游戏一开始，七釜户博士[ナナガマド]会出场介绍一番，此时他会给出三个选项：
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（1）游戏基本操作说明
（2）介绍本作世界观
（3）没问题
如果选择第一项，会有一个触摸屏测试。选择第三项[だいようぶ！继续听博士的介绍，点击触摸屏上的精灵球后就可以选择主角了。同以往一样，我们依然可以选择男生或者女生作为自己操纵的主角，而未被选择的一方将成为主角的对手。quote:
注：为了避免混乱，我们在这里约定，我们选择的一方为[主角]，未被选择的异性方叫[副主角]，而黄头发的男生为[对手]。道路方面，r-xxx表示第xxx号道路。tmxx表示xx号招式机，hmxx表示xx号秘传机。选择好主角后，还要为主角和对手起名字。接下来我们的冒险之旅就开始了。故事开始在フタバタウン[双叶镇]，刚开始的时候主角在看电视。之后下楼，跟妈妈对话，得知对手在等自己，出门。镇子左上角是对手的家，在门口处碰到对手，进去后在二楼见到对手，但他又跑掉了。出门后去村子上方的r-201，对手就在那里。对话后前往左边的シンジこ[神事湖]。刚来到神事湖，就碰到了博士和副主角，对话后那两人离开了，却留下了一个箱子。此时2只野生pm突然冲了出来，主角打开箱子，三选一精灵：
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no.001/387 草苗龟[hp：55 攻击：68 防御：64 速度：31 特攻：45 特防：55][草系]
一段进化：树林龟[hp：75 攻击：89 防御：85 速度：36 特攻：55 特防：65][草系]
二段进化：土台龟[hp：95 攻击：109 防御：105 速度：56 特攻：75 特防：85][草系＋地面系]
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no.004/390 小火猴[hp：44 攻击：58 防御：44 速度：61 特攻：58 特防：44][火系]
一段进化：猛火猴[hp：64 攻击：78 防御：52 速度：81 特攻：78 特防：52][火系＋格斗系]
二段进化：烈火猴[hp：76 攻击：104 防御：71 速度：108 特攻：104 特防：71][火系＋格斗系]
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no.007/393 圆企鹅[hp：53 攻击：51 防御：53 速度：40 特攻：61 特防：56][水系]
一段进化：王子企鹅[hp：64 攻击：66 防御：68 速度：50 特攻：81 特防：76][水系]
二段进化：帝王企鹅[hp：84 攻击：86 防御：88 速度：60 特攻：111 特防：101][水系＋钢系]
对手会选择属性克制主角所选pm的精灵。回到镇子，碰到博士，但博士没有要回pm就先回研究所了。回到家里和妈妈对话，得到跑步鞋，以后在移动时可以按住b键跑步前进了，这次在室内也可以跑步哦。现在前往マサゴタウン[真砂镇]找博士。刚进到镇子就见到了副主角，并被副主角带到研究所前。进去跟博士对话，正式获得刚才选择的pm，并且得到精灵图鉴。走出研究所后，副主角会跟主角介绍镇内的设施。回到家里跟妈妈对话，得到ぼうけんノート[冒险笔记]。此时对手的妈妈冲了进来，并请主角将包裹おとどけもの送给对手。接下来便是正式的冒险了。在真砂镇的上方是r-202，副主角会给主角演示如何抓野生pm，这时我们可以发现他/她选择了属性被主角克制的pm。演示完毕后他/她会给主角5个精灵球。之后顺路来到コトブキシティ[长寿市]。一进城就碰到了副主角，之后去市内的学校，碰到对手。将东西交给他后，得到タウンマップ[地图]。学校右上角有两位可挑战的训练师，使用lv.6的凯西，打败左边的训练师后可以得到tm10 めざめるパワー[觉醒之力]。城市右边通往r-203出口旁的建筑中可以拿到せんせいのツメ[先制之爪]。在精灵中心恢复hp后，主角被一个大叔叫住。大叔让主角在市内找出3个小丑，回答对他们的问题后可获得兑换券，然后可以从他那里获得一份奖品。3个小丑分别在城市西边、商店门口和水池上面，他们的问题是：
