第二部？超世代？丰缘联盟
ag01.新的大地！新的冒险！（小遥加入，并得到新人用火稚鸡）ag02.古代神奇宝贝与神秘军团！ag03.橙华道馆对抗过动猿！（小胜加入）ag04.傲骨燕多多！危险多多！在橙华森林收服它！（小智收服傲骨燕，小刚归队）ag05.蛇纹熊与短裤少年！小遥的第一场战斗！ag06.**！疯狂乱抓，再见了！（武藏的阿柏怪、小次郎的双弹**离队，小次郎得到沙漠奈亚）ag07.木守宫的森林！保护大树！（小智收服木守宫）ag08.饭匙蛇对抗木守宫！必杀的拍击攻击！（武藏收服饭匙蛇）ag09.怪奇！蘑蘑菇大宅之谜？ag10.史上最强的大嘴鸥？ag11.大狼犬与土狼犬，进化的神秘 ag12.莲叶童子与花店三姊妹（小刚获得莲叶童子）ag13.神奇宝贝华丽大赛！狩猎凤蝶的华丽战斗！ag14.双打比赛，捕捉刺尾虫（小遥和武藏各收服一只刺尾虫）ag15.用功 神奇宝贝训练家培育学园！ag16.卡那兹道馆！朝北鼻的秘密武器！（皮卡丘学会铁尾，小智得到岩石徽章）ag17.得文制造有限公司！水舰队之影！ag18.哈奇老人与长翅鸥小皮！ag19.逃离巨牙鲨之岛！ag20.武斗道馆！冲浪的道馆训练家藤树登场 ag21.刺尾虫对刺尾虫！到底是哪一只?ag22.大吾！可可多拉和波士可多拉 ag23.海边的捣蛋鬼—龙虾小兵登场！（小智收服龙虾小兵）ag24.奔跑吧小智！越过利牙鱼之河！（小遥的刺尾虫进化成甲壳蛹，武藏的刺尾虫进化成盾甲茧）ag25.秘密之池！好多水跃鱼（小刚收服水跃鱼）ag26.长鼻叶族的袭击 ag27.火岩队对抗水舰队，秘密基地的战斗！ag28.狩猎凤蝶与毒粉蝶！进化之后！（小遥的甲壳蛹进化成狩猎凤蝶，武藏的盾甲茧进化成毒粉蝶）ag29.勾魂眼的惊奇 ag30.格斗少女与玛沙那！暴风雨之中！ag31.武斗道馆再战！乘浪的战斗场地！（小智得到拳击徽章）ag32.废弃之船！悄悄靠近的影子 ag33.小遥的劲敌！特训！神奇宝贝华丽大赛！ag34.最初拿到的神奇宝贝，大混乱！ag35.小遥！初次挑战神奇宝贝华丽大赛！ag36.保护海之博物馆，火岩队的袭击！ag37.美女与野兽?狡猾天狗和乔伊小姐 ag38.正电拍拍和负电拍拍！山上的灯塔！ag39.唱歌吧！机械屋！ag40.紫堇道馆！铁千的**战斗！（小智得到电力徽章）ag41.木守宫的新绝招！西瓜园的种子**（小智的木守宫学会种子**）ag42.电萤虫与甜甜莹！爱的舞蹈！ag43.飞吧，宝贝龙！朝向明天！ag44.小霞登场！波克比和梦幻王国！（小霞归队）ag45.海市蜃楼的那边 波克比的乐园！（小霞的波克比进化成波克基古；波克基古离开小霞；小霞离队）ag46.胜利家庭！4对4！ag47.向尾喵和散播芳香（小遥收服向尾喵）ag48.猫鼬斩vs饭匙蛇！劲敌对决 ag49.小胜vs小胜！守护溜溜糖球！ag50.神奇宝贝华丽大赛 秋叶大会！ag51.vs恰雷姆，华丽大赛的战斗（小遥得到缎带）ag52.正电拍拍和负电拍拍，修行之道 ag53.向尾喵和“有样学样”的呆火驼牧场 ag54.再次遇见火岩队&水箭队！烟囱山作战！ag55.新人道馆训练家—亚莎 全是洞的战斗场地 ag56.热血徽章！用燃烧的战斗得到它！（小智得到烈焰徽章）ag57.好多晃晃斑！找寻山另外一边的幸福 ag58.闯越钢之谷！煤炭龟vs大钢蛇（小智收服煤炭龟）ag59.紫堇道馆再度vs 雷电兽！ag60.向尾喵与优雅猫！传说的协调家登场！（小遥的向尾喵学会暴风雪）ag61.蒙面的出场者?魅影登场！ag62.绿茵镇 神奇宝贝华丽大赛！（小遥得到缎带）ag63.太阳岩和莲帽小童！