3人众对话，对话完调查桌子上的礼物盒，上面有女博士的留言，让主角从盒子里的三只口袋妖怪中选一只，我果断草蛇，之后与女主开战，战斗之后房间乱了，但还是得与男2号（眼镜男）开战.这两次战斗各有500円，打完后他们2人离开，可以自由行动了楼，经过一段对话，得知要去博士的研究所，妈妈给了个重要道具手表，出门来到镇子左下角的女主家，进门就听到一声大叫，叫的是打灭打灭打灭xxxxx.对话之后去镇子左上角的研究所，男2号和女主已经在门口等你了，对话后进门，与博士对话后可以选择重命名口袋妖怪，然后她会问男主是不是愿意完成精灵图鉴，接着会给3人精灵图鉴，之后博士让去1番道路找她，出门看到妈妈，妈妈给了3人地图，现在可以查询位置了，然后妈妈叮嘱了一大堆话就离开了，从镇子左上角出去，来到1番道路，3人见到博士，博士教3人抓口袋妖怪的方法，惯例.博士解说了一些关于抓口袋妖怪的相关信息，然后给了5个精灵球，之后3人分开行动，终于可以真正的自由行动了.没hp可以回家找妈妈.一路向北，来到女主旁边触发对话，女主会问你是否检查捕获的pm，然后男2号说博士还在镇子里等着呢，这时候电话响了—博士与3人视频电话（4人这可真牛啊），继续往北，来到カラクサタウソ，一进来就看到博士在pc前，过去对话触发博士带路介绍pc的剧情，在pc遇到女主一起被教育（这次的pc还附带商店了）.教育结束后出门发生剧情，看到男2号，还有很多人在广场上，有一堆穿统一制服的，等离子团登场，该团体的老大凯奇斯当众宣称要解放所有pm，一通演说之后该团体收队走人，只留下广场上**的人群，人群散开后有个戴帽子的青年跑过来和主角搭话，他自称n，对话之后开战，实力很弱的チョロネコ，即便是7级也很弱，真的.战斗之后青年n转身走了，男2号也朝梦想进发了.从镇子左上方的路口穿过一间房子来到2番道路，走几步就听到电话响，妈妈打来的，刚打完就看到妈妈出现了,给了跑鞋，这样一来压住b键可以跑步了，在土坎旁边的人会教你如何跳过去，这条路上会出现青年n带的那只猫，有兴趣的童鞋可以抓了，一路向北跑，在要进サソヨウシティ的时候遇到女主，战斗开始（lv6ヨーテリー+lv7被主角克制的主宠），打完她跑了，我们继续北上.来到サソヨウシティ，道馆前有个带墨镜的老人站着，对话告诉说道场boss需要找到才能挑战，pc左边的房子是精灵俱乐部，看到男2号站在黑板前，对话会问你是不是要来一场比赛（lv8克制主角的主宠+lv8チョロネコ），战胜之后男2号会给3个恢复hp的果实出门，可以看到道馆前的人变了，一个绿头发的，对话后进入道馆（其实是间咖啡厅，里面的训练师和boss都是服务员），这里是3个boss在的第一个道馆，前面2场与训练师的战斗需要走到自己所带宠的第一位（就是进入战斗出现的）宠所对应属性的地面上才会拉开幕布，而第三场（boss战）前的则是需要走到克制我们所拿3只初始pm的属性的地面上才会拉开幕布，上台后会与携带克制我方所选初始pm属性的boss开战（lv12ヨーテリー+lv14三属性猴子中的一只），打完给徽章和技能**3
出道馆遇到女博士的好朋友研究员，她会带主角去下方大楼的2层，然后给秘传机01，然后她会让主角去梦之迹地找517号ムンナ，需要用到秘传机01砍树，找一只可以学的pm吧（恶系猫咪可学）城镇左上角来到梦之迹地，这里有2个训练师可以挑战，中间那个走来走去的**对话后会问你要不要一只被你的主角宠克制的猴子，选第一个可以拿到lv10属性被主角克制的猴子一只，在那颗树前使用砍树，刚要进洞女主再次出现，说要一起找不可思议的pm，前进，听到ムンナ的声音，往废弃工厂里走可以看到ムンナ，它转身要跑，主角2人追上前却遇到了在第二个城镇演说那个团体的成员，他们要抢夺ムンナ，开战在所难免打完之后等离子团成员还要抢夺，这时候团体领袖凯奇斯出现，然后出现了第二个凯奇斯，最后又合成成了一个凯奇斯，制止了成员的抢夺，凯奇斯消失后ムンナ进化体518号ムシャーナ出现了，然后女研究员也来了，这时候2只pm离开，之后女研究员让主角来研究所主角来到研究所，女研究员给了主角c-gear，然后开始解说gear功能，这项功能要用红外线联接，然后旁边的小女孩过来给了笔记本，之后就开放了wi-fi联机的功能现在可以从镇子左上角的道路前往3番道路了，往前没走几步就看到间幼儿园（可以恢复pm）和pm托管所，幼儿教师和在外面玩耍的小朋友（小朋友各带一只猴子）都可以挑战.