地。鉴于明军普遍守强攻弱的特点，他将主要进攻手段放在了炮兵身上。8月20日，明清双方开始了一场炮战。明军这边虽然有三千多门火炮，但是大部分射程很近，真正有远程威胁的只有6门红夷炮。清军情况恰恰相反，小型火炮少得可怜，却有37门重型红夷大炮。配备的炮手也是经过洋人教官认真培训的。明军的炮兵阵地上，硝烟四起，震耳欲聋，炮声隆隆。但几千发炮弹，都落在清军营地的前方。真正能打到清军营地的，则只有6枚。加上炮手久疏战阵，校准手法很差，没有几发能中命中目标。清军这边声势虽然不大，每次发射都只有37枚炮弹。但每一枚炮弹都能飞到明军的阵地，由洋人教官训练出的炮手也更能准确的命中目标。技术有差距，结果自然不同。明军被打得落花流水，本方红夷炮也被击毁了两门。清军趁着明军被牵制在松山，派出奇兵突袭，拿下了附近的笔架山，夺取了明军的粮草。粮草失陷，明军上下陷入恐慌。他们只剩下了三天的补给。“因饷乏，议回宁远就食”。21日，突围失败后，明军主帅大帐内，诸将商议分兵突围，由总兵王廷臣带领左路明军突围，总兵马科带领右路明军突围，等到晚上7点左右，同奔宁远。得知消息，明军上下军心瞬时崩溃。总兵王朴未待时到，抢先开溜。明营顿时全军炸营，各路人马争相奔逃，场面混乱之极。步兵和骑兵都在自相践踏，随处可见遗弃的弓箭和盔甲。“各帅争驰，马步自相蹂践”。皇太极早知明军必会突围。他下令蒙古骑兵前往海边埋伏。左右两翼的部队埋伏在各个路口。“且战且闯，各兵散乱，黑夜难认”。半夜，吴三桂、王朴带人跑到了海边，正好掉进了清军精心编制的口袋中，被打得丢盔弃甲，往杏山方向逃去。跟着后面的其他人见势不妙，改道逃往海边，希望通过海路逃回宁远。等候已久的蒙古骑兵趁势杀出，直接冲进了毫无战心，魂飞魄散的明**列之中。天色已晚，明军急于逃命，竟然争相跳入海中，希望抢到几艘渔船活命。第二天，清军清扫战场，发现大海上密密麻麻都是人和马的尸体，飘在海面上，场面蔚为壮观。总兵吴三桂、王朴等逃入杏山，总兵马科、李辅明等奔入塔山。洪承畴等人突围未成，困守松山城。逃到了杏山的吴三桂和王朴，又在高桥遭遇清军伏兵。激战过后，二人损失惨重，逃回了宁远。其余的明军除唐通等少数人外，也基本上全军覆没。此夜一战，明军13万大军几乎全部报销。仅被清军斩首的就有53780人，数以万计的溃兵跳海淹死。“轻进顿师，进不能突围，退不能善后，形见势绌，遂使重臣宿将选率骁骑，十万之众，覆没殆尽”
洪承畴带领残军撤入松山城中，上书求援。崇祯怒不可遏，但无力支援。松山一役，十几年剿匪锻炼出来的将领和部队，损失大半。余下的残余也被李自成和张献忠等人牵制，根本无力驰援。为了解救洪承畴，崇祯命令顺天巡抚杨绳武、兵部侍郎范志完率军赴松山解围，可是，“皆敛兵不敢出”。洪承畴组织了几次突围，都被清军的壕沟所阻，清军不但挖了壕沟，还在上面放木桩并系上铃铛，安排训练过的战犬蹲守。时间流驶，“转饷路绝，阖城食尽”，松山粮尽。松山副将夏成德叛变。1642年2月18日晚上，清军攻城，夏成德放清军入城。激烈的巷战，明军3600名士兵和100多位高级军官被杀。洪承畴和祖大乐等人，连同1240多名士兵被俘，松山之战结束。被俘的洪承畴和祖大乐先后剃发归顺清朝。被困三年的祖大寿听闻松山失陷，也开门向清军投降。最后来比较一下双方的在这次历时近三年的战役中的损失状况：
清军缴获：
清军从松山缴获红夷炮5门，发熕炮2门，大将军炮146门，二将军炮737门，三将军炮1237门，行营炮200门，佛郎机33门。锦州缴获红夷炮7门，发熕炮1门，子母炮3门，大将军炮18门，二将军炮147门，三将军炮176门，行营炮33门，佛郎机12门。塔山缴获红夷炮1门，发熕炮2门，大小将军炮409门，佛郎机37门。杏山缴获红夷炮2门，大将军炮6门，二将军炮122门，行营炮182门，佛郎机65门。总共大小火炮3583门。获马七千四百四十匹，甲胄九千三百四十六件。明军伤亡：
其中洪承畴溃败进松山的大概有四万人，之后有八万人突围失败，八万人中三万人逃回宁远，其他人或死或散，一部分人又补充进四城。之后洪承畴组织突进的数万人突围，结果全被海潮淹死，至1642年四城失陷时仅剩一万多明军，因此最后一次突围失败后，四城估计也就剩2～3万人。明军最后的精锐，总共约十三万人，清军斩杀五万三千多人，吴三桂率将近三万人逃脱。海潮淹死和流散将近三万人，降清一万多人。“是役也，计斩杀敌众五万三千七百八十三，获马七千四百四十匹，甲胄九千三百四十六件。明兵自杏山，南至塔山，赴海死者甚众，所弃马匹、甲胄以数万计。海中浮尸漂荡，多如雁鹜。洪承畴为首百余将领和3600余残兵被俘。锦州失守，祖大寿降，总兵邱民仰、王廷臣、曹变蛟被杀，王朴问罪死。“但姑念其（吴三桂）守宁远有功，可与李辅明、白广恩、唐通等贬秩，充为事官。独斩王朴。清军伤亡：
四品以上武**死：一品2人，二品2人，正三品15人，从三品2人，正四品14人，阵亡议政大臣一名，副都统3名。清军士卒伤亡估计有万余人。对于清军的总量来说，这样的伤亡也算很惨重了。战争前期，双方伤亡相差还不算很大。当皇太极出现在战场上后，洪承畴部被围，明军伤亡剧增。此战之后，“九塞之精锐，**之粮刍，尽付一掷，竟莫能续御，而庙社以墟矣！