单元一 过不去的灵魂
第1集：黄禾&第2集：筱青 死神少女「渡」，永远的19岁，奈何桥的守护者，非生非死，无善无恶。所有「过不去」而呼唤死亡的声音，都可能召唤她…黄禾，是师长疼爱、家境富裕的资优生，但私底下的身分却是校园黑帮的老大。如此的双重身分，让校园中的所有人都对他敬畏三分。黄禾和自然科学老师江萍有一段禁忌的师生恋，不料江老师意外有了身孕，还为此和自己的老公离婚。为了保障自己的前途，黄禾因此产生「死亡」的念头，无意中召唤死神少女的出现。聪明又漂亮的校花筱青在一场辩论赛中赢了黄禾，引起他的注意。哥哥傻东在不知不觉中被设局陷害，成为黄禾利用来接近筱青的工具。偷偷暗恋筱青的同班同学阿庞察觉黄禾的意图却无法阻止他的恶行，气愤之下召唤出死神少女，即使知道这样的后果会是永远离开从小相依为命的外婆，愤怒的阿庞仍然向渡许下了愿望
单元二 心碎团圆夜
第3集：小琳（上）&第4集：小琳（下）第二学期，沈奇的班上来了一个转校生─叶小琳。沉默寡言的小琳走进教室，依照座位表的分配，走到自己的座位坐下，意外的在椅子上发现了一颗漂亮的黑色石头（阿庞留下的石头）。元旦假期到了，小琳从宿舍回到姑姑和姑夫的家中，但两人工作繁忙，无法额外费心照顾她，某天晚上，两人甚至忘了叫小琳下来吃晚餐！独自在房间深受寂寞之苦的小琳，不知不觉中召唤出死神少女。饿昏头的小琳，在深夜跑到楼下的杂货店拿了一罐啤酒，并在收银机中偷走一千元的钞票，偷偷跑出去，来到河堤旁遇见正在涂鸦的阿介。小琳告诉阿介自己看过死神少女的经过,阿介不信，但阿介答应小琳画一幅死神少女的画像。第二天小琳回到杂货店，殊不知昨夜偷钱的经过全被**拍了下来，愤怒的姑夫告诉她其实是个没人要的小孩。除夕当天，小琳的父母都没有来接小琳，深爱父母的小琳无法接受这个事实，不吃不喝、日渐消瘦。在空荡荡的房间中，死神少女出现了…最终和父母在奈何桥相遇。这一集中沈奇看见了渡，并与之对话。单元三 黑色星期天
第5集：妮可&第6集：小唐 妮可接收了小琳的电脑和黑石，持续过著网络**妹的生活。自从被阿才抛弃之后，妮可每天晚上都到酒店做兼差，希望有一天能赚到足够的钱，带著母亲离开酗酒又好赌的父亲，到台北过生活。班上的模范生小唐偷偷暗恋著妮可，一心想为她做些什么，但妮可总是以冷漠的态度回应。有一天，小唐在无意中看见妮可的手机短信，在好奇心的驱使之下跟踪妮可，发现她居然在从事**，心灰意冷！晚上回家时妮可与交不出**所欠下的钱而吵架，而后妮可把刚赚到的钱交给母亲，在母亲藏钱的时候被她的父亲发现，抢走了30万的存款，气愤的召唤出死神少女许下“不希望家里有这样的家人”的愿望，即使知道这样的后果会是变成修补“奈何桥”的石头。深受打击的小唐魂不守舍飞快的骑著单车冲出巷口，与妮可的爸爸险些相撞，还债的钱飞散在地，这时正在蹲在地下捡钱的妮可爸爸，因为没有注意身后的车辆，闪避不及而倒地，在送往医院后抢救无效死亡…父亲死后，妮可良心不安，但受到小唐的真心照顾。妮可决定重新振作，过新的生活
单元四 不能说的秘密
第7集：李优&第8集：阿国 一台黑色高级轿车开进校园，一位有着贵族气质、长相斯文的少年一下车就被草丛中的黑色石头给吸引，并悄悄地将石头放进自己的口袋。帅气的李优一转到石雨高中就成为校园的风云人物，也是女学生心目中的白马王子。和篮球队长阿国不打不相识，两人很快的就以兄弟互称，也因此认识了阿国的妹妹小菊。三人的感情越来越好，尤其是李优和小菊之间的关系也越来越微妙，这一切让暗恋李优的梅丽内心燃起熊熊的妒火。某天，梅丽意外得知李优不可告人的秘密(李优的身世疑似**界名人的私生子），爱到疯狂的她决定用这个秘密威胁李优来和她在一起。另一方面，阿国得知李优和小菊的关系而感到相当生气，不支持两人进一步交往下去。备受煎熬的李优再也掩饰不了内心的愤怒，却也因此唤醒了死神
单元五 舆论下的祭品
