剧情攻略
game star,一开始城之内就来催促主角,这时游戏冲进来，说千年积木无故失踪了，城之内和主角安慰之余决定帮游戏找回千年积木。三人来到广场,杏子在这里等候,向杏子说明原因时突然草丛里窜出个人影—依西兹。依西兹告诉众人黑暗大邪神的封印被解开了，要把他再次封印就必须借助3张幻神卡的力量,但是3张幻神卡石化了,要令3神卡复活就要找到7个千年道具。然后询问众人是否愿意协助,主角当然义不容辞地答应了。之后从依西兹处得知第一个千年道具在埃及文物展。先去游戏爷爷的店，适当买点高攻击力的4星卡吧,另外这次输入密码需要1000(因为地图与dm7大同小异,因此地点方位等只在提难点.)
来到kc(海马公司)门前,全美冠军小mm在向海马要蓝眼白龙，她觉得只有最强者才有资格拥有，海马当然不肯了，并指出小mm未够水准，主角一行人上来游说，可不讲理的小mm向主角挑战(问答无用,选哪个都一样)，迫于无奈只好答应了。对于初期卡组来说,对付她还是有一定难度的,所以不妨先与街的路人决斗提升决斗等级.战败后的小mm大受打击，海马说这样的程度也想挑战他？（海马还不认识主角），数落一番之后扬长而去，这惹来了城之内的愤怒，但小mm知道主角的实力后决定继续修炼，也随之离开。战胜后可以到公司里面与决斗机器决斗,是个赚钱的好dd哦.而且这次可以选择等级.
从依西兹左边的出口到大地图,来到童实野车站,售票员问主角是不是决斗者。之后要求与主角等人进行双人赛，坐个车还要决斗.(无语)不过对手很弱,两三下就可以解决,顺利进入月台，可是暗之猎人也尾随着他们…进入车里后,先与入口的工作人员对话，正当准备与车厢里的工作人员(图1)就会开车.(再无语)再与他决斗,战胜后他会让路,来到里车厢,会与暗猎人决斗,并且开始时的场地为暗.战前多准备些暗属性的怪物吧.
出来后追踪猎人到一个铁门前的人对话他会让路,下去后一个埃及人把刚刚的猎人打倒,原来他是千年道具的守护者，要求试探主角的实力，通过才能得到千年道具。胜利后得到千年项链，当主角触摸千年项链时看到了3000年前埃及，黑暗大邪神四处破坏，法老王（暗游戏）的影像，游戏说明那是这个躯体里的另一个自己，但现在只剩下他一人了，所以要尽快找到千年积木。出来碰到海马,说主角们只是平凡的决斗者，只有他才有使用神卡的资格，得到决斗王的称号，还有决斗者是孤敖的，不需要同伴，之后又是留下高昂的笑声，一直往左出去.回到广场找依西兹(最好先回家补充lp&s**e),可惜只有一个千年道具不能令神卡复活，不过有了千年项链找其他千年道具就方便多了，突然感觉到邪恶的气息，原来是木偶师,他说天马太阳的计划就是令黑暗大邪神复活。与木偶师战斗(一样开始时环境即为暗),战胜后木偶师留下了天马太阳的灵魂卡片，将其还原天马对主角将其两个刺客打败感到意外，并说一定会竭力让黑暗大邪神复活，之后就消失了（明明是瞬间转移…）。事况紧急，一定要在封印被解开前将三张神卡复活。然后利用千年项链之力预测出下一个千年道具在童守码头。出大地图去童守码头,在港口无意听见一对情侣的对话（很搞笑哦）。上船后碰到了一国际影星正向孔雀舞求婚，舞却说如果打倒她就答应，谁知他不自量力地说“ok！结果很明显：在舞的快乐三姐妹猛攻下惨败。怎知他还想继续挑战，上前帮孔雀舞打败对方。战胜后舞告诉众人，看到千年道具的守护者在船舱。进入船舱(图2)，与第二个千年道具守护者决斗。胜利后得到千年钥匙，之后解放了被困在其中的夏迪。原来，这只是藏在千年道具里持有者的记忆，夏迪请求主角为了解救世界的危机而战斗，之后其灵魂就消失了（之前的天马太阳也一样）