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（1）打败对方pm后，经验值会增加，能力会变强吗？（2）一只pm是否只能携带一个道具？（3）pm与使用招式的属性相同时，招式威力会增加吗？全部选是即可。拿到兑换券后即可获得手表poketch。从右边出城，对手会来找主角挑战。quote:
对手精灵：
lv.7 胖胖翁
lv.9 克制主角的初始pm
在r-203的洞里会遇到一个男子，他会给主角hm06 いわくだき[碎岩]，但是主角现在没有徽章，不能使用hm打破岩石。继续往右，走出山洞，来到クロガネシティ[黑金市]。来到黑金市的gym[训练馆]，碰到对手，得知馆主并不在此。从城市下方进入矿场，在深处找到馆主，然后馆主会回到训练馆，这之后就可以向他挑战了。quote:
馆主精灵：
lv.12 小拳石
lv.12 大岩蛇
lv.14 no.34 ズガイドス
打败馆主后得到徽章和tm76 ステルスロック，hm06碎岩也可以使用了。黑金市某个房间里的女子想用凯西来交换腕力，有兴趣的话可以到r-207去抓一只腕力来交换。回到精灵中心，发现pc的地下一楼开启，进去后，服务员小姐会给主角ともだちてちょう，此道具涉及到网络通信。正想从城市的左边离开黑金市时，主角又碰到了对手，对话后得知下一个训练馆在ハクタイシティ[白带市]。之后回到刚才r-203的クロガネゲート洞穴，在里面可以找到tm70 フラッシュ[闪光]。回到长寿市，往上走，发现七釜户博士和副主角被两个ギンガだん[银河团]的人缠住了。两人被击败后便逃跑了，博士也回研究所了。这时一个电视台的工作人员走了过来，并将アクセサリーいれ[附件包]送给主角。往上是r-204，然后是あれたぬけみち[废弃捷径]，使用碎岩将石头打碎继续前进。在左边的水道旁可以捡到tm39 岩石封印。从右边的出口走出去后仍是r-204，左侧有tm09 种子**，往北走来到ソノオタウン[园苎镇]。在镇子的花店里拿到コダックじょうろ[喷壶]，可以给果树浇水。某居民处还有tm88。向右走到r-205，碰到一个小女孩，对话后往右走到たにまのはつでんしょ[发电厂]。发电厂门口有一名银河团团员，打败他后还需要钥匙才能进去。回到园苎镇，进入左上角的ソノオのはなばたけ[园苎花田]，打败里面的正在威胁老伯的2名银河团团员，得到はつでんしょキー[发电厂钥匙]。老伯还会将あまいミツ[甜蜂蜜]送给主角，以后可以用这道具在特定草丛中提高pm出现率。进入发电厂，打败里面的银河团团员，救出小女孩的爸爸即可。从r-205来到ハクタイのもり[白带森林]，碰到一个女子要求和主角同行，以后的2p就变成双人战了。离开森林时女子便会退队。往右走即可到达ハクタイシティ[白带市]。在精灵中心里会有个女子给主角的手表增加なつきチェッカー[亲密度检查器]的功能。另外在城里可以给pm重新起名字、与**交换pm、获得tm67 リサイクル和たんけんセット[探险装备]等，请自行摸索。在下方的自行车道入口处碰到副主角的父亲，如果主角收集到的pm图鉴达到30种（无须抓到），就可以获得学习装置。现在没有自行车，所以不能过去。去市内的自行车店，从店员口中得知老板被银河团抓走了。往上走发现一座大楼，原来是银河团的地盘，需要砍树才能进去。此时出现了一个女子，并将hm01 居合斩送给了主角。但现在没有徽章，不能使用居合斩来砍树。先去打训练馆吧。这个训练馆的规矩是，必须在树丛中找出4个训练员，与之对战并获胜后馆主才会出现。打败馆主后可获得徽章和tm86 くさむすび[植物捆绑]，同时hm01 居合斩也可以使用了。回到刚才那座大楼，用居合斩砍树后进入，在途中可捡到tm46 **。战斗后救出自行车店老板，回到店铺后即可获得じてんしゃ[自行车]。自行车跟宝石版一样，有[普通]和[快速]两种速度，按b键切换。骑上自行车通过自行车道，在终点处一个女子会送给主角一面フラッグ[旗]。往下走来到r-207，通向黑金市。途中碰到副主角，对话时会问你个问题，随便选一个即可得到バトルサーチャー[对战搜索器]和探宝仪。然后去r-207的右侧，来到てんがんざん[天眼山]。在山洞里会碰到一个男子，对话后便离开了。洞口通向r-208，途中可在一**手中拿到かなめいし[石头]；另外果实名人之家也在这里，1天可以拿1个果实，他的孙女会给手表加上きのみサーチャー[果实搜索器]的功能。穿过r-208后便是ヨスガシティ[缘市]。刚进城市就碰到一个女子，对话后便离开了。来到选美会场，发现馆主就是刚才的女子。现在可以在这里试一下新的选美比赛。去训练馆，馆主不在，上方的狩猎区也没有开放。向下走，碰到对手，进行对战。quote:
对手精灵：
lv.19 胖胖翁
lv.20 叉尾浮鼬
lv.20 双色玫瑰
lv.21 被克制的pm
打败对手后，向右来到r-209。在r-209的钓鱼大叔手里可以拿到好钓竿。途中发现一座ロストタワー[失落的塔]，进去后一路打败训练员并捡到tm27 报恩，来到顶层，可获得きよめのおふだ[避邪符]和hm04 怪力。出去继续前进，来到ズイタウン[瑞镇]，在这里可以将精灵放到饲养屋里生蛋，跟悬崖边的女子对话可获得tm 51。瑞镇内还有未知图腾遗迹，在深处可获得升级糖果、神奇石版（提高超能力招式威力）、怪异蛊（提高超能力招式威力）和金蛋。r-211是下雨地带，途中可以捡到tm34 **波和tm66等道具，但训练员较多，所以选小火猴为主兽的要事先买好伤药，注意避开一些训练员哦。走过后到达トバリシティ[帐幕市]。在去训练馆的路的第二间房间里可以拿到硬币盒，但需要先玩一个猜谜游戏，正确选项在2个答案中随机产生，全看运气。有了硬币盒就可以到游戏厅里玩游戏了。在游戏厅的左边可以兑换游戏币，这里可以买到不少招式机。然后可以去挑**练馆。quote:
馆主精灵：
lv.27 瑜珈猴
lv.27 豪力
lv.30 鲁卡力欧
打败馆主后可获得徽章和tm60，秘传机飞天也可以使用了。走出训练馆后碰到副主角，说他的图鉴被银河团抢走了。来到右上角的大楼，和副主角k掉两名银河团团员后便可夺回图鉴。走进右上角的房子，捡到hm02 飞天。城市下方是r-214，离开帐幕市后进入一个山洞，可捡到tm28 挖洞。洞里还有一个遗迹狂热者，他叫主角抓完26种未知图腾后再来找他。穿过r-214是リッジこのほとり[林事湖边]，但不能进去，只能继续前进。在r-213可以捡到tm40，穿过后即可到达ノモセシティ[野茂市]。野茂市里有一个叫做だいしつげん的地方，花500元进去后在门口附近的**处取得hm05 きりばらい[消雾]。接下来去挑**练馆。quote:
馆主精灵：
lv.27 暴鲤龙
lv.27 沼王
lv.30 大海獭
打败馆主后获得徽章和tm 62 しおみず，hm05 消雾也可以使用了。去だいしつげん门口，碰到银河团团员，对话后团员往右出城，主角在出城时会碰到对手。向r-213追银河团团员，在沙滩上会抓到他，但是又逃了。在林事湖边附近会再次碰到他，战胜他即可。之后在湖边碰到白带市的馆主，对话后将ひでんのくすり[秘传药]交给主角并让主角完成一任务。回到瑞镇，对着傻鸭使用秘传药，馆主小姐会出现，对话后完成任务。回到r-210，用hm05将大雾消去，到达寒风镇。在寒风镇的精灵中心里的大叔会给主角一个精灵球，在左下角的房子里可以给手表加上模拟时钟的功能，在左上角房子里的**处可获得こだわりメガネ[专爱眼镜]。在镇子的山洞洞口处会碰到银河团团员，击败他。接下来会跟太婆对话，太婆请主角参观山洞里的遗迹，中间剧情对话略过，获得hm03 冲浪。然后飞回缘市，挑**练馆。quote:
馆主精灵：
lv.32 神秘气体
lv.34 耿鬼
lv.36 梦魔进化
战胜馆主后获得徽章和tm65 シャドークロー[影子爪]，冲浪允许使用。离开训练馆后又碰到白带市的馆主，对话后她让主角去ミオシティ[未央市]。飞到长寿市，往左经过r-218水路后到达未央市。在入口处碰到对手的父亲，他会帮主角增强图鉴的性能，以后就可以显示不同性别pm的样子了。在市内碰到对手，开战。quote:
对手精灵：
lv.31 卷毛翁（姆克鸟）
lv.30赫拉克罗斯
lv.32叉尾浮鼬
lv.32 双色玫瑰
lv.35 被克制pm
在入口处的房间可以拿到tm48；市内有忘光光老爹的家，可以忘记学到的招式。在左下角坐船，进入一个山洞，和一个很像波导里的艾伦的人组队，打败洞内的银河团团员后，可以获得鲁卡力欧退化的蛋（队伍中不能满6只宠物）。然后前去挑战馆主。quote:
馆主精灵：
lv.36 巨型钢
lv.36 钢蛇
lv.39 巨型蛇
打败馆主后得到徽章和tm91，秘传机怪力也可以使用了。离开训练馆后跟对手对话，然后前往图书馆3f。一段对话后即可离开图书馆。前往林事湖边，发现湖水已经被银河团抽干了。进入湖中的洞穴，打败银河团团员。接下来飞到白带市，走进右边的山洞，用秘传机怪力推开石头，进入r-216和r-217，途中可捡到tm07和hm08 攀岩。来到キッサキシティ[冰雪...