往左走一段路，男2号出现，对战开始（lv14克制我方初始pm属性的pm+lv12チョロネコ）打败男2号后等离子团的成员大喊着让开一路冲了过去，这时女主和个小女孩走了过来，告诉说等离子团团抢走了小女孩的pm，她正在追那些抢走pm的人，主角和男2号果断决定帮忙，向左顺路跑，来到一个山洞，进洞就看到等离子团的成员，走过去先是一次1v1，打完之后和男2号打一次2v2，打完等离子团逃跑，之后可以回去找女主和小女孩了，小女孩感谢之余还给了三个治愈球
注：在洞里有机会遇到529号モグリュー（31级进化女主和小女孩走后可以往三岔路口的下方走了，沿路过来遇到男2号，他告诉说右边那种颜色很深的草丛有几率一次出现两只pm，然后匆匆离开了，顺路往左前进就可以到达第シシポウシティ刚进シシポウシティ，就见到男2号，他会带一段路，之后给了一个睡眠果实，还告诉说这个道馆是普通系，来到博物馆门前，遇到青年n，对话之后开战（lv13マメパト+lv13オタマル+lv13ドッコラ），打赢之后他说他要力量，成为伊修地区传说中的精灵训练师，之后可以进入博物馆，有个研究员正在看快龙的骨化石，他会给主角介绍化石，然后带主角到道馆门前
进入道馆，墨镜老人会介绍道馆属性—普通系的特性和弱点，前进击败一名训练师，然后调查书架上的书，先在左下方的书架上的书里看到让主角解四个谜题后才能看到boss，第一个问题在中间左边的书架调查书本后解答，然后第二个问题和左上那个女研究员对话后会开打，打完调查女研究员身后的书本看到第三个问题，第三个问题在右下方的书架上调查书本后解答，最后的问题和中间右边的女孩对话可以开战，打完之后调查女孩身后的书本，整个书架开始移动，下楼，看到道馆首领黑人大妈，对话开战（lv18ハーデリア+lv20ミルホッグ），战胜后获得徽章和技能机67
注：如果解迷过程失败，要从第一本书重新开始刚准备和道馆首领道别，首领的儿子大喊着跑了进来，说等离子团出现了，然后首领让主角也一起来就急匆匆的跑了出去，等离子团在博物馆大厅，过去后看到他们把快龙骨化石的头骨等展览品搬走了，首领跟了出去，但已经不见了人影，这时候从右边的道路来了个穿绿衣服的男子，经过黑人大妈首领介绍才知道绿衣男子也是首领，这时候女主和男2号也来了，大妈首领让主角和绿衣首领去雅古鲁姆之森调查下展览品的下落，绿衣首领先走一步后女主给了个秘宝探测器，这下可以调查藏起来的道具了，然后女主和男2号留下看守博物馆 来到シシポウシティ的博物馆前，看到博士和博士的父亲以及女主和已经到了的冠军阿特克，博士说大事不妙，这时候黑人大妈首领也出来了，大妈问那个确认是真正的龙精灵吗，然后博士的父亲说经过调查表明那光明石确实是与黑神兽同时代的，然后大妈理解了等离子团为什么要抢龙头骨了，原来是为了复活传说的龙精灵，正当大妈要给主角光明石的时候，冠军阿特克会再次确认是否做好准备与n战斗了，第一项“是”后他会承认主角的觉悟，然后大妈会把光明石给主角，然后大家在讨论如何让神兽レシラム觉醒的时候全都哑口无言.这时大妈突然想到个地方，冠军一下就明白了，说去ソウリュウシティ吧，那里的道馆首领是龙系训练师，他可能知道如何让神兽レシラム觉醒，然后冠军阿特克就先走一步去ソウリュウシティ等主角了，刚准备出发，这时博士才意识到可能有办法，叮嘱如果找到办法就告诉她，然后她和父亲就回研究所了，女主说要去ソウリュウシティ就要经过雪林塔大桥，出发吧往城镇右上来到雅古鲁姆之森，与刚进森林见到红衣女子对话可以得到技能机94，看到绿衣首领，他会继续前进，与森林入口的护士对战之后可以和她对话恢复pm进入森林，绿衣首领说森林分为两条路，一条宽敞，他会过去调查，另一条是小路，等离子团藏匿的可能性很高，往左边的小路走，一路消灭等离子团往里走，森林里遇到红衣服的精灵猎人打败后会得到树果，击败4个等离子团的成员后获得龙骨头，然后出现