回广场找依西兹,利用两个千年道具的力量把石化的奥卡西斯（地狱判官）之天空龙还原，幻神卡会自己选择主人，天空龙则选择了游戏，但游戏觉得现在的自己无法拥有天空龙，直到拿回千年积木与另一个自己重见之时，于是决定把天空龙交给主角，并说这是三人友情的羁绊，获得天空龙。(ps:这一代神卡在战斗里有配音,很正哦)。之后又预测到下一个千年道具在地下墓地。出大地图去地下墓地,入口处的两位老人不知云云…到下层碰到骨冢，他问众人是否来观光的，城之内觉得这种毛骨悚然的地方鬼才愿意来（这里本来就是鬼住的地方嘛），当说明来意后，骨冢说他知道千年道具守护者的所在地，不过要打败他。胜利后出现以基斯为首的猎卡王一行人,看来他们是冲着神卡来的，待他们离区后骨冢告诉众人千年道具守护者在下一层,到下一层与第三个千年道具守护者决斗，胜利后得到千年环，解放了里面暗貘良的灵魂，但他对被黑暗支配的世界和神卡比较感兴趣，之后回广场找依西兹,她却告诉大家一个不幸的消息：大邪神的力量越来越大了，必须赶快找到剩下的千年道具。之后又预测到下一个千年道具在**万里长城出大地图来到**,长城上的和尚告诉众人长城是世界文物（作为**人自豪ing），但要小心里面的迷宫。正准备进入长城的迷宫时却被看守的和尚一句长城是**国宝，禁止入内给打发了。众人下来商量对策,却发现原来长城下的和尚是天马太阳的刺客迷宫兄弟（迷），随之发生战斗。战胜迷后宫上前要与主角打车轮战.这时海马赶来与主角合力击败迷宫兄弟(可以选择与兄或者弟决斗,弟比较厉害),不过海马说他来的目的只是神卡，并无心帮助主角等人。随后进入长城迷宫和第四个千年道具守护者决斗。胜利后得到千年眼，竟发现里面被封印的的是天马太阳的记忆，这时他说出自己是抛弃帕伽索斯这个名字的男人（有区别吗…），于是游戏认为黑暗大邪神的封印就在帕伽索斯城，于是火速火速赶回广场找依西兹。依西兹也不敢相信这个事实，帕伽索斯早已在决斗王国后失去消息的，他回来的目的却是…依西兹利用两个千年道具的力量把石化的奥贝利斯克（圣石）之巨神兵复活，不过巨神兵选择来海马当他的主人。主角正想与海马决胜负来决定谁才是真正的巨神兵持有者时。木马却提出在长城是海马相助才取得胜利的。海马拿走巨神兵,众人气愤不已，依西兹却认为这是命运。正准备去找寻千年道具时，**走来与城之内说，静香想和他去kc看剧场,依西兹提出时间紧迫，不能耽搁，众人觉得这时候轻松一下也好，于是无视依西兹的意见。来到kc，看到木马正安排big5（海马公司五巨头）在剧场中的表演（没办法，谁让他是副董事）。来到剧场坐好后，却发现静香竟是主角之一！扮演悲情少女的角色。之后逐一出场的big5竟然cos怪物（爆笑），之后就是老套的“小mm，你叫破喉咙也逃不了了，嘿嘿”木马则在一边旁白，这时怪物们向台下的观众挑战，木马请求支援。城之内这个单细胞正准备冲上去时，静香自己跑下来与来救自己的gg团聚，可怜的主角却要与台上的众怪物决斗(ps:决斗时的音乐也一改轻快哦。战胜后big5融合变成五神龙!木马再次请求援助，下去换服装的叽野cos成蓝眼龙骑士,召唤出究极龙骑士一举打败五神龙。事后木马决定筹划下一次的表演时，big5认为不能再听从这个小孩子的指挥，四处逃离。回广场找依西兹,终于只剩下最后一张神卡—拉（太阳神）之翼神龙了，也预测到下一个千年道具在考古场。出大地图去考古挖掘场,进入里面一阵地震，看来是受大邪神复活的影响。向龙崎说明来意后，一样打败他才肯让路，与龙崎决斗(开始场地为荒漠),继续深入与第5个千年道具守护者决斗。胜利后得到千年权杖，并解放了其中马力古的灵魂，他却说守墓一族的使命已经完了，他没有存在的必要。随后又一阵地震，看来离大邪神复活的日期越来越短了…回广场找依西兹,测得下一站遗迹。来到遗迹看见尾木渔太，向他说明来意他告诉众人千年道具在深处，继续深入（这之前最后与渔太和羽蛾决斗提升等级）,以外地发现暗游戏也在这里，而且拿下了千年天平,看见众人时要求把其他5件千年道具交给他，但马上露出马脚被众人识破,痛贬是少不了的.（开始场地为暗）。胜利后得到千年天平，并解放了夏迪的灵魂。从他口中得知众千年道具持有者之所以被困在里面都是大邪神的暗之力影响。回广场找依西兹,准备复活翼神龙时，天空龙却再次石化，没想到大邪神的力量如此之大，估计海马的巨神兵也是同样的下场，必须马上找到海马，而要令三张幻神卡完全复活只能集齐7个千年道具。去kc找海马，确认巨神兵也被石化后回来路上发现猎卡王已经开始行动了(全部开场时环境为暗),回去找依西兹时碰到了猎卡王(埃及使者)与铝场dd在决斗，但铝场的dd们却因为对方成功召唤埃及使者而败阵下来。随后赶到的铝场和主角则分别对付两队人。