通关以后回到自己的部屋，下楼见到妈妈，对话得知劲敌前来拜访，金岬市的港口已开，可以前往战斗区域、另外博士让主角去研究所一趟。先去找博士，看到女主角在门口，对话得知冠凤镇老太太有请，飞到冠凤镇，在中上方的房间里跟老太太对话获得珍珠兽图鉴（珍珠版则获得钻石兽图鉴）。这样新奥图鉴基本就可以收集齐了—在这里补充一句，如果在通关前尽可能得与训练师对战，那么应该已经见过所有的怪兽，如果还有没见过的，那么请再去寻找吧（有的怪兽比如65号在游戏中只在鬼系道馆出现过，但此怪兽是珍珠版限定，那么玩钻石版的人只能请别人帮忙传一只过来了）。完成图鉴后回真砂镇找博士对话，这时大木老头赶到，升级图鉴为全国图鉴，同时221号道路的palu公园可以开始使用（gba联动），新的冒险正式开始！飞往最上方的金岬市，与下方港口的船员对话后到达战斗区域，见到劲敌，接收红发女孩委托，接下来先去右边的建筑物里拿点数卡片，以后用来记录bp值的；向上走是战斗塔，在这里又遭遇第八道馆主和劲敌，不过不进行战斗。战斗塔里可进行对战挑战。从战斗塔右下方进入230水路，向右路过229号水路到达名胜区，这里有一个建筑需要获得了选美大赛的缎带才能进入，暂时作用不明；从名胜区向上进入229道路，继续向上进入228道路，这里是风沙地带，注意这里是考验自行车快速转弯的地方，中间有个房间的老人教给三主角对应系别的最强技能。穿过228道路，从右下方向左进入226水路，左行来到遗迹区；继续右行进入225道路，一路下行经过城市玄关回到战斗区港口。整个地区的大回环完成。注意在最后的玄关出口处与旁边的钓鱼大叔对话可以获得高级钓鱼杆。全特殊神兽捕获剧情
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1.第三只圣菇
已判明第三只红色圣菇将随机出现在全世界地图上，并且进入战斗就会逃跑，同梦兽一样无论是否遭遇过都不会显示在普通地图上，需要运用口袋手表的地图追踪功能进行追踪。超能系，等级50。2.火钢兽
从226号道路右侧的玄关外向上进发（携带攀岩、碎石、怪力的怪兽），到达227号道路，这里是火山灰地带，看到水系馆主和劲敌，与此处小屋里的老人对话可休息回复体力；上山后会见到港口处的红发女孩；从左上侧进入洞穴，看到劲敌在此，他说只能帮女孩到这里了；继续进入洞穴与女孩组队，带她一起进入上方洞口，她将哈德山脉镇山石头拿走，发生震动后离开。返回226水路左侧的遗迹区，在精灵中心左边的房间找到红发男，与其对话后离开，再次进入哈德山内洞穴深处，面参no.485ヒードラン火钢兽，火+钢，等级70。3.圣柱王
这个需要和gba版进行通信。在第七道馆所在城市的中上方的房屋，当被人阻挡时道馆主会赶来承认主角的实力并允许进入，在最深处见到圣柱王，但并不会发生战斗，按照提示，把gba版本的岩/钢/冰三圣柱传输到ds版中后（让其他人通过无线通信或wifi传过来也可以，网上已经有人改出了三圣柱），携带这三只怪兽再来到这里就会进入战斗，捕获no.486圣柱王レジギガス，普通系，等级70。4.鬼龙
回到四天王前的洞穴，右侧原先堵路的胖子消失了，带上习得清雾的怪兽进入洞穴，看到在这里着急的女孩**，与她结伴前行，到达右上方的洞口后她向主角道谢后离开，跟着她出洞，在最上方看到一个白色的空石板，不过暂时什么都没有…看起来像镜子一样？把这个任务都完成后，214号道路右侧栅栏缺口处将开启新道路，带山回攀岩和碎石的怪兽进入后在湖泊上方的洞穴，进入后里面是巨大的岩石迷宫，用碎石可破坏岩石，但是这个迷宫真的很伤脑筋不知道该如何**，石板上写着“…3本の柱を抜けて…に…を奉げる…が…30を越える前に…”暂时不知道什么意思，我承认我是瞎撞运气摸过过来的…谜题解开后见到no.487鬼龙ギラティナ，鬼+龙，等级70。5.梦兽