了个老头，等离子团成员叫他七贤人大人，这老头说龙骨头和等离子团追寻的传说的pm没有关系，所以即便丢了也没事，这时候绿衣首领和大妈首领赶来了，这时候知道了绿衣首领是虫精灵使，之后等离子团撤退，主角把追回的龙骨头还给大妈，大妈作为感谢给了个月石，这时候可以从森林北面出去了穿过森林来到座大桥上，各种视角的跑路，没有训练师，只是跑路，穿过大桥就到达宣传视频里的主题城镇ヒウソシティ了进入ヒウソシティ，高楼林立，到处都是白领**，来到pc里，有个**挡在了面前，对话后他会让开，pc左边跑过去有个临街的大楼门，进去后是战斗大厦，里面有个老头看到主角进去就来搭话了，他说他只是个清洁工，然后让主角去楼上找他，坐电梯上去，很多白领和研究员都是训练师，可以战斗，上55层，击败老头前面的所有训练师，其中还有老头的秘书（lv19的三只猴子各属性一只），和老头对话，其实他是这的会长，对话开战（lv20ヤバクロン+lv20チラーミィ），打败之后得到学习装置
出了大厦，往左继续跑，可以来到调查部，这里会被任命为调查队员，然后可以接到一些调查的任务，刚准备出门，旁边的女孩大喊“你，新人调查员过来下！然后她会问9个问卷调查，可做可不做的继续往左跑，到底之后往城市里面跑，在道馆前遇到男2号，他会告诉主角这个是虫系道馆，然后就离开了，这时候绿衣首领匆忙跑出来，他让主角去码头，然后就匆匆走了从pc对面的路来到其中一个码头，这里看到绿衣首领和女主还有另一个女孩，对话知道是等离子团抢了她们的pm，然后知道那个紫色头发的女孩叫爱丽丝，正当大家决定去调查的时候等离子团成员出现了，但是很快就跑了，于是绿衣首领和主角前往追击一直往上跑来到公园可以看到绿衣首领，然后跟随绿衣首领前进会看到一栋大楼前站着3个等离子团成员，对话选看战（lv17メゴロコ*2），击败之后等离子团往楼里跑了进去，这时候爱丽丝和女主也赶来了，对话之后一群人全跑去追等离子团了进入大楼，进门就看到凯奇斯和2个七贤人老头以及一大堆等离子团杂鱼，这时候凯奇斯和一行人说起了传说中的龙精灵，说他们要通过控制传说中的精灵来创造新世界，然后会放掉ムンナ，之后就撤退了，主角一行开始思考为什么要一遍喊着解放pm却还要抢夺他人的pm这种行为，然后爱丽丝会给主角个树果作为谢礼，然后拉着女主就跑了，然后绿衣首领也会回道馆去，这样就可以去挑战了来到虫系道馆，这个道馆到处都能看到很多像果冻一样的墙，需要站远一些助跑冲上去顶住，要一直顶住才能冲得过去，还要踩一些机关来开铁门，注意铁柱上的等要两边都亮起来铁门才会开，来到最上面平台，绿衣首领等着主角，开战（lv21ホイーガ*2+lv23ハハクモリ），击败之后获得徽章和技能机76刚出道馆，女主打电话来，说她在爱丽丝的锻炼下稍微变强了一些，希望和主角对战，约主角去4番道路的大门前相见，可以先去喷泉广场，然后往北面那条路走就可以到4番道路了，刚进出城前的门没走几步女主就到了，她说要在屏幕上打出胜者的名字，开战（lv18ハーデリア+lv20被我方初始pm属性克制的pm+lv18ムンナ+lv18被我方猴子属性克制的猴子），击败之后女主开始感伤了，不过一会回复了就离开了出门来到4番道路，往前走几步就遇到男2号，他要主角证明实力，开战（lv20マメパト+lv22克制我方初始属性pm的pm+lv20克制我方猴子的猴子+lv20レパルダス），击败之后他开始找失败的理由，认为和pm的信赖关系有关，这时候女博士电话给2人，说会在下个城镇的门前等3人，顺路北来穿过高速公路的下方就来到新的城镇的门前，在这看到博士和男2号，她会给2人高级球（1200円/个那种），然后再次强调要以完成图鉴为最优先，之后她就去找女主了，男2号说他要捕捉4番道路的pm，所以往回走了来到ライモソシティ，刚往前走几步就看到等离子团成员准备抢pm托管所爷爷所管理的pm，主角在爷爷的请求下出手相救，1v1之后等离子团成员往游乐场方向逃跑，pm托管所的爷爷则把他骑着观光用的自行车给了主角，之后终于可以速度更快了.
老爷爷刚走，女主却来了，说她要去游乐场，这里还有战斗地铁，想去音乐会锻炼下就往游乐场去了，来到最大的一...