本次战斗系统与一代相同，但lv up采用与lunar2相似的模式，各角色的必杀技、魔法、特技是有熟练度的，其中魔法需要佩带魔石、特技需要装备后方能使用。每次打倒敌人后便可获得特技与魔法的point，玩者可以自行将此point分配给各角色的必杀技、特技与魔法上，每个招式最多可加到5颗星，星数越多熟练度越高，该招式的威力、成功率以及出招速度也就越大。魔石刚拿到手时不会出现所有的魔法，需要提升其lv方能随之出现新的魔法，每块魔石的最强魔法通常在lv51左右出现。特技之书亦是如此，每本特技之书的最强能力在其等级为lv15左右时出现。使用必杀技会消耗角色的sp，不过sp会随着战斗逐渐回复，但魔法所消耗的mp只有通过道具、回复魔法阵、住宿来回复。本作还加入了指南针指示详细的方向，可以切换令指南针分别指示前进的方向与回去的方向；而在城镇内，指南针还可以指示宿屋、杂货店、以及重要场所的位置，非常便利。另外就是在城镇中可以让角色去碰撞屋内的摆设，而在迷宫中则可挥剑劈开一切特定物体：如蘑菇、花、藤葛等，还可因此找到隐藏在这些物体内的宝物，不过有时则会遇到怪物。故事
遥远的过去，古拉纳斯将希望之光给予人们，人类令希望之光不断扩大，将繁荣握在手中。但是，暗之恶魔巴鲁玛将光从人类身上夺走。古拉纳斯为了守护人类与其展开了一场激战，战事持续了7天7夜，最后古拉纳斯手执神剑“光之佩剑”贯穿了巴鲁玛，也同时在此星球的大地上留下一道不可见底的巨大伤痕。这就是现代被称为“古拉纳悬崖”的大地伤痕，亦是我们所居住的这片大地被称为“被咒大地”的由来。巴鲁玛被封印的同时，天空中出现了一轮红火的月亮，那不详的月亮就象巴鲁玛审视着这个世界一样，窥视着人类心中的欲望，以此为粮食补充其力量，直至复活之日的到来…
修萨桑**北方小镇卡波附近，一群由女性组成的神官队伍向村民道别后，走向吊桥准备回村。就在这时，一只巨鹰叼着一串**急速飞掠而过，消失在森林的深处。“猎人”里特攀在岩壁上，窥视着下方聚集的怪物们。他的伙伴斯盖—也就是先前的那只鹰，及时在附近扔下**，吸引怪物的注意，里特伺机跳下打倒负责看守的怪物并夺得宝物，然后与斯盖迅速逃离怪物们的包围…
当里特将历经艰险夺到宝物交给委托人时，却遭到对方的无礼对待。原来“猎人”以战斗为生、只要有钱就不计较委托的任务，也因此遭到许多人的蔑视。早已习惯他人白眼的里特收下报酬，携斯盖往森林外走去，在与委托人约定的树枝上发现了别人留下的委托书，要里特到卡波村担当神官的护卫。虽然里特对“古拉纳斯教”的神职人员非常感冒，但任务归任务，钱还是要赚的。于是，里特穿过森林，来到了卡波村。刚一进村，就看到一群神官正在与一名歌姬打扮的女孩告别，那些神官似乎要前往附近的黑之森内加尔米亚塔举行某种仪式，而那位歌姬则要待教堂内的祈祷结束后才会由人护送前往加尔米亚塔。里特在旁边听后，猜测出此次的任务大概就是要护送那位歌姬。待众人散去后，里特来到教堂，正撞见那位歌姬艾蕾娜正在唱着颂歌“光之歌”。但是她只唱了一半就停了下来，里特上前出声唤她，令艾蕾娜吓了一跳。里特那不客气的口调引起艾蕾娜的反感，两人一下子就争吵起来。幸好神父卡利乌斯及时走了出来，制止了艾蕾娜，并要里特到宿屋去等他。不一会儿，卡利乌斯来到宿屋，向里特说明委托的事宜。正如里特所猜想的那样，对方要他护送歌姬艾蕾娜平安到达加尔米亚塔，等那里的仪式完毕后再送回卡波村。虽然里特最不擅长与女人及神职人员打交道，但在斯盖的训斥下勉强接受了委托。艾蕾娜也不愿意与恶名昭彰的“猎人”同行，结果亦拗不过神父。满腹牢骚的两人只得就此出发，穿过怪物遍布的黑森林，抵达了加尔米亚塔。在塔门前，先前那些神官早已等候在地，领头的红发女子忒莎催促艾蕾娜和她们进入塔内，举行重要的封印仪式，并吩咐里特在外面等待。因为不知仪式要举行多久，里特便在附近的空地上搭好帐篷休息。今晚正值满月，在红色的巴鲁玛之月映照下，加尔米亚塔显得异常诡异。就在这时，塔内突然传来艾蕾娜的惊呼声，里特赶紧冲入塔内，发现里面突然冒出无数的魔物，一路斩杀过去终于来到塔顶，却见忒莎已经重伤倒地。