天正元年，织田信长得知柳生一族有残余“鬼之一族”存在，于是率领幻魔军剿灭柳生庄。柳生一族世代习武，然而在幻魔的强大攻势下却没有任何还手之力。当柳生石舟斋宗严闻讯赶回柳生庄时，一切都已太晚，柳生庄已惨遭灭门。柳生宗严曾先后在三好长庆和织田信长手下任职，其后辞官研究剑法，他的师父就是人称剑圣的上泉信纲。柳生家的当主在年少时都叫“十兵卫”，因此这个柳生宗严可不是那个著名的独眼剑客，而是他的爷爷。柳生十兵卫回到已经是断壁残垣的柳生庄，在神秘声音的吸引下来到一处洞穴之中。出现在他面前的是一名蛇尾女子。原来柳生一族与鬼之一族订有契约，历代当主都要与鬼之一族通婚，而眼前的这位蛇女正是柳生十兵卫的母亲、鬼之一族的幸存者。柳生一族被灭便是因为世代流传的鬼之一族的血统。身上同样流淌着鬼之一族血液的柳生十兵卫，自然而然的承担起消灭幻魔的沉重宿命。要打败幻魔信长，除了鬼之力外，还需要五颗神珠。柳生十兵卫复仇的途中经过今庄金山，偶遇一位胸挂圣之玉的女子遭到地痞调戏，为其解围之后这名女子却已不知去向。十兵卫一路探询那位神秘女子，经由矿坑的秘道意外的来到了织田信长所在的根据地歧阜城。几年前，织田信长攻下稻叶山城，将这里更名为歧阜城。歧字取自西周兴盛之地歧山，阜字则来自孔子家乡曲阜，长期以来信长的势力版图不断扩大，不过一直都以歧阜城为根据地。十兵卫刚进入歧阜城不久，就见到了木下藤吉郎。此人虽然形象猥琐，却有一身雄才伟略，为织田信长立下不少战功，之前取下稻叶山城便是靠他的出谋划策，修筑“墨俣一夜城”，作为织田军进攻美浓的基地，并成功策动竹中半兵卫和美浓三人众谋反，才最终攻下“不落之城”。他又准备随同织田信长一道进攻小谷城，剿灭浅井家残党。而那位神秘女子则似乎与小谷城存在莫大关联。摆脱幻魔界最强剑士奥刚达后，十兵卫与自称阿邑的神秘女子乘坐钢铁巨马逃离了歧阜城。回到今庄时，十兵卫得知有位自称信长崇拜者的女幻魔准备杀他的母亲，于是急忙赶回柳生庄，不幸再次晚到一步，看着高女的死阿邑似乎心事重重…愤怒的干掉杀母仇人后，柳生十兵卫再度遭遇奥刚达。十兵卫虽然是一代剑宗，不过依然不是魔道第一剑客的对手，在危急时刻，阿邑再次出现，而奥刚达对她似乎有所顾忌…据他所说，织田信长的大军已经准备就绪，随时开始攻打小谷城，阿邑听后脸色大变。虽然数次拯救柳生十兵卫，阿邑的神秘身份却让同伴风魔小太郎十分怀疑，一直称她是织田信长的间谍。无奈之下，阿邑透露了自己的身份―― 原来她正是织田信长的亲妹妹、战国三大美女之首阿市。织田信长的所有手下都想得到她，其中就包括木下藤吉郎。后来织田信长出于战略目的将16岁的阿市嫁给了小谷城主浅井，当时浅井长政18岁，俊朗不凡，虽然两人是**婚姻，彼此却一直真心相爱，生下二男三女，生活幸福美满。可惜好景不长，出于各种不得已的理由，浅井最终与信长反目，而阿市夹在中间两头为难。为了使织田信长不至于遭浅井的突袭而死，阿市曾以“阵中见舞い”的名义将一棵用带子结袋两端的小豆送交信长，让信长识破了浅井两面堵截的计划，因而幸免于难。