时间限定为夜及深夜，美央市（第六道馆城市）与左下方房屋内床上的小女孩对话后到旁边港口与船员对话到达满月岛まんげつじま，在深处见到no.488梦兽クレセリア，超能系，等级50，它随后逃跑，拣起它留下的道具みかつきのはね（三日月的羽毛）后返回美央镇，交给小女孩后结束剧情。同第三只圣菇一样，梦兽将随机出现在地图的任何地方，运用口袋手表的地图追踪去追踪吧！6.菲奥奈
玛娜菲的退化形态，只能通过让玛娜菲生蛋获得，但据说其并不能进化成玛娜菲，不仅如此，其能力比玛娜菲低一些，它的存在也是谜一样的存在，期待着从破裂的蛋壳中看到他的那个瞬间，no.489フィオネ，水系。7.玛娜菲
与ds前作《口袋ranger》中完成的w任务进行通信互动后获得，被誉为海之王子的no.490マナフイ，水系。no.491恶梦
得到会员卡,并解决船长女儿的梦魇事件后,进入口袋妖怪中心上方原来进不的房子,和眼镜男对话,然后上床睡觉,会梦到自己来到一个孤岛:新月岛,一直深入,在树林遇见40级的恶系神兽,恶梦.收服后醒来
no.492草刺猬
得到大木博士的信,去冠军山洞内又侧的一个出口,需攀岩技能,传过山洞后来到224号道路,走到尽头后看到大木,对话之后,他会让玩家对着石头祈祷,之后前面会出现一条鲜花大道,走到尽头后见到,就见到30级的草刺猬
no.493阿鲁萨乌斯
得到轮回之迪后,去殿元山,深入到捉迪亚路加的地方,会有迅问你要不要吹笛子,吹完之后,神兽祭坛前就会出现一条天梯,通天梯到达顶端,就会遇到传说中用1000只手创造宇宙的超神兽,在到达天梯顶端前应存档,否则一但看到超神兽它会自动扑上来…
其他分支剧情
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11.电鬼
时间限定为夜及深夜，从白岱市向左进入森林，发现第二道馆首领在此，对话后离开，使用秘籍01切断小树进入上方鬼屋，2f左侧第二个房间，调查电视后出现no.479电鬼ロトム，电+鬼，等级15。携带的怪兽不要太厉害，人家只有15级…剧情里只出现一次的怪兽之一；12.安农
在牛仔镇右侧有安农遗迹，在最底下的石板处写有暗比 可 胛粗 哟ナ保 觥 保 占 肴?6只字母安农后114号道路上方的洞穴出现新道路，左侧遗迹可捕获？和！形态，但不知道本作是否增添新形态安农。疑似本剧情与种族值720的超神兽有关。13.3d龙
时间限定黄昏，在绿城下方的豪宅处与楼内主人对话会发生炫耀剧情，此后在黄昏时间可在屋后的草丛中可以捕获到3d龙原始形态。（开始疑似本剧情与草刺猬有关，现在看来不是…）
p.s.三只圣兽均要参加xxx活动才能得到关键道具，但有bug可以抓到491和492（我用的烧录，决定可行，我试过），附上：
带会冲浪、飞天、瞬间移动/钻地的到第一个4大，手表记步器清0。穿过门第一格（冲浪消失处）右边200步，向下256步（累计456）左边63步（累计519）。此时已经到世界地图左上方，使用挖掘套装，然后返回地面，此时可能花屏，开物品栏回变好，向左边进入森林，就有40j的黑啸灵。捕获度同水菇一样
草刺猬：
来到刚才的第一格，右边200步，向下363步（合计563）再向右704（合计1267）下地再返回，这次花屏不要理会。一直往上走。路很长草刺猬在尽头的花海中！30j,捕获度45？p.s.用此bug一旦失败，将造成永远困在bug中的情景，所以请烧录卡玩家备份存档，z版可以带一只中毒的pm，用毒死后回pm中心的方法逃出.
no.493超圣兽嘛.用修改器改出轮回之笛吧~
当然有些神兽可以用bug得到