故事一开始主角依奇(イヅュ)(eldin)的父亲离家执行猎人的任务，临走时嘱咐主角坚持练剑。主角起床后，和母亲对话，因为今天是他和ト-ム参加ハンタ-考试的日子，母亲给两人做了新衣服。刚出门，ト-ム就说有事先走，在城中会合。回家可以在床边发现变成软件动物的炼金师，他会传授炼金合成的方法，以后只要再找到变形的他就可以多知道一种方法。先在村里搜刮一番（按b可以挥剑砍开草和坛子），然后向西到パ-セライト城。会合ト-ム后，和考官对话，试炼开始时可以改变主角名字和颜色，同时得到图鉴。题目是去左下ルキ-の洞底层读棺材上的文字。第一层要对石碑使用（开菜单选sアイテム）找到的せキひのかけら开门。打倒棺材里的怪物，记清上面的文字，回城见国王答对文字就得到ハンタ-证书。ト-ム立刻要主角动身去グルベリック新发现的古之洞窟探险。从下方出村，路上发现路被蛛丝挡住，在附近山洞杀掉大蜘蛛使挡路蛛丝消失，然后去グルベリック。这里有冒险者的大本营，可以转职、整理抓到的魔兽、接受委托赚钱，街上也有制作炼金道具的工房，不过必须知道方法并有材料才可以制作。ト-ム又溜了，先去见ト-ム怪脾气的爷爷，看到两人见面又吵了一架。带ト-ム去西边的古之洞窟，不过还不能进去。回街道看到有贼偷了一位巫女打扮的女子的东西，ト-ム送她去宿屋休息，主角追贼。把贼一直追上海盗船，回宿屋报告。那女子说东西非常重要，在道具屋老板的建议下她委托两位ハンタ-去找回。上海盗船后要避免被发现，下二层会听到海盗说一样东西已经卖给镇长，只能先拿到黄色的封门石回宿屋去交差。因为得知这个镇长很可能在他的地下拍卖场拍卖另一样解读石，要进去买回必须先搞到会员券，主角只能和镇长儿子拉关系。在酒场找到这小子，他正色迷迷地看着**マリン，他支使主角去找东西送给マリン，回パ-セライト找老爷爷买ブリフィア花拿给他，但是他又叫主角替他送去；送完回来，他又要送情书，ト-ム被气跑；マリン问明白怎么回事，立刻帮主角搞来了会员券。赶紧去镇长屋，路上巫女ルビウス赶来加入，并给了500g，两人在地下拍卖场买回月之解读石。ルビウス雇佣主角保护她去カルナックル的导之塔，虽然找不到ト-ム，但是主角还是答应了。通过メラの火山去カルナックル，路上发生山崩，桥也断了，两人在附近找到一个地洞进入山腹，打倒章鱼怪物后通过山路到达カルナックル。这里可以花500g转职药剂师。出村后ルビウス中暑，好心女子アイラ带她去家里休息，谈话中得知她孤独一人而且双目失明。一起回カルナックル，发生怪物抓女子事件。主角向右方打倒怪物，却发现原来这个怪物一直在帮助アイラ。怪物洞里出来的女孩中有人认出了主角，她是主角青梅竹马的朋友ラミ，她的特技点火可以烧开蜘蛛网。三人一起去导之塔，塔中的石碑文字要让ルビウス去读，用ラミ点着灯台开机关。塔顶四龙像前，对左下黄龙前石坛使用封门石和解读石（用l、r调整合适），安放后站上圆心，只见一片闪光后什么也没有发生，主角上前调查时被闪**昏。醒来时已经回到主角家里，ルビウス解释说她是祭祀古代神的ナザレ村巫女，而主角中了古代诅咒，要回ルヒエ雪山里的ナザレ村找长老看有什么办法。上雪山途中ルビウス被怪鸟抓走，爬上山顶打倒怪鸟救回ルビウス，再向西进入ナザレ。长老说这诅咒会让主角死去，只有找到圣地才可能解开。突然有人报告グルベリック遭军事**グラッセ攻击，众人只能从大地图模式的大洞窟下地道潜回城。途中救下一个ジダ族人，从而可以进ジダ族集落见族长，但族长不信任人类，要主角尽快离开。此时被救的バウ表示愿意带路，并且加入队伍。用他的特技敲碎桶开路，如果主角走错路他会提醒。杀掉水怪后回到グルベリック，但刚进街道就被捕入狱，幸好牢门兵放了众人，并希望送他回故乡オ-デンス。探望过ト-ム的爷爷，从道具屋旁暗道出城，バウ会留下。踏上去オ-デンス的草原之道，发现奇怪的树木挡路，找到树妖杀掉，向西进入オ-デンス。村长就是逃兵カイン的母亲，她却埋怨他不该回来，出门主角和カイン谈话，然后和右边本来被马挡住的老人对话，他会叫主角问村长关于遗迹的事。村长刚说完遗迹的事情，来人报告グラッセ军来搜查，村长托众人把カイン藏进塔。在村长屋子左隔间找到塔的钥匙，再问村长时会被边上人抢走。追他上ドハイン石之塔，看见他倒地，钥匙也在グラッセ军手中。塔里有些压机关的东西被墙挡住，要仔细找。上塔顶打倒石像变化的怪物，从宝箱里得到绿色的解读石。回去见村长，她把石头送给主角，并告知ダロス有海船。过风之荒野到达ダロス，进村就见到老朋友**マリン。