小心他的怪物防很高,拖得太久的话会被他集齐埃及使者,事前准备些风魔族的怪物。胜利后发现依西兹不见了，铝场用“超能力”得知她去追海马了，并告诉众人他们去童守车站。但猎卡王人多势众，吩咐众人去各地召集同伴来解放童守市。去卡店发生小剧情：**和御枷龙儿齐心击退猎卡王，但事后却为是谁的功劳而争吵，还好随后赶到的众人出面调解。去各地找同伴,但也伴随着战斗,童守码头（又遇到那对爆笑情侣的事件）-黑魔导使,遗迹-人形,考古场-喽罗,**-光与暗的假面具,地下墓地-喽罗。（都很口臭，第一句都是说主角这样帮他是因为有什么困难吗，尽管他们最后都答应回童守）。找齐后回广场,有了同伴们的支援形势瞬间逆转。去kc剧场又是猎卡王（埃及使者），其召唤埃及使者将叽打败后big5居然企图**，众人上前与之开战。回去与铝场对话,得知海马去了埃及文物展，去童守车站,进入车内遭到猎卡王喽罗的阻挠(lp只有2000的说),喽罗五连胜后,看见海马用蓝眼击退众猎卡王，主角正要上前相助时海马不领情，认为主角是为了巨神兵才这样做的，但巨神兵已经被石化了…即便如此海马还是告诉主角跟他们一起的女人（依西兹在里面）,于是众人立即进入。却碰见盗贼基斯，他以依西兹要挟众人帮助翼神龙复活，主角无奈只好交出所有千年道具，但没想到千年积木竟在他手里，之后集合7个千年道具之力使翼神龙复活！天空龙也随之复活了！与盗贼基斯开战,但意外地翼神龙没有变成战斗形态…盗贼基斯战败后游戏夺回了千年积木，在心中再次与暗游戏相遇，之后暗游戏出现，指出基斯没有使用神卡的资格而导致拉之神发怒，受到神的惩罚。随后众人将翼神龙（蛋形态—│）交给主角。突然大邪神的力量进入基斯体内，并千年积木粉碎了，游戏慌张地捡起四零八落的积木时，迷宫兄弟（迷）将其中一块抢走，说想要拿回就来天马太阳的城堡。又变回“一个人”的游戏近乎崩溃，但主角说只要去天马太阳的城堡就可以拿回，于是马上起程。镜头转到外面：海马的巨神兵也复活了，突然迷宫兄弟（宫）将木马掳走，并要海马去天马
再次前往**,西蒙得知翼神龙的力量觉醒后要考验主角，追踪他来到长城时之迷宫，打倒守门的喽罗(lp3000)后,他会告诉你一个怪物名,要记住哦.5连胜后神官西蒙会问你刚刚顺序怪物名字,选项是2,1,然后就会向你挑战，战胜后他说会在帕伽索斯岛为大家寻找揭开结界的办法。来到帕伽索斯岛,海马已经先进去了，在坐电梯的时候有个帕伽索斯发型的变相怪杰向你发难(lp10000),被3只车轮战后接下来还有两个暗猎人二选一(lp15000)。战后城之内替主角抵挡两个刺客。来到地下,帕伽索斯再次派出“变相怪杰”部队，所有战斗环境开始时为山。一路深入,在门前再次遇到迷宫兄弟(lp15000),战后游戏独自阻挡迷宫兄弟，让主角独自前往帕伽索斯城。来到帕伽索斯城，西蒙告诉主角要穿越无限的路必须拿到魂的光芒，到各地去借助同伴的魂之卡片的力量。去各地找伙伴决斗,广场-铝场,得到人造人,童守码头-孔雀舞,得到神鹰**,地下墓地-骨冢,得到鬼王南瓜怪,考古场-龙崎,得到双头恐龙，遗迹-渔太,得到传说渔人,羽蛾,得到昆虫女王。最后来到帕伽索斯城,进入无限循环迷宫,与5个假扮同伴的喽罗决斗(lp10000),顺序是骨冢,龙崎,羽蛾,渔太,铝场,舞。过了无限循环迷宫后看到海马也在这里，但随后出现的木马却遭到**，海马无法与木马决斗，于是只好拜托主角了,战后木马清醒，海马认为要打败大邪神必须要三张神卡，于是决定与主角决斗，战后得到巨神兵。来到封印之间，遇见幕后帕伽索斯，原来他叫众人来的目的，是为了得到决斗者的心作为大邪神复活的供品，他已经得到了游戏的决斗者之心了。为得到最后的心决战(lp20000)。他的心变和直接伤害卡组很棘手，尽量不要令lp受损过度。最后黑暗大邪神的封印解除,帕伽索斯感到奇怪为什么自己战败的心可以令大邪神复活，依西兹解释到因为他有一颗真正的决斗者的心。可是面对强大的大邪神主角因为之前一战已经没有余力了，这时海马，游戏，城之内赶来协助主角。帕伽索斯则将千年积木的碎片交还给游戏，千年积木再次复元，三人强大的力之结晶将大邪神的力量...