神圣森林的传说！（小刚的莲叶童子进化成莲帽小童）ag64.青绵鸟的天空！小遥的心！ag65.溶食兽击退大作战！ag66.一触即发！爆音怪vs森林蜥蜴（小智木守宫进化成森林蜥蜴）ag67.跳舞的战斗！乐天河童！ag68.爸爸是偶像！假冒的道馆馆主！ag69.橙华道馆的危机！家庭的危机！ag70.橙华道馆战！第五个徽章！（小智得到天秤徽章）ag71.大木博士和小田卷博士！秘密基地之战！ag72.双人合作赛，小智 vs 小遥！ag73.禁忌森林的国王 妙蛙花！（小遥得到妙蛙种子）ag74.妙蛙种子和妙蛙种子！夺回宝贝球！（小智的妙蛙种子归队本集结束后离队）ag75.对决！巨大鲶鱼王 ag76.天秤偶和雾中的遗迹！ag77.强敌！妈妈级协调训练家登场！ag78.神奇宝贝华丽大赛 长寿大会！ag79.跳跳猪在找的东西！ag80.首度挑战！空中竞技 神奇宝贝圆环！（小智傲骨燕进化成大王燕）ag81.怨影娃娃之宅！ag82.森林格斗王！力壮鸡vs斗笠菇（小遥的火稚鸡进化成力壮鸡）ag83.天气研究所的漂浮泡泡！ag84.茵郁市的羽毛嘉年华！（小次郎得到风铃铃）ag85.茵郁道馆！天空之战！（小智得到白羽徽章）ag86.喷火驼载着电影来！ag87.神秘！从宇宙来的神奇宝贝！ag88.香蕉懒人翁园的卡比兽！ag89.皮卡丘加入**！ag90.抵达水静市！能量方块和回转攻！ag91.神奇宝贝华丽大赛 水静大会！（小遥得到缎带）ag92.那三只登场，裁判学校之岛！ag93.珍珠贝和跳跳猪！寻找珍珠！ag94.古空棘鱼与深海的秘宝！ag95.猎斑鱼与樱花鱼！进化之谜！ag96.肌肉对战！双打比赛！ag97.固拉多vs盖欧卡！（前篇）ag98.固拉多vs盖欧卡！（后篇）ag99.枫和南！宇宙中心之战！ag100.绿岭道馆！太阳岩与月石！（小智得到心灵徽章）ag101.大海的男儿！四天王源次登场！ag102.诸星博士之岛！化石神奇宝贝出现！ag103.伊扎贝岛 神奇宝贝华丽大赛！（小遥得到缎带）ag104.封印巨大念力土偶吧！ag105.大嘴娃恋爱了！乐天河童的花道！（小刚的莲帽小童进化成乐天河童）ag106.大颚蚁和超音波幼虫！梦幻之湖！ag107.阿勃梭鲁！悄悄靠近的灾难之影！ag108.收服雪童子吧！（小智收服雪童子）ag109.拯救拉鲁拉丝！小胜快点！ag110.琉璃市！水之艺术师·亚当！（前篇）ag111.琉璃市！水之艺术师·亚当！（后篇）（小智得到雨滴徽章）ag112.直冲熊！友情的形式！ag113.幻岛的小果然翁 ag114.滚动吧！恋爱的顿甲 ag115.混战、混乱！神奇宝贝华丽大赛 暮水大会（前篇）ag116.混战、混乱！神奇宝贝华丽大赛 暮水大会（后篇）（小遥得到缎带）ag117.用小遥美食收服小卡比兽！（小遥得到小卡比兽）ag118.劲敌登场！政宗和铁哑铃 ag119.怪盗班纳伊与缎带奖杯 ag120.小智与小遥，在丰缘**的激烈战斗 ag121.开幕！大型庆典（1）！ag122.热斗！大型庆典（2）！ag123.决战！大型庆典（3）！（小智的雪童子进化成冰鬼护，小遥止步凯那华丽大型庆典前8强）ag124.来野外求生吧！ag125.抵达彩幽市！穿着长靴的喵喵！ag126.预赛开始！政宗登场！ag127.开幕！彩幽大会！ag128.通往决胜锦标赛！战斗白热化的日子！ag129 然后…不能输的战斗依然持续！ag130 劲敌对决！vs政宗 ag131.最后的激战！通往优胜之路！（小智止步彩幽大会前8强）ag132.亚希达先生与对战开拓区！ag133.大木研究所！全员大集合！（小霞归队，小遥得到杰尼龟，小智的小小象归队，小智的煤炭龟和冰鬼护寄放在大木处）