紧闭的大门无法打开，于是打破旁边的窗子进入主室，但见屋子中央有个奇怪的魔法阵，上面漂浮着一个业已破损的巨大蓝色圆球。而艾蕾娜则在旁边被紫黑色的光所包围，并痛苦地叫着：“不要！黑暗…不要吞噬我！看到这番情景，里特的脑海中晃过被自己埋藏在内心深处、那痛苦的回忆，他咬牙冲上去救下艾蕾娜。此时紫黑色的烟雾从圆球中渐渐蔓延开来，情急之下，里特抱着失去意识的艾蕾娜从窗口沿着绳索逃出加尔米亚塔。回到森林中，艾蕾娜恢复神智，但她对同伴的死以及自己被巴鲁玛附身一事而恐慌，里特好不容易让她镇静下来，并将其带回卡波村的教会。卡利乌斯神父早已等候在教堂前，他让艾蕾娜去休息后，然后告诉里特在加尔米亚塔内封印着巴鲁玛的碎片之一—巴鲁玛之翼。正因为现在世界中黑暗的力量在逐渐增强，再加上今天又是满月，为了防止巴鲁玛复活的“黑暗之日”来临，他们受命于古拉纳斯教团前往加尔米亚塔加强封印的力量。谁料封印仪式失败，艾蕾娜还被巴鲁玛之翼附身，这样下去她的心会逐渐被黑暗吞噬。解救艾蕾娜的方法大概只有远在桑托海姆法国的法皇塞拉知晓，为此卡利乌斯神父请求里特护送艾蕾娜到桑托海姆法国去，他还拿出教堂供奉的黄金像做为报酬。里特表示要考虑一下，就在这时，外面突然传来喧哗声，两人跑出去一看，有位赤发红衣女子站在喷水池上，而她的背后则长着漆黑的恶魔翅膀！神父立刻怒斥她为恶魔并向其发动攻击，但却被轻而易举地挡回来。里特随口称赞她一句：“没想到你这么可爱，却很强劲呢！那神秘女子听了大喜，接近里特并告诉他自己的名字为“米蕾妮娅”。接着米蕾妮娅说看到教堂和古拉纳斯的神像不顺眼，甚至要毁灭整个村子，被里特骂为“胸大无脑”而生气起来，两人立刻展开一场激战。最终，里特还是败给了米蕾妮娅，不过对方似乎非常中意他，娇笑着就此离去。次日，里特决定接受神父的委托，带着艾蕾娜踏上漫长的旅途。（村内与每个人再对话一次，可获得特殊道具。以后每个城镇皆是如此，在刚进去时对话一次，等事件结束后再对话一次，会有意外的收获。另外，村人的对话基本上有三种，如果想获得更多的信息，就与每个人对话三次吧！两人穿过亚诺尔山地，途中宿营时，艾蕾娜再度对自己被附身一事而感到不安，里特不满她那消极的态度，两人又吵了起来，艾蕾娜生气地在帐篷后面和衣而睡。斯盖飞过来责备里特总是不肯说出自己的心里话，里特再度回想到自己的过去然后表示绝对不会让艾蕾娜死去的。他俩的对话都被艾蕾娜偷听到，从而对里特的印象又有不少改观。次日，两人翻过亚诺尔山地后，来到了**南方的宿场町阿基路。可是，原本十分热闹的阿基路竟然化为了一片废墟！从守卫兵的口中得知，突然有大批怪物从山洞中涌出来，摧毁了整个城镇，现在不得不封锁道路以保安全。两人只得进入一旁的临时宿屋，打算先过一宿再说。宿屋的主人拜克斯是里特的旧识，原本也是位“猎人”。说话间突然从后面传来争执声，原来有名叫罗安的小孩在逃出阿基路时将母亲的遗物—一个金属项链让怪物夺走了，他恳求一起同行的保镖利佐特等人帮忙，对方不愿冒生命危险而拒绝了他，并让罗安向身为“猎人”的里特寻求帮助。里特因为已经有艾蕾娜的任务在身，拒绝了罗安的委托并告戒他遗物虽然重要，但还是保命要紧。罗安失望地离开后，艾蕾娜吃着果子吃醉了，里特只好扶她回房休息。回到自己的房间后，里特和斯盖商量，打算在今晚去山洞消灭魔物，这样既可令道路开通，又可替罗安拿回项链。正想付诸于行动时，米蕾妮娅突然出现并要里特陪她玩，好在此时利佐特急忙跑来敲门并告诉里特，罗安独自一人去了怪物的巢穴。于是，里特与米蕾妮娅一同前往城镇内的狄拉姆山洞。进入山洞后不久，可以看到一只可爱的小动物卡罗，只要喂它三颗“泡芙的果实”后，它就会趴在里特的肩上一起行走，但是只要一出洞窟卡罗就会离去（对剧情没有丝毫影响，纯粹是好玩而已）。山洞中有些地方要开启水闸才能令新的道路出现。走了没多久，里特便找到了被怪物包围的罗安，三人继续前行至洞窟的深处，找到怪物的首领并将其击倒、取回了罗安的手镯。