二周目攻略相关，神兽捕捉+图鉴升级+神奥三神道具+联动工厂+冠军再战：
随着一周目的结束，主角也就会到了自己家，但这正意味着新的旅途的开始。下楼后，会出现2个妈妈！她们会说起你碰到了2只传说中pm的事情。下面一个妈妈脱掉伪装露出了自己的真面目，原来他是神奥的国际**handsome。（汉森）
他会赞扬主角和馆主的活跃，使等离子团的城堡毁灭了，部下散的散逃的逃。但是七贤者依然潜伏在伊修**的各个地方，所以冠军你参与汉森的调查。同意协助他调查，得到超级钓竿。handsome介绍钓竿用法后离开。随即你就要去寻找六位贤者….
出门后遇到两位劲敌。于是乎图鉴升级
升级图鉴之后，基本只剩下支线剧情.
来到第四个道馆的城镇，有很多设施的那个.
（精灵中心上面的左边一座民宅一楼左边的人可以拿秘传04怪力）
往右走过一段路到一座桥上，会遇到三个瞬移男，他们会给你金刚石，白玉，白金玉
之后瞬移离开。继续走会遇到一个研究所，该研究所是与前作联动的捕获地点，
之后，研究院看见你身上有所有的勋章。然后惊讶了一番，便请你使用机器
（dp，pt，hgss)的pm传送过来，但是pm身上不能携带道具。往右走过一座城市直接往右上出去，然后往上，在去新城市的门口找左边度假的少女谈话拿到秘传机器06潜水！在深的地方可以潜水，但只能去海底遗迹。海底遗迹在该城市右边海域
在上面的房子里可以遇到前作的冠军希罗娜，选是对战！她的pm是lv.75的鬼盆栽，路卡里欧，no.134，美娜斯，no.110，lv.77的地龙鲨。战胜后她对话里提到了骑拉帝纳，难道。季节变化后可以和她再战。二周目回到电气石洞穴
在电气石洞穴往右走冲浪来到一个新的洞穴，这个时候就需要闪光术了.
一路向前，看到一个老人，老人会给你讲述一树地区的传说，然后在洞内，可以遇到其中一只lv42的传说精灵，华丽捕获之。捕获之后老头会再一次走过来和你阐述另外两件事，随后离开
去第八个道馆的城市，往右到达11号道路。然后过了2个城市后，在下一条道路从下边过去，冲浪，到达一个大洞穴，入口往前面就可以看到出口。用怪力可以使你出来。出来后看到的是一片草丛，往右边走，到右边最下方一个小水沟？前，会听到一声pm的吼叫，场景突然切换成雪地。从右上方的山洞进去，里面一只pm正在等着你。lv75的一只pm，估计是下次资料片的主角神兽。华丽捕获之
捕获后出去会发现景色恢复了原样。在第二个道馆往左到达的那座有2个岔路的森林，上面那条路，右边有条隐藏的小道。进去后，在最后会看到一个树洞。如果你完成了导之间的任务（那只蓝色精灵），那么堵住路的石头会解开。在最深处见到草系的那只精灵，lv42,捕获！还记得有个古代之塔最上面有个楼梯没探索过么？前往古代之塔，一进去博士会出来，看到你，并且告诉你这些雕像可能是2500年前的pm。进去探索吧。到最底层往右走，进去。这时候你会看到一个等离子团的喽啰，他会逃走，追上去！之后把他逼到逃无可逃，他会和你开打，使用的pm是64级的恶鳄鱼。打败他后他会吐露出七贤者在这里找传说中的pm并且让路。继续深入.