第9集：小菊&第10集：巧巧 自从李优离开之后，转眼间过了一个暑假，小菊和巧巧为了准备化学奥林匹克比赛每天都相处在一起，渐渐的小菊对李优的感情由浓转淡，巧巧也在不知不觉中爱上了小菊。两人的感情愈加浓烈，让小菊对李优有了罪恶感，直到有一天李优告诉小菊她的决定…另一方面，沈奇为了寻找死神少女的踪迹来到图书馆，看到关于渡的漫画，并且下定决心找到黑石的下落，将它永远收藏起来。就当沈奇准备向小菊询问黑石的情况时，不小心被骑车的小刀给撞倒，送进了医院…意识到巧巧和小菊很有可能因为顶不住舆论的压力而召唤死神的沈奇为了挽救她们，与小刀一块沿着巧巧和小菊出走的路线寻找，找到大海，但还是晚了一步
单元六 义气之战
第11集：小刀&第12集：** 小刀因为打记者的事件被学校盯上，却也因此被黑道网罗，开始替柯桑做事。**是小刀从小就认识的好朋友，因为暗恋佩佩的关系，不计一切代价将自己的小绵羊机车换成一台很酷炫的重机。爱车如痴的佩佩为了一圆机车的梦想，和**的关系越来越好，就在她生日那天，佩佩以门禁为借口拒绝小刀的邀约，却不小心被小刀看到她和**出去约会…同时，**和一众果农家的土地被柯桑看上，柯桑要阿杰和小刀给土地下毒，**的爸爸因此**未遂入院，小刀得知柯桑的计划想要退出，但是柯桑并不打算放过他，小刀在愤怒的驱使之下，召唤了渡
单元七 玫瑰少年的烦恼
第13集：小仑&第14集：大东 外表阴柔、心思细腻的小仑，擅长指甲彩绘，是班上女生的好朋友，不过他过于偏向女性化的个性而常常被校园里的不良少年大东欺负，家境清寒的小仑也因此被迫帮大东打扫来抵销被勒索的规费。两人在古老师的安排下一起参与准备校庆音乐剧的行列，这天，小仑放学后一如往常的来到木工教室打扫，但大东在校园帮派老大的胁迫下必须向小仑要到他应缴交的规费，因此他在小仑打扫的时候企图以**胁迫他，甚至想强脱小仑的衣服！衣衫不整的小仑仓促的逃到哈雷研究社的社办，内心充满著恨怒与不甘，此时突然出现一个声音：你，想变成一颗石头吗?单元八 过不去的过去
第15集：亚贞&第16集：沈泉 新的学期，沈奇的哥哥沈泉来到石雨高中当实习老师，曾是校友的沈泉在高中时代有过一段轰轰烈烈的爱情故事，到现在他都还会想起那个女孩，也因此长期受忧郁症所苦，平常靠着种种花草来抚慰自己的内心，没想到无意间发现了埋在土里的黑石…被繁重的课业压力和父母过高的期待压得喘不过去的亚贞，一心向往著外面的花花世界，和小海一起翘课、喝酒、上夜店，两人甚至还有了性关系！但是亚贞在沈泉来到班上担任英文老师之后，却渐渐的喜欢上他，还为了博取沈泉的注意去补习来加强自己的英文能力，但就在她抛弃小海的时候，发现自己怀孕
单元九 沉睡的遗憾
第17集：杜荷&第18集：高超 由于对渡的愧疚，沈奇决定要找出渡的过去，因此他回到图书馆找回那本手绘漫画，沈奇循著线索来到位于旧校区的「石雨漫画社」，在凌乱的社办中，看见一份【死神少女】的漫画手稿，翻开第一页居然是「渡」的模样…这让沈奇进入了五年前的杜荷和高超的过去…在漫画大赛的准备中，高超对竞争对手杜荷逐渐产生了暧昧的情愫，也把自己的得意之作换成另一个佳作，而让杜荷的【死神少女】顺利获得首奖拿到100万和去日本培训的机会，杜荷也被高超的行为而感动，然而高超也得到了去日本培训的机会，并向杜荷提出了毕业后就结婚的请求，杜荷答应了
单元十 爱情的诀别
第19集：渡&第20集：沈奇 知道「渡」就是杜荷的沈奇，决定要找出杜荷的下落。沿著漫画中的线索一一追查，终于让他找到漫画来不及画完的结局…另一方面，收到沈奇脑部检查报告的沈议员，坚持要让沈奇动手术，也因为沈泉的逝去，让他对沈奇的管教愈趋严格。不想动手术的沈奇带著黑石，趁夜逃出医院，来到山上小舅舅的家。沈议员的竞选团队，为了提升沈大伟的形象，大肆刊登议员寻子的消息，并召开记者会以温情诉求希望大众帮忙寻找沈奇。沈奇和渡在山上的小舅家，一起目睹这一连串的事件，直到某天，疗养院传来沈奇母亲病危的消息