这是个人类同口袋妖怪一同生活的世界，有无数的人梦想成为杰出的口袋妖怪训练员，我们的主角也是其中之一。而且，他有着不输给任何人的信念…
这里是マサラ小镇，虽然宁静，但却非常的小，故事就从这个小镇开始。我们的主角是拥有雄心壮志的小孩，怎么可能甘愿呆在自己的小屋里打fc？男子汉就应该到外面去闯闯嘛。不过出门之前，先从电脑里把小恢复的药（キズぐすり）拿出来。“喂，小孩，小心草丛！主角刚想离开村子进入草丛，便听到背后有人喊叫。原来是这个镇上的名人—オーキド博士，他可是口袋妖怪的专家。“草丛里生活着口袋妖怪，你打扰了它们的生活。自己身边没有口袋妖怪保护是很危险的。跟我来吧。于是，博士便把一无所知的主角带到了他的研究所。研究所里，博士的孙子，也是主角的劲敌在等待着博士给他口袋妖怪。再博士交代几句之后，便让主角先从三个小妖怪中挑选一个。待主角拿定注意之后，博士的孙子也会挑选一个，当然是克制主角属性的那一只（真赖皮~）。好了，终于有了自己的小妖怪的，呵呵。主角等不及想要开始自己的冒险，然而还没有走出研究所，劲敌就已经下了战书。“我们先来战斗一次看看吧”
盛情难却啊，打就打吧。博士的孙子可是很厉害的，要不怎么配当劲敌呢。（不过说归说，再厉害也不顶用，主角毕竟是主角，呵呵）。虽然他的小妖怪是克自己属性的，不够好在一开始没有相应属性的攻击技能，火拼应该拼的过他，再说我们还有药呢。终于还是主角还是赢了，告别了博士和母亲之后，主角离开了小镇踏入草丛之中。果然和博士说的一样，在草丛中隐匿了和多小妖怪，时不时的出来袭击主角。好在它们的等级都很低，应该没问题。很快的就来到了トキワ村，虽然也是小村落，但是比故乡可是要大很多。二话不说，先到口袋妖怪中心（pc）中去恢复一下，然后就开始办正事吧。来到shop，看来店长已经在等主角了，他给了主角おとどけもの要主角带回去给博士（不知道我刚出来的吗？又要回去~难道把我当跑腿的？赶紧回去给博士，博士也不给主角吃亏，给了主角口袋图鉴，以后就可以用图鉴查找看到过的小妖怪了。同时5个妖怪球到手，这就意味着可以抓野生的小妖怪了。谢别博士后主角继续自己的冒险旅程。在回トキワ村前先去自己家隔壁，也就是劲敌的家里，女主人会给主角地图，方便了许多。终于又回到了トキワ村，不过这里也太小了，不够看，唯一的一个会馆还进不去，先去下一个城市看看吧。不过主角刚要出村，却不一个老头叫住了。原来他是要教主角抓小妖怪（对各位玩家来说没有必要的吧，但是还是看一下，不要辜负人家的好心^_^）。而且他还给了主角一个手提电视（新要素！好象是教你怎么战斗，具体功能慢慢研究）。一直向北走，来到了トキワ村的森林，森林里有很多口袋妖怪训练员，这里的昆虫系妖怪比较多，如果之前抓到波波的话就没有难度了。草丛中隐藏着道具，对于一开始贫瘠的主角来说可千万不要漏掉啊。另外最重要的是，这个地方可以抓到皮卡丘，千万不要错过啊（玩口袋没皮卡丘可不行~）。终于从阴森的トキワ村的森林走出来了，明媚的阳光下，主角来到了ニビ镇。血气方刚的主角在pc少许休息后便冲向了会馆。什么？不认识路？那没关系，小镇右侧出口的人心青年会把你带到会馆门口，也就是说，不打败会馆是不能出镇的。这个会馆的管主是专攻岩石系的小刚（就是动画里看到年轻女性就七荤八素的那个）。如果当初选妙娃种子或杰尼龟的话，可以说这个会馆毫无难度。终于，有纪念意义的第一枚徽章到手！同时得到了39号技能。这时你会发现背包中多出了わざマシンケース（也是新道具），至于用处么，似乎是让小妖怪学技能用的（现在学技能要用道具，道理是讲通了，但是总觉得多此一举）。不管怎样，向着下一个目标出发…
刚走出小镇就看到有一位大叔（难道又要叫我停下？干脆这次我先叫他算了）。果然，这位大叔给了主角跑鞋（哈哈，任天堂终于开窍了，不加入跑鞋一定会被骂死）。哇，路上好多训练员等着主角呢，难道出名了吗^_^？尽管我们的主角再强劲，经过连续战斗后还是会觉得有点吃力，实在不行就往ニビ镇的pc多跑几次吧，不会吃亏的。终于，来到了オツキミ山脚下，这里也有pc，真是体贴~。pc中有一秃头，和他说话他会卖给你鲤鱼王，500块，要不要自己决定…
