第一章：进入地点
戈登・弗里曼搭上了前往17号城市的列车，睡梦中再次见到了g-man，呼唤着他前去战斗，继续扮演拯救世界英雄的角色。列车到站后在月台看到护卫队在严格的检查，大屏电视里播放着布林博士的讲话，他曾是弗里曼的上司，黑山研究基地的负责人。往前走是候车室，穿过检票口，护卫队员会让出一条道路，跟着一个家伙进入一间警卫室，在里面遇到了老相识巴尼，他是黑山基地的同事，如今潜伏在护卫队做**。交谈的时候发生状况，弗里曼连忙跑到隔壁的仓库躲藏。由木箱爬到二层平台，从窗户跳到外面的小院，推门进去回到车站大楼。穿过走廊有名护卫队员难为弗里曼，把易拉罐扔在地上让他拾起来，按e键拿取，然后把它放到垃圾筒里。穿过大厅和走廊来到市区的广场，高塔的电视墙还在播放布林的讲话，沿着街道往右转，在胡同里找到一只垃圾箱跳上去，爬梯子跳到一侧的平台，越过栏杆跳到里面的胡同。左侧有护卫队盘查路人，往右走是个死胡同，往左边的门进入一幢居民楼里。楼里又在进行大搜捕，居民们愁眉苦脸又无可奈何，穿出几户民居到达走廊另一端的楼梯间，上楼进入房间，这里是反抗军所在的地方，在他们的掩护下弗里曼往上面的阁楼跑去。身后的敌人紧追不舍，跑出阁楼跳到对面的楼顶，利用烟囱避开敌人的**，绕圆塔边沿走过去，继续沿着屋檐跑，在尽头由窗户跳到房间里。下楼梯遇到护卫队，手无寸铁的弗里曼在攻袭下昏迷过去。醒来后看到一位女子，原来她是伊莱博士的女儿爱莉克斯，跟着她一直走进入电梯，稍后来到克莱纳的实验室。第二章：“好日子”
克莱纳打算用时空传送机将弗里曼送往伊莱的基地，巴尼赶来后进房间为弗里曼准备好了防护服，不过被克莱纳的宠物拉玛吓了一跳。穿上防护服后到前面墙上的恢复点充荷电能，进入克莱纳打开的铁门进入传送实验室。爱莉克斯首先进行传送，弗里曼站到右墙边的插座前待命，不久插头掉落，用手拾起来将它插好，扳动开关后爱莉克斯成功地传送到了伊莱身边，不过在弗里曼传送时拉玛搞坏了机器，看来只好自已前往黑山基地东区了。开始位于发电场的一处平台，跳下去跑到院落对面找楼梯上去，穿过铁门看到巴尼出现在上面的平台，拾起他扔下来的橇棍，这就是弗里曼最初的武器。往前用橇棍打碎木栅，下楼走一条走廊来到车站，这里要经由列车车厢跳到车站的对面。从断掉的天桥跳下去，迅速往左边跑跳入车厢，用橇棍打碎箱子，从另一边跳落轨道，这时有一辆列车驶来，快速往右跑躲在另一辆列车后，往前跳到另一辆列车，由梯子爬到车厢上方，飞身跳到下一只车厢，由此跃过铁网进入前方的走廊。第三章：运河航道
沿着走廊走下楼梯，远方传来呼救声，跑过去看到两名护卫队员正在欺负一对夫妇，上前用橇棍将他们解决掉拾到**，沿楼梯一路杀上去来到平台，往前站到梯子上等火车驶过来跳上车厢，在进入隧道前往左跳到平台上。身后这时会有追兵，射杀他们后用橇棍打碎屋门的栅条，穿过屋子到后院，杀掉平台的敌人，绕到屋子一侧找弯曲的铁网翻越过去，沿着铁道旁的平台走到尽头，在一只集装箱的下面找到一条暗道，爬过去到达屏障另一边的平台，由铁网的缺口跳到轨道旁，避开呼啸而过的列车，沿铁路线前行有一处警卫室，台阶上的敌人会**桶下来，灵巧地躲开后冲上前将他们杀掉，穿出警卫室找到楼梯间上过桥，到达铁路线的对面杀掉伏兵，由楼梯间下去到平台，跳到铁路上沿右侧行进杀掉前面的敌兵，墙边有恢复点和补给可拿。右侧的通道有一条河流，跳下去游到前面有一辆客车，爬到车厢上面由天窗跳到里面，在这里遇到反抗**员，弗地岗人为弗里曼的防护服补充电能。由打开的车门沿河道前走，前面堆放着零乱的垃圾，沿途用橇棍清除障碍，然后遇到一种藤壶怪的东西，碰到垂下的细绳会被它粘住吸食，对付的方法是往上面投掷箱子等废物，等它吸上去的时候迅速闪过去，当然也可以用枪射击，这样会浪费一些**。爬过垃圾区看到一条管道里呼救的反抗**员被枪杀，右转看到平台上有一些**，迅速钻入墙壁的管道爬到尽头到房间，从箱子里拿到一些补给，由竖梯爬上去由背后杀掉**手，控制**朝蜂涌而来的敌人扫射。