序章：炸毁资料库
秘密档案3的游戏序章属于教学章（虽然没有教学）难度不大，大概剧情是黑衣人让主角去炸毁资料库，首先熟悉一下操作。1、首先与黑衣人对话后鼠标点击左侧墙体，接着是一个攀爬任务，可以仔细观看墙体上有可以攀爬的凹槽（也可以进行调查查看攀爬位置）。2、攀爬进入房间后首先可以打开调查界面，之后来到屏幕正上方位置有一个口袋用鼠标左键拾取。3、拾取口袋后来到正下方木桶处打开道具栏用口袋讲地上的蛇装入。4、来到拾取口袋处把装有蛇的口袋扔入窗户里，门卫会离开。5、接着进入大门来到第二场景。6、打开调查界面沿着房檐上的木头行走来到正上方拾取窗户上的白纸。7、继续行走来到右侧看到门和窗户，打开道具栏将绳索和钩子合并，接着把白纸和钩索合并，之后利用钩索点击窗户爬入任务地点。8、点击唯一一处调查位置，任务完成本章结束。第二章：逃离大教堂
妹纸从教堂醒来发现教堂起火空无一人，本章节是逃出大教堂。1、首先查看打开调查界面，右侧墙体上有主教衣服走去拾取。2、来到中间的水池处拾取上面的水杯，用水杯去水池取水。3、接着来到右侧石像右面拾取扫把，并利用扫把来到左侧大火堆点燃，道具出现着火的扫把。4、拿着着火的扫把去右侧油画处点燃油画发现出现堵死的门上方有出口。5、拿着盛满水的水杯来到左上方小火堆将火熄灭，拿到木板。6、来到石像左侧用道具栏里的衣架放入石像左侧，接着放入木板，点击石像爬上。7、左右摇晃石像进入出口。第三章
1、来到客厅后在书架的左侧角落里发现一个书包，拿起后在屏幕左上角出现利用鼠标点击打开。2、打开后得到一本书，打开书等到四个标记红旗，一张纸。3、来到右侧的房间，打开书提示数字3、7、10、15对应的书页，打开道具栏的纸张寻找对应书页的地名。4、打开房间内的map，把对应地名用红旗标注。（怕麻烦的童鞋可以参照下面的截图）
5、任务结束，进入剧情。第四章
通过本关需要让房间达到一定温度，主要就是打开空调，在打开房间内的几样电器。首先用钥匙打开书桌的抽屉，拿出抽屉里的照片、地图等等，最后发现数字0504。打开空调需要用冰冷的钥匙或者铲子打开，铲子在书架下面。拿到铲子或者钥匙后将其中一个放入门口的冰箱里，过一段时间拿出来。之后用冰冷的钥匙或者铲子打开空调。空调打开、抽屉里的东西拿走后我们打开鱼缸和冰箱上面的灯（况且叫灯吧，因为是lamp！感觉里面像水母），机关打开。注意：必须让房间达到一定温度，否则机关不会打开，如果打开了鱼缸和冰箱上面的灯后其他就不要打开。机关打开后道具栏里出现手机，利用手机拨通之前得到的数字0504，拨通后本章结束。第五章
1、来到场景后首先拾取左侧汽车前方的锁链。2、向前走去上面房子旁边的垃圾桶里找到铁棒。3、用铁棒去捅右侧房子门下面的缝隙得到碎纸。4、拼图游戏出现，一点难度没有。5、拼图结束后打开道具栏拿出手机右键放到没纸身上点击右键打电话。6、通话结束后得到地图，来到中间点击to the exc**ation site(挖掘现场)进入场景。7、场景是一张地图分别有很多个区域，首先来到b区拿到一块泥土。8、接着来到d区拿走挖掘机（是开走还是拿走很杯具啊）。9、得到任务物品后来到e区，右键点击手机出现多张手机截图在道具栏里，在e区找到对应的照片截图。分别是：smell of oil（地上的油）video of the roots（树）engine sounds（油边上的发动机）
10、标记结束后利用挖掘机（钻地机）挖掘中间的地表。11、挖掘后小跟班进入地下，将之前得到的锁链放入洞里让小根本把钥匙取到。12、得到钥匙后来到c，用钥匙打开右侧的铁门进入。13、进入地洞后拾取门左右两侧的安全帽和木箱后点电梯回到e区，利用挖掘机的钻头打开箱子，得到若干道具。14、打开道具栏先用扳手和泥土合并，之后用之前得到的铁链和榔头合并，之后来到c区用瓶子在水池里灌水。15、进入c区的洞穴，利用扳手把场景右面的高压谁抢头拆下，然后用粉碎的土块和枪头合并，接着把枪头装回去。把高压水枪挂在场景中间的洞上面，最后开动机器。16、回到d区发现中间有个洞，把铁链+榔头的合并物品放上去。17、最后回到c区的洞穴利用放下的锁链跳过去，本章结束。第六章
首先是一个走格迷宫，具体走法可以参杂下面的截图，简单说以下步骤。首先女来到正方形下边左面第一个石格触发机关。1）女向上一步，男向下一步。2）女向上一步，男向下一步。3）女向右一步，男向下一步。4）女向左上一步，男向左一步。1、来到场景道具栏里有小刀和geiger counter(百度后得知是盖格计数器，以后简称计数器)，利用小刀割断树根。2、讲计数器和树根合并。3、讲合并后的计数器放入下方水池中。第七章