进入山洞内，同样有很多训练员和野生妖怪在等待着主角，真是到哪里都不得安宁。在阴暗的山洞中不断摸索，来到地下二层，却遇到了一个身穿黑色衣服的古怪青年，衣服上还写着r字，看来对主角非常的不客气，那就较量一下吧。他们便是故事中的反派人物—**（既然你诚心诚意的问了…），今后还要遇到多次恶战。一顿摸爬滚打后终于找到了出口。出口处，一个穿白大褂的男子等在那里，看来是他们的老大。打到他之后，主角可以从两块化石中挑选一块妥善保管，以后可以孵化化石系的妖怪。另一块则被他拿走。（战斗明明是我赢了，应该都归我才对…）。这个山洞中除了化石外，月光石（つきのいし）和奇怪糖果（ふしぎなアメ）也是比较重要的东西，务必要拿到手。终于走出山洞了，又一次见到明媚的阳光感觉真不错。突然发现有两个穿格斗服的男子站在高地上，上去询问后，可以选其中一人教妖怪格斗系的技能。（右边那个比较厉害）。谢过二位壮士，主角赶紧来到了不远的ハナダ市。虽然挑战会馆是重要，但是也要先休息休息，先在城市里兜兜风再说。有自行车行？太好了！跑了那么多路脚都痛了。先弄辆车骑骑再说。“欢迎光临，这里是自行车行”老板好热情啊。“一辆车一百万。“什么？一百万？这下怎么办？算了，看来上天注定不该是我的东西（即使用改到一百万也别想买），先挑战会馆再说。ハナダ市会馆的管主是专攻水系，打败她之后可以得到徽章和3号技能。继续向下一个城镇出发。通往下个城市的路好象要经过一间房子，但是门口有**进不去，唉。那就先往上边走吧。刚走不久，一张熟悉的面孔出现了，原来是主角的劲敌啊，好久不见，他的实力提高了很多，看来也修炼过了。不过作为主角是一定不会输的（输了重来~）。战斗结束后他给了主角一个手机，以后就可以和认识的人打电话了。一番过关斩将后终于来到海角的小屋。奇怪，进去后竟然没有人，只有一只皮皮，没办法，只能和皮皮说话，交谈中得知这个家伙是人，他要主角帮他控制一下电脑，我们人心的主角当然爽快的答应了，举手之劳嘛。说完后皮皮跑进机器中，主角去操纵电脑。而后从机器的另一边从先了原先变成皮皮的マサキ。为了表示感谢，他给了主角一张船票（ふねのチケツト），管他有用没用，先放着再说。抄近道回到ハナダ市，发现警卫已经让路了，那就走吧~。哎呀，屋子里乱七八糟的，墙上还破了一个洞。询问主人后得知有一人来捣乱，后来破墙而逃。“有这等事？主角听罢立刻追了出去。果不其然，屋外有一个行踪可疑的男子，没错就是他了！（谁叫你穿黑衣服等着我抓的~_^）。又是**！真是无恶不作（而且还没什么实力）。轻松解决后从他身上搜出了28号技能。继续我们的旅程。在路上有传统的妖怪寄养所，走一步一格经验在初期应该算是比较划算的。可惜只能寄养一只，那也就是说不能生蛋了，残念~
“什么？ヤマブキ市不能去？幸好边上有地道，可以先到クチバ市。一路打发挑战者，终于来到了クチバ市。原来是港口城市啊，有船诶，看来船票有用了。先不忙，休息要紧。来到pc后别忘了pc左边的房子，里面有一位好心的钓鱼爱好者会送主角一根鱼竿，暂时只能钓钓鲤鱼王什么的，有耐心的话快练到20级吧。不过暂时没有地方可以迅速提高等级，最好还是放在妖怪寄养所里。在会馆上面有一所尖屋顶的房子，听完里面的老头说的很多很多的话后，可以得到一张兑换券（ひきかえけん）。可以回去换自行车了（终于等到了~）。“会馆！会馆！会馆边上怎么长了一棵树？真讨厌。算了，先乘船吧，说不定下船之后树就死掉了，呵呵。进入船后到处逛逛看看，船内高手还真不少呢，趁现在多讨教讨教，要是船开走了就找不到人了。逛着逛着就快到船长室了，但是在通往船长室的楼梯下面遇到了劲敌，又长进了…