走出山洞业已天光大亮，米蕾妮娅说了句“艾蕾娜就交给你了”，然后全身被光团所笼罩，光消退后，出现在原地的竟是艾蕾娜！清醒后的艾蕾娜对于之前发生的事情完全没有印象，当她知道米蕾妮娅就是潜伏在自己心中的巴鲁玛之翼后，受到很大的打击。但是罗安却对米蕾妮娅抱有好感，认为她不是坏人。三人回到宿屋，罗安决定与里特他们同行。稍事休息后，里特他们告别了拜克斯、利佐特等人，穿过阿基路，进入贝库原野。当来到原野3时，展现在众人面前的是深不可见底的“古拉纳悬崖”。从未外出旅行的艾蕾娜对此感到非常新奇，询问里特越过“古拉纳悬崖”的方法，原来是要到附近的交易都市利里格去搭乘空气船。走了一天，三人也累了，便在峡谷附近的空地上搭起帐篷休息。次日清晨，里特他们刚起床，突然有一兽人来袭，一场激战过后，大家终于明白这是误会。兽人马雷古一直在追踪毁灭他们村庄的魔人梅尔菲斯，从里特身上他嗅到与梅尔菲斯相似的味道，故而袭击众人。里特一听“梅尔菲斯”的名字，立刻激动起来，追问马雷古是否知晓此人的下落，并说自己也在追寻梅尔菲斯，还邀请马雷古加入队伍中。但马雷古想独自行动，便与众人告别。待马雷古走后，艾蕾娜问里特“梅尔菲斯究竟是何许人也？里特满腹心事地回答道：“那是我的哥哥…”艾蕾娜心怀着疑问，随着里特来到了交易都市利里格。刚进城镇，就看到有一家人聚在一旁，争论着要离开这里，而城内又笼罩着沉闷的气氛。上前向其询问是否能搭乘空气船一事，得到的回答却是要到明天才能开动，而且现在的空气船是不载人只送货的。三人只得先到宿屋住宿一晚，当夜的晚餐非常难吃，里特他们胃口大倒。次日，饥肠辘辘的三人撞见一位技师的孩子，被他带到家中见过其父母，方知这里中了诅咒，人们丧失了味觉不能吃普通的事物，而所有的食物与经济皆被市长葛旦所控制。但是大多数人又不愿离开这个富饶的都市，所以情愿吃着难以下咽的东西也要继续留在此地干活。里特他们去见过葛旦后获知要交纳10000大洋，方可在明天搭乘空气船。艾蕾娜便提议到教会找神父询问诅咒的原因，结果被告知这里是受古拉纳斯祝福的城镇，因为原本是建立在遗迹上的，但是无止尽的开发令遗迹的柱子不断腐蚀倒塌，所以才会遭到诅咒。出得教会，再度遇到马雷古，他说嗅到了破灭之力的味道，于是加入队伍中与里特他们前往城最高大的柱子处调查，找到入口进入大空洞内。（事先提醒一下，各位不要给马雷古的必杀技提升太多，基本上只要将他的第一项必杀技修炼至mix即可，否则日后定会后悔浪费了宝贵的特技point。在洞的深处，众人发现了业已破损的巴鲁玛碎片封印。接着，“巴鲁玛之舌”出现在里特他们面前并发起了攻击。这算是进入游戏起后的第一次big boss战，其实很容易解决，只要将每位角色的第一项必杀技提升熟练度，这样每当右下角的行动槽内敌人进入行动区后，让角色使用具有延迟敌人行动效果的第一项必杀技，就能令其行动滞后，而将主导权握在我方手中。再让具备全体攻击魔法的伙伴不断地施以全范围的打击，并辅以其他同伴的集中攻击，将敌人依次解决即可。击倒了巴鲁玛之舌后，发现原来是市长葛旦被其附身，米蕾妮娅吸收了“舌”的力量同时，将葛旦的心也同时抹消，成为了一个植物人。回到利里格市，市民们又恢复了味觉，空气船亦再度开通，里特他们搭乘着前往**的东部。坐在空气船内，突然飘过一阵奇异的气息，艾蕾娜突然惊叫起来，接着空气船猛烈地摇晃并在紫黑色风暴中飞了出去，落在了东**的雪山中。里特他们醒来后，发现失去了艾蕾娜的身影，此时艾蕾娜因为米蕾妮娅的呼唤而清醒过来。她走到冰成镜子般的石头前，从中看到米蕾妮娅的影象投射，米蕾妮娅说幸亏自己救了她，但艾蕾娜总是对米蕾妮娅抱有强烈的厌恶感。与里特他们汇合后，众人试图走出被冰雪笼罩的露米尔森林，穿过数个洞穴后，终于接近森林的边缘。此时，周围突然弥漫起白色的浓雾，接着众人发现来到了一个盛开着鲜花的大花园中。在花园中央的大树下，站着一位绿发的小女孩，她向大家解释这里乃是梦之花园，是能让大家忘却不愉快的事情、幸福地生活着的理想地。说着，旁边飞过来几个精灵的光点，围绕着小女孩。艾蕾娜上前与女孩