1、女主角车被撞翻到悬崖，首先打开灯。2、车灯点亮后需要刀来解开安全带，打开遮阳板找到木梳等。3、利用木梳打开车内储藏箱找到尺子。4、利用尺子拿到远处的饭盒得到餐刀。5、利用餐刀解开安全带出去后拿起箱子打开利用电脑得知要去旧金山，ok启程！第八章
女主角在去旧金山的飞机上来到梦里，看过一段剧情之后回到第一场景。拿走木车下面的木块，木车会移动。点击阳台人物会自动马上木车。拾取墙上袋里的食盐后来到地面用食盐融化旋梯开关上的冰后打开开关。点击旋梯移动到石像旁边拿去石像手里的剑。利用剑拿走左侧木箱上面的网后来到第二场景在次利用剑砍断木桶上面的绳子，
守卫出来后进入监狱。拿起门右侧的刑具，包括头盔、拨火棍（扑克）、开口器。来到外面利用网挂门左侧的挂钩上，爬上去用剑砍断晾衣绳。爬下来在用剑得到晾衣绳，利用开口器打开商店拿到草药。接着用剑捅破窗户，守卫会生气。继续利用网爬上屋顶，在利用拨火棍和绳子合并物品爬到烟囱口。之后把草药扔进去，接着拿走拨火棍和绳子的合并物，守卫睡着。来到壁炉旁边拿起烟灰，利用手中的木块放到牢门地上的凹槽里，利用拨火棍敲开牢门。进入牢房后拉走右侧的木桶，走出监狱，用木桶装满地上的雪，在此回到牢房装满雪的桶会变成水。利用装满水的桶去泼犯人他会醒，犯人醒后会逃跑，时光倒流又重新来了一次。这次利用一直很神秘的猫大侠，首先来到监狱右侧的小巷口。在巷口的垃圾里拿到土豆和蔬菜，右侧有两个牌子，上面的是鱼，下面的说：入夜后禁止演奏音乐，掏出手机放到告示牌上，居然有鱼从天而降，拿起鱼回到第一场景。把之前得到的面具和鱼内脏合并，之后用面具和并物抓住小猫。回到牢房，把鱼放在犯人身上，之后继续用装满水的木桶泼他，犯人逃跑利用小猫追踪。追踪到巷口后利用装有猫的面具点击中间的通道，接着进入中间的通道。这次来到有岔路的巷口，利用装满水的木桶晒在地上让地面结冰，拿走岔路巷口的梯子。拿这木桶去装满雪，再一次回到牢房用谁将烦人泼醒，犯人在此逃跑，好吧，再来最后一次，最后一次！来到最后一个跟踪地点，拿起手中的烟灰点击门，会在每个门把手上沾满灰。在次回到牢房用水泼醒他，跟踪来到第三跟踪地点，发现最左面的门上有指纹，点击进入。跟踪犯人来到一个房间里，突然发现了达芬奇！没错就是达芬奇（我有点混乱了，记得玩刺客信条的时候也发现过达芬奇！达芬奇走后把房里的东西拿走，一共5样:打火机、千斤顶、颜料罐、拐杖、一本书（编年史）。找到5样就行，其他不用管，把拐杖和颜料罐合并，在木车和书架的中间有一个帆布，利用有红色颜料的拐杖点击它会得到一个密码（达芬奇密码？接着利用打火机点燃木车上面的油灯，利用千斤顶顶起小车，后面的墙上拿到三把楔子。利用楔子点击照亮处天平的右翼，机关打开得到机械汽缸（是个密码），点击中间的按钮拼凑成ver ro c ch io韦罗基奥（有兴趣的童鞋可以去查一下这个人）。得到密码后用道具栏里的密码卷轴点击帆布获取线索，之后再有密码卷轴点击道具栏里的书（编年史），本章结束。来到下一章的场景，先找到酒瓶、海报和玻璃片，然后向店员要喝的，然后酒瓶和红茶组合，玻璃片和海报组合，然后获得标签，标签放到水坑里，再和装有红茶的瓶子组合放入显示（小卖部），再向**举报店员，这样可以进博物馆了。进入博物馆的入口，去楼上再点窗口，然后再进入另一个窗口，拿n个物品，再用镜框开抽屉拿到钥匙卡，然后回去到**车点一下拿到n个东西再回到博物馆用螺栓刀撬开金属门，用柴油和喷壶组合，组合后用装满柴油的喷壶放入应急发电器然后发电（点俩下）再进入博物馆的下层（入口里的楼下）用钥匙卡打开门（调整电源过程就不说了）进入门里，拿起电灯放入插头出去调整电源再回来点电脑，进入选择达。芬奇（艺术家）再中间的第一个，再第三个的最后一个（大伙也不能怪我啊，我记性不好），再把作品放入x光那里然后动画，然后用手机照电脑然后这章结束。来到下一章的场景，先点陈列柜，再进入打开牢门拿n个东西在用杯子点厕所再点出口用有水的杯子泼坏空调，然后用螺栓刀拧下电缆，然后砖头和毛毯组合，在用砖纹毛毯和电缆组合，然后进入打开牢门，再点窗口，用砖袋点窗口，砖袋会在窗口下方，点砖袋再点庭院然后再点窗口，用衣架点电缆到了另一个场景，会有一个小机器，你先进入门，拿战斗机器人和零件，用**和战斗机器人组合然后出去跟小机器战斗然后都选下身攻击防御和**，如果报废你可以再造另一个再打也行，对话选什么都行。好了就结束这一章了。