将敌人消灭后走右侧的平台，有一处平台断掉了，射击上方平台的油桶会有一块铁板被炸下来铺通道路。往前跳入河道爬过一堆废弃的水泥管，头顶还会有些藤壶怪，往前是一个大水池，跳入水中往左进入管道，在下一个房间里会有油桶被敌人扔下来，这时马上沉入水底等**结束再上去，这时旁边的铁栅门被炸开，穿出管道回到河道里。越过栅门往前是一座桥梁，上面有几名伏兵，引爆桥下的油桶将桥炸塌，然后由桥底穿过去看到一座两洞桥，土堆的上方有一条小洞可以爬进去，在桥底吸附着一群藤壶怪，将角落的铁桶和轮胎快速扔下去，等绳子全部升起来后跑过去。跳入水中游过去，这时会有油桶落下来，避开后射击桥梁上的油桶消灭伏兵，过桥后前面水域有很多的木板，先游到尽头跳上木板，然后沿逆时针跳过去进入尽头的水管。爬出水管是地下室，地上有一块木板搭在水管上，在房间里收集铁块全部放到木板的左侧，这样木板翘起一端正对着右侧的平台，沿木板跑上去纵身跃到平台上穿出隧道。前方的河道被一架猎捕直升机封锁，沿河道快跑(左shift)过去迅速上台阶，沿平台绕过去找到铁门，将门前的杂物清除掉进去。沿盘旋楼梯下去是一片排水沟，先在水沟里收集补给，在两处排水出口会看到一些藤壶怪，将附近的轮胎和铁桶沿斜坡丢下去，迅速跑下去跳到左边的栏杆里，找到通道继续前走。找到出口来到外面河道的平台，避开直升机的扫射往左跑，由洞口进入一片地下迷宫。沿地道前行，障碍物用橇棍清除掉，在一间屋子里遇到一名反抗军，他为弗里曼打开前方的大门，不想有几只飞锯攻进来，拨枪将它们射落后在房间收集补给，在平台上可以找到不少的**和急救包。出屋沿迷宫通道走还会遇到一些飞锯，穿出迷宫下梯子来到一条水渠通道。往前走找到一间充满水的房间，正中是旋转的十字形木轮，跳到水里往左找到一条管道游进去，途中有竖井浮上去换气，游到尽头沿竖井浮上去跳到通道里，出通道是一条隧道，正中是一条巨大的蒸汽管道，左转沿隧道走到尽头射杀几名敌人，跳上管道一直走，在转弯处有阀门不时喷出蒸气，空中还垂有藤壶怪的绳子，小心不要被伤到。走到管道的末端往右看到一处凹室，跳下去打开手电筒找到一条通道风，爬进去跳入水道游到尽头，发现已经来到木轮水房的另一侧。爬上岸看到前方有名敌人，卡车上的油桶这时滚落下来，跳入水中等**结束再上岸，射杀敌人往右转，在墙壁找到通道进去，打落几只飞锯往前进入昏暗的房间，用手电筒找到一条通风道，沿着它爬到一间堆满油桶的房间。先将空中的飞锯打掉，高兴的话引爆油桶会引起一场壮观的**，飞锯也会随之灰飞。这间仓库的下方是水池，水面上方有一条管道通往相邻的房间。先爬梯子跳到空中的管道，往左走蹲下右转，到管道尽头往前跳落平台上，穿出去是布满水管的房间，沿管道往下方跳，注意要跳到双排的白色管道上面，沿着它可找到一只阀门，转动阀门往三个相通的房间里放水，等水位升起后返回到方才的仓库，跳到水中游入管道进入相邻的房间，对面的平台还上不去，潜入水底用橇棍打碎木板会有两只木轮浮上来，爬到轮子上跳到对面的平台上。穿出走廊是一条水渠，由梯子爬上平台沿搭着的木板走跳到**渠里，沿水渠走往左攀上平台，进入走廊看到一座圆形的建筑，由竖梯爬上去沿着木板走过去跳落地面，出门后沿水渠继续走，进入通道与反抗军接头，在这里爱莉克斯用无线电联络反抗军为弗里曼提供必要的帮助。在屋子里收集补给，出去后是零乱的小院，不久会有炮弹砸落地面，一种叫猎头蟹的怪物从里面爬出来埋伏在各处，对付它最好的武器是橇棍，等它扑上来的瞬间可一击将它**，如果用枪的话就费力多了。杀掉几只猎头蟹往前走，地上有被污染的水流不要踏上去，尽管穿着防护服，沾到这些水源也会损耗hp的。转到下一院落看到空中垂落的电线，由带电的集装箱穿过去，杀掉几只怪物由木板进入一处建筑的通道里，在里面遇到接应的反抗军，她为弗里曼提供一艘汽船，驾驶汽船开出通道，沿着河流右转找到一处关闭的水闸，在河边停靠下船，用阀门打开闸门后跳回汽船进入隧道。第四章：水障碍区
