开始时主角从家里出来，在村子里逛了一圈后，就往上走，想出村玩玩。结果被大木博士叫住，他告诉主角村外的草丛里有许多野生的精灵，不要贸然出去，而且把主角叫到了他的研究所。选精灵吧！对手在你选好之后选了一个克制你的精灵。正准备出研究所，却被对手叫住，开始了第一次的战斗，艰难战胜后往上走出村。路上有人送主角伤药。之后来到了第一个城市：常磐市。到了shop里后售货员给了你一个包裹，回去交给博士，博士送了你和对手怪兽图鉴，这时，真正的冒险才刚刚开始。离开研究所后到上方的对手家里向他姐姐索取旅行必备的地图（如果此时不索取，以后就拿不到了）。通过常磐市之后一路向北，进入了常青森林，里面有许多的训练家，一一找他们单挑吧！这个森林有点复杂，但只有一条路可以出去，所以轻松出了森林。到了日比市后，右边的通道有人把守，无法通过。可以先去博物馆看看，增长一下见识。来到小刚的岩石系道馆挑战，战胜后可得到灰色徽章。这时回到常磐市左边又能遇到对手，他变强了哦！再从日比市从右边走。还有人送你跑步技能。（按b就能跑了，速度快很多，爽）接着来到月见山。山洞旁边的pc里可以花500円买到一条鲤鱼王。山洞内遇到了**的一些小喽喽的抵抗，还碰到一个考古学家，战胜他后在两块化石中选一块（左边化石盔，右边菊石兽）。好不容易出了山洞来到花田市。这里有一家自行车店，里面的自行车太贵，买不起。来到水系道馆挑战小霞，战胜后得到蓝色徽章。之后北上，又遇见对手，艰难战胜后他送你人物图鉴。继续北上，挑掉众多的小喽喽后来到东北角一间屋子。进去后和皮皮对话，再启动电脑，正木博士走了出来，一阵闲谈后送主角一张船票（重要道具，以后会用到）。回到花田市，**已经让路了，进入房间，发现里面一片狼籍，从墙上的洞里进去，发现一个**员，打败后得到挖洞技能。由于右边的道路被一棵大树挡着，所以只能往下面走。途中路经一个饲养屋，里面有人专门帮你饲养精灵。由于下面的房间里有人阻拦，所以只能走地道。一阵狂奔后来到枯叶市。由于去道馆的路也被一棵树挡着，所以先去了左上角的一间屋子。和里面的人一番长篇大论后，得到一张兑换卷（可以拿到花田市的自行车店里兑换一辆自行车^_^）。在pc屋左边的小屋里还可以得到一根初级鱼杆。来到码头，向水手出示船票后，进入船内。挑战世界各地的训练家，还能在厨房的垃圾桶内找到三颗果实（现在不拿，以后就拿不到了）。我正想往顶楼走，却又遇到了对手，战胜后来到船长室。船长身体不适，帮他按摩后他好了，为表谢意他送我特技01居合斩。然后就能挑战道馆了。战胜马志士后得到橘色徽章。出了码头往右走，发现一个山洞（地鼠之穴）。通过后往下走，来到一间小屋，和一个人对话，如果你拥有的精灵数超过了10种，就可以得到05号特技闪光。去日比市的博物馆用砍树从后门进入，可以得到一块琥珀。这时去花田市右边的道路，打败一群训练家后来到一个山洞前，此时最好去旁边的pc恢复体力。进入山洞后使用闪光特技，就能使视野变亮。一番折腾后出了山洞，往下来到紫苑市。这里有一座为纪念死去的精灵而建造的幽灵塔。沿楼梯而上，发现里面有许多人，使用的都是幽灵系精灵。还有野生精灵居然也是幽灵，无法看清真面目，不能对战。眼看就要到顶楼了，一个奇怪的精灵突然出现，拦住了我的去路。没办法，只好下楼。与居民谈话得知，要使那只精灵现出原形，需要幽灵眼镜。先往城市下方走，一只卡比兽正在睡觉，挡住了去路。回紫苑市，往左经过一个地下通道，来到了玉虫市。这里有一个百货大楼和一个百货商店，还有游戏厅。去百货大楼里可以问一个老奶奶得到茶（重要道具，一定要得到），从后门走到顶楼还可以得到一只依布。到百货商店的5楼后从楼梯上到顶楼，分别购买三种饮料给小女孩，可以换得三种技能。然后去挑战gym吧！这次的道馆是草系道馆，应该很轻松吧！战胜后得到彩虹徽章。在一间屋子内和一个人对话得到了硬币盒，接着就能去游戏厅玩游戏了。在一幅画前看见一个可疑人物，动不动就打起来，战胜他后他消失了。我对着画研究了一番（按a键），右边突然出现了一条楼梯，不入虎穴，焉得虎子，进去看看再说。在地下4层得到电梯钥匙后，坐电梯再次来到地下4层，找到了**老大：阪木。将其击败后得到幽灵眼镜，可以让幽灵塔中的那只精灵现出原形。回到幽灵塔，那只神秘的精灵终于现出了真面目，原来是一只嘎拉嘎拉。让它的灵魂升天（将其击败）后往上走，救出**老人。作为谢礼，他送了我精灵魔笛。这下就可以去收服两只睡在道路中间的卡比兽了。来到卡比兽旁边，使用精灵魔笛，它醒了，收服它吧！在玉虫市的卡比兽被收服后，砍树去旁边的屋子，可以得到特技02飞空术，这下就能自由地在所去过的城市之间飞行了。经过一段下坡之后来到石竹市。