途中有个七贤者之一人会给你冥想，并且告诉你一周目最后被带走那个大贤者在这里寻找过传说中的pm。汉森（handsome)赶到，把他也带走了。并且告诉你七贤者还有5个人。进去看到他说的那只pm，lv70，捕捉它！它是可以用来生蛋的，你可以用电气石洞窟里捕获的电系虫子试试。会生出另外一只pm。从精灵联盟往下走回到冠军之路，在右边那个房间往左下楼，到下面用怪力术推岩石，之后往左。会看到一个洞穴，进去之后三只42级神兽的最后一只在里面等你。捕捉它吧！在电气石洞穴的某处可以找到七贤者之一，对话后出来2个等离子团残党，他们拿的pm都是63-64的，小心应战。战斗胜利后会给你技能机器69岩切，之后英俊哥又把他带走了。还有4个人。再去飞行系道馆找馆主那座塔，路上风雨交加，在上面遇到冠军，他会欢迎你来联盟挑战，之后离开。那条风雨交加的路往右走，路过一间房子会有个老太太出来叫住你，和你讲伊修传说中的pm的故事。（no.641/642)出门发现它出现在你面前，之后迅速飞走了。风雨也会停止。之后你只要按照早上在地图下半面晚上在地图上半面找风雨交加有点昏暗的路就可以随机遇到。六贤者寻获地点：
前往六号道路，来到磁石山洞，走到最深处，碰到贤者和等离子团，战斗等级lv60+，继续泪目。战胜后得到技能机器69。lt;ol2.前往一号道路,向左边冲浪前进前往18号道路，顺道拣到技能机06，到达一个岛屿，前往最左下部就可以遇到，会赠送技能机32，沿途可以拣到密传机05攀瀑布，在小屋内还可以领取火蛾退化的蛋一只。3.前往サンヨウシティ市右侧的梦之遗迹，从右侧不需要砍树的地方进入地下，在对付大量训练师后穿过地下可以见到贤者，赠送技能机75。贤者离开后继续探索可以得到技能**5。4.前往古代之城，门口撞到博士，博士解释了外头的雕像其实都是火狒狒，并交给主角唤醒它们的道具。进入古代之城，前进到地下可以碰到等离子团，探索到深处发现贤者，赠送技能机04，其身后门内有lv70的火蛾。周围探索可以找到技能机26。5.前往14号道路，使用刚才得到的攀瀑，可以找到贤者（话说那句海内存知己，天涯若比邻-），赠送技能机08。6.前往ホドモェシティ市左下建筑工地冷藏库，左上老地方，可以找到贤者，赠送技能机01。复制代码
二周目的天王资料：
第一个天王使用鬼系pm，分别是no.69,no.99,no.115,no.129(lv73)，鬼气球，雪女。第二个天王使用恶系pm，分别是巨牙鲨，no.59,no.16,no.66,no.131(lv73)，**蝎。第三个天王使用超能力系pm，分别是no.85,no.24,no.67,no.82（lv73)，灵铜钟，巨金怪。第四个天王使用格斗系pm。分别是斗笠菇，no.44,no.45,no.40,no.126（lv73），毒骷蛙。一周目通关并正常进入二周目剧情之后即可捕捉到前作精灵！铁甲蛹：白：12号路巴大蝴：白：12号路摇草铁壳昆：黑：12号路大针蜂：黑：12号路摇草拉达：梦之遗迹深色草地大嘴雀：15号路穿山王：古代之城b6f～b7f皮皮：巨大洞**部草地皮可西：巨大洞**部草地摇草六尾：丰饶之社九尾：丰饶之社摇草胖丁：14号路胖可丁：14号路摇草大嘴蝠：巨大洞穴、13号路派拉斯：白：11号路大量出现末入蛾：梦之遗迹外部深色草地哥达鸭：集落之桥、11号路、14号路猴怪：15号路大量出现蚊香蝌蚪：冠军之路1f钓鱼、巨大洞穴钓鱼、地下水脉之洞钓鱼、6号路钓鱼、修行岩屋b3f钓鱼蚊香蛙：冠军之路1f钓鱼、巨大洞穴钓鱼、地下水脉之洞钓鱼、6号路钓鱼、修行岩屋b3f钓鱼快泳蛙：冠军之路1f漩涡钓鱼、巨大洞穴漩涡钓鱼、地下水脉之洞漩涡钓鱼、修行岩屋b3f漩涡钓鱼隆隆石：修行岩屋烈焰马：12号路呆呆兽：丰饶之社冲浪呆河马：丰饶之社漩涡冲浪大葱鸭：1号路大量出现嘟嘟：12号路大量出现小海狮：巨大洞穴冲浪白海狮：巨大洞穴漩涡冲浪大舌贝：涟漪湾钓鱼、13号路钓鱼、涟漪镇钓鱼铁甲贝：涟漪湾漩涡钓鱼、13号路漩涡钓鱼、涟漪镇漩涡钓鱼大岩蛇：古代之城b6f～b7f大钳蟹：帆漩市钓鱼、4号路钓鱼