在很久很久以前的一个遥远的空间里，有一颗暗黑星球，这个星球上存在着各种怪物，他们在宇宙空间里寻找着新的地方作为自己的家园，想着一切方法去占领它们。这次，他们看上了一个美丽的星球，也同时向这个星球上的蘑菇王国伸出了魔手。在过去的蘑菇王国的蘑菇城内，小马里奥和小路易来找小碧奇公主玩，与大臣说完话后，直向上走就能来到小碧奇的大殿（这个时机可以熟悉一下操作方法）。谁知小碧奇却被小库巴抓住了，并且还吐火打晕了前来救助的大臣，没办法，小马里奥也只硬着头皮上了。作为游戏的第一场战斗，完全就是教学，第一回合结束后，大臣会醒过来进行战斗说明，不想看的可以选no，但是如果是第一次玩的话，教学讲解都推荐看一下，对游戏有较大帮助。打败小库巴后，蘑菇王国便遭到了强烈的攻击。画面一转，来到了现在的蘑菇王国。gadd博士发明了一个时空机器，而测试实验将在蘑菇王国内进行，我们可爱的碧奇公主将亲自参与这次实验，实验的目的就是回到过去的蘑菇王国，于是实验开始了。公主被顺利的送到了过去的蘑菇王国，但是。她并没有在约定的时间内回来，这让大家急得团团转，大臣甚至晕倒在地。控制马里奥来到地图上标有绿蘑菇的地方（写有s的书是存档点的标记），取得蘑菇，再回到大厅，当然了，有兴趣的玩家也可以到处逛逛，能拿到很多蘑菇和金币哦。把大臣救醒后时空机器也来到了众人面前，大家都前去迎接公主的归来，然而，出人意料的事情发生了，从里面出来的不是碧奇公主，而是一个丑陋又可怕的怪物，大家都被吓住了，小马哥与怪物打了起来，战斗结束后升到第2级。（在这里我说明一下加点数的情况，除了每个人物在升级后系统会自动加的点数外，还会有一个自己加的机会，大家可以在“hp、pow、def、speed和hige”中任意选择一种加，而加点的的多少也是采用近似**的方法来进行的。发现公主并没有回来，大家正在商议之时，路易跑来告诉大家，中庭出现了一个奇怪的洞穴，于是众人来到中庭。原来这个奇怪的洞穴就是时空隧道，通过这个隧道能去到和公主一样的地方，但是并不知道能到达的具体地点，而回来的方法也不能很好的解决，路易非常兴奋，当他站在洞穴旁边仔细观察时，却被突然冒出来的大臣撞了下去，没办法，马里奥也只能跟着跳了进去。在剧情中学会了基本的菜单操作方法，而在前进途中皮箱也会经常跳出来讲解一些基本的操作。来到第3个场景后，马里奥被从天上掉下来的蘑菇人踩晕，从而得知村落遭到攻击。继续前行来到村子（本游戏采用了可见是遇敌，而如果是通过踩怪物进入战斗的话，就会是先制攻击），村子已经被攻击得不成样子了，在一个房子里见到了村长被卡在了烟囱里，交谈后把他顶出来，谁知刚落地就被一群紫蘑菇抓住了，而马里奥兄弟也寡不敌众，被飞碟打翻在地。小马里奥一行人坐在小库巴的飞船上逃跑，但同样也受到了猛烈的攻击，大家到大甲板后，发动了大炮打下了很多飞碟，但是却由于小库巴的疏忽，飞船掉到了村子附近，小马里奥兄弟前去救出了马里奥兄弟。随后在shroob女王的攻击下，也还算顺利的降落到了库巴城，但是大家却失散了。在前进中马里奥兄弟与小马里奥兄弟汇合了，然后开始4人一起行动。在随后的一个版面中，需要将小马里奥兄弟扔到台子上，然后去顶绿色管道，继续前进存档后会进入4人状态的战斗教学，进入蓝色管道后来到第2版，在第2个场景中先把小马里奥兄弟扔到高台上触动机关，道路接通后返回，4人继续前进，第3场景中出现的彩色方块，需要用不同的人先后顶击才能顺利完成（推荐进行教学说明）。来到第4场景,发现中间的门紧紧关着，在恩左上角有个大的红色“m”方块，先把小马里奥兄弟扔到上面，进去后发现看不见道路，现在控制马里奥去顶大“m”方块，再用小马里奥顶出现的小方块，这样道路就能被照亮，之后重复几次，顺利过关，然后再顶击中间带？的箱子，获得闪光宝石碎片，而门也打开了，4人集合后，继续前进。来到最深处，终于找到了时空时空隧道，回到了现代蘑菇王国。见到博士后，众人商议如何救出公主，马里奥拿出刚到手的闪光碎片，见到碎片的怪物被吓得发抖，于是博士认为宝石的力量可能会帮助他们打败怪物，救出公主，而这时碎片也替众人打开了继续前进的道路，在补充了装备和道具后，就可以向下一步前进了。