开始神秘人物众出场后，画面转到村里，ヒノキ得知神秘人物是忍者后，和ナズナ一起前去察看。ヒノキ在洞口被邪气缠身 不幸坠落悬崖 临终前告诉ナズナ带着一面镜前往木叶村求助
画面转到木叶村 卡卡西小队刚结束了一个任务 正准备吃拉面去 ナズナ出现 随后追兵也赶到了 鸣人对ナズナ有点意思 想英雄救美 结果被人一拳打飞 后来小樱来帮忙 战斗开始
开始会让玩家熟悉一下基本操作 打败几个人后就可以使用所有的指令了
胜利后卡卡西会出手相助 拷贝忍者的名气还是有作用的 和ナズナ交谈得知“破邪之谷”情况危急，要赶紧找到火影
任务名称：和纲手谈话
从卡卡西那得知木叶标志上可以恢复状态，选择键可以进行存盘，最后告诉我们去找纲手
此时就可以自由行动了 在村里拿完宝箱后去找纲手 自来也也会出现。ナズナ将事情的经过说了一遍，原来是封印灵兽的洞口的カナメ石被破坏了，那里流传着“灵兽降临要有大的灾难降临到人间”，最后得知封印灵兽的镜一共有5块，除去ナズナ手中这块，现在还剩4块完好。纲手会给鸣人新任务-去破邪之谷调查。自来也这是会给鸣人通灵之术的道具，并进入战斗测试通灵之术 练习后结束战斗 开始新任务
任务名称：前往破邪之谷并调查
出了木叶村，ナズナ会告诉我们破邪之谷在右方。一路向右走，来到一处死路，得知要用火点燃2个火炬才能前进，自来也自告奋勇但半天使不出，这时若装有火属性的忍札的会将火炬点燃，会出现一个山洞，进入后是迷你游戏，通过山洞来到了破邪之谷。破邪之谷被破坏殆尽了，在村子中的破屋前逐一调查后和自来也交谈后来到洞口，发现邪气很重，众人准备返回的时候，ジャコウ、ゲンショウ、ロッカク来了，说要把全世界毁灭。立刻就要开打，自来也这时建议先逃回去。回到木叶村向纲手汇报情况后，自来也单独去调查，猪鹿蝶3人组会加入，此时可以在队伍中随意换人了，练习结束后，ナズナ说下个目标是硫磺谷。任务名称：在硫磺谷寻找第二块镜
硫磺谷在木叶村的左上方，来到一烟雾弥漫的地方后发现一块大岩石，利用丁次的肉弹战车打碎,进入洞口来到最深处，发现无法到达对岸，此时对岸会出现一只狗，鹿丸发动影子模仿术-需要将狗和鹿丸连接起来，打开开关出现桥。过桥后敌方又会出现，战斗会强制失败。剧情后，进入最深处发现镜。鸣人冒失的把镜取走后，众人被传送到奇怪的地方，眼前出现的敌人竟然是再不斩和白，在波之国大桥胜利后又恢复了正常，是镜把众人心中重要的人具现化出来，胜利后得到第二块镜，返回木叶村。纲手说第三块镜在水晶溪谷，让我们和牙小队一起行动，并会将蛞蝓通灵之术交给我们。任务名称：在水晶溪谷寻找第三块镜
水晶溪谷在木叶村的左下方再往右走，按着路标一路来到水晶溪谷(迷你游戏两个)，这里有毒水面，利用蛞蝓可以没事。进入后不久会与牙和志乃发生战斗，原来他们被幻术迷惑了，胜利后2人加入。深入会与假扮雏田的ジャコウ发生战斗，胜利后ジャコウ发出绝招打倒众人，雏田愤怒的使用白眼与ジャコウ单打。胜利后，雏田加入队伍，再次和ジャコウ战斗（没完了）胜利后前进，来到一处死路只有一个小洞的地方，此时换作操纵赤丸，放下绳子后来到第三块镜前面。这次的场景变为中忍考试会场，面对的敌人是假寐的我爱罗，他会召唤出沙之守鹤，有些难度，胜利后得到镜。回到木叶村向纲手汇报情况后，得知下个目的地是沙隐之里，让我们和宁次小队一起行动，还会让我们把小猪带上，现在就可以破坏岩石了。任务名称：在沙隐之里寻找第四块镜