、13号路钓鱼巨钳蟹：帆漩市漩涡钓鱼、4号路漩涡钓鱼、13号路漩涡钓鱼蛋蛋：18号路大量出现嘎拉嘎拉：15号路大舌头：修行岩屋蔓藤怪：巨大洞穴、13号路袋龙：15号路墨海马：p2实验室钓鱼、18号路钓鱼、17号路钓鱼海刺龙：p2实验室漩涡钓鱼、18号路漩涡钓鱼、17号路漩涡钓鱼角金鱼：三阳市钓鱼、矢车森林内部钓鱼、3号路钓鱼、11号路钓鱼、14号路钓鱼、丰饶之社钓鱼、迷路森林钓鱼金鱼王：三阳市漩涡钓鱼、矢车森林内部漩涡钓鱼、3号路漩涡钓鱼、11号路漩涡钓鱼、14号路漩涡钓鱼、丰饶之社漩涡钓鱼海星星：13号路冲浪宝石海星：13号路漩涡冲浪迷唇姐：巨大洞穴中大甲：12号路乘龙：集落之桥漩涡冲浪百变怪：巨大洞**部草地迷你龙：龙螺旋之塔外侧钓鱼**龙：龙螺旋之塔外侧钓鱼、龙螺旋之塔外侧漩涡钓鱼尾立：7号路大量出现猫头夜鹰：丰饶之社安瓢虫：梦之遗迹外部深色草地、梦之遗迹b1f深色草地阿利多斯：梦之遗迹外部深色草地、梦之遗迹b1f深色草地叉字蝠：巨大洞穴外摇草、13号路摇草灯笼鱼：帆漩市钓鱼电灯怪：帆漩市漩涡钓鱼牛蛙君：6号路漩涡钓鱼向日种子：12号路向日花怪：12号路摇草阳阳玛：14号路大量出现黑暗鸦：黑：丰饶之社河马王：丰饶之社漩涡冲浪梦妖：白：丰饶之社榛果球：16号路大量出现土龙弟弟：12号路天蝎：11号路、15号路千针鱼：p2实验室漩涡钓鱼、18号路漩涡钓鱼、17号路漩涡钓鱼壶壶：14号路赫拉克罗斯：12号路狃拉：巨大洞穴中、巨大洞穴深处长毛猪：巨大洞穴太阳珊瑚：13号路漩涡冲浪、涟漪镇漩涡冲浪铁炮鱼：涟漪湾钓鱼章鱼桶：涟漪湾漩涡钓鱼、涟漪镇漩涡钓鱼信使鸟：巨大洞穴中、巨大洞穴深处巨翅飞鱼：涟漪湾（春～秋）漩涡冲浪、涟漪镇漩涡冲浪戴鲁比：黑：9号路大量出现刺龙王：p2实验室漩涡钓鱼、18号路漩涡钓鱼、17号路漩涡钓鱼惊角鹿：丰饶之社图图犬：5号路大量出现巴尔郎：10号路大量出现沙基拉：15号路班吉拉：15号路摇草大王燕：巨大洞穴外、13号路长翅鸥：涟漪湾冲浪、13号路冲浪、涟漪镇冲浪大嘴鸥：涟漪湾冲浪、13号路冲浪、涟漪镇冲浪蘑蘑菇：黑：11号路大量出现勾魂眼：修行岩屋大嘴娃：修行岩屋正电拍拍：黑：6号路大量出现负电拍拍：白：6号路大量出现电萤虫：黑：3号路大量出现甜甜萤：白：3号路大量出现利牙鱼：集落之桥钓鱼土狼犬：白：9号路大量出现巨牙鲨：集落之桥漩涡钓鱼吼吼鲸：涟漪湾漩涡冲浪、涟漪镇漩涡冲浪吼鲸王：涟漪湾漩涡冲浪七夕青鸟：14号路猫鼬斩：集落之桥、11号路饭匙蛇：集落之桥、11号路月石：巨大洞穴、13号路太阳岩：巨大洞穴、13号路泥泥鳅：雪花市钓鱼、8号路钓鱼、雪花湿原钓鱼鲶鱼王：雪花市漩涡钓鱼、8号路漩涡钓鱼、雪花湿原漩涡钓鱼念力土偶：古代之城b7f笨笨鱼：1号路钓鱼美纳斯：1号路漩涡钓鱼怨影娃娃：13号路大量出现热带龙：14号路风铃铃：丰饶之社阿勃梭鲁：巨大洞穴外、13号路小果然：2号路大量出现海豹球：涟漪湾（冬）冲浪海魔狮：涟漪湾（冬）漩涡冲浪帝牙海狮：涟漪湾（冬）漩涡冲浪珍珠贝：4号路钓鱼猎斑鱼：黑：4号路漩涡钓鱼樱花鱼：白：4号路漩涡钓鱼古空棘鱼：4号路漩涡钓鱼爱心鱼：帆漩市钓鱼、涟漪湾钓鱼、4号路钓鱼、13号路钓鱼、涟漪镇钓鱼金属怪：巨大洞**部草地巨金怪：巨大洞**部草地摇草、巨大洞**部草地摇草大尾狸：集落之桥音箱蟀：梦之遗迹外部深色草地、梦之遗迹b1f深色草地三蜜蜂：12号路蜂后：12号路摇草泳气鼬：11号路冲浪、14号路冲浪浮潜鼬：11号路漩涡冲浪、14号路漩涡冲浪樱花儿：12号路附和气球：巨大洞穴外、13号路、14号路梦妖魔：白：丰饶之社摇草乌鸦头头：黑：丰饶之社摇草青铜钟：丰饶之社利欧路：修行岩屋b2f～b3f萤光鱼：p2实验室钓鱼、18号路钓鱼、17号路钓鱼霓虹鱼：p2实验室漩涡钓鱼、18号路漩涡钓鱼、17号路漩涡钓鱼小球飞鱼：涟漪湾（春～秋）冲浪、涟漪镇冲浪巨蔓藤：巨大洞穴外摇草、13号路摇草天蝎王：11号路摇草、15号路摇草象牙猪：巨大洞**部草地摇草（没有在列表中的前作精灵说明无法正常野生捕捉、需与前作联动）