这里的毒系道馆有隐形的墙，需要穿过才能到达馆主所在的地方。击败他后得到爱心徽章。在pc屋旁边的房子里（右边一幢）能拿到中级钓竿，左边一幢里的一个老爷爷说他的假牙掉了，让我帮他找找，我很爽快地答应了。进入上方的精灵原野区，这里有很多的精灵任你捕捉。走到一个地方终于找到了假牙。然后继续深入，在600步之内走到了最深处的一间屋子，问里面的人得到了特技03冲浪术，这下就能自由地走水路了。出原野区，把假牙还给老爷爷，老爷爷为了答谢我，送了我特技04怪力术。突然想起地图中间的城市还没去过，于是飞到最近的城市玉虫市，从右边的通道过去。门卫说口渴了，我就把老奶奶送的茶给他喝，他就放行了。进入山吹市，发现都是**的人，于是来到山吹大厦，发现这里已被他们占领。我立刻闯了进去。在9楼的一个护士会帮你恢复体力，这样就省去了回pc的时间。在5楼下方找到了开门用的**后去3楼。将一扇门打开后走一个传送点到7楼，发现对手也在。击败他后和旁边一个人说话，他送了一只乘龙给我。最后通过一个传送点来到顶楼，再次击败阪木，救出公司社长。为表谢意，他送了我一个**球（全游戏流程只能得到一个，可以抓住任何精灵，须慎用）。接着去打道馆，发现有两个道馆？进入左边那个道馆内，一路获胜后打败馆主，他要送我一只精灵，盛情难劝，只好收下。这里有两只精灵，二选一（左沙瓦郎，右艾比郎）。接着来到右边的道馆，发现有很多传送装置。必须从到达地的反方向走（如：传送到了左下角，接着就该往左上角走）。战胜馆主之后得到圆月徽章。这时去10号公路的黑暗山洞入口处，往上走，经过一段水路来到一座无人发电厂。最深处发现一只雷电鸟。机不可失，时不再来，快点get它吧！若**它或逃跑它也会消失的，用即时存档搞定。然后回到石竹市，往下经过一段水路来到双子岛。进入双子岛后，得推几块石头到水里堵住水流才能前行。最深处遇到了急冻鸟，get吧！回到自己的家，往下方冲浪一段路后来到绿岛。岛上有研究所可以将先前得到的化石和琥珀还原成精灵。去打道馆，却发现门锁住了。之后得知钥匙在左边的废弃大楼里。里面有一系列机关要控制开关，最深处终于得到钥匙。战胜火系道馆馆主后得到火焰徽章。出了道馆后被一个人拉着坐快艇来到了一个陌生的地方（橘子群岛）。出了码头，我到了1号小岛的大型pc屋里，却被告知电力设备出了问题，不能使用电脑，也不能通信，需要两块宝石才能修复，但不知宝石在哪里。于是我就在这个岛上随便逛逛，到了岛屿的北部，发现一个山洞。里面有温泉，走到温泉的中心可以让精灵恢复体力。与旁边一个老大爷对话还能得到特技06碎石。继续向北，发现一座山。好奇心驱使着我继续前进。在山顶终于遇到了传说中的精灵火焰鸟，经过一番大战，终于收服了它。之后回到码头，现在可以去2号岛屿了。一路狂飙来到2号岛，在岛上的游戏中心里有人告诉我他的女儿去3号小岛采集果实，至今未归，他很担心。助人乃快乐之本，我答应帮他寻找小女孩。在小岛北部有一间小屋，如果把一开始选的主兽（妙娃种子、小火龙和杰尼龟）放在首位，那么里面的人会教给它们新的3招必杀技（暴烈燃烧、水柱加农炮和硬化植物，威力150，命中90，攻击完后一会合不能动）。继续去坐快艇狂飙到3号岛。一上岛就发现一伙飞车党在瞎逛。来到村庄后发现飞车党与村民起了争执，于是我上去劝解。没想到飞车党居然把矛头指向我，来者不惧，我将他们一一打败，他们只好遗憾地离开村庄。一路左行进入树果森林。到了最深处终于找到了小女孩，但他她却一动不动。这时突然跳出一只素利柏，原来是它在用超能力捣鬼，我一下解决了它，之后小女孩得救，与她父亲说话会有奖励的（如果不说话是无法发展剧情的）。我也回到了1号小岛，被一个人送回了绿岛。现在只差常磐市的道馆没有去过了，飞到常磐市，发现道馆的门已经打开。馆主不是别人，正是**老大阪木！他的实力这时已经强了很多，要小心应对。战胜他后得到绿色徽章。然后与他说话，他消失了，在原位可以找到装备在精灵身上努力值加倍的道具。我现在已有了8枚徽章，可以去挑战精灵联盟了。途中再次遇到对手，正好试试自己的实力。经过了一路的徽章检查，我进入冠军之路。这里需要将石头推到白色的装置上打通道路。经过一路颠簸，终于来到了目的地—精灵联盟。在pc屋恢复体力并购买了必要的道具之后，我进入小精灵联盟，向四大天王发起了最后挑战。在艰难战胜了四大天王之后，却被告知对手已经先我一步战胜了四大天王，如果我想成为新一任的口袋霸者，必须再战胜对手。事已至此，只能硬着头皮上了，经过最后的决战，我终于成为了新一任的口袋霸者。大木博士得知我成为了新一任的口袋霸者，带我进入了口袋殿堂，只有强者才能进-很辛苦，加分吧