来到森林，这里的树桩有洞，可以让小马们下去调查。来到一个很多水晶方块的房间，先让小马们进树洞，把里面所有火球都顶出来，然后再用大马兄弟顶外面的火球，当全部聚集当中间后，再顶大火球，就能打开上方被树木挡住的路，进入蓝色管道后发现工厂大门关着，没办法，往右来到漂浮方块房间，树洞里有控制方块移动的机关，箭头指的什么方向就能让外面的方块往什么方向移动。向右移动在第2个转弯处停下，向上走就能进入下一个场景。先跳起扔小马，顶击中间的彩色方块，之后以“yxba”的顺利按键，这样工厂大门就开了一半了。继续前进，移动到右边触动机关，跳上高台之后用和刚才同样的方法把大门的另一半也打开，回去的路上是一个地上全是针刺的房间，利用机关控制方块的移动，出口在右下，但是这个房间有很多东西，大家可以逛一下，拿完道具后就可以进入工厂内部了。刚一进入工厂，大马兄弟就被吸进了鼻孔里，被抓走了，留下了小马兄弟与两个乌龟战斗。boss 1：疯狂乌龟x2
战斗要点：乌龟的攻击并不难躲，需要注意的一点是，如果发现乌龟在举起锤子的时候，榔头掉了，那么就千万不要跳起来，跳起来反而会被打中。在干掉了一只乌龟后，他的攻击方式会有所变化，会连续丢锤子砸人，次数从2到5不等，但是也还算比较好打。战斗结束后，两只乌龟清醒了过来，并送给了小马兄弟锤子，随后进入教学模式。练习完毕后，两个小家伙就要开始继续冒险了，踩黄色机关打开门后进入，利用锤子顺利来到地图左上的房间。这个房间主要是要打开两个红色的按纽才能顺利过关，先爬上墙，顺着墙走，能打开第一个，而从墙上跳到另一边，就能打开第2个按纽。当来到有棵大树的房间的时候，就把那些给大树提供能量的宝珠用锤子砸破，这样就能救出大马兄弟。把小马兄弟扔到高台上，打开红色机关，门开了，之后变可以进入蓝色管道，来到第2层。在第1个场景中让小马兄弟进门去打开门的机关。来到一个长长的房间后，发现有两个门是关着，而且右边的路也被挡着，还好有个高台，把小马兄弟扔上去进入里面打开机关，下面挡路的激光消失了，大马兄弟向右走，顶开一个彩色方块机关后，上面出现一条路，再控制小马兄弟，钻地进门后打开第2个机关，再控制大马兄弟走到彩色方块下方，小马兄弟继续向右走，先顶了彩色方块再迅速切换到大马兄弟接着顶，然后控制小马兄弟出来，但是先不要跳下台来，在台上跟着向左走，可以打开两个机关，从而打开下面两个门。4人集合后，先进入左边的门，能玩一个顶金币的mini游戏。返回进入右边的门，来到浮空方块的房间，先用小马兄弟去控制方块移动，向右移动，用大马兄弟顶红色！的方块，上面出现道路，再向右移动到尽头，让大马兄弟顶击彩色方块，上面再次出现道路，让小马兄弟从右边出来，存档后就是boss战了。boss 2：毛毛虫
战斗要点：毛毛虫的招式比较多，身体一般呈红色，在红色状态下遭受的话，会发动全体攻击，地震波浪，及时躲避不算难。而他旁边的杂兵才是攻击它的主要媒介。那些杂兵会拿出蘑菇或者**在手上，如果把蘑菇打到毛毛虫的杯子中被它喝掉，那它便会回复大量hp，如果把**打到了杯子里被它喝掉，那么它就会变成虚弱状态，攻击的最佳时机就到了。打败毛毛虫后，得到闪光碎片2，不过马上就被小库巴抢走了。回到现代与博士对话，得知现在蘑菇城里出现了很多时空隧道，来到中庭，看见小公主在大哭，而两个大臣在千方百计的逗公主笑，使出了浑身解数才把公主逗笑，而大马兄弟却让大臣教他们使用这招，学会了回转后到从2楼图书馆进入时空隧道。画面一转来到了过去的耀西岛,在第2个场景的一个房间会遇到新闻记者,记者发现这里一个人影都没有，而由于大人们的体重过大，那个弹簧根本就弹不起来，那当然该小马兄弟上场了，弹上去后发现上面躲着很多耀西，大家都怕得发抖，这时，突然传来了巨大的脚步声，大家都跑开了，出来一看，原来是只巨大的恐龙，而随后也把所有的耀西全都吃进肚子里了。恐龙走后，在另外一个房子里找到了巫师。