这一关要驾驶汽船穿行各式各样的河道和隧道，要充分利用环境地形来飞越障碍，其间还有几个谜题要完成。穿出隧道后有一处障碍，沿着斜坡飞过去，往右转是一个水池，前方的高台要利用水面的木板来跳过去，不过现在它的高度还不够。跳下汽船钻进左侧的通道里，爬到尽头看到有两只蓝色的塑料桶，将它们推落到水池里然后跳下去，这样水面上共有三只塑料桶了，游到水底在木板下面看到一只铁筐，将三只塑料桶全部放到铁筐里，水面上的木板被顶起来，回到汽船驶上木板飞跃到水池对面的高台。沿河道前行会遇到敌人的攻击，加快速度冲过去，当敌人在河道出现时可以直接将他们撞死，遇到障碍找斜坡飞跃过去。前面遇到另一道闸门，在岸边停下汽船，由竖梯爬上平台射杀上面的敌人，找门进去是一间车库，杀掉飞锯和敌兵后到旁边的小屋里拿补给，然后出去到院子里，对面是**手，将他杀掉后进入前面的库房，杀掉2名**由另一道门出去来到闸门的一侧。控制闸门的阀门坏掉了，这时往右看到吊车铁钩上的钢材，将钢材支架下面的油桶引爆，钢材会荡过去将闸门撞开。打开闸门后警报响起，这时快速返回院落里控制**，敌人会大批从对面房间里冲出来，疯狂地扫射吧。清除完敌兵后回到岸边上汽船，沿河道继续行驶，途中遇到**的扫射，岸边也有装甲车发射飞弹，不用与他们缠斗，迅速冲过这片区域。进入弯道是大批的**，调整方向撞击他们，往前是一座两洞桥，敌人射爆油桶燃起了火墙，由右边的斜坡绕过去，前方还有一座桥，快速冲过去即可。进入隧道往右转，旁边有一个吊篮装置，取下吊蓝里的铁块，另一边的蓝子落下来拿到补给。继续行驶是一个港湾，前方的河道又有一道闸门。进入港湾找到木桥跳上去，射掉铁锁推门进房间，穿出房间找楼梯到天台的货场，在集装箱之间有敌人埋伏，空中还有直升机不断扫射，因此这里动作要敏捷迅速，清理掉沿途的敌人穿过货场进入一间厂房里，由右边的平台上去，沿着地上的三只集装箱顶跳到对面的平台上，穿过走廊到达货场的另一边，沿通道跑进塔楼的控制室，按动开关将闸门打开。返回汽船穿过闸门，空中的猎捕直升机开始往水中投放**，注意躲避它们穿行过去，往右转是有道水坝，利用斜坡冲上去滑落到旁边的河道里，穿出一条隧道是弯曲的水路，看到水泥管道开进去，在一处土坡飞跃到管道上方再跃进前面的管道里面。穿出管道往右转是弯曲的道路，沿木桥开上斜坡，再沿斜坡驶下去穿出闸门进入河道。穿出隧道是一条水渠，往前穿过几条桥梁会遇到障碍，这时沿右侧的斜坡冲上去跃到对面的平台，旁边的厂房是修船厂，将汽船停在升降机上落下去，然后上船继续往前驶出闸门。穿出一段隧道遇到障碍，这里要解决起重机的谜题。先将起重机的左边平台的杂物挪开，在右侧的吊蓝旁扳拉杆，然后返身在管道旁找到竖梯爬到上方平台，纵身跳管道上，沿着木桥到达墙壁边的平台上，将上面的洗衣机推下去正好落在下面的吊篮里，左侧的平台升起来了，搭在上面的木板形成一道斜坡，返回汽船沿斜坡冲上去越过障碍。驾船驶进山洞遇到反抗军，进屋里看地图听队员讲解一番，然后到岸边看到弗地岗人正在改造汽船，将**装在了上面。上船后前方的闸门打开，穿出隧道后打跑空中的直升机，往前走会被两座闸门封住，这时驶往右侧通道绕过闸门。前方又有装甲车发射飞弹，避开它们驶入隧道，沿河道前行遇到水坝，利用斜坡冲上去滑落一侧的河道，往前是一处浅滩，有几只水湾处有几只废弃的轮船和集装箱，开到尽头找到一只红色集装箱，跳下汽船射爆里面的油桶，箱子的铁门被炸开，开船进入里侧的通道绕过去，冲上斜坡跃入对面墙壁的管道里。穿出通道又是河滩，这里有一些乱石和小岛，不远处是旧水利发电场和水坝，这时会有一架猎捕直升机来袭，这时要四处躲避投落的**，用船上的**朝它开火直至坠毁。开到河滩的尽头找到一道闸门，爬梯子上岗亭用阀门打开闸门，进去后上斜坡绕到水坝的一侧平台，跳下去找到水坝闸门的开关打开它，这时河滩的水位开始上升。乘船返回水坝前，利用水中的木柱飞过水坝闸门，前方的码头就是黑山基地东区了。第五章：黑山基地东区
上岸后找到基地的大门，在气密舱听到莫斯曼的自我介绍，跟着她进入电梯，听她不时地介绍基地的研发情况。在研究所里见