上**二楼看到一个赌徒正要把身上的剑押上，众人认出他是有名的剑士ハイデッカ，此时士兵发现了主角一行人，一片混乱中大家跟着マリン逃进她家，清点人数发现连和ハイデッカ对赌的海盗船长也来了。夜里主角会知道マリン一直暗恋着ハイデッカ。第二天ハイデッカ准备和主角一起回パ-セライト城报告国王グラッセ军的动态，出村时有个小孩请ハイデッカ救他的爷爷。到ニモ-ナ矿山，进洞调查发现通道被堵死，出洞向右边上山进矿井，找到**后给轨道上方的人（开菜单选sアイテム），跟他到上层炸开岩石。找到矿工，帮他们打开逃生的路叫他们逃走。水浸的地段要先找到燃料开动抽水机。另一枚**交给最后的老爷爷，炸开路就可以出来了。救完人，回パ-セライト城报告国王，但国王要众人自己找海船。去グルベリック找港口的海盗船长，他愿意帮忙但是没燃料。去ニモ-ナ矿山，带上老爷爷下矿井深处，他会拆掉挡路的铁柱，在龙看守的宝箱里得到燃料。开船时バウ归队，过海到了新陆地，穿过森林进ナルビク村。在村里主角见到了离家多年的父亲，他告诉众人很多情报，并且给了一块封门石，要主角找到王家的指轮，用其去沉没的エリスト-ル**。村中有人会说グラッセ在更东的**，另外某人会说大树之森的脸晚上会变化，众人依言到大脸前等到晚上进入迷宫。迷宫里要点着分散的四个烛台，之后进瀑布后的房间得到宝箱里的封门石。大地图模式去国境之森，见到幽灵跟着走会原地打转，回头去右边和僧侣对话，回港口在原来被那个僧侣挡住的橱柜里找到圣水！这次找到森右边的墓碑，使用圣水，打倒恶灵就可以继续过森林。有士兵把守的关口这时还无法进入，贴关口向左可以穿过森林来到鬼气森森的ゴンダ-ル。去右上方墓地，跳入地洞进入死者之地。在大殿，右上的门里可以找到开中上门的钥匙，开门后看到找护身符的幽灵，读日记。出来下阶梯时中间门自动打开，进去后去上方通道拿另一把钥匙；回头打开大殿左下的镜之间，镜后通道到右方洞跳下找到盾牌，给大殿堵门的石像使用，进去拿第三把钥匙；回到进大殿前的打不开的门，找到里面的护身符。把护身符放在幽灵的床上，打倒恶灵，得到白色的解读石。因为幽灵的心愿已了，城市恢复了本来面目：一座只剩下坟墓的无人城，不过可以通过它绕到关口后面，打倒守卫。在グラッセ要塞向里杀，电网地段要找到并砍断电缆，不过电缆要砍好几刀才会断。有两处看上去没路的地方要注意看那个逃兵是怎么走的。到了王座前，发现国王已经是枯骨，推开王座得到王家指轮。出要塞镜头会转到船上，贴船舷对大海使用王家指轮就可以使エリスト-ル**复活。エリスト-ル迷宫里要让ルビウス读石碑开门，找到钥匙打开最后的门，战胜怪物得到蓝色的解读石。“不是应该是封门石吗？带着疑问重新搜索，砸开一处墙壁会找到时之穴，跳进去会被巨大生物吞掉，好容易逃出生天，发现到了历史上早已消失的ラング-ン，这里找到炼金师会传授所有属性+300的指轮合成方法！右下屋子里接下主人的委托，在二楼的洞里找到3只羊，给主人后就可以从他旁边梯子出村。现在去古代的エリスト-ル迷宫找到最后的封门石，然后从时之穴返回。海盗报告说グラッセ军抓走了グルベリック的村民。回グラッセ要塞，在第一层监狱里见到マリン，出来后追杀监狱长得到钥匙，放走所有人，带他们躲到パ-セライト。这时导之塔不能进入，但是边上出现了ルグワ砂之塔，在塔中先找到三个火焰，上层石像前让ルビウス读文字，按提示顺序调查石像会出现道路。顶层石台自左到右按白、蓝、金放上三色火焰，打倒出现的boss后，歌声响起，导之塔的道路开启。再上导之塔，走另一条路线上塔顶，在四龙面前按下面的方法安放石头：
黄龙前：つき的封门石+きいろ的解读石，文字是“セイチヘノトビラヒラカレシトキ”;灰龙前：くもの的封门石+しろい的解读石，文字是“シロキダイチニフウジシモノ”;蓝龙前：うみ的封门石+あおい的解读石，文字是“アオキソコニフウジシモノ”;绿龙前：かぜ的封门石+みどり的解读石，文字是“ノコリシモノニスベテユダネル”;放正确后，站到圆心启动传送点，此时ラグ-ル带着手下出现，打倒众人先一步去圣地找魔兽之魂。打倒他手下，目前只有去ナザレ解放魔兽的半身，让主角吸收其力量后再去打倒ラグ-ル。因为ラグ-ル封锁了道路，必须步行过雪山去ナザレ，进入长老屋，和长老对话后进结界，ルビウス解开了封印，她的姐姐イルミス和魔兽的半身一同苏醒，众人一涌而上打倒魔兽的半身。现在通过导之塔传送点到达一个石柱围绕的地方，调查周围石柱的文字，最后在大石柱前传送进封印空间。这次ラグ-ル的力量不再有威胁了，打倒他后，幕后的オ-デイン以究级魔兽的形态出现，这回是真正的最后一战了。