沙隐之里在木叶村的左下方再往左走，按着路标,途中需要打碎岩石，一路来到沙隐之里(迷你游戏一个)，和大佛头像附近的不起眼的老头对话，得知要从死之沙漠过去。出村来到原来有大石块挡着的路口，宁次小队会出现帮忙。在地面上只能待15秒钟，超时后移动会减血。地下一处长距离深坑处小李会帮忙过去，地下有记号的地方宁次会帮忙。存盘后来到地面和ジャコウ、ロッカク发生战斗，但会强制失败。凯和卡卡西会来相助参加战斗，2人确实厉害，胜利后小狗帕克可以通灵使用了。在有很多石碑的地方打碎石碑可以发现宝箱和洞口，地下墙壁上有“封”字的地方，用触摸笔将“封”字涂没了即可，一共3个，之后封印的门会打开。进入洞口可发现第四块镜，和之前一样，不过这次碰到的敌人更可怕，宇智波鼬和干柿鬼鲛。胜利后得到镜。有人来报得知沙隐之里出现危机，立刻赶过去。任务名称：前往沙隐之里
沙隐之里已经到处弥漫着邪气，人们都被邪气缠身了，沙隐的忍者也不例外，众人留下来阻挡忍者，我爱罗一行人先行撤退。剧情后，我爱罗告诉我们要去边境火山，他们也加入了。任务名称：在边境火山寻找第五块镜
途中自来也会将癞蛤蟆龙和吉交给鸣人，这样就可以爬上岩壁和过河了。来到之前打碎岩石的地方向左走，利用癞蛤蟆龙的过河能力来到边境火山的2个洞口前(迷你游戏一个),我爱罗一队会和众人分开。先是鸣人队行动，行进至被岩石挡路的地方会切换到我爱罗一队。来到鸣人队附近，手鞠会帮忙打碎岩石。进入中部，站在浮动的岩石上顺岩浆会进入无尽的循环，我爱罗队出动，来到鸣人队附近，我爱罗会帮忙将瀑布分开，出现洞口，点燃火盆后，来到最深处第五块镜前，会和ロッカク发生战斗，这次终于将他干掉了。胜利后出去存盘，在第五块镜前，和之前一样，这次是宿命的对决，宇智波佐助，但又会强制失败，鸣人会九尾化再和佐助战斗，最后2人会以动漫中经典的一幕结束战斗。之后得到第五块镜。剧情得知ジャコウ，、ゲンショウ要将邪气释放到木叶村。回到村子里，邪气已经弥漫了，伊鲁卡已经坚持不住了，去学校屋顶看到木叶众人都在这里，纲手说让众人去破邪之谷封印灵兽，这是s级任务。任务名称：前往破邪之谷封印灵兽
在封印灵兽的大门前ジャコウ以ナズナ威胁鸣人交出了所有的镜，然后又将封印门前**的4个卷物传到了地图各处，每个卷物都有敌人守卫，不难对付，要注意的是左边场景有一半张的传送卷轴，需要在右边场景获得另一半。进入大门后看到地下写有30的字样，选择第二个选项(选错了也没关系)，鸣人分身出30人门就开了。在场景中心有2个传送卷轴一起的地方，赤丸会带走一个传送到另一边。再深入可看到地下写有100的字样，难度不下，比较毁屏幕。进门到最深处先和ジャコウ战斗，胜利后ジャコウ用忍法将众人捆住，但没想到ゲンショウ会将自己杀死。就在鸣人被打倒在地，其他人快要被ゲンショウ下毒手的瞬间，鸣人在恍惚中听到了众人的呼喊，用尽全力九尾化，和斗幻狂化的ゲンショウ战斗，最后鸣人会华丽的用螺旋丸打飞ゲンショウ。就在众人以为胜利的时候，ゲンショウ打破了封印使灵兽复活并合为一体，众人齐心协力，准备这最后一战。(其实这灵兽真难看，就是一条大鲶鱼)，boss会全体毒、迟缓、虚弱等状态的全体攻击，其他的只要注意hp保持2/3以上就好了，胜利后邪气全部消失，整个世界又恢复了正常。ヒノキ老大爷也神奇的活下来了。通关后追加暗部人员一名(要选男女)，去卡卡西家的话会遇到卡卡西和凯，二选一，只能得到一个人物。其余的隐**物要在忍术学校中挑战才可得到。隐**物的使用方法是得到对应人物的忍札后使用即可出现。