对战开拓区
ag134.月见山！皮宝宝与皮皮与皮可西！（小霞离队）ag135.第一战！对战工厂！（前篇）（小智的喷火龙归队并学会过热）ag136.第一战！对战工厂！（后篇）（喷火龙离队，小智得到知识象征）ag137.大岩蛇的王国！ag138.胖丁的歌，爸爸的歌！ag139.劲敌对决！收服风速狗！ag140.忧郁的可达鸭！ag141.狃拉与吸盘魔偶！哪一家餐厅！ag142.进化的神秘与奇迹！ag143.神奇宝贝华丽大赛 金黄大会！（前篇）ag144.神奇宝贝华丽大赛 金黄大会！（后篇）（小遥得到缎带）ag145.格斗道场！小智vs小遥 ag146.超能力系vs幽灵系！深夜中的决斗！ag147.魔尼尼登场！豪华大宅邸！（小次郎的风铃铃离队，同时得到魔尼尼）ag148.水跃鱼与绵绵！恋爱的特效药！（小刚的水跃鱼进化成沼跃鱼）ag149.对战竞技场！格斗对决！（卡比兽归队本集结束后离队，小智获得毅力象征）ag150.抚养家老板与神奇宝贝蛋！（小遥得到蛋，皮卡丘学会伏特攻击）ag151.上班族的劲敌？（小遥得到缎带）ag152.**龙之湖！ag153.对战巨蛋！火焰与水的融合（小智得到战术象征）ag154.震撼！吃惊！**怪（小智的小小象进化成顿甲）ag155.神奇宝贝保育家登场！拯救雪拉比作战 ag156.爱哭树与忍者学校（小刚收服爱哭树）ag157.穿越时空的小遥（小遥的蛋孵化成伊布）ag158.激战对战水管，vs蛇道女王小蓟！（小智得到运气象征）ag159.优胜在谁的手中？越野识途比赛 ag160.小卡比兽的处女战！与哈利一决胜负！ag161.森林蜥蜴vs热带龙！草原的决斗！（小智的森林蜥蜴进化成蜥蜴王）ag162.神奇宝贝华丽大赛 让叶大会！（小遥得到缎带）ag163.蜥蜴王！复活的拂晓！ag164.激斗！对战宫殿！（小智得到精神象征，小智的蜥蜴王学会阳光烈焰）ag165.爱哭树国王与魔尼尼女王？ag166.摩天大楼的红色闪电 ag167.决胜战，小遥vs小刚！（小遥得到缎带）ag168.迷唇娃与迷唇姐三姐妹 ag169.对战塔之脑，莉**场 ag170.对战塔，心传心的战斗（小智得到才能象征）ag171.神奇宝贝保育家，代欧奇希斯，危机 ag172.胡说树！黄金传说 ag173.哈利&**！结成反派同盟 ag174.小遥vs武藏！最后的华丽大赛（小遥得到缎带）ag175.**解散？各自的道路 ag176.以商标战守护尼比道馆 ag177.对战金字塔！对抗雷吉洛克 ag178.惊异！巨大请假王之山 ag179.开幕！华丽大型庆典！ag180.小遥vs哈利！用双打比赛登上舞台！ag181.小遥vs小瞬！最后的战斗！（小智收服长尾怪手，小遥的力壮鸡学会过热，小遥止步石英华丽大型庆典前4强）ag182.长尾怪手与国王！ag183.聒噪鸟与神奇宝贝相声 ag184.袭击！出走的玛狃拉！ag185.再度挑战金字塔！vs雷吉斯奇鲁！（煤炭龟归队本集结束后离队，煤炭龟学会热风）ag186.小遥vs小瞬！永远的劲敌！（小遥的狩猎凤蝶学会幻象术）ag187.神奇宝贝中心大忙碌！ag188.最初的神奇宝贝！最后的战斗！（妙蛙种子，杰尼龟，喷火龙归队，喷火龙学会钢翼）ag189.决战！vs雷吉艾斯！（妙蛙种子，杰尼龟，喷火龙离队，小智得到勇气象征并成为对战开拓区制霸）ag190.小智vs小遥！最后一战（小遥的力壮鸡进化成火焰鸡）ag191.旅行的结束，就是旅行的开始！（小遥、小胜、小刚离队，小智的除皮卡丘和长尾怪手以外的神奇宝贝都放在大木研究所）