战斗结束后就去船长室找船长，耐心听完他一番话后，他很高兴的把他珍藏已久的01号秘传机器（ひでんマシン）给主角。现在终于可以砍掉可恶的植物了，而且以前有很多不能去的地方现在可以去。下船上岸之后，船起航了。虽然可以去很多新的地方，但是主角还是决定先挑战クチバ市的会馆。这个会馆是电气系的会馆嘛，管主的房间门口有电进不去，经过主角自己勘察后，发现房里的柱子上有机关，一番摸索之后终于打开了门。管主最后一个是胖雷丘，还是有点实力的，不管怎样，现在已经有3枚徽章入手了，离我们主角的梦想又近了一步。现在有了间切能力，去哪里好呢。我们的主角探索欲望太强了，所以决定先去城市右边的山洞。山洞里有好多地鼠，幸好没有训练员干扰，而且地势比较明朗，所以很快就穿过了山洞。山洞出口原来在トキワ村的森林附近，那暂时从这里来回算是比较方便的。山洞出口往下走有一间小屋，里面的人会给主角05号密传机，妖怪学习后可以是用闪光，这样就不怕漆黑的山洞了。不过前提条件是主角必须已经抓到10种小妖怪，不然人家可不会给你，要是没有的话快去抓吧。再次回到ハナダ市，右边出口用间切后就可以畅通，不过前方有好多训练员等着挑战主角，平均等级20级左右，没什么好怕的（主角的妖怪应该已经第3形态了吧）。一路来到了岩间隧道（イワヤマトンネル），里面一片漆黑什么都看不见，幸好刚才得到了闪光，使用后就会变的光亮许多了。一路上看到很多假扮怪物的训练员，真是恶趣味，汗一个~。幸好道路不是很复杂，没有太多的岔路，不过路是长了一点，如果单靠一个妖怪的话，可能会出现技能不够用的情况。稍费工夫就出来了。（记得以前玩gb红的时候没有用闪光就这么过来了，真佩服自己）。出了山洞后不远的地方就是シルワスコープ村，这里最著名的建筑是一座口袋妖怪塔（ポケモンタワー），这座塔是为了悼念亡灵而建立的，里面有很多的幽灵系口袋妖怪。以最优秀的训练员为目标的主角，又怎么能不去参观一下呢？而且从村民的口中得知フジ先生失踪多日。看来看去，还是这座塔的嫌疑最大。所以无论如何都要进去探个究竟。刚刚来到塔的第2层，一个熟悉的身影又出现了。没错，又是主角的劲敌，既然碰了面就免不了要切磋一番。当然，结果一定还是主角胜他一筹。塔内有好多退灵师，直接攻击他们的妖怪是没有作用的，但是超能系的技能对他们有特效。一路上遇到很多迷雾一般的妖怪骚扰主角，除了逃跑外别无他法，在第6层往上的楼梯口处更是阻挡主角前进。这时主角突然想起，在第2层的某人说过需要得到シルワスコーブ的力量才能是幽灵现出原形。但是这个东西在哪里呢？唉，看来这件事只能先搁一下，先往下一个目标进发吧。从西面出村，可以到达ヤマブキ村，不过同样道路也已经被堵，但是越过地下通道就可以到达タマムシ市。从タマムシ市往左走，有一只卡比熊挡在路中间死活都不动。在熊的上方的屋子里，主人会给主角02号秘传机，鸟类学习的话可以随时飞到去过的城市，真是超级方便的技能。タマムシ市真不愧是大城市，市里有一家百货商店，可谓是品种齐全，楼顶有自动售货机，给边上的小姑娘3个饮料就可以得到3个技能，（因为去ヤマブキ村不是用饮料贿赂警卫，所以不用多买了）。在百货店边上的高层大楼的楼顶（从大楼背后进入）有一间小屋，里面桌子上的妖怪球里有伊布，这可是唯一得到的机会，千万不要错过。另外市内还有一家游戏机房，虽然主角重多任务在身，但是毕竟是小孩子，怎能挡的住游戏机的诱惑（可以用硬币换妖怪和技能）。不过没硬币盒不让买硬币（还以为小孩子不能玩**呢）。不过在餐厅中有一为好心的大叔给了主角一个硬币盒（コインケース）。这下可以过过瘾了~。玩了几把后，发现一个黑衣男子站在墙边看壁画，非常的可疑！于是主角便上去打话，没想到竟然是**的人。二话不说马上开架，没几下子他就败下阵来。见形式不妙连忙鞋底抹油，立刻逃出了主角的视线。“唉，又让**的人逃掉了。不过刚才他在看什么呢？于是主角连忙走到那幅画旁边调查了一下，没想到打开了一个暗道。原来这个是**的秘密基地，一定隐藏着什么阴谋。地下一层有一扇门打不开，先下二层再说。从第二层开始会有很多单向通行的标记，踏上之后就会不停的向前滑行。虽然头晕目旋，不过也难不倒主角。终于来到了第下第5层，打倒最里面的**员后，逼他交出了电