却不料浅井的此举让信长大为震怒，做出了火烧比叡山等**人怨的**，更准备将浅井一族全部逼死。阿市来到歧阜城便是希望阻止信长的剿灭行动，若有必要甚至亲手杀死这位已经沦为幻魔的亲哥哥。木下藤吉郎对于无法得到阿市一直耿耿于怀，自告奋勇的防卫横山城，长期监视小谷城。这次攻打小谷城木下藤吉郎同样担当起头号军师的角色。除了策划对小谷城的进攻外，木下藤吉郎还负责幻魔界的科学研究，使用无辜百姓作为石化兵器的研究对象。此时的歧阜城内早已是充满各种高科技设备，并且通往幻魔的研究基地鬼之岛。柳生十兵卫和阿市正要在此探个究竟，却落入了木下藤吉郎的陷阱。若不是幻魔剑士奥刚达的出现两人恐怕都要葬生鬼之岛。不过经历了这么一番出生入死的冒险，两人都对彼此暗生情絮，阿市也终于向十兵卫透露了自己的身份。说起这位幻魔剑士，还颇有点武侠小说中武痴的感觉。幻魔与人间乃至鬼之一族的恩怨纠葛在他眼中不值一提，他所追求的只是“天下第一”的武学最高境界，乃至临死前也要让十兵卫称呼他一声“幻魔界最高剑士”。实在是可悲之极…
天正元年4月，甲斐之虎武田信玄在上洛途中因肺痨身故，“信长包围网”实力大为削弱，织田信长当即攻入越前，灭了朝仓义景。8月，信长开始集结**向小谷城发起进攻。另一方面，鬼之岛的研究任务已经完成，木下藤吉郎引爆鬼岛驾驶着幻魔飞空艇鬼玄武逃离。而十兵卫和阿市也借助鬼岛内的小飞机追到鬼玄武内，藤吉郎原本以为十兵卫已死，对他的出现十分意外，鬼玄武也因此被十兵卫所控制。这艘原本作为攻城利器的飞空艇成了反抗信长大军的最强武器，正在攻城的信长大军在鬼玄武的扫荡之下溃不成军。同时，鬼玄武遭到了藤吉郎的破坏即将坠毁，十兵卫当即决定将飞空艇开往歧阜城与信长做个了断。不过在飞空艇坠毁在歧阜城旁时，十兵卫却与阿市失散了。一直到十兵卫集齐五颗神珠准备前往幻魔塔消灭信长时二人才再度重逢，两人终于表示出互相的爱慕之意。幻魔化的信长并没有想象中那么强大，心中蕴藏**仇恨的柳生十兵卫很快便将他干掉了。不过一切并未就此终结，幻魔界的科学之力依然存在，他们抽取了信长身上的五颗珠子，准备酝酿更为庞大的计划。而十兵卫则被打入幻魔界，等待他的是与黄金魔神像的最后决战…
虽然鬼之一族柳生十兵卫的杀入打乱了织田信长的阵脚，在幻魔科学之力的支持下，幻魔信长并未死去。天正元年八月，小谷城经过数月的苦守终于沦陷，阿市请求与浅井一道自尽，浅井不忍，命人将两个儿子先行带走，其后将阿市与三个女儿带回织田家。后与父亲浅井久政一起剖腹自尽。翌年的新年晚宴上，织田信长以浅井的颅骨为杯，庆祝攻城的胜利。1577年织田信长将都城转移至新建成的安土城，开始进行全国规模的统一战争，同年攻占本愿寺兵站基地杂贺、派木下藤吉郎（更名为羽柴秀吉）进军国中、1578年打败支援本愿寺的毛利氏**，迫使本愿寺开城投降。1582年3月，信长亲自督阵与德川家康一起消灭武田胜赖于甲斐，取得甲斐、骏河、信浓、上野，织田信长的势力达到了颠峰。没人知道，在织田信长称霸全国的野望之下，还隐藏着更加惊人的计划…