一直跟着巫师向前走，进入蓝色管道后，发生巫师点燃火焰的情节，之后让小马去上面水源处喝水，从而学会新的技能，喝水后按y就能将水吐出来，扑灭火焰，继续前进，在云层上有个水源，喝水后对着云层上的机器吐，下面的火焰就灭了，然后去顶一下上面的方块，就可以继续前进了，来到有两个火焰的场景，在左上的铁栅栏处控制小马兄弟进去，喝水后对着通向外面的管道吐水，灭火后让大马兄弟利用回转到高台上去顶击绿色的方块，在右上的场景里，需要先调整管道的位置，对准火焰后，让小马兄弟上天去吐水。通过蓝色方块，进入蓝色管道。在第2场景中需要把大马和小马分开，大马利用旋风过去，而小马利用云层就能通过。下一个场景先让大马兄弟去顶击紫色方块，然后小马兄弟进入栅栏。出来后就有个水源，喝水后到右边把火熄灭，进洞后看见小库巴。小马兄弟趁小库巴在炫耀碎片之时，把他的饼干全都吃完了，巫师让库巴先跑了，自己殿后，于是，战斗开始了。boss 3：坐着扫帚的巫师
战斗要点：巫师分身后，只有对真身进行攻击它才会伤血，另外如果把刺球打回去他就会直接费血。一段时间后，他会落地发出火焰只要躲避后就会烧到他自己，然后他会进行冲撞。干掉巫师后，前行就会遇见库巴，当大家正在抢夺碎片的时候，却被大恐龙吃进了肚子里。宝宝们弹上去后看见有个耀西在推石头，然而却推不动，现在需要把所有的耀西找来帮忙。这里有5个房间，其中中间的房间是存档用的，我们按从左到右的顺序来一个一个来救耀西，第1个房间中只要打败一个坏蘑菇即可救出，第2个房间，用小马的锤子把墙上的机关打成“蓝、黄”色，然后进入栅栏内，将墙上的所有机关打成和下方牢门上的珠子颜，色一致就能将门打开，然后将蓝耀西救出。右上的房间中只需将小马兄弟弹到上面，掉进中间的坑，敲打墙上的机关即可。最右边的房间控制小马兄弟进去喝水后对着飞碟吐中2次即可破坏飞碟，然后再进去消灭坏蘑菇即可。而最后一个耀西就在中央大厅，先到树洞里取得果实，再出来给躺在地上的耀西吃了后便可。所有耀西的偶救出后，石头也顺利被推动，出去的道路也就被打开了，跟着大家跳下去。通过蓝色管道后，看见耀西们都被抓住做成了蛋,下一个场景中需要用大马兄弟把蛋顶上去后用小马兄弟吐水,将蛋大破，两只耀西都被救出后，石头又被推开了，继续前进，在踩下蓝色机关后，见到了公主的跟班，但是他已经失去了记忆，唯一有的就是身上带着的画，非常清楚的画着公主与外星女王达到样子，一路上来，遇见boss。boss 4：貌似青蛙的怪物
战斗要点：这个boss比较简单，只要先攻击蛋，救出5个耀西，那他们就会把石头推下来将boss砸翻在地，这时就可以狠狠的攻击boss了。耀西岛，马里奥兄弟夺回了两个闪光碎片，同时也得到耀西们的谢意。回到现代的蘑菇王国，见了博士后，在中庭学会了变球技能，然后在左上方去变球当齿轮，打开下水道开关，进入下水道后发现有个可疑的红衣人，追踪着来到下水管道里，发现他在里面开了个商店，以后就可以用收集来的豌豆来换饰品了。然后返回蘑菇王国2楼，来到中间的螺旋楼梯，利用变球能力，在限定时间内来到顶层顶击机关，即可把门打开，然后进入隧道，来到过去的沙漠。在第2个场景中踩下蓝色机关，进入堡垒里，却发现这里在紫蘑菇的大本营。大家在逃走的途中遇见了新闻记者，得知外星女王即将来到这里。这时堡垒的大门已经紧闭了，要想打开它就必须将4个雕像下的机关都顶击一下，4个雕像是两两相对的，当你顶了一个后，另一个就会出现时间限制提示，所以，最好的方法就是把小马和大马分开，一边站一对，再顶击，这样就可以了。当中间的蓝色机关冰块溶解后，顶击就可从堡垒上方进入内部。来到堡垒内部，而这时，紫蘑菇们正在举行欢迎仪式，欢迎外星女王的到来，而我们的碧奇公主却被丢进了巨大食人花的嘴里。先往右边走，这里有个金块mini游戏，里面的地道也有很多东西，拿光后来到左边，顶开机关后让大马兄弟变成球往前开路，来到下方后顶击管道，4人汇合。在大门右边有个台阶，把小马兄弟扔上去，大马兄弟顶击大方块为小马兄弟照明，顺利走出来后，用锤子打开机关，大门就开了。进去后便来到了会场中间，没办法